慈禧同意变法，但这时却出现了意外，即恭亲王奕的病逝。暮年的奕对变法持慎重的态度。“诉持祖宗旧制不可尽更，新进之士不可遽用，帝亦听之。” 由于奕的特殊地位，慈禧亦让其三分。但奕更多的是约束光绪帝。光绪帝要召见康有为，亦为奕谏阻，“不能行其志” 。奕于四月十日（5月29日）病卒。这就为光绪帝实行变法提供了方便。奕“上及太后皆严惮之，亦多赖其调和。王死，而翁同龢独持朝政，两宫之声气始隔矣” 。奕之死，使得慈禧与光绪帝之间失去了另一个重要的中间调解人。这就使他们之间的矛盾更为激化了。
既然得到慈禧首肯，光绪帝便着手实行变法。在中央，他依靠的是主张变法的翁同龢。光绪帝经常单独召见翁同龢，一起商讨变法事宜。这就引起守旧派大臣的嫉恨。他们群起而攻之，恶人先告状，到慈禧面前告翁同龢，说“一切只有翁同龢能承皇上意旨”。慈禧咬牙切齿地答道：“俟到时候，我自有办法。” 暗下决心除掉翁同龢。
光绪帝加快了变法的步伐。
四月十三日（6月1日）御史杨深秀奏，请定国是。四月十八日（6月6日）杨深秀奏，请告天祖，誓群臣以变法。这个奏折是康有为代拟的。四月二十日（6月8日）侍读学士徐致靖奏，外患已深，请速定国是。在臣下的一再请求下，光绪帝命翁同龢拟旨明发。四月二十三日（6月11日）是一个重要的日子。这一天光绪帝发布谕旨，明定国是，变法自强。四月二十五日光绪帝命工部主事康有为于本月二十八日预备召见。
与此同时，慈禧同荣禄密谋胁迫光绪帝于二十七日连发四道谕旨。
第一道谕旨是罢免翁同龢。谕旨：“协办大学士户部尚书翁同龢近来办事多未允协，以致众论不服，屡经有人参奏。且每于召对时，谘询事件，任意可否，喜怒见于词色，渐露揽权狂悖情状，断难胜枢机之任。本应查明究办，予以重惩。姑念其在毓庆宫行走有年，不忍遽加严谴。翁同龢著即开缺回籍，以示保全。” 翁同龢时任协办大学士、军机大臣、总理大臣、户部尚书并会办军务，最为光绪帝宠信。光绪帝事前并不知道慈禧要罢免翁同龢，慈禧完全是突然袭击，令光绪帝措手不及。据说“皇上奉此谕后，惊魂万里，涕泪千行，竟日不食，左右近臣告人曰：‘可笑皇上必叫老翁下镇物了’”。 这一天恰好是翁同龢的生日，情绪颇佳，“喜而不寐”，突聆宣诏，真如五雷轰顶。第二天，翁同龢到得宫门同光绪帝告别，“在道右碰头，上回顾无言，臣亦黯然如梦” 。光绪帝竟然没敢召见翁同龢。就这样，光绪帝在大臣中最亲密的助手被削掉了。
第二道谕旨是重申收回二品以上大臣的任命权。谕曰：“嗣后在廷臣工，仰蒙慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后赏项及补授文武一品暨满汉侍郎，均著于具折后，恭诣皇太后前谢恩。各省将军都统督抚提督等官，亦一体具折奏谢。” 谁任命的向谁谢恩。向慈禧谢恩，即昭示二品以上高级官吏的任免权由慈禧收回。慈禧向大小臣工晓示人权是掌握在我的手里。
第三道谕旨是慈禧准备秋天到天津阅操。谕曰：“本年秋间，朕恭奉慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后銮舆，由火车路巡幸天津阅操。所有海光寺、海防公所两处屋宇著荣禄迅即修饰洁净，预备一切。并著胡燏棻将火车铁路一并料理整齐，毋得延误。” “阅操”即阅兵之意。阅兵是兵权所属的示威性举措。只有真正握有兵权的人才有资格检阅军队。慈禧让光绪帝陪着她到天津检阅在全国最有战斗力的北洋诸军，其目的就是向军内外传播一个重要信息，即兵权掌握在我慈禧的手里，全国的军队都必须听我慈禧一人指挥。这道谕旨，通过光绪帝的口告知朝廷内外，虽然已归政光绪帝，但兵权却仍然操纵在我慈禧手中。
