在中共三大上，马林纪录了蔡和森的发言。他不反对加入国民党，但强调共产党在国民党内，要有独立性，并争取领导权。他说：
根据共产国际执委会的决定：1，与国民党联合，组成统一战线。2，必须保持我们的独立性。指责陈（独秀）把工人置于国民党的旗帜下，认为这是违反上述决定的……在统一战线中无产阶级如果不能全部掌握领导权，至少应拥有部分领导权……孙中山不仅倾向于向军阀妥协，而且也向帝国主义妥协。
对于陈独秀在大会前提出的“统率革命的资产阶级”（“把工人置于国民党的旗帜下”），蔡和森是不同意的。所以，他提出了无产阶级在统一战线内要掌握“部分”领导权的思想。马林认为，蔡和森回避了共产国际提纲，想建立独立的工人党，只看到昨天，甚至只看到今天，但看不到明天，他的思维方法是静止的而不是能动的。
针对维经斯基等人的观点，马林反对中国共产党在与国民党的联合中开展独立的工作，他在三大前给拉夫斯坦写信说：“我坚决反对改变政策，如果要在中国实行建立独立的共产主义政党的政策，既和国民党一道工作，但又对其保持独立，这必然会使那个小团体的人们成为一个毫无意义的小宗派。”马林认为，中国共产党只有二百五十人，要在中国起到群众性政党的作用，就必须和国民党合作，并放弃独立性。
陈独秀发言时，站在维护马林的立场，也即维护共产国际的立场，认为蔡和森对军阀和大资产阶级的分析是对的，但结论错了。他说：“国民运动非常高涨时，我们才能加入国民党，这是机会主义思想，我们的责任是为开展国民运动而工作……共产国际执委会的决定不是联合战线问题，而是在国民党内工作。我们应在国民党内工作，因为国民党软弱涣散，而不是如蔡所说等国民党情况好转时，我们再加入。”
张国焘发言时，反对加入国民党的政策。他说：“我们至少在北方打出共产主义或劳动组合书记部的旗帜去独立的开展工会的工作……也许我们是错误的，但我们宁可保持左，左的错误比右的错误容易改正。”
马林反驳张国焘时，态度强硬，强调了共产国际的指示。他说：“建议张国焘执行共产国际指示。去年8月，共产国际命令共产党员加入国民党，今年1月指示留在国民党内是适宜的，共产国际执委会提纲第二条说，中国的中心任务是国民革命……张国焘对共产国际关于共产党人留在国民党内的解释错了。”
和张国焘一样，林育南也反对加入国民党的政策。
毛泽东在大会讨论中，支持了马林和共产国际加入国民党的策略。但他对国民党性质的分析，和马林、陈独秀不完全一样。他说：“在中国，资产阶级革命行不通。希望在中国实现国际合作，出现一个和平时期，那时资本主义发展将非常迅速，中国无产阶级人数也会大量增加。小资产阶级控制了国民党。我相信目前小资产阶级能够领导。这就是我们加入国民党的原因。”“小资产阶级控制了国民党”，这是这个时期，毛泽东对于国民党性质的看法。
6月20日，马林在大会闭幕后给季诺维也夫、布哈林、拉狄克写信，谈到湖南人（毛泽东等）支持了陈独秀的意见：“陈独秀的意见有一项在决议[起草]委员会受到攻击，对这一项作出决议时，陈独秀的意见以21票赞成16票反对获得通过。有10票是湖南的。[湖南]代表说，在中国不仅共产党，而且国民党也不可能建成群众性的政党。”
一方面，毛泽东接受了马林和共产国际的观点，支持加入国民党；另一方面，毛泽东说“国民党也不可能建成群众性的政党”，这是马林不同意的。这个观点，和邓中夏的意见也不同。邓中夏认为：“批评国民党轻视群众也是不对的，因为我们看到他们的党内也有群众。”
瞿秋白在大会上发言中，支持了加入国民党的政策。他说：“国民党的发展，并不意味着牺牲共产党，相反，共产党也得到了自身发展的机会……要么我们不许工人参加国民党，让国民党得到资产阶级、军阀给予的帮助从而日趋反动，要么我们领导无产阶级加入国民党，使后者具有革命性，哪种办法更好？”
马林很满意年轻的瞿秋白的发言，认为他是唯一真正懂得马克思主义理论的人。
经过争论，陈独秀、马林的观点占了上风。马林的目标是“必须使陈独秀的提纲获得多数，与共产国际执委会提纲是绝对一致的”，现在，他的目标实现了。为了陈独秀的提纲获得通过，马林事前曾和毛泽东、王荷波、邓培和王用章等交谈。但陈独秀、马林“一切工作归国民党”的观点被大会否决了。
对于中共三大上的激烈争论，毛泽东印象很深。1958年3月9日，他在成都会议上说：“我们党从建党到北伐这一时期，即一九二一年至一九二七年，虽有陈独秀机会主义的错误，但当时党的作风比较生动活泼。”