第二个杀的是胜保。胜保，字克斋，苏完瓜尔佳氏，满洲镶白旗人。道光举人。考授顺天府教授，迁赞善，升侍讲，擢祭酒，又升光禄寺卿、内阁学士。太平天国起义后，胜保一再同太平军作战，后又同捻军作战。曾招抚了接受太平天国封号的淮北团练头目苗沛霖和捻军首领李昭寿。并招抚了义军首领宋景诗。胜保是辛酉政变的积极参与者，是政变成功的武力后盾。为此，政变后慈禧对他委以重任。他由三四品京堂候补降职身份升为正二品的兵部左侍郎，由镶蓝旗汉军副都统升入上三旗的正黄旗满洲都统、正蓝旗护军统领，手中握有重兵。慈禧命他主持山东、安徽间的“剿捻”军务。可是，慈禧突然于同治元年（1862年）十一月传旨将他革职拿问，并于同治二年（1863年）七月十八日赐令自尽。
慈禧是杀胜保的最后决策者。胜保在辛酉政变中是立了大功的。那么，慈禧为什么恩将仇报，最后杀掉胜保呢？
历来有三种说法。一为杀人灭口说，二为打击奕说，三为剪除后患说。这三种说法，何者为是？我意以第三说为是。
杀人灭口说是黄浚提出的。他在1943年著的《花随人圣庵摭忆》中说：“观后来杀胜保时，保临刑云：有一言欲面后，而监者不许。度当谋诛端、肃之际，后党与胜保，必有何条件之勾结，殆可信也。”章士钊以黄浚之说为是：“胜保临刑，再三要求与后见一面，而西后不准。胜保旨在暴露秘计，而西后万无准法。此一钩心斗角之线索，可于字里行间得之。” 这个说法是不能成立的。主要是因为，一是“有一言欲面后”出处不明，二是这一言也许是祈求免其死罪，三是“暴露秘计”云云只是一种推测。总之，杀人灭口说缺乏事实根据。
打击奕说是萧一山提出的。他在《清代通史》里说：“其实胜保以党于恭王，有翼戴之功，肆无忌惮，挟制朝廷，罪萌骖乘，底死不悟。亦可见慈禧有杀鸡儆猴之意，并非全在其骄纵不法也。” 这里的“杀鸡儆猴”就是打击奕的意思。后来贾熟村又明确提出：“胜保之死的根本原因是他成了恭亲王奕的武装力量。慈禧与奕的明争暗斗愈演愈烈，胜保首当其冲，成了慈禧的眼中钉、肉中刺。慈禧决心予以拔除，胜保也就不得不死。” 其实这一说法也根据不足。因为没有明确的史料可以证明奕曾经回护过胜保，恰恰相反，现有的史料却证明奕也是主张杀掉胜保的。
我认为剪除后患说是符合实际的。胜保在同治元年六月授钦差大臣，督办陕西军务，镇压回民起义。这时，被他招抚的苗沛霖已戕官踞城，宋景诗亦反复背叛。在这种情况下，光禄寺卿潘祖荫、顺天府府丞卞宝第、御史丁绍周、华祝三等先后奏参胜保骄纵贪淫，冒饷纳贿，拥兵纵寇，欺罔贻误。慈禧便命钦差大臣科尔沁亲王僧格林沁及山西巡抚英桂、西安副都统德兴阿查实奏上。他们查实后入奏，认为奏参是属实的。慈禧震怒，上谕指示胜保种种罪状：“荒淫贪纵”，“任性骄纵，滥耗军饷”，“携妓随营”，“设局抽厘，便于肥己”，“讳败为胜，捏报大捷”，“收纳逆首陈玉成之妻为妾”，“优伶冒充亲军，按月提银三千两，以致各营兵勇，枵腹荷戈，叠经挫失” 。并传旨将胜保革职拿问。同时密召多隆阿率师至陕。传旨宣布胜保罪状，褫职逮京，交刑部治罪。
同治二年三月，慈禧命奕同军机大臣、大学士会同刑部审讯。胜保除携带姬妾随营一条承认外，其余各条概不承认。同时递上亲供及诉呈各一纸，反控参劾他的大员是诬告。慈禧十分恼怒，命发上谕道：“苗沛霖性情阴鸷，胜保极口保其无他，且擅调其练众入陕。今苗沛霖已戕官踞城，肆行背叛；宋景诗以反复降匪，经胜保代为捏报战功，保至参将，后又在陕拥众背叛。是今日苗宋二逆之糜饷劳师，皆胜保养痈贻患所致；而胜保之党护苗宋二逆，不得谓无挟制朝廷之意。” “挟制朝廷”是他被判死刑的最根本的原因。
