八月初三日（9月18日）早林旭持密诏来，康有为跪诵后才感到事态极其严重。林旭不仅带来了促康出京之密诏，还带来了在杨锐手中搁了五天的密诏，也交给了康有为。康有为急找来谭嗣同一起读研密诏，“跪读痛哭”。他们从密诏中分明清晰地听到了光绪帝垂危的呼救声。于是，急找来梁启超、康广仁等商量对策。大家想到了袁世凯，决定由谭嗣同抵其寓所，说袁勤王。
当日晚，袁世凯接到荣禄电报，说有英兵船多只游弋大沽海口，传令袁世凯迅速回津听候调遣。荣禄在注视着袁世凯的举动。
夜色已深，谭嗣同突然来访。
周旋之后，针对袁告以现有英船游弋海上，要尽快回津的话，谭云：“外侮不足忧，大可忧者，内患耳。”
袁急询其故。
谭云：“公受此破格特恩，必将有以图报，上方有大难，非公莫能救。”
袁道：“予世受国恩，本应力图报称，况己身又受不次之赏，敢不肝脑涂地，图报天恩，但不知难在何处？”
谭云：“荣某近日献策，将废立弑君，公知之否？”
袁认为这一定是谣言，断不足信。
谭云：“公磊落人物，不知此人极其狡诈。”语意一转，又说：“公如真心救上，我有一策，与公商之。”
此时谭拿出一个行动草稿，袁世凯初五请训时，请光绪帝面付朱谕一道，令其带兵赴津，见荣某出朱谕宣读，立即正法。即以袁世凯为直隶总督，迅速载袁某部兵入京，“派一半围颐和园，一半守宫”，大事可定。
袁追问道：“围颐和园欲何为？”
谭云：“不除此老朽，国不能保，此事在我，公不必问。”
袁道：“皇太后听政三十余年，迭平大难，深得人心。我之部下，常以忠义为训戒，如令以作乱，必不可行。”
谭云：“我雇有好汉数十人，并电湖南召集好将多人，不日可到。去此老朽，在我而已，无须用公。但要公以二事，诛荣某，围颐和园耳。如不许我，即死在公前。公之性命在我手，我之性命亦在公手。今晚必须定议，我即诣宫，请旨办理。”
袁世凯摸到全部底细，心中有了数，知道明显拒绝是愚蠢的，只好设词推宕。
袁道：“天津为各国聚处之地，若忽杀总督，中外官民，必将大讧，国势即将瓜分。且北洋有宋、董、聂各军四五万人，淮练各军又有七十多营，京内旗兵亦不下数万。本军只七千人，出兵至多不过六千。如何能办此事？恐在外一动兵，而京内必即设防，上已先危。”
谭云：“公可给以迅雷不及掩耳，俟动兵时，即分给诸军朱谕，并照会各国，谁敢乱动？”
袁道：“本军粮械子弹，均在天津营内，存者极少。必须先将粮弹领运足用，方可用兵。”
谭云：“可请上先将朱谕交给存收，俟布置妥当， 一面密告我日期，一面动手。”
袁道：“我万不敢惜死，恐或泄露，必将累及皇上，臣子死有余辜，经纸笔，便不慎密，切不可先交朱谕。你先回，容我熟思，布置半月二十日方可覆告你如何办法。”
谭云：“上意甚急，我有朱谕在手，必须即刻定准一个办法，方可覆命。”
于是，谭出示朱谕，袁阅后发现为墨笔所书，不是原件，认为有假。
袁道：“此非朱谕，且无诛荣相围颐和园之说。”
谭云：“朱谕在林旭手，此为杨锐抄给我看的。确有此朱谕，在三日前所发交者。林旭等极可恶，不立即交我，几误大事。谕内另议良法，即有二事在其内。”
袁道：“青天在上，袁世凯断不敢辜负天恩。但恐累及皇上，必须妥筹详商，以期万全。我无此胆量，决不敢造次为天下罪人。”接着又转移话头说：“九月即将巡幸天津，待至伊时军队咸集，皇上下一寸纸条，谁敢不遵，又何事不成？”
谭云：“等不到九月即将废弑，势甚迫急。”
