政治权力运行机制是关于国家公共权力运作和行使的一套具体程序和基本制度安排。政治权力运行机制是否完善，是否科学和规范，直接关系到政治权力行使的实际效果。党的十六大报告高度关注权力的制约和监督问题，要求建立结构合理、配置科学、程序严密、制约有效的权力运行机制，以保证把人民赋予的权力真正用来为人民谋利益。十六大报告在关于政治体制改革问题的论述中，专门用一个独立的篇幅论述“加强对权力的制约和监督”问题。在党代会的政治报告中，明确、公开地使用“权力制约和监督”的提法，并且把对权力的制约和监督作为一对密切联系的政治机制完整地加以表述和强调，这还是第一次。这一问题的提出，对进一步解放思想，更新政治观念，深化政治体制改革具有极为重要的指导意义。党的十六届四中全会进一步提出要加强党的执政能力建设，“必须坚持科学执政、民主执政、依法执政，不断完善党的领导方式和执政方式。要结合中国实际不断探索和遵循共产党执政规律、社会主义建设规律、人类社会发展规律，以科学的思想、科学的制度、科学的方法领导中国特色社会主义事业。”
（第一节监督运行机制的体系内整合）
一、监督运行机制的宪政化整合
国家权力是经济基础最重要的上层建筑，是统治阶级凭借国家机关实行阶级统治、维护其根本利益、巩固政权活动的核心。国家权力对社会的全面运行具有支配、影响、决策的作用，是统治、压迫、管理国家的力量。国家权力必须得到有效的制约，才能更加有效地行使。洛克在《政府论》中集中阐明了关于国家权力的性质，表述了他的权力制约思想。洛克以自然法、社会契约论为基础，对国家权力的起源、性质、作用进行了充分的论述。洛克的分权制衡思想，是文艺复兴以来资产阶级政治思想家关于分权理论的总结和发展。后来，孟德斯鸠对这一学说赋予了完备的结构和形态。孟德斯鸠认为，要实现政治自由，不是任何国家都能实现的，只有“国家权力不被滥用的时候才能实现”。
权力制约就是对权力运行的协调、监督、控制活动，它关系到权力运行的效率和国家职能的实现。从静态方面来说，对国家权力的制约由两大部分组成：一部分是国家权力之间的相互制约；另一部分是社会各种政治力量对国家权力的制约，或者说非国家权力对国家权力的制约，主要是政党、公民团体和各种利益集团对国家权力的制约以及社会舆论对国家权力的制约。就动态方面而言，对国家权力的制约包括以下三个环节：权力授受过程的制约、权力运行状况的制约和权力行使后果的制约。
宪法监督是对宪法的实施所进行的监督，指的是以国家强制力量为基础的保证宪法实施的各种保障措施以及这些保障措施的法律规范化。它包括宪法监督专门机关的组成、职权、行使职权的方法以及提出违宪的诉讼主体、诉讼程序等等。之所以必须是宪法监督的主管机关专门化，宪法监督的法律规范化，是因为宪法是一个国家最高权力机关制定的具有最高权威的国家根本大法，它要求全国人民和一切权力机构，首先是国家最高层次的权力机构严格遵守。如果没有严格、具体、有着高度权威的宪法监督，在最高层次的权力机构中的违宪行为，就不能得到及时纠正和处理，作为一个国家民主制度基石和法律制度核心的宪法，其实施得不到保证，就有成为一纸空文的危险。
为进一步加强对权力的制约，目前需要集中解决以下几个问题。
以决策和执行等环节作为权力制约和监督的重点，必须有一套相关的制度保证决策过程体现科学、民主、开放的原则。十六大报告要求各级决策机关完善重大决策的规则和程序，建立社情民意反映制度，建立与群众利益密切相关的重大事项社会公示制度和社会听证制度，完善专家咨询制度，实行决策的论证制和责任制，防止决策的随意性。权力运行过程的执行阶段是最易出现腐败问题的环节，更应加强制约和监督。
制定具体的法规和措施，让以道德制约权力、以权利制约权力、以权力制约权力、以法律制约权力等真正落到实处，并使这些制约手段在实践中互相配合，融为一体，构成完整、严密的权力制约机制。建立制约权力的具体制度，如改革行政审批制度，深化财税投资金融体制改革，推行和完善政府采购、招标投标制度，建立健全权力运行过程公开化制度、权力轮换制度，强化党风廉政建设责任制等。