第四道谕旨是任命荣禄。谕曰：“命直隶总督王文韶迅即入觐，以大学士荣禄暂署直隶总督。” 王文韶入京后不再担任直隶总督，而任军机大臣，仍兼总理大臣，很受信任。但荣禄此次受到极大重用，由署直隶总督而为正式直隶总督，并任军机大臣，管兵部事，同时节制北洋海陆诸军，成为慈禧最为信任的握有军事实权的显宦。
荣禄（1843-1903年），字仲华，别号略园，瓜尔佳氏，满洲正白旗人。咸丰二年（1852年）初任主事，后升工部员外郎。同治元年（1862年），醇亲王奕调他任神机营翼长。后因镇压人民起义有功，升任副都统、总兵、内务府大臣。他善观风色，长于逢迎，后来投靠慈禧。光绪四年（1878年）升任步军统领、工部尚书，后因病免职。光绪十七年（1891年）外调为西安将军。二十年（1894年）入京祝慈禧60大寿，又授步军统领。二十一年（1895年）升兵部尚书。二十二年任命协办大学士。二十三年他上奏折，称：“外交之进退，视其兵之多寡强弱以为衡。强则公法所不能拘，弱则盟约皆不可恃。” 因此，他主张整顿军备，大练新兵。他的主张很得慈禧的赏识，而且采纳了他的建白。
荣禄很会察言观色，并懂得兵权的重要。慈禧罢免了翁同龢，很想让荣禄入军机处。但荣禄极力推辞，他冠冕堂皇地说，“去一汉员，仍宜补一汉员”。而荣禄的真实用意却是“揽握兵柄”，因此，他“自求北洋大臣” 。
在这之前，荣禄已商请慈禧垂帘听政。这很得慈禧好感。这次得到任命，在出北京之前，他又再三恳请慈禧垂帘。
慈禧心有顾忌地说：“非图安逸，恐又招揽权之讥。”
荣禄谄媚讨好地答：“揽权者，臣下之谓也，非所论于太后。明事人，断无是言；不明事者，何足重轻。” 荣禄曾遍邀王公大臣联衔恳请慈禧垂帘训政。其目的是造成一个声势煊赫的吁请慈禧垂帘的运动，以便上下勾结，夺取光绪帝的皇权。但当时慈禧与光绪帝的矛盾并没有达到水火不相容的地步，慈禧感到没有必要直接垂帘，还是退居幕后指挥的好。然而，由于荣禄这些示忠的举动，使慈禧更加宠信他了。
这四道谕旨是在四月二十七日（6月15日），即光绪帝决定召见康有为的前一天公布的。这四道谕旨体现的是慈禧的意图，而且是针对光绪帝的。皇权集中体现在谕旨权、用人权和军事权三方面。这四道谕旨的公布即表明了谕旨权、用人权和军事权都在慈禧的掌握之中，光绪帝的权力是极其有限的。这就使慈禧处于左右逢源、进退裕如的有利地位。慈禧弓弦张满，待机而发。
四月二十七日（6月15日）康有为赴颐和园，暂住户部公所。四月二十八日（6月16日）晨去仁寿殿朝见光绪帝，先到朝房等候。在这里，同荣禄不期而遇。
荣禄轻蔑地看了看康有为，傲慢而挑衅地说：“以子之槃槃大才，亦将有补救时局之术否？”
康有为面对荣禄的无礼，斩钉截铁地答：“非变法不可。”
荣禄以为康有为软弱可欺，进一步逼问：“固知法当变也，但一二百年之成法，一旦能遽变乎？”
康有为忍无可忍，愤然地斥道：“杀几个一品大员，法即变矣。”
荣禄闻听此言，猛然一惊，心想：“这小子太狂悖了，等着瞧，早晚要除掉你！”
光绪帝先召见荣禄，荣禄奏劾康有为“辩言乱政”。荣禄奏毕出来，康有为才进去奏对。光绪帝早就急切地想一见康有为，康有为亦渴望拜谒光绪帝，今天终于如愿以偿，两人都格外激动。
光绪帝问康有为的年岁出身。康有为答后即切入主题：“四夷交迫，分割洊至，覆亡无日。”
上曰：“皆守旧者致之耳。”
康对：“上之圣明，洞悉病源。既知病源，则药即在此。既知守旧之致祸败，则非尽变旧法与之维新，不能自强。”
