七月十六日（8月27日）恭亲王奕、醇亲王奕等上“敬陈先列请皇上及时定志用济艰危折”。他们首先肯定了两宫太后垂帘听政的11年是成功的，“内外协力，共济时艰”，才使得天下平定。但是接着指出自同治帝亲政的一年多，“渐有懈弛情形”。查找原因，是因为“视朝太晏，工作太烦，谏诤建白未蒙讨论施行，度支告匮，犹复传用不已”。这里的“工作太烦”指的就是圆明园工程上马后搅得百姓殆无宁日。说明后果是严重的：“以是鲠直者志气沮丧，庸懦者尸位保荣，颓靡之风日甚一日。”然后提出六点建议，即畏天命、遵祖制、慎言动、讷谏章、勤学问、重库款。并指出：“近来内廷工作络绎不休，用款浩繁，内务府每向户部借款支发，以有数之钱粮安能供无厌之需求？”从而表示了对修复工程的极端的不满。进而请求：“厥皇上将臣等所奏在两宫皇太后前委宛上陈。若钦奉懿旨，将园工即行停止，则两宫皇太后之圣德与皇上之孝思，皆超越千古矣。”
奕等上报奏折后，怕同治帝根本不拆阅，或留中不发，便请求召见。同治帝不允。奕等再三请见，同治帝不得不在接到奏折的第三天召见。果然没有拆阅。看了数行后便不耐烦地说：“我停工何如？尔等尚有何哓舌？”奕答道：“臣某所奏尚多，不止停工一事，容臣宣诵。”接着便将奏折中所陈六条逐项讲读，反复陈说。同治帝听罢大怒，吼道：“此位让尔何如？”军机大臣文祥听到这句不讲理的话，“伏地一恸，喘息几绝”，被扶了下去。醇亲王奕也边哭边谏，说到皇帝“微行”一条，同治帝不服，固执地追问是谁说的，要追究传闻者的责任。奕“指实时地，乃弗然语塞”。最后同治帝说，园工不能马上停止，“为承太后欢，故不敢自擅，但允为转奏”。
同治帝不敢突然停止园工，“实有其不得已之苦衷，盖重修圆明园，原为太后之意。如真停工，亦必得太后同意。然孰敢直陈于太后之前”？但是总师傅李鸿藻却犯颜直陈于两宫皇太后。此折为李宗侗、刘凤翰先生发现。奏入时间不详，大约在七月二十一日至二十五日之间，也许就在二十五日。他最后说：“臣等以为与其徒敛众怨，徒伤国体，于事万难有成，不如及早停工，以安天下之人心乎？伏愿皇太后明降懿旨，停止园工，则皇太后之威德，皇上之孝思，均超越千古矣。” 这是关于停止园工的唯一的给两宫太后的奏折。这道奏折是起了作用的。
但是在慈禧表态前，同治帝仍然没有停止园工。七月二十一日竟又去阅视园工。
七月二十八日（9月8日）同治帝召见醇王，恰逢醇王赴南苑试验大炮，于是就召见恭王，追问微行一事到底是谁说的。奕无奈，只得答道：“臣子载澄。”因为载澄曾陪同治帝出宫游玩过。同治帝的隐私被彻底揭露，大为震怒。
这时的同治帝已失去了理智，一味寻求报复。二十九日辰刻召见诸大臣，“以恭亲王无人臣礼，当重处”，于是朱笔革去恭亲王所任军机大臣及一切差使，降为不入八分辅国公 ，交宗人府严议。并将所革差使，分简诸王大臣。午刻，又召见王大臣及弘德殿师傅翁同龢。同治帝反咬一口，责问诸臣园工之事为什么不早奏，又责问翁同龢为什么根本不奏。翁同龢奏道：“今日事须有归宿，请圣意先定，诸臣始得承旨。”同治帝说：“待十年或二十年后，四海平定，库项充裕，园工可许再举乎?”诸王大臣急忙答道：“如天之福，彼时必当兴修！”但作为交换条件，圆明园工程暂停，三海要修。同治帝为自己找了个台阶。
军机大臣等退下后到军机处拟旨。递上之后，同治帝不满意，留中不发。晚申初亲笔朱谕一道封下，交文祥等四人，即革除恭王及其子载澄的爵位。文祥等不接旨，请求召见，以图转圜，不许。递上奏片，请求修改原谕，也不许。最后文祥等递上奏片：“今日仓促，散值，明日再见。”申初二刻，停止园工诏书发下。