政治文明的核心是民主宪政，推进民主宪政的发展进程，关键要加强对权力的监督和制约，从源头上防止腐败的滋生。腐败是掌握国家公权力的政府官员通过异化公权力分割社会成员基本权利获取非法利益的行为，腐败标志着政府与人民关系的脱节、恶化，党和人民的血肉关系受到严重破坏。根治腐败，防止管理者异化人民授予的公共权力，关键要加强宪政建设，完善权力运行机制，健全对权力的监督制约，切实防止权力滥用，以权谋私。
在宪法的框架下、在党章的规定内完善执政党的权力运行机制，成为中国政府人世后在新形势下进一步深化改革开放，发展民主政治，保障基本人权，推进市场经济，全面建设小康社会，加强党风廉政建设，从源头上防止和惩治腐败的重要任务。党的十六届四中全会提出，“推进社会主义民主的制度化、规范化和程序化，保证人民当家作主。健全民主制度，丰富民主形式，扩大公民有序的政治参与，保证人民依法实行民主选举、民主决策、民主管理、民主监督。”这就是说，制度建设，是提高党的执政能力建设，更进一步说，是建设社会主义法治国家的根本要求，只有顺着这个方向进行不断的改革，才能最终建设起社会主义的法治国家。
权力运行机制首先是宪政机制。宪政机制是权力运行的基础性机制，是实行民主政治的根本保障。目前我国这一基础性机制不够完善，缺乏宪法救济机制，政府一些权力不受宪法制约，对于政府机构的某些违宪行为没有启动违宪监督和违宪救济机制，使受到侵害的私权利不能得到及时救济。政府的行为表现为个人意志性，导致腐败的产生。要保证政府依宪行使权力和依法行政，关键是要构筑权力运行的宪政机制，对政府权力给以制约。根据宪政理论，政府权力来自人民授权，完善权力授予机制，是建构宪政机制的第一步，解决各级政府权力的宪法来源和宪法依据问题；第二步是界定授权机制，明确授权范围，解决确定各级政府权力界限和范围的宪法标准问题；第三步是完善权力制衡机制，防止权力过于集中，防止各级政府在权力行使过程中发生违宪现象的宪政制约框架问题；第四步是建立违宪救济机制，解决发生侵权越权等违宪行为后的宪法救济途径，从而对政府越权、滥用权力发挥制约作用，切实防止政府官员滥用权力，以权谋私。
建立健全权力监督制约机制，是一个涉及各个方面艰巨复杂的系统工程，它的构建和完善有赖于我国经济体制和政治体制改革的深化，有赖于国家法制化的进程，需要全面进行统筹规划。“坚持和完善人民代表大会制度，保证各级人民代表大会都由民主选举产生、对人民负责、受人民监督，支持人民通过人民代表大会行使国家权力，支持人民代表大会及其常委会依法履行职能，密切人大代表同人民群众的联系，使国家的立法、决策、执行、监督等工作更好地体现人民的意志，维护人民的利益。尊重和保障人权，保证人民依法享有广泛的权利和自由。”这是一个复杂的系统工程，必须从各个环节去努力。
减小权力不当行使的空间和条件。目前亟须抓好四个方面：大力推进行政法制建设，营造依法行政的良好环境，同时，以法制化的规范和程序规制权力的运行，使掌握权力的人员只能在法律限定的范围、程序、程度上行使职权；切实转变政府职能，精简不适应市场经济发展要求的行政机构，限制与制止权力进入市场，逐步减少政府对微观经济活动的行政干预；大力推行行政审批制度改革。按照建立社会主义市场经济体制的要求，应取消的行政审批项目一律取消；可以通过市场调节运作的，一律用市场机制的办法去处理，如建立有形建筑市场、实行工程招标投标、政府采购等；实行政务公开，提高权力运行的透明度，为广大群众直接对政府权力进行全面、广泛的监督开通渠道。
合理设置机构职权形成权力制约关系。建立监督制约机制离不开改革，应依据权力制约原理，调整部门职能分工，合理划分职责权限，形成部门之间、单位之间平行交互监督制约的机制。譬如财政部今年初针对传统预算管理中存在的突出矛盾和问题，着手财政管理体制改革，推行部门预算，调整机关司局、处设置，将预算编制、执行和监督职能分离；海关总署改革海关现行业务制度和管理模式，将风险布控、审单作业、物流监控、职能管理和执法监督五权分离，均收到了很好的效果，有力地推进了机关的廉政勤政建设。此外，对于不利于权力分解的岗位，可实行岗位轮换、干部交流制度。
