京房既死，朝中能与石显抗衡的惟有前御史大夫陈万年之于陈咸。此时陈咸为御史中丞，总领州郡奏事，负责考核诸州官吏。他既是监察官，又是执法官。陈咸正年轻气盛，无所畏惧，才能超群，刚正不阿，曾多次上书揭露石显奸恶行为，石显及其党羽皆对他恨之入骨。在石显指使下，到处寻找陈咸过失，要乘机除掉他。
陈咸好友朱云，是当世经学名流，有一次石显同党少府五鹿充宗设坛讲《易》，仗着元帝的宠幸和尊显的地位，没有人敢与他抗衡。有人推荐朱云。朱云因此出名，被元帝召见，拜为博士，不久出任杜陵令。后又调任槐里令。他看到朝中石显专权，陈咸势孤，丞相韦玄成阿谀逢迎，但求自保。朱云上书弹劾韦玄成懦怯无能，不胜任丞相之职。石显将此事告知韦玄成，从此韦与朱结下仇恨。后来官吏考察朱云时，有人告发他讥讽官吏、妄杀无辜。元帝询问丞相，韦玄成当即说朱云为政暴虐，毫无治绩。此时陈咸恰在旁闻知，便密告朱云，并代替他写好奏章让朱自己上书申诉，请求呈交御史中丞查办。
石显及其党羽早已控制中书机构，朱云奏章被仇家五鹿充宗看见并将其交给石显。石显批交丞相查办。丞相管辖的官吏定朱云杀人罪，并派官缉捕。陈咸闻知，又密告朱云。朱云逃到京师陈咸家中，与之商议脱险之计。石显密探刺知，报知丞相。韦玄成以执法犯法等罪名上奏元帝，终将陈、朱二人拘捕下狱，判处服苦役修城墙的刑罚。石显借丞相韦玄成之手，一箭双雕，摈除了两个贤能之臣，可谓阴险狠毒至极。
自元帝即位，石显便开始施展阴谋手段，欺蒙庸主，擅权用事，飞扬跋扈，阴险狡诈，网罗党羽，势倾内外，无恶不作，构织罪名，陷害贤能，罪恶昭著，天下切齿，专权长达16年之久。
元帝病情加重时，打算以他所钟爱的定陶王刘康代替太子刘骜继承皇位。窃居中书要职的石显及驸马都尉史丹极力劝谏，保住了刘骜的太子地位。竟宁三年（公元前33年）五月元帝死，刘骜即位，是为汉成帝。成帝即位后，就以石显出力保太子有功为名，调离中书，迁任长信中太仆，秩中二千石，职位虽高，但失去了皇上的宠信，失去了多年苦心经营的中书堡垒。数月之后，丞相、御史二府逐条奏石显旧日的罪恶，石显及其党羽牢梁、陈顺一律免官。石显与妻子儿女徙归故郡，一路上忧闷郁结，不进饮食，于途中病死。五鹿充宗贬为玄菟（今辽宁新宾）太守，御史中丞伊嘉贬为雁门都尉。恶贯满盈的中书集团，至此土崩瓦解。消息传开，人心大快，长安人编歌谣唱道：“伊徙雁，鹿徙菟，去牢与陈实无价。”
石显进宫时，不过是个奴仆，何以能够专权横行到如此程度？
从根本上说，是封建专制制度所产生的恶果。在封建专制制度下，君主成为一切权力的化身，居于至高无上的地位，因此觊觎权力的野心家、阴谋家都力图挟制君主以窃取最高权力。其实君主一人根本不能独治一国，因为天下之事千头万绪，所谓日理万机，不过是夸饰之辞，就连英明当世的权高祖还说：“运筹帷幄之中，决胜千里之外，吾不如于房（张良）；镇国家，抚百姓，给饷馐，不断粮道，吾不如萧何；连百万之众，战必胜，攻必取，吾不如韩信。三者皆人杰，吾能用之，此吾所以取天下者也。”就是说，君主再英明也必须有贤能之臣辅佐，方能得天下，治天下，所谓“大厦非一木所成，必聚材而后成，天下非一人独理，必选贤而后治”（《明太祖实录》）就是这个道理。辅佐之臣，有贤能与不肖忠正与奸佞之分。如果君主能任用贤能忠正之臣，国家就治理得好，阴谋家就不能窃取权柄，横行作恶。石显专权为后世提供的教训是君主用人首先要知人，要善于识别人。元帝庸弱无能，不辨正邪，阴谋家石显得宠信，专权用事就有了可乘之机。汉武帝为了加强皇权，削减了丞相的权力，扩大了尚书的权限，并任用宦官为中书，掌管尚书之职，出纳章奏，操持机柄。这些宦官得天独厚，每天都在君主身边，有取得宠信的方便条件。这种情况，到宣、元二帝已历时近百年。宣帝是个比较英明的君主，虽然任用弘恭，石显为中书长官，但并没有委以朝政。元帝即位，石显凭着多年在宫中奉事的经验和中书职位之便，察知元帝没有远见，不能明察的弱点，便施展手段，谄谀逢迎，迎合元帝的心意，取得其宠信，然后巧言令色，颠倒黑白，混淆是非，嫉贤妒能，排斥异己，构陷忠良，最后达到专权的目的。
元帝时，朝中并非没有贤能忠正之臣，萧、周、张、京、陈等，可谓德才兼备，皆为国家栋梁之材。元帝也任用他们，但用而不信。只要石显进谗言，捏造罪名，这些贤能忠正之臣就遭殃，或流放，或免官，或服刑，或处死。如果君主对贤能忠正之臣用之信之，对他们的谏言听之行之，阴谋家就会失去窃取权柄的可乘之隙。
石显专权误国已经成为历史，但它为后世留下的沉痛而深刻的教训却是不应忘却的。