七月三十日（9月10日）同治帝发下朱谕：“传谕在廷诸王大臣等，朕自去岁正月二十六日亲政以来，每逢召对恭亲王时，语言之间，诸多失仪。著加恩改为革去亲王世袭罔替，降为郡王，仍在军机大臣上行走，并载澄革去贝勒郡王衔，以示惩儆。”一夜之间，从把奕降为不入八分辅国公改为降为郡王，从革去一切差使改为在军机大臣上行走。也许是稍微冷静后所做出的决定，也许是军机大臣的劝谏起了作用。
这还不算完，同治帝又颁谕尽革十位王大臣职。这十人是惇王、恭王、醇王、伯王、景寿、奕劻、文祥、宝鋆、沈桂芬、李鸿藻。罪名是“朋比谋为不轨”。这简直近于胡闹了。
两宫皇太后闻听以上信息，急忙来到弘德殿，流着眼泪安慰恭亲王说：“十年以来，无恭王何以有今日，皇帝少未更事，昨谕着即撤销！”事实上，同治帝惩处奕的上谕让慈禧扣下，留中未发。
八月一日（9月11日）两宫太后懿旨，赏还恭亲王及其子载澄爵秩。是日慈禧以同治帝名义发出上谕：“朕奉慈安端裕康庆皇太后、慈禧端佑康颐皇太后懿旨：皇帝昨经降旨，将恭亲王革去亲王世袭罔替，降为郡王，并载澄革去贝勒郡王衔。在恭亲王于召对时，言语失仪，原属咎有应得。惟念该亲王自辅政以来，不无劳勋足录，加恩赏还亲王世袭罔替、载澄贝勒郡王衔。该亲王当仰体朝廷训诫之意，嗣后益加勤慎，宏济艰难，用副委仁。”
同一天，发下了停止园工的上谕。其谕云：“前降旨，令总管内务府大臣将圆明园工程择要兴修，嗣朕以经费支绌，深恐有累民生，已特降谕旨，将圆明园一切工程即行停止。并令该管大臣查勘三海地方，量加修理，为朕恭奉两宫皇太后驻跸之所。惟现在时值艰难，何忍重劳民力，所有三海工程，该管大臣务当核实勘估，力杜浮冒，以昭撙节而恤民艰。”
由于慈禧的出面干预，一场修园风波很快便平息了。慈禧在归政同治帝后，其固有的享乐思想恶性发展，因此立意修园。但她又不直接出面，而是躲在后台，极力怂恿同治帝修园。直到闹得满朝王大臣群起反对，她才走到前台充当正面角色。但应该说，她总算没有一意孤行，而是采纳了王大臣的建白。
圆明园工程停工不久，同治帝便病倒了。
第四、同治病逝
圆明园工程停止了，但以兴修三海为交换条件。同治帝便把兴趣转移到三海工程上去。八月十八、十九两日，他莅临南北海，流连忘返，兴致甚高，至晚膳后始还宫。
以后，他的活动也很多。同治帝每天早晨要到钟粹宫问慈安太后安，到长春宫问慈禧太后安。初一、十五还要陪慈安、慈禧到漱芳斋午膳。八月二十七日，他到南苑去玩，并驻跸于此。二十八日，阅御前王大臣、乾清门侍卫等马射。二十九日，行围打猎。九月初一，到晾鹰台撒围。初二日，又到晾鹰台，阅神机营兵。初三日，阅王大臣、侍卫等马射。 十月四日到箭亭，阅中式武举技勇。后到乾清宫，引见中式武举。十月五日，到太和殿，颁谕赐张风鸣等人为武进士等。七日，同治帝率亲藩到慈宁门内恭迎慈禧太后御慈宁宫。慈禧升座，同治帝侍宴。奉两宫太后到漱芳斋侍午膳。八日，又奉两宫太后到宁寿宫，侍午膳。九日奉两宫太后到宁寿宫侍午膳。十月十日是慈禧太后四旬圣寿节，同治帝率王以下文武大臣、蒙古王、贝勒、贝子、额驸等诣慈宁门行庆贺礼 ，宣读贺表，众官于午门外行礼。十一日奉两宫太后幸宁寿宫，侍午膳。他在十月三十日病倒之前一直忙碌得很，如果精力不充沛，是无法完成这么大的工作量的。