同治二年七月十八日（1863年8月31日）因念其有战功，所以从宽令其自尽。
胜保因辛酉政变建功，不料竟“矜功恃宠，日即骄淫” 。这是他被杀的思想根源。而他以“拥兵养寇为自固之计”，更是为慈禧所不许。这是他被杀的策略根源。刘体仁说：“胜保颇有战绩，然拥兵养寇为自固之计，与汉唐季世将帅同一恶习。幸当中兴之世，湘淮子弟，材勇辈出，又皆儒臣统兵，为之表率，益形末路。旗营之劣而无以逞其奸，遂为士夫所不齿。” 事实正是如此。曾国藩、李鸿章、胡林翼等汉人统带的湘军和淮军惟慈禧之命是从，不敢越雷池一步。只怕功高盖主，带来杀身之祸。胜保反其道而行之，哪有不被杀头之理。
慈禧所担心的是胜保的不臣之心。河南巡抚严树森奏：“回捻癣疥之患，粤寇亦不过肢体之患，惟胜保为腹心大患，观其平日奏章，不臣之心，已可概见。至其冒功侵饷，渔色害民，犹其余事。” 这话正说到了慈禧的心里。把回捻视为癣疥之患，粤寇视为肢体之患，惟独认为胜保是腹心之患，可见处决胜保是势在必行了。其实慈禧对胜保还是一忍再忍的，这也是顾及了他的拥戴之功。但胜保却不自量力，一意孤行，最后终至被杀。李慈铭也感到慈禧对胜保是忍让太过了。他说：“使在世宗、高宗之朝，自其入豫入皖之后，虽十胜保已西市矣。”这话不假。
杀胜保后，慈禧仍然实行不事株连的政策。慈禧下令，于同治元年十二月十一日（1863年1月29日）将在胜保家及其门人丁祥家查抄到的书信，命恭亲王奕及军机大臣在军机处公同监视焚毁。 这就安定了人心，稳定了大局。
太平军起义以来，在太平军的急风暴雨般的打击之下，整个封建地主阶级惊慌失措。他们见太平军，如风声鹤唳。有的骄惰成风，各分畛域；有的近在咫尺，不相救援；有的迁延观望，贻误事机；有的擅离任所，规避不前。甚至形成了一股逃跑风。上述积弊，如不整饬，便会危及地主阶级的最高政权。
咸丰十一年一月十七日（1861年12月18日）慈禧上台不久便发出上谕：“各路统兵大臣及封疆大吏，往往骄惰成风，各分畛域，动以驱贼出境，击贼回巢为能，甚至邻近府县不相救援，督抚只顾省城，不顾外郡，以致此路肃清，彼路失陷，伊于胡底？” 并提出如再发生此事，“必重治其罪，决不宽贷”。但是，这股逃跑风并没有刹住。为此，慈禧决心拿一二品大员开刀，从而整饬吏治，严肃官常。
慈禧及奕紧密配合，于1862年12月21日杀何桂清，于1863年8月31日斩胜保，半年多连斩两位大臣，使整个官僚阶层十分震惊。看起来，在一年前发布的上谕不是一纸空文，而是关系身家性命的最高指令，不得不认真对待了。继杀载垣、端华、肃顺之后，又杀何桂清、胜保，而胜保又是有功之臣，这就使得整个统治集团更加领略了慈禧的铁血手腕。刘体仁说：“军政为之一肃。” 这是实情。
萧一山说：“咸同之交，各省疆吏，领兵大臣，往往依恃军符，贪庸骄蹇。其植党甚众，盗名甚工，朝廷始亦为所蒙蔽，迨罪状昭著，卒以此败。就其最著者言，汉人中莫若何桂清，满人中莫若胜保。” 慈禧斩何桂清和胜保还是有眼力的。
对于杀何桂清和胜保，萧一山给以肯定评价：“清廷能于危疑震撼之时，诛何桂清、胜保二大臣，足见其法纪尚未全坠，故可支撑至数十年耳。”
在杀胜保的问题上，慈禧与奕看法是一致的，行动是配合的，没有分离的迹象。有的学者认为，慈禧杀胜保是为了削弱奕的势力，似嫌证据不足。
第四、信任汉人
