从历史视角看，农民权利缺失与近代产业革命和发展紧密相关。近代以来的产业革命导致现代制造业和现代城市的兴起，使此前一直作为社会经济的主导产业逐步被新兴制造业所替代，加之农业的生产方式、生产周期和自然条件限制等“先天”不足一直没有得到改善，农业地位下降的趋势一直延续，从而导致农村的人才和资金的严重流失。另外，农村与城市相比的交通不便、信息不灵、教育不便等因素导致农村社会化程度相对较低，并且，随着政治、经济和文化中心地位在城市的不断巩固和加强，加之国家优先发展工业的国策，以农民权利和农业的适度牺牲为代价就成了一个历史无法回避的选择，且这一现象长期存在。如工农“剪刀差”，工农业发展的特定历史是农民基本权利缺失的重要原因。
由于中国长期沿用计划经济时期实行的城乡隔离、城乡分治政策，人口流动受制度束缚，大量人口和工业生产力（主要是乡镇企业）散布在农村，既降低了经济活动的整体效益，又造成了中国城市化进程远落后于工业化进程的后果。城乡二元结构体制，使农民无论在教育、就业，还是社会保障和生活福利等方面与城市居民差别悬殊，身份等级差别人为地被强化，不但影响了中国现代公民意识的形成，而且极大地阻碍了中国经济发展的进程。改革开放以来，虽然农村经济取得了相当大的进步，但城市发展则快得多，城乡差别不但没有缩小，近年却有加大趋势。因此，要改变农民权利保障不足的现状，必须要从改变城乡二元结构体制着手。
（二）农民权利保障缺失的制度原因
二元社会结构是农民问题产生的制度原因。自从1958年实行城镇户口与农村户口的法定隔离制度后，中国公民被人为地划分为农民和市民两种身份，有差别地享有权利和承担义务，人权主体随即呈现二元结构。持“非农业”户口的市民，在住房、医疗、就业、教育、养老保险等方面享受着国家的种种优越待遇和从出生到死亡的全程保障，而农民则被排斥在保障之外。宪法所赋予的作为“公民”的农民应平等地享有的许多基本权利被制度性消解，农民事实上成为了“二等公民”。
面对现实，无庸讳言的是，政策上的偏差也是导致农民问题产生的主要根源。由于中国长期计划经济体制下实际实行“挖农补工”战略，即使在市场经济条件下，由于农业和工商业的生产力水平不同，农产品和工业品在交易的时候本身内部就隐含着剪刀差，所以，在看似平等交易下，“农”是必然要养“工”的，乡村必然是要“养”城市的，这一点短期内还无法取消。如果政策不能弥补这种客观上的不平等，对农民权利的损害也就更大。另一方面，政策上的重视还不能完全取代法律上的保护，对农民权利的保护从政策上升为国家法律的进程缓慢，力度不够。原则性较强的政策只有具体化为法律上的措施，才能够发挥其应有的作用。法律是对国家政策的系统化、规范化、具体化，具有一定的稳定性与连续性，并被赋予了国家强制力，而这些往往是国家政策所不具备的。只有将国家政策上升为法律，农民利益的保护才具有坚实的法律基础，农民才能通过法律手段保护自己的合法权益。要保护农民权益，必须在法律上赋予其相应的权利。
（三）农民权利保障缺失的现实原因
主要有三方面：一是农民自身及生活环境的原因。农民基于主观上的认识和客观上的文化、生产和生活方面的限制导致基本权利发生缺失。农民由于受教育水平普遍偏低、农村熟人社会和农民以解决生存权为首要任务的生存压力的境遇，使农民认识和维护基本权利的观念不强，维权的精力和实力也不够，从而导致其基本权利缺失。
二是以农民工就业歧视为突出表现的社会歧视导致农民工的许多基本权利被剥夺。许多城市和企业事业单位在农民工择业的范围、工资标准、劳动保障、居住问题等方面都实行歧视待遇，这些也导致农民基本权利缺失。
三是地方（特别是基层政府）公共权力的滥用直接侵害或剥夺了农民的基本权利。如在政治权利方面干涉农民的自治权；在经济权利方面干涉农民的自主经营权；财产权方面的强行拆迁和征用；在文化教育权利方面对农村文化教育事业的轻视等。这些原因中，公权力的不作为和乱作为是导致农民基本权利缺失的最主要原因。