二十日之后，同治帝身体发生了变化。二十日懋勤殿传旨自本月二十日至十一月初一日同治帝都不上课。二十一日同治帝到西苑游玩受凉。自此，病一直未好。“连日圣体违和，预备召见者皆撤。” 十月三十日于养心殿召见军机大臣。同治帝病虽较重，但仍治事如常，命军机大臣李鸿藻代批答章奏。这说明病情发展较快，已不能亲自阅批奏折了。传出的消息是“发疹”，即得了天花。
十一月初一日，外间得到确切消息，“知圣体发疹向安”。初二日以后，为了贺“天花之喜”，要求在12天之内大臣上奏章折用黄面红里，穿花衣补褂，供娘娘，递如意，以红绢悬于当胸。并请太医院御医李德立、庄守和诊治。
十一月初五日同治帝谕旨，满文的奏折，由恭亲王奕代为批阅。“惇亲王奕等议奏，圣躬正宜调摄，每日批折，仍遵前旨，暂由李鸿藻敬缮。批答清文折件，并暂由奕等敬缮。从之。”
慈禧对同治帝的一言一行都是十分注意的。如果同治帝不出宫，她们母子几乎是天天见面并在一起进早膳的。而且也有太监向慈禧报告同治帝的行动。同治帝自从上月二十日着凉发病后，一直带病视事，但是没有接见大臣。而自十一月初一日至初五日，同治帝把阅折权和批折权完全交给了李鸿藻和奕，一时出现了权力真空。这对一个国家是最危险的。同治帝的病看起来不是短期内能治好的。在这种情况下，政治经验十分丰富的慈禧不能再在后台。她不能坐视大权旁落。她要走到前台来，由她来重新掌握最高的皇权。
经过精心准备，十一月初八日，慈禧一手导演的戏出台了。两宫皇太后在同治帝御榻前召见军机大臣和御前大臣。《翁同龢日记》记道：“巳正叫起，先至养心殿东暖阁。先于中间供佛处向上三叩首，入见又三叩首。两宫皇太后俱在御榻上持烛，令诸臣上前瞻仰，上舒臂令观，微语曰：‘谁来此伏见？’天颜温睟，偃卧向外，花极稠密，目光微露。” 这是第一次召见。两宫太后有目的地让军机大臣和御前大臣细看在御榻上的同治帝。同治帝伸出胳膊，让大家看。大臣们目睹后得出的结论是同治帝的病不是短期内可以治愈的。
《翁同龢日记》接着写道：“瞻仰毕，略奏数语皆退。旋传再入。皇太后御中间宝座，南向。宣谕数日来圣心焦虑，论及奏折等事，裁决披览，上既未能恭亲，尔等当思办法，当有公论。又谕及上体向安，必寻娱乐，若偶以丝竹陶写，诸臣谅无论议。此大略也。诸王跪向前，有语宫闱琐事，惇亲王奏对失体，颇蒙诘责，诸臣伏地叩头而已。反复数百言。皇太后调护过勤，焦忧过甚，不免流涕，前后凡四刻退。未退时诸王奏言，圣恭正值喜事，一切奏章及必应请旨之事，拟请两宫太后权时训谕，俾有遵循。命诸臣具折奏请。退后同至枢廷拟折稿。” 这是第二次召见。这次召见只剩两宫太后了。慈禧说，目前当务之急是折奏的 “裁决披览”，同治帝已不能亲自裁决，你们“当思办法，当有公论”。这是慈禧在暗示他们劝谏两宫亲理政务。王大臣们明白了慈禧的本意，在退下前奏请两宫皇太后“权时训谕”。这就完全明朗化了。慈禧干脆命诸臣写折奏请。大臣们退下后根据慈禧的意思草拟折稿，并说明两宫应立刻垂帘听政，来年二月一日再由同治帝亲理政务。
还没等散，两宫太后又第三次召见。《翁同龢日记》写道：“甫散又传再见，趋入，待齐入见于西暖阁，皇太后谕，此事体大，尔等当先奏明皇帝，不可径请。”本来这场戏是由慈禧一手导演的。但为了演得逼真，使人看不出破绽，命王大臣们直接奏报同治帝，不要把奏折直接送给她。