为消灭太平天国起义军，为挽救风雨飘摇中的封建政权，在信任重用汉人方面，慈禧实行的是没有肃顺的肃顺政策。
肃顺主张重用汉臣。咸丰帝虽然采纳了肃顺的建议，但对汉人仍然有所疑忌。湘军的建立，咸丰帝亦喜亦忧。喜的是他有了一支可以利用的武装力量了。忧的是湘军无论官兵全是一色的汉人，是曾国藩的私人军队。所以，咸丰帝对曾国藩是既利用，又牵制。他特意任命满洲贵族官文为湖广总督、钦差大臣，总揽长江中游的一切军政大权，以控制曾国藩。
咸丰帝虽然利用曾国藩，但又不敢给曾国藩以更大的事权。如咸丰四年（1854年）九月曾国藩攻克武昌后，咸丰帝不得不赏给他二品顶戴，署湖北巡抚，并赏戴花翎。但还没等曾国藩按惯例辞呈到，咸丰帝便迫不及待地发下免职令：“朕料汝必辞……故已降旨令汝毋庸署湖北巡抚，赏给兵部侍郎衔。” 免去了封疆大吏的署湖北巡抚职，只给了一个没有任何实权的兵部侍郎空头衔。
由于曾国藩战功卓著，忠心耿耿，直到咸丰十年四月，才不得已命曾国藩先行赏加兵部尚书衔，署理两江总督。六月，实授两江总督，以钦差大臣督办江南军务。七月，命皖南军务统归曾国藩督办。 比前大有好转。
然而，对曾国藩真正给以更大的军政实权的是慈禧。咸丰帝死，两宫太后垂帘听政，慈禧实握其权。慈禧对曾国藩加太子少保衔，命其统辖江苏、安徽、江西、浙江四省军务，巡抚、提、镇以下悉归节制。国藩力辞，慈禧不允。曾国藩在当时是有名的理学家和桐城派古文家，熟知中国历史掌故。他怕“威权太重，恐开斯世争权竞势之风，兼防他日外重内轻之渐”。但慈禧则明确表示：“我两宫皇太后孜孜求治，南望增忧，若非曾国藩之悃忱真挚，岂能轻假事权？”表明了对曾国藩是很信任的。
慈禧又根据曾国藩的建议，在统筹规划、全盘考虑的基础上，于咸丰十一年十二月二十四日（1862年1月23日）作了新的人事调整，以利战局：“以太常寺卿左宗棠为浙江巡抚，改安徽巡抚彭玉麟为水师提督，调湖北巡抚李续宜为安徽巡抚，河南巡抚严树森为湖北巡抚，以河南布政使郑元善为巡抚，擢候补道张曜为布政使。” 这进一步说明慈禧对曾国藩言听计从，放手使用。
同治元年正月，慈禧又命曾国藩以两江总督兼任协办大学士，更加信用曾国藩。他一再表示惶恐，并奏言：“金陵未克之前，不再加恩于臣家。”对于慈禧让他举荐大臣，他更是受宠若惊，表示不敢接受：“疆臣既有征伐之权，不可更分黜陟之柄。风气一开，流弊甚长。” 处处表明自己淡于权势的心迹，生怕招致怀疑嫉忌。
曾国藩备受信任，取得了前敌最高指挥权。他全盘规划，作了新的战略部署，以图一举歼灭太平军。他坐镇安庆，以安庆为指挥中心，然后命曾国荃攻天京，左宗棠攻杭州，李鸿章攻苏州，彭玉麟攻长江下游。大江以北，多隆阿攻卢州，李续宜援颍州；大江以南，鲍超攻宁国，运兰防徽州。部署完毕，曾国藩便发起了以攻天京为中心的疯狂激战。由于天京吃紧，李秀成从苏州来援，李世贤从杭州来援，苏杭空虚。李鸿章乘机攻克苏州，左宗棠顺利攻克杭州。天京孤立无援，被曾国荃攻下。太平天国首都天京沦陷，起义失败了。
慈禧发下上谕，给以嘉奖：
曾国藩著加太子太保衔，赐封一等侯爵，世袭罔替，并赏戴双眼花翎。浙江巡抚曾国荃加太子少保衔，赐封一等伯爵，并赏戴双眼花翎。
