1922年4月下旬，第一次直奉战争爆发。孙中山联合奉、皖，进攻直系。直奉开战一周后，奉军被吴佩孚击败，退回关外。孙中山仍然于5月9日在韶关誓师，发布总攻击令，分兵三路，向江西进攻。为了消除后顾之忧，孙中山在出师头一天，委任陈炯明的部下叶举为粤桂边督办，以缓和陈炯明和粤军的情绪。
孙中山出师后，总统徐世昌于6月2日宣布辞职。孙中山曾承诺，只要徐世昌下台，他也下野。6月3日，蔡元培、胡适、高一涵等联名致电孙中山和广州非常国会，呼吁孙中山实践与徐世昌同时下野的宣言。
同时，孙中山与粤军的内部矛盾爆发了。6月12日，孙中山向广州报界宣布：
我下令要粤军全数退出省城三十里之外，他若不服命令，我就以武力压服他。人家说我孙文是车大炮，但这回大炮更是厉害，不是用实心弹，而是用开花弹，或用八英寸口径的大炮的毒气弹，不难于三小时内把他六十余营陈家军变为泥粉。但残害六十余营的军人，且惊动全城的居民，不免过于暴烈，但我不如此做去，他们终不罢休。我只望报界诸君，主持正义，十天之内，做足工夫，对于陈家军，加以纠正。陈家军若改变态度，即不啻如天之福，万一无效，就不能不执行我海陆军大元帅的职权，制裁他们了。
6月15日深夜，陈炯明派秘书陈猛荪持亲笔信劝止叶举的行动，但叶举不听，说：“你回报竞存，事情已不容不发。”听了秘书的汇报，陈炯明怒不可遏，把茶盅打碎了。次日凌晨，叶举督办在指挥粤军炮轰总统府前，打电话给孙中山，要他离开。孙中山脱险后，于6月17日登上永丰舰，在海上与粤军对峙五十余日，直到8月9日，孙中山不得不经香港到上海，宣告了第二次护法失败。
粤军背叛孙中山后，得到了南方革命派的谴责和北方的喝彩。但南北都认为，是陈炯明指挥粤军干的，不知道是他的部下叶举背着他干的。
7月17日至23日，胡适为《努力》第12期写《这一周》，借“旧道德的死尸复活”的话题，评价陈炯明背叛孙中山的事。在一个共和的国家里，已经是总统制了，没有了皇帝，哪里还有悖主、犯上呢？至于革命还是叛逆，也看具体情况。如蔡锷推倒袁世凯，就不是叛逆；吴佩孚推倒段祺瑞、徐世昌，也不是叛逆！胡适说：“我们并不是替陈炯明辩护；陈派的军人这一次赶走孙文的行为，也许有可以攻击的地方；但我们反对那些人抬出‘悖主’‘犯上’‘叛逆’等等旧道德的死尸来做攻击陈炯明的武器。”
对于胡适为陈炯明和粤军说话，上海的《民国日报》持续了一个月的攻击。胡适看了这些驳论，慢慢的意识到，自己的文章所以招怨，是因为过去不了解孙中山这一派用秘密结社来办政党的历史。8月20日，胡适写评论说：“我们旁观的人只看见一个实力派与一个实力派决裂了，故认作一种革命的行动，而在孙氏一派人的眼里，只见得一个宣过誓的党员攻击他应该服从的党魁，故抬出‘叛逆’‘叛弑’等等旧名词来打他。”
陈炯明兵变后，老朋友张继和陈独秀会晤，希望陈独秀站在孙中山北伐军一边。
陈独秀5月在广州开会期间，应陈炯明邀请，曾在陈公博、陈秋霖和陈炯明的秘书黄居素陪伴下，去了一趟惠州。他们先乘火车到石龙，然后连夜乘船到惠州。在到陈炯明司令部的路上，哨卡林立，除了来来往往的军人，没有其他行人。见陈炯明桌上摆满了军用电话，墙上挂了一张张军事地图，陈独秀嗅出火药味很浓，战争一触即发，次日即回广州。
现在，陈炯明背叛了孙中山，矛盾终于爆发了。陈独秀虽然不接受马林的主张，加入国民党，但也不至于站在陈炯明一边，反对孙中山啊！他向张继表示，即与陈炯明断绝关系，并写了《对于现在中国政治问题的我见》，说：“武人割据是中国唯一的乱源。”
不料在广州的谭植棠、陈公博、谭平山，擅自在广州报上发表文章，公开支持陈炯明联省自治。