十一月九日，两宫皇太后再次召见军机大臣和御前大臣。这次接见情形，《翁同龢日记》记载颇详：“辰初一刻又叫起，与军机、御前同入。上起坐，气色皆盛，头面皆灌浆饱满，声音有力。皇太后亦同在御榻。上首谕恭亲王：‘吾语无多，天下事不可一日稍懈，拟求太后代阅折报一切折件，俟百日之喜，余即照常好生办事。’并谕恭亲王当敬事如一，不得蹈去年故习，语简而厉。太后谕略如昨，并言昨西暖阁一起乃出臣工之请，本恐烦皇帝心虑，故未告知，今当诸王大臣即告皇帝勿烦急，已允诸臣所请矣。上举臂以示，颗粒极足，不胜喜跃而退。” 同治帝明白宣谕“求太后代阅折报一切折件”，而皇太后在一番忸怩作态后表示“已允诸臣所请矣”，这时同治帝“不胜喜跃而退”。这就说明了慈禧堂而皇之地取得了阅折批折权。
阅折批折权是皇权的集中体现。从十一月一日至八日同治帝先是把这个权力交给了李鸿藻，后是交给李鸿藻和奕，这是两宫太后，尤其是慈禧所不能容忍的。她略施小计，便轻而易举地取得这个权力，从后台走到了前台。当然，同治帝当政时，慈禧便掌握着实权，但那是后台操纵，而现在是直接行使了。
同治帝对他的病情是心中无数的，不知道凶险的病菌正在一步一步地夺走他的生命，仍盼望着病好后重新掌权。
十一月初十日，同治帝正式颁发上谕：“朕于本月遇有天花之喜，经惇亲王等合词吁恳，静心调摄。朕思万几至重，何敢稍耽安逸，惟朕躬现在尚难耐劳，自应俯从所请。但恐诸事无所禀承，深虞旷误，再三吁恳两宫皇太后俯念朕躬正资调养，所有内外各衙门陈奏事件，呈请披览裁定，仰荷慈怀曲体，俯允权宜办理，朕心实深感幸。将此通谕中外知之。”
同治帝的这个上谕明确地表明他把最高的皇权交给了两宫太后，实则是交给了慈禧太后。
经过几天准备，十一月十五日慈禧连发五道懿旨。
第一道是把同治帝的慧妃、瑜嫔、珣嫔和贵人西林觉罗氏各升一级。
第二道是给王公大臣加俸晋级。懿旨如下：“皇帝于本月遇有天花之喜，仰赖苍穹默佑，诸臻康吉，中外同欢，允宜普沛恩纶，优加赏赍。内廷行走惇亲王奕著赏食亲王双俸，恭亲王奕前经赏食亲王双俸，著再赏加亲王俸一分。醇亲王奕著赏食亲王双俸。孚郡王奕、惠郡王奕详均著赏食亲王俸。郡王衔贝勒载治、载澄均著赏食郡王俸。贝子衔奉恩镇国公奕谟著赏食贝子俸。御前大臣科尔沁博多勒噶台亲王伯彦讷谟祜著赏食蒙古亲王双俸。郡王衔贝勒奕劻著赏食郡王俸。固伦额驸公景寿著赏食贝子俸。御前行走贝勒载漪、贝勒载滢均著赏食郡王俸。御前行走奉恩辅国公载濂著赏食奉恩镇国公俸。头品顶带载沣著赏食辅国公俸。御前行走贝勒那尔苏著赏食蒙古郡王俸。” 懿旨还赏赐了军机大臣、内务府大臣、弘德殿行走、南书房行走等。
第三道是对监禁人犯根据案情轻重酌量减刑发落。
十一月十六日又连发两道懿旨。第一道是把道光帝的妃子彤妃等各晋一级。第二道是把咸丰帝的妃子丽皇贵妃等各晋一级。
两天连发五道懿旨，其目的，与其说是为了治愈同治帝的天花，毋宁说是慈禧为了笼络人心而采取的一个手段。
同治帝的病在前10天，好像有所好转。翁同龢在初十日记道：“上今日脉气更好，见昨酉方，用枣仁、远志，少寐故也。见起居单，歇着时却不多，而饮食亦不少，（元宝汤进六碗，一昼夜九碗，又老米粥一碗。）可庆也。” 此后同治帝的病便趋于恶化。到了二十日，“腰间肿痛作痈流脓（仍有筋挛）。项脖臂膝皆有溃烂处”。二十三日，“脉息皆弱而无力，腰间肿处两孔皆流浓（亦流腥水。），而根盘甚大，内溃则不可言，意甚为难”。二十七日，“看昨方，按云脉滑缓无力，惟肾愈流注，脓汁虽稍见稠，而每日流至一荼盅有余，恐伤元气云云”。“起坐时少，流汁极多，殊委顿也”。以后据《翁同龢日记》记载，其间曾请一位治外症的民间名医89岁的祁仲来诊治，此人是荣禄推荐的。治疗过程翁同龢记道：