两德一统一，德国联邦制马上就面临六个交织在一起的矛盾：（1）从前各州之间比较均衡、以其同质性为特征的联邦德国第一次出现了发达和不发达的州，或者说富州与穷州之间的冲突；（2）新旧联邦州之间地区文化上的冲突比从前更为强烈，更为引人注目；（3）在西德各州之间原来就存在的面积大、实力较强的州与面积小、实力较弱的州之间的矛盾更为激烈；（4）内陆州与城市州之间的矛盾加剧；（5）在新的五个联邦州纳入德国既有的财政平衡制度问题上，新州和旧州之间的矛盾；（6）社会民主党执政州和联盟党执政州之间的矛盾（Schultze，1993：233）。
同时，联邦上院的重要性再度上升，因为它不是成为反对党阻挠政府立法的工具，就是成为反对党在联邦与执政党共治的工具。1994年10月联邦议院大选之后，减少了10个议席的联邦议院的多数派——联盟党和自民党联合政府，事实上必须与联邦上院的多数派社会民主党组成非正式的大联盟。
鉴于这些情况，德国学者穆森斯基提出了这样一个发人深思的问题——东德各州的成长是否“仅仅在数量上达到只有靠再分配才能得以激发起来的程度，或者在此方面已经达到导向德国联邦制国家结构和实践的改革决定性程度”。（Muszynski 1994：60）
确实，两德统一之际，联邦和各州在职权、税收和开支政策以及政党竞争等方面的紧密联系与西德各州之间生活条件的同质性以及人们对在整个国家之内拥有同样的社会福利待遇的期望是一致的。随着新的5个州的加入，人们的期望值并没有改变，但是，原来的生活条件的同质性已经不复存在，这些方面的紧密联系是否还能维持原来的模式呢？
总的看来，两德统一之后，德国联邦制的发展面临两种可能，一是维持现状——“一如既往”，二是进行“根本的结构改革”（Hesse，1993：438）。结构改革的支持者主要来自州一方，他们希望联邦制能够随着五个新的联邦州的加入而得到加强。其论据是，“新”联邦州的加入会“打破”既有的联邦制度，因此改革势在必行。另一种可能则显得较为悲观，如著名政治学家沙夫认为，由于德国联邦制的“制度硬化病”和结构本身缺乏行动能力，加上新的联邦州在政治、财政和行政上的薄弱，德国联邦制中原来的单一化倾向即使不被加强，也会得到保留（Scharpf，1989）。