董卓野蛮、凶残的行径，激起了天怒民怨，各地纷起的讨卓声浪逐日高涨。就在他的集团内部，也有人在伺机谋杀他。初平三年（公元192年）四月，司徒王允、尚书仆射士孙瑞、中郎将吕布共同谋划诛杀董卓。此时献帝有病刚愈，借皇帝在未央宫大会群臣之机，吕布秘密布置同郡的骑都尉李肃等，带领亲信兵卒十余人，身穿卫士服装，守在宫殿侧门，吕布怀揣诏书等在那里，待董卓一到，李肃举戟刺去，董卓受伤跌于车下，口喊：“吕布何在？”吕布应声说：“有诏书在此，令讨贼臣！”一戟将董卓刺死。随后夷灭董氏宗族。长安百姓听到消息，皆弹冠相庆。
董卓尸体肥胖如猪，油脂流淌。守尸的官吏在董卓的肚脐眼插上灯芯，夜间点烧起来，像灯烛一样，足足亮了好几天。
董卓的野蛮、凶狠、残暴，在中国封建社会的历史上，是绝无仅有的。他专权的三年，是野蛮统治的三年，在政治、经济、文化方面造成的祸害是前所未有的。
董卓生逢乱世，凭借豪强地主的地位和势力，结连羌族豪首，创建武装，占据地盘，名震关西。又借剿捕反抗朝廷的羌人和镇压农民起义军之机，扩展势力，终于成了割据一方的军阀首领。因此，董卓十分相信军队的威力。在他看来，手中有军队，就没有办不到的事情。在他拥有强大的军事力量时，贪婪的本性促使他觊觎皇权。朝臣中的有识之士，也有人觉察出董卓的豺狼本性与阴谋，两次征召董卓，就是要把他与军队分离，使之失去爪牙、羽翼，但为时已晚，此时的董卓羽翼已经丰满，爪牙已经坚利，已有足够的力量与朝廷抗衡，因此他拒不就职，然而何进召他带兵入京，他却毫不犹豫地前往。董卓认为机会已到，一旦进京，就靠军队的威力胁众抢权。董卓是凭着手中拥有的野蛮、凶狠、残暴著称的军队实现其“挟天子以令诸侯”的目的的。
董卓为乱，又一次证明任用贤能是治国之本。正如宋代政治家范仲淹所说：“王者得贤杰而天下治，失贤杰而天下乱。张良、陈干之徒，秦失之亡，汉得之兴。房（玄龄）、杜（如晦）、魏（微）、褚（遂良）之徒，隋失之亡，唐得之兴。”像董卓这样的人，无论谁任用他，都要亡国破家。