上曰：“今日诚非变法不可。”
康对：“近岁非不言变法，然少变而不全变，举其一而不改其二，连类并败，必至无功。譬如一殿，材既坏败，势将倾覆，若小小弥缝补漏，风雨既至，终至倾压。必须拆而更筑，乃可庇托。然更筑新基，则地之广袤，度之高下，砖石楹桷之多寡，窗门槛棂之阔窄，灰钉竹屑之琐细，皆须全局统算，然后庀材鸠工，殿乃可成。有一小缺，必无成功，是殿终不成，而风雨终不能御也。”
光绪帝认为说得有道理。
康对：“今数十年诸臣所言变法者，率皆略变其一端，而未尝筹及全体。又所谓变法者，须自制度法律先为改定，乃谓之变法。今所言变者，是变事耳，非变法也。臣请皇上变法，须先统筹全局而全变之，又请先开制度局而变法律，乃有益也。”
光绪帝颔首称是。
康对；“臣于变法之事，尝辑考各国变法之故。曲折之宜，择其可施行于中国者，斟酌而损益之，令其可施行。章程条理，皆已备具。若皇上决意变法，可备采择，但待推行耳。泰西讲求三百年而治，日本施行三十年而强。吾中国国土之大，人民之众，变法三年，可以自立，此后则蒸蒸日上，富强可驾万国。以皇上之圣，图自强，在一反掌间耳。”
上曰：“然，汝条理甚详。”
康对：“皇上之圣既见及此，何为久而不举，坐致割弱？”
光绪帝听到这，胆怯地瞅瞅帘外，长叹一声，无可奈何地说：“奈掣肘何？”
这个举动被敏锐的康有为看在眼里，知道光绪帝畏惧慈禧。康有为灵机一动，巧妙地答道：“就皇上现在之权，行可变之事，虽不能尽变，而扼要以图，亦足以救中国矣。惟方今大臣，皆老耄守旧，不通外国之故，皇上欲倚以变法，犹缘木以求鱼也。”
上曰：“伊等皆不留心办事。”
康对：“大臣等非不欲留心也。奈从资格迁转，至大位时，精力已衰，又多兼差，实无暇晷。无从读书，实无如何。故累奉旨办学堂，办商务，彼等少年所学皆无之，实不知所办也。皇上欲变法，惟有擢用小臣，广其登荐，予之召对，察其才否，皇上亲拔之，不吝爵赏，破格擢用。方今军机总署，并已用差，但用京卿、御史两官，分任内外诸差，则已无事不办。其旧人且姑听之，唯彼等事事守旧，请皇上多下诏书，示以意旨所在。凡变法之事，皆特下诏书，彼等无从议驳。”
上曰：“然。”
就这样，一问一答，君臣无间，就八股、办学、铁路、矿物、购舰、练兵、游学、译书、用人等方方面面的问题交换了看法，时间不知不觉间溜走，已用了两个半小时，“从来所少有也”。
光绪帝随即命康有为在总理衙门章京上行走，并授予他专折直奏权，以后如有奏言不必由大臣代转。
这是光绪帝对康有为的第一次，也是唯一的一次召见。这次召见为百日维新定下了基调。此后，百日维新便大张旗鼓地开展起来了。
从四月二十三日（6月11日）光绪帝“诏定国是”开始，到八月六日（9月21日）慈禧发动政变为止，光绪帝实行变法103天，史称“百日维新”。
百日维新期间，光绪帝发下的道道谕旨像雪片一样飞向了社会，产生了巨大的影响。维新派欢欣鼓舞，守旧派神色沮丧。
对光绪帝的变法谕旨，守旧派们或是模棱不奉，或是阳奉阴违，或是避重就轻，或是造谣阻格。当时谣言盛行：“京中已有裁撤六部九卿，而设立鬼子衙门，用鬼子办事之谣。”
七月十四日（8月30日）光绪帝发下一个重要谕旨，裁撤詹事府等六衙门及三省巡抚。主要内容：一是裁撤詹事府、通政司、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、大理寺等六个闲散衙门，分别归并内阁及礼部刑部办理。二是裁撤督抚同城之湖北、广东、云南三省巡抚，及东河总督。三是裁撤各省不办运务之粮道及向无盐场之盐道等。
