德国在法、比、荷的胜利，不仅将英国的势力逐出了西欧，同时也大大地削弱了它在东南欧的影响。东南欧诸国在现代军备方面都很落后，因此竭力避免与这个欧洲大陆的头号军事强国发生冲突。
匈牙利、保加利亚、罗马尼亚等巴尔干国家间的紧张关系，因德意两国（没有苏联参加）于1940年8月30日在维也纳强行裁决而趋于缓和。这个裁决使罗马尼亚损失最大。尽管如此，它却寻求和德国建立更加亲密的关系。这是因为它清楚地认识到由于英国在欧洲大陆的势力已不复存在，德国便成了能保卫它的剩余领土和对付苏俄威胁的唯一强国。希特勒准备在一定程度上满足罗马尼亚的愿望，因为首先他对普洛耶什蒂油田感兴趣，德国继续作战的能力在很大程度上就是要依赖它。10月，汉森将军率领的德国军事代表团和斯派达尔将军率领的德国空军代表团抵达罗马尼亚。德国也急于探究罗马尼亚有无参加对苏作战的可能性。时下，这场战争已在德国的谋划之中。
正值德国在东欧进行活动之际，西欧的对英作战仍在激烈地进行，尽管那里令人沮丧的局势已使“海狮”计划推迟执行。
法国战败后，希特勒第一次参观巴黎。东南欧在经济上的重要性与德国自己的军事计划，使德国对保障东南欧的和平安全十分关切。意大利对此应该心有灵犀。尤其是它于9月13日开始进入埃及以来，现已在西迪巴腊尼陷入困境时更应如此。可是，墨索里尼非但不在地中海全力以赴对付已无力发动有取胜希望的进攻的英国人，反而转向希腊，并在10月28日入侵该国。墨索里尼之所以如此，一则是因德国在罗马尼亚所采取的措施激怒了他；二则是受其外交部长齐亚诺的怂恿，他预计会迅速取胜。众所周知，当时德国对意大利的行径大为震惊，极不愉快。对轴心国各自为政的战争努力早有许多批评，现在再去进行事后批评，实在是多费笔墨，但是有一条似乎可以肯定：即使全然不考虑希特勒和墨索里尼的个性与政治上的原因（比如，考虑墨索里尼在意大利的地位），仅就军事上的原因来说，当时也不可能将作战的重心移向地中海，成功地转移作战重心的一切必要条件均不具备。然而必须指出，有人一再劝说希特勒这样做，尤其是海军和陆军的顾问们（例如雷德尔海军元帅）更是如此，尽管德国海军在地中海的实力比其他任何地区都弱。
1940年11月12日，即莫洛托夫访问柏林的当天，希特勒签署了元首第十八号指令。指令明显地反映出盛行于1940年秋季那种对形势捉摸不定的看法。这是在德国空军对英作战失败，推迟执行“海狮”作战计划，以及巴尔干又出人意外地爆发了一场不受欢迎的战争之后。在这项指令中，希特勒认真考虑了对其主要敌人英国发动战争的每一种可能性，并审度了当时的整个欧洲局势：德法关系，说服法国参加对英作战的可能性，西班牙与葡萄牙对执行“菲利克斯”作战计划（德国提议向直布罗陀、加那利群岛和佛得角群岛发动进攻）的态度以及德国对意大利向埃及发动进攻所给与的援助。指令还注意到东南欧与东欧的形势。
希特勒预见到意大利和希腊冬季作战将会遇到重重困难，并意识到这将给英国在大陆上重新获得立足点提供机会。于是，他指示陆军总司令勃劳希契作好准备，“如有必要，便从保加利亚向希腊进攻，占领其爱琴海以北的领土。这样，便可为德国空军提供有效的作战基地，特别是可以对付威胁罗马尼亚油田的那些英国空军基地”。
鉴于希特勒还认识到土耳其的地位十分重要，“上述决定与其军事行动都是以使用约达10个师的兵力为前提的”。为了加速完成必要的部署，驻罗马尼亚的军事机构将尽快地得到加强。戈林也奉命加强驻罗马尼亚的空军机构，准备在巴尔干东南部部署德国空军部队，还将在保加利亚的南部边境建立一个空军情报告站。将影响到整个巴尔干作战尤其是克里特岛之战的苏联问题，是个大问题。指令在提及苏联这个问题时指出：“为了搞清苏联近期的态度，已经开始和苏联进行政治协商。无论这些协商的结果如何，有关东线作战准备的一切口头指示依然有效。同时，作战准备仍要继续进行。”
到11月中旬，意军在阿尔巴尼亚已被迫采取守势，而且很难守住阵地。德国的首次援助是提供了一支空运大队。但情况已很明显，还必须提供更多的援助。
1940年12月13日，希特勒签署了元首第20号指令。在指令中，他说明了德国准备进攻希腊（称“马丽他”作战计划）的作战要点。我们在这里提起它，只是因为它所强调的思想后来导致了对克里特岛的进攻。
这项指令一开始便指出，阿尔巴尼亚的日趋危险的局势使我们感到采取这一措施加倍重要，即应当阻止英国以巴尔干战线为掩护在那里建立空军基地。因为这些基地一旦建成就会威胁意大利，威胁罗马尼亚油田。德国进攻的首要目标是爱琴海沿岸地区和萨洛尼卡盆地。然而，也可能有必要经由拉里萨与科林思地峡发动进攻，进而占领整个希腊。德国空军的具体任务是“尽可能使用伞降和机降着陆夺取在希腊沿海诸岛上的英军基地”。