袁道：“即有巡幸之命，必不至遽有意外。必须至下月方可万全。”
谭云：“如九月不出巡幸，将奈之何？”
袁道：“现已预备妥当，计费数十万金。我可请荣相力求慈圣，必将出巡，保可不至中止。此事在我，你可放心。”
谭云：“报君恩，救君难，立奇功大业，天下事入公掌握，在于公；如贪图富贵，告变封侯，害及天子，亦在公，唯公自裁。”
袁道：“你以我为何如人？我三世受国恩深重，断不至丧心病狂，贻误大事，但能有益于君国，必当死生以之。”
谭嗣同被袁世凯信誓旦旦的花言巧语所欺骗，起来作了个揖，并赞扬袁世凯为“奇男子”。然后告退。
袁世凯静夜独坐，反复筹思，如痴如病，冀得良方。他深知自己已临深渊，稍一不慎，便会摔个粉身碎骨。经认真比较，思路愈益清晰。很明显，优势在慈禧及后党一方，光绪帝及帝党只不过是慈禧的掌上玩物而已。他决定把宝押在慈禧身上。
八月初五日（9月20日），光绪帝第三次召见袁世凯。此时的光绪帝已被慈禧严密监视。袁世凯进言：“古今各国变法非易，非有内忧，即有外患，请忍耐待时，步步经理，如操之太急，必生流弊。”光绪帝“为动容”。但是一言没发。
袁世凯退下后急忙回津，到天津时已是黄昏，直奔荣禄府第，谒荣禄，迫不及待地尽泄内情。荣禄当夜电告慈禧。慈禧勃然大怒，于翌晨匆匆返宫。召光绪帝愤怒地斥责道：“我抚养汝二十余年，乃听小人之言谋我乎？”光绪帝吓得浑身战栗，说不出话来，良久嗫嚅道：“我无此意。”慈禧高声地骂道：“痴儿，今日无我，明日安有汝乎？”
这一天，即八月初六日，慈禧御便殿召庆王奕劻、端王载漪、军机大臣、御前大臣，这些王公大臣跪于案右。光绪帝跪于案左。同时设竹杖于座前。
慈禧疾声厉色地讯问光绪帝：
“天下者，祖宗之天下也，汝何敢任意妄为！诸臣者，皆我多年历选，留以辅汝，汝何敢任意不用！乃竟敢听信叛逆蛊惑，变乱典型。何物康有为，能胜于我选用之人？康有为之法，能胜于祖宗所立之法？汝何昏愦，不肖乃尔！”
皇帝战栗不已，不知所对。
慈禧把如剑的目光转向跪在地上的王公大臣们。看着这一群老迈昏愦的亲信，她气不打一处来，怒气冲冲地训斥道：
“皇帝无知，汝等何不力谏！以为我真不管，听他亡国败家乎？我早已知他不足以承大业，不过时事多艰，不易轻举妄动，只得留心稽察管束。我虽人在颐和园，而心时时在朝中也。我唯恐有奸人蛊惑，所以常嘱汝等不可因他不肖，便不肯尽心国事。现幸我还康健，必不负汝等也。今春奕劻再四说，皇上既肯励精图治，谓我亦可省心。我因想外臣不知其详，并有不学无术之人，反以为我把持，不许他放手办事。今日可知其不行矣。他是我拥立者。他若亡国，其罪在我，我能不问乎？汝等不力诤，是汝等罪也。”
王公大臣们匍匐在地，默默承受，不敢应对。
慈禧又把犀利的目光移向了皇帝，恶狠狠地质问道；
“变乱祖法，臣下犯者，汝知何罪？试问汝祖宗重，康有为重，背祖宗而行康法，何昏愦至此？”
一言不发的皇帝觉得应该作点申辩，便战战兢兢地说：
“是固自己糊涂，洋人逼迫太急，欲保存国脉，通用西法，并不敢听信康有为之法也。”
竟敢申辩，嚣张已极！慈禧益发愤怒，声音更加冷厉地说：
“难道祖宗不如西法，鬼子反重于祖宗乎？康有为叛逆，图谋于我，汝不知乎？尚敢回护也！”
皇帝吓得魂飞天外，只顾颤抖，不知如何应对。
慈禧穷追不舍，厉声问道：
“汝知之乎？抑同谋乎？”