由于农业实际地位的下降，导致了农村人才和资金的严重流失，影响了农民利益的满足和发展，从而造成农民文化水平低，民主意识淡薄，社会化程度低等问题。在现实生活中，农业被当作落后的产业而不受重视，农村被视为落后的区域而被忽视，农民在事实上被剥夺了许多公民应该享有的权利。长期弥漫着一种漠视农民权利，对农民、农业、农村前途的悲观主义情绪，并相互感染。例如，一般公众舆论认为：如果农民在义务教育、医疗保险、社会保障等方面马上享受与城市居民一样的待遇，国家不堪负担，国家不可能有如此大的投入。于是，许多人的想法是：在当前的情况下，只有暂时牺牲农民的一些权利，一切要慢慢来，不能操之过急。实际上，这主要是代表城市群体利益的观点，明显带有表面性和片面性。总之，农民实际地位的下降，确实是当代中国农民权利保障不足的现实根源。
四、提高农民公民权利保障水平是中国政治发展的归宿
人若无权利即无人格，因为“人在权利之中方具有精神的生存条件，并依靠权利保护精神的生存条件。若无权利，人将归于家畜。”梁慧星.为权利而斗争［M］.北京：中国法制出版社，2000年，第12页.所以，新农村建设首先要从根本上承认农民是一个完全人格的人、享有宪法和法律规定的基本权利的人、需要国家切实保障其基本权利的人。要尊重、确认和保障农民的基本权利，首先要落实宪法保护公民权的根本原则——平等原则及基本权利——平等权，再在此基础上重点保障农民的自治、经济和组织化方面的基本权利。解决农民问题，就是要真正赋予农民平等的经济权利、政治权利和社会权利。
（一）尊重农民的权利，使农民真正成为自由平等的权利主体
建设社会主义新农村的前提和终极目的是赋予农民平等的权利主体地位，提高农民全面而自由发展的能力。激活和实现这种能力的途径是理念上的彻底更新、制度上的积极行动和农民主体意识上的深刻自觉。薛锋.建设社会主义新农村的根本问题是农民权利问题［J］.学术论坛，2006（9）.
1.坚持以人为本的执政理念，尊重农民主体地位
以人为本，是中国共产党的执政理念，把以人为本的执政理念贯彻到“三农”工作中，就应坚持“以民为本”的理念，把广大农民的利益作为建设社会主义新农村的出发点和落脚点，充分尊重农民的主体地位，不断满足广大农民多方面的需求，促进农民全面自由的发展。具体地说，首先确立农民在社会主义新农村建设中的平等主体地位，消除对农民的歧视和不平等待遇，将宪法上的平等转化为具体制度中的平等，将法律文本上的平等转化为现实生活中的平等，使平等权、自由权、财产权和社会保障权真正为农民所享有。其次，尊重农民在社会主义新农村建设中的实践主体地位，让农民在实践中不断提升实践能力。在经济上尊重农民独立的生产经营自主权，让农民在激烈的市场竞争中不断提升理解市场、适应市场和把握市场的能力；在政治上尊重农民当家作主的权利，让农民在“自我管理、自我教育、自我服务”的实践中，不断提高“民主选举、民主决策、民主管理、民主监督”的能力；在文化上尊重农民对社会公共产品的共享权，不断提高农民的思想道德水平和科学文化素质。第三，保障农民在社会主义新农村建设中的受益主体地位，进一步完善土地制度，在已有的法律规定的基础上，建立农村土地所有权、使用权和经营权的有效制衡机制，并把“产权交易活动中的成本收益比较”作为衡量土地产权清晰程度的标
志，党国英.当前中国农村土地制度改革的现状与问题［J］.华中师范大学学报（人文社会科学版），2005（4）.
使农民成为农村土地收益的公平受益者。进一步深化税费制度改革，减轻农民的负担，赋予农民平等的赋税权，使农民成为自己劳动成果的最大受益者。进一步加大“工业反哺农业，城市支持农村”的力度，调整国民收入的分配结构，扩大公共财政覆盖农村的范围，加强政府对农村的公共服务，使农民成为经济社会发展成果的公正受益者。
2.政府治理中保障农民平等主体地位