在进攻的目的全部达到之后，参战部队将撤退，“另有他用”。这一耐人寻味的措辞表明，这些作战行动与计划中的对苏作战具有直接联系。事实上，5天后，即12月18日，希特勒签署了元首第21号指令——“巴巴罗萨”对苏作战计划。
考虑到气候有利，原来计划于1941年3月进攻希腊。但是，进攻发起时间推迟了，首先是由于正在与保加利亚进行外交谈判，因为要到达希腊必须假道保加利亚；再者是由于南斯拉夫在3月26日至27日发生了政治动乱；最后是因为德军到4月6日才能开动，而且时间紧迫只能匆忙部署。要做好这些工作，时间又没有。因为对苏作战即将开始，而且作战计划已经坚定不移地执行了。但是，即便如此，还是不得不改变1941年5月15日进攻苏联的原订日期。新的进攻日期定在4周之后。
直到3月末，以空降作战夺取希腊沿海诸岛（即“马丽他”作战计划的一部分）的建议才进而变成占领利姆诺斯岛的实际措施。攻占基克拉季斯群岛只能在占领雅典周围地区之后。因为那里的地形对实施进攻非常困难。
1941年3月26日，作为准备的一项内容，德国空军命令聚斯曼特遣队与第7空军师的师部一同开往保加利亚。由聚斯曼中将指挥的特遣队包括第2加强伞兵团以及炮兵、高射炮兵、工兵和通信部队。这两支部队在保加利亚的任务是在第八空军的指挥下负责执行空降作战。
但是，驻保德国空军还需要支援越过希保边境向希腊军队与英国远征军发动强大的进攻的作战行动，这意味着它将无力实施伞降与空降登陆作战。结果这一行动只好推迟实施。
战争的进展使德国伞兵部队不必再去夺取利姆诺斯岛，但在1941年4月26日，第2伞兵团却携带重装备在科林思地峡空投成功。科林思运河上的桥梁被敌方的一颗炮弹碰巧起爆了炸药而炸毁。但德军很快又架起了一座急造桥。伞兵们俘获了900名英军和1450名希军，其中军官21名。己方仅死亡63人，伤158人，失踪16人。
希特勒在意大利那布勒斯检阅轴心国军队这次军事行动打开了伯罗奔尼撒半岛的大门，加速了克里特岛之战的进程，并保卫了康斯坦萨-博斯普鲁斯—科林思这条轴心国重要的海上通道，此外便是引人注目地使用了伞兵部队。这次使用伞兵的经验加上先前在荷兰、比利时的经验，也就指明了如何使用伞兵的指导原则。
在同希腊作战进行之际，德第11空军司令施图登特曾于4月20日亲自向戈林作过报告。还可以肯定的是，就在第2天，进而呈报希特勒后，“水星”作战计划终于决定，即从空中夺取克里特岛。
德军最高统帅部作战局一份研究报告表明这样一种观点，即在战争的现阶段，鉴于马耳他岛位于地中海中央，应在夺取克里特岛之前首先夺取马耳他岛。但那时对苏作战即将开始，希特勒的战略重点日益东移，因此，他的注意力更多地集中在巴尔干地区、东地中海、埃及和中东。他在指令中相当明确地指出，夺取克里特岛的目的是要把该岛作为对付东地中海英军的空军基地。
尽管第28号指令中没有明显地涉及到夺取克里特岛的战略企图，但我们可以推测出，在4月21日那次重要的会议上，施图登特将军向希特勒阐明的意见，与他在成功地夺取克里特岛之后作战报告中所强调的想法相同。他写道，必须占领克里特岛，因为夺取它是将英军逐出大陆后保卫轴心国的康斯坦萨—科林思—意大利这条至关重要的海上通道的唯一手段，也是为了保证希特勒得到罗马尼亚的石油供应（这是希特勒的长期忧虑所在）的唯一手段。克里特岛在德国人手中将有如下作用：（1）实际上等于把英国舰队驱逐出爱琴海；（2）标志着英国在东地中海的地位受到很大的削弱；（3）为德国空军攻击埃及，尤其是苏伊士运河，提供了一个有利的基地。
希特勒在命令中规定应于5月15日进攻克里特岛，由戈林负责指挥。空降登陆军担任主攻，由已进驻地中海地区空军基地的德国空军部队和在西线已享盛名的第22师实施支援。不过，该师不巧还驻在布加勒斯特地区，而且由于所有可用的运输机急需为实施进攻苏联的“巴巴罗萨”计划作准备，因此它不可能赶上参战。数日后，由林格尔将军指挥的第5加强山地师代替第22师进入希腊。
在整个“水星”作战计划的实施过程中，我们都可意识到希特勒对拟定的对苏作战有种焦虑不安和迫不及待的心情。他毫不掩饰地催促加速作战准备。他要求所有参战部队不要希望在现有兵力以外再增加部队。作战部队的空运行动决不能耽误“巴巴罗萨”作战部署。空降登陆军完成任务之后应立即撤出，“另有他用”。
由此可见，德军从一开始就面临着时间紧的问题，而且在整个作战过程中一直如此。这使德军不得不频繁地变更部署，造成了不幸的严重后果。其原因是对于伞降与机降作战来说，精确的选择时间是成功的关键。然而，巴尔干之战大败英军的胜利使德国战争决策者兴奋至极，他们信心十足地认为这次作战已胜利在望。