皇帝听不太清，又不敢问，又不能不答，便胡乱地答道：
“知道。”
慈禧不依不饶：
“既知道还不正法，反要放走？”
皇帝随口应道：
“拿杀。”
这其实是一场不准辩白的审判。法官是慈禧，罪犯是光绪帝。
当天，以光绪帝名义发布谕旨，昭示朝廷内外，慈禧实行“训政”。旨曰：
现在国事艰难，庶务待理。朕勤劳宵旰，日综万几。兢业之余，时虞丛脞。恭溯同治年间以来，慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后两次垂帘听政。办理朝政，宏济时艰，无不尽美尽善。因念宗社为重，再三吁恳慈恩训政。仰蒙俯如所请，此乃天下臣民之福。由今日始，在便殿办事。本月初八日，朕率诸王大臣在勤政殿行礼。一切应行礼仪，著各该衙门敬谨预备。
同日，又发谕旨，捉拿康有为和康广仁。旨曰：
工部候补主事康有为，结党营私，莠言乱政，屡经被人参奏，著革职。并其弟康广仁，均著步军统领衙门拿交刑部，按律治罪。
八月初七日，慈禧又单独审问皇帝一次。
八月初八日，光绪帝率百官在勤政殿恭贺慈禧训政。慈禧又把勤政殿变成了审判庭。这次，慈禧变了招数，让群臣质讯皇帝。皇帝成了名副其实的被告，威风扫地。慈禧将从皇帝书房中及康有为寓所中查抄的奏章、说帖等件，命群臣质询，逐条审讯。其中有杨锐、林旭依据皇帝的旨意催促康有为迅速出京的信函，慈禧大怒，追问皇帝。皇帝不敢承认，推托说这是杨锐的主意，与己无涉。慈禧又追问围园弑母之谋，皇帝推到了康有为、谭嗣同身上。慈禧极为愤恨，当即下旨，捉拿维新党人。旨曰：
张荫桓、徐致靖、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第，均著先行革职，交步军统领衙门拿解刑部审讯。
同时禁皇帝下瀛台。瀛台，位于北京三海，即北海、中海、南海之一的南海。四面环水，北架一桥以通往来。瀛台多树，主体建筑涵元殿位于瀛台的中心。瀛台本是皇室避暑和游览的胜地，但自此以后却变成了囚禁光绪帝的囹圄。光绪帝除了每天被拉去早朝外，便不得自由出入了。慈禧把原来皇帝身边的太监一律撤走看押，另派其心腹太监20余名监视皇帝。皇帝成了被软禁的囚徒。
慈禧以训政之名，行亲政之实。形式上太后与皇帝并排坐着，像二位君主。但奏对时，皇帝不许说话。有时太后示意皇帝说话，他才勉强说上一二句。光绪帝成了真正的木偶。这次第二次训政，实则是慈禧太后的第三次垂帘。
那么，维新派是否有谋围颐和园、劫制皇太后的计划呢？
梁启超说：“当时北京之人，咸疑皇上三密诏中，皆与诸臣商废西后之事。而政变之时，贼臣借此以为谋围颐和园之伪诏以诬污皇上者也。” 他认为，政变之时慈禧发布的谋围颐和园的诏旨是诬污皇帝的“伪诏”。康有为在《康南海自编年谱》里曾写道：“乃属谭复生入袁世凯所寓，说袁勤王，率死士数百扶上登午门而杀荣禄，除旧党。” 只字未提围颐和园、劫西太后事。这是考虑到被囚的光绪帝的安危，避而不谈此事。苏继祖则认为：“若云有围园弑母之谋，吾敢以身家性命相保。欲加之罪，何患无辞，真千古奇冤也。” 他以身家性命担保，没有围园弑母之谋。
以上是否定说。
但也有承认说。