这道谕旨显示了光绪帝意图改革官制的决心。但这一举动造成“京师惶恐”，且“正符将欲裁九卿六部之谣”。这就使变法遇到了更大的阻力。
七月十九日（9月4日）光绪帝发下了百日维新以来的一个最重要的谕旨，即罢免礼部六堂官。被罢免的六位堂官是：礼部尚书怀塔布、许应骙，左侍郎堃岫，右侍郎溥颋、署左侍郎徐会沣，署右侍郎曾广汉。而礼部主事王照著赏给三品顶戴，以四品京堂候补。
为什么光绪帝要罢免这六位高级官吏？因为礼部主事王照的条陈上奏，根据光绪帝的指示，本应由该衙门的各堂官代递。但由于王照条陈大多为新政，遭到许应骙的阻格。光绪帝了解实情后，十分气愤，反问道：“似此故意抑格，岂以朕之谕旨为不足遵耶？若不予以严惩，无以儆戒将来。” 光绪帝的目的是杀一儆百，以利后来。
这是光绪帝在忍无可忍的情况下，自亲政以来第一次行使自己的官吏罢免权。作为拥有至高无上权力的皇帝，罢免其手下的官吏，对错与否，本无足轻重。但是光绪帝此举却触犯了慈禧在四月二十七日所做的二品以上高官到其面前谢恩的谕旨。慈禧的那道谕旨是在暗示二品以上高官的任免权只掌握在她的手里，光绪帝无权涉足其间。光绪帝罢免的礼部六堂官正是一二品大员。很显然，这就触犯了天条。这是慈禧绝对不能允许的。梁启超说：“皇上于二品以上大员，无进退黜陟之权。彼军机大臣及各省督抚等屡抗旨，上愤极而不能黜之。此次乃仅择礼部闲曹、无关紧要之人。一试其黜陟，而大变已至矣。” 这个分析是很有道理的。
礼部尚书怀塔布兼管内务府，他的妻子和女儿经常入宫陪伴慈禧，很得慈禧欢心。怀塔布被罢职后，他的妻子向慈禧哭诉冤枉，求慈禧为其做主。慈禧很恼怒光绪帝办事“操切”，并召怀塔布赴颐和园“详询本末”。怀塔布率内务府人员数十人“环跪于西后前，痛哭而愬皇上之无道”。慈禧倒颇为冷静，“令其暂且忍耐”。她要再看看光绪帝能走多远。
这时的光绪帝已感到守旧派对自己的切齿痛恨。但他“有不顾利害，誓死以殉社稷之意”，把个人安危置之度外，所以“益放手办事”。
七月二十日（9月5日）光绪帝发布谕旨，任命内阁候补侍读杨锐、刑部候补主事刘光第、内阁候补中书林旭、江苏候补知府谭嗣同均赏加四品卿衔，在军机章京上行走，参与新政事宜。参与新政，“犹唐之参知政事，实宰相之任也”。这四人实则成了四位新宰相。以后凡有章奏，都由四人阅览；凡有上谕，皆由四人拟稿。而原来的军机大臣形同虚设，被冷落在一旁，“不能赞置一词，咸忿忿不平，怒眦欲裂于此四臣矣” 。
七月二十二日（9月7日）光绪帝又命李鸿章、敬信无庸在总理衙门行走，罢免了他们的总署大臣之职。
四天来，光绪帝连发三道上谕，罢免大臣，任命小官，引起慈禧的不满。时值光绪帝赴颐和园向慈禧请安。
慈禧责备光绪帝说：“九列重臣，非有大故，不可弃；今以远间亲，新间旧，徇一人而乱家法，祖宗其谓我何？”
光绪帝痛哭流涕地谏道：“祖宗而在今日，其法必不若是；儿宁忍坏祖宗之法，不忍弃祖宗之民，失祖宗之地，为天下后世笑也。”
光绪帝的不屈服的态度益发引起刚愎自用的慈禧的憎恨。慈禧本来想通过自己的劝阻，使光绪帝有所收敛。但是，此时的光绪帝在执行自己的政治路线上表现得异常坚决，不想轻易地听命慈禧。在慈禧的眼里，光绪帝简直是一意孤行。
慈禧感到只是口头上的劝阻已不能使光绪帝就范，她要付诸行动。于是，她密派内务府大臣怀塔布、立山等七人同往天津拜谒荣禄，密商对策。“是日（七月二十二日），天津有人见自京乘火车来督署者数人，势甚耀赫，仆从雄丽。有言内中即有怀公塔布、立公山也。” 怀塔布、立山是慈禧的亲信。他们是以慈禧特派代表的身份，亲奉“太后的密谕”，同荣禄商讨如何对付光绪帝的谋略的。