后来慈禧又命曾国藩去剿杀捻军。捻军是另一支农民起义军。他们“有众数十万，马数万”，驰骋在数千里之内。僧格林沁征讨多年，没有获得成功。清史稿记道：“国藩闻僧军轻骑追贼，一日夜三百余里，曰：‘此于兵法，必蹶上将军。’未几而王果战殁曹州。” 慈禧甚为吃惊，急忙命曾国藩去山东剿捻。关于剿捻，曾国藩提出了与科尔沁亲王僧格林沁完全相反的战略思想：“扼要驻军临海关、周家口、济宁、徐州，为四镇。一处有急，三处往援。今贼已成流寇，若贼流而我与之俱流，必致疲于奔命。故臣坚持初议，以有定之兵，制无定之寇，重迎剿，不重尾追。” 他又提出了筑长墙、开壕堑的战法，终于剿杀了捻军。“凡防河之策，皆国藩本谋也。”由此，慈禧对他欲加倚任，同治六年（1867年）六月，授大学士，仍任两江总督。七月，授体仁阁大学士。七年四月，授武英殿大学士，七月调任直隶总督。十二月入觐，赐紫禁城骑马。
慈禧重用信任曾国藩及其一批汉臣，对挽救摇摇欲坠的封建地主阶级统治起了关键性作用。《清鉴》说：“听政之初，军事方亟。两宫仍师用肃顺等专任汉人策。内则以文祥、倭仁、沈桂芬等为相，外则以曾国藩、左宗棠、李鸿章等为将。自军政吏治，黜陟赏罚，无不谘询。故卒能削平大乱，开一代中兴之局。” 这话是有道理的。
《慈禧外纪》说：“曾国藩之名，妇孺皆知而称之。然其所以能成此事业者，实慈禧知人善任，明于赏罚而有拔识之。当无事之时，盈廷济济，而独赏鉴于言行之表，尤非具卓识者不能。曾国藩之才能及其忠诚，太后信任极深，故卒能成其功也。除荣禄外，中外大官，无若曾国藩得圣眷之隆者。” 这段分析是比较中肯的。
第五、降诏求言
辛酉政变后第三天，即咸丰十一年十月初二日（1861年11月4日），慈禧即以小皇帝同治的名义颁旨求言。谕旨先是指出了近年来“一二奸邪乘间肆其蒙蔽，以致盈廷缄默，建议寥寥，言路久为闭塞，公论弗伸” 的不正常现象，接着从正面申明广开言路、鼓励直陈的重要性。上谕说：
朕以冲人，未堪多年，重赖两宫皇太后万机日理，王、大臣等黾勉翼为，何敢不博采谠言，虚公揽纳，期以施行措正，上理日臻。矧当各省军务未竣，民生多蹙，凡为臣子均当竭诚抒悃之时，岂宜丑正恶直，苟安缄默。用特通谕中外臣工、九卿、科、道有奏事之责者，于用人行政一切事宜，皆得据实直陈，封章密奏。务期各抒所见。毋以空言塞责，以副朕侧席求言之至意。钦此。
这道谕旨表明慈禧力求尽快摆脱困境的迫切心情。
十月初六日（11月8日）对载垣、端华、肃顺等八大臣分别治罪，次日慈禧又以同治帝名义发一上谕，告诫王公大臣应以载垣等为戒，力除积习，以期振作。“倘敢纳贿招权，营私舞弊，以致蠹国病民，则法律者，朕受之列祖、列宗，与天下臣民共之，何敢稍有枉纵，以拂众情。” 并且又再次重申：“嗣后倘有如载垣等专擅不臣者，尔王、大臣等以及科、道即行据实参奏，朕立予治罪，并奖励敢言，以彰直谏。”这里的“奖励敢言，以彰直谏”仍然是要听取各方面意见的意思。
十月初八日（11月10日）恭亲王奕根据慈禧的两道谕旨，结合自己的认识，上了一道《沥陈微忱请饬臣工于用人行政各抒所见折》，强调以后在朝廷用人方面应广泛听取各方面意见，“以求折衷于至当”，以免造成不应有的失误。
同一天，慈禧就以奕奏折的主题为中心内容发一上谕，说明奕的建议极为重要，要求各方面予以照办。其中说道：“前经降旨，诏求直言，兹特再行申谕中外大小臣工，嗣后于朝廷用人行政各有所见务当切实直陈，毋得稍存畏匿隐忍之见。我两宫皇太后方询刍荛，以求治理。即恭亲王奕正欲与诸臣精白一心，同襄郅治，亦得虚衷参酌，尽其多方延揽之诚。尔诸臣其书思纳诲，陈善避邪，竭尔股肱耳目，劻予心膂，毋负谆谆申命，爰咨爰度之怀，朕实有厚望焉。”
从十月初二日到十月初八日，仅仅七天，慈禧竟连降三道谕旨，恳挚求言，说明年轻的慈禧在初握政柄时是想干一番事业的。