胡思敬记道：“（谭嗣同）引有为入卧室，取盘灰作书，密谋招袁世凯入党。用所部新建军，围颐和园，以兵劫太后，遂锢之。” 写了策划围园劫后的过程。费行简书曰：“（康有为）奋然曰：与其逐禄，曷若禁后。吾保国会会友袁世凯，方治兵小站，是人敏锐敢任事，可引其以兵守颐和园，然后谏后勿干外政。” 这里写了康有为提议兵谏皇太后。此外，就是袁世凯所写的《戊戌日记》。这里记载了维新派试图游说袁世凯围园劫后。很多人认为袁的日记是在美化自己，诋毁帝党，因而，其内容是不可信的。
其实，这一争论目前已完全解决了。中国社会科学院近代史研究所的杨天石研究员的两篇文章《康确为谋围颐和园捕杀西太后确证》 、《康有为“戊戌密谋”补证》 ，就用新发现的史料有力地证明了维新派确实曾计划围园弑后。
杨天石在日本立命馆大学教授松本英纪的帮助下，借阅了日本外务省档案缩微胶卷，从中发现了康有为策划围园弑后的确证。最可靠的确证是毕永年的《诡谋直纪》。
毕永年，湖南长沙人，号松甫。少年时读王船山遗书，渐有兴汉灭满的民族革命思想。少时与谭嗣同、唐才常相友善，共商救国大计，并从事联络会党的活动。戊戌政变前夕抵京，谭嗣同将其引荐给康有为。康欲命其领兵围园便宜行事。 1899年初，他把当时的活动写成了日记《诡谋直纪》，并交给了日人平山周。现摘示于后：
七月二十九日（9月14日）夜九时，（康）召仆（毕永年）至其室，谓仆曰：
“汝知今日之危急乎？太后欲于九月天津大阅时弑皇上，将奈之何？吾欲效唐朝张柬之废武后之举，然天子手无寸兵，殊难举事。吾已奏请皇上，召袁世凯入京，欲令其为李多祚也。”
八月初一日（9月16日），仆见谭君，与商此事，谭云：
“此事甚不可，而康先生必欲为之，且使皇上面谕，我将奈之何！我亦决矣。兄能在此助我，甚善。但不知康欲如何用兄也。”
午后一时，谭又病剧，不能久谈而出。
夜八时，忽传上谕，袁以侍郎候补。康与梁正在晚餐，乃拍案叫绝曰：
“天子真圣明，较我等所献之计尤觉隆重，袁必更喜而图报矣。”
康即起身命仆随至其室，询仆如何办法。仆曰：
“事已至此，无可奈何，但当定计而行耳，然仆终疑袁不可用也。”
康曰：“袁极可用，吾已得其允据矣。”
乃于几间取袁所上康书示仆，其书中极谢康之荐引拔擢，并云赴汤蹈火，亦所不辞。康谓仆曰：
“汝观袁有如此语，尚不可用乎？”
仆曰：“袁可用矣，然先生欲令仆为何事？”
康曰：“吾欲令汝往袁幕中为参谋，以监督之何如？”
仆曰：“仆一人在袁幕中何用，且袁一人如有异志，非仆一人所能制也。”
康曰：“或以百人交汝率之，何如？至袁统兵围颐和园时，汝则率百人奉诏往执西后而废之可也。”
初三日（9月18日），但见康氏兄弟及梁氏等纷纷奔走，意甚忙迫。午膳时钱君告仆曰：
“康先生欲弑太后，奈何？”
仆曰：“兄何知之？”
钱曰：“顷梁君谓我云：先生之意，其奏知皇上时，只言废之，且俟往颐和园时，执而杀之可也。未知毕君肯任此事乎？兄何不一探之等语。然则此事显然矣，将奈之何？”
仆曰：“我久知之，彼欲使我为成济也，兄且俟之。”
毕永年自有主见。他认为袁世凯与康有为本无关系，此举绝不可恃。于是拒绝了康有为的请求，并致书谭嗣同陈说利害，劝他尽快出走，谭嗣同不听。毕永年径赴日本，在横滨拜谒了孙中山，并参加了兴中会。
光绪二十四年八月十三日（1898年9月28日）慈禧下令杀害了杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第、康广仁。史称“六君子”。次日，慈禧以光绪帝的名义发布上谕：