科学制定行政程序，规范权力运行。行政程序对权力运行中自由裁量部分具有制约规范作用，有利于避免职权的滥用。各部门尤其是计划、海关、财政部门，必须尽快建立并不断完善从政行为规范，明确职责范围、办事程序，形成环环相扣、责权分明的工作机制。同时，积极运用现代科技手段特别是先进信息技术，加快政府管理信息化进程，建立健全领导、专家、群众相结合的科学决策机制，减少个人因素对权力运行的不当干预。
专门机关监督与社会监督有机结合，形成机制。主要强化三个方面的监督制约：进一步加大纪检监察、审计等专门机关的监督力度，加强对行政权力和行政违纪的监控，尤其对容易发生以权谋私、权钱交易等部门和环节的重点监督检查，防止权力越轨和滥用；加强新闻舆论监督，发挥新闻舆论监督公开性、快捷性的特点，对各级领导干部及国家机关工作人员违纪违法行为进行及时揭露，同时，进一步依法确立新闻舆论监督地位。以人大监督、党政监督为后盾；加强群众监督，尤其注意建立相应保障人民群众批评监督的权利和渠道，如进一步建立健全群众举报制度、特邀监察员制度等。
二、监督运行机制中法律之间的整合
目前我国监督机制中，立法的薄弱，表现为管理性立法与监督性立法不平衡，难以达到权利制约权力的目的。据统计，十多年来，以管理为主要内容的法律、行政法规，占法律、行政法规总数的80%以上，而以监督行政执法管理为内容的法律法规只占0.87%。由此可见，监督制约权力的法律法规还存在不少疏漏和缺失，造成法律法规对部分权力的制约上存在空当。虽然管理方面的法律法规在不断完善，但在执行中还存在错位和不够到位的现象，从而增加了其权力滥用和权力腐化的可能性和必然性。
针对上述我国权力监督约束机制方面存在的问题，应在我国现行的权力制约机制基础上，适应建立社会主义市场经济体制的新形势，不断强化和完善我国权力监督约束的立法工作。
第一，合理设置机构职权形成权力制约关系。建立监督制约机制离不开改革，应依据权力制约原理，调整部门职能分工，合理划分职责权限，形成部门之间、单位之间平行交互监督制约的机制。对一些重要的权力，如直接掌管人财物的权力、涉及公民、法人及其他组织的利益、人身自由的权力，必须加以分解，交由不同的部门和人员交叉分工序行使，使之在分工序行使权力的过程中互相监督制约，从而改变由同一部门或同一个人多项职能揽于一身、一个人说了算的做法。对于不利于权力分解的岗位，可实行岗位轮换、干部交流制度。
第二，推行公开办事制度，提高权力运行的透明度。按照公开、公平、公正原则，进一步增加行政办事的透明度，要大力推行政务公开、村务公开、厂务公开等。增加用权行为的透明度，由“暗箱操作”变为“阳光行动”，根治“黑箱”作业。同时在深入宣传、广泛发动，提高认识的基础上采取硬性措施，推动公开办事制度的深入实行，通过立法形式，强制推行。明确规定政务公开的原则、范围、方式，以及公民个人所享有的要求了解政府所掌握的有关其本人的资料的权利，增加人民对政府的了解，以便于监督和增强政府推行政务公开的责任感。
第三，加强民主政治立法和行政立法，健全监督制约权力的法律体系。完善权力监督制约机制，必须以健全法律为重心。法律对保证权力监督制约的权威性、强制性和标准化，提高监督制约的效力具有重要意义。因此，完善权力监督制约机制，首先应从以下几方面健全监督制约权力的法律体系。
（1）完善规范权力主体方面的立法。着重健全政府各执法部门的组织法和公务员法、法官法、检察官法，明确界定其权力和职责，使人民更好地了解国家机关的权限范围，易于监督；又可以使国家机关严格在职权范围内行使权力，不越权，不滥用权力。
当前，要全面实施好《公务员法》、《法官法》、《检察官法》，实现对国家机关工作人员的依法管理。
（2）科学制定行政程序，规范权力运行。行政程序是行政机关在实施行政行为时所采取的方式、方法和步骤。行政程序对权力运行中自由裁量部分具有制约规范作用，有利于避免职权的滥用。各部门必须尽快建立并不断完善从政行为规范，明确职责范围、办事程序，形成环环相扣、责权分明的工作机制。同时，积极运用现代科技手段特别是先进信息技术，加快政府管理信息化进程，建立健全领导、专家、群众相结合的科学决策机制，减少个人因素对权力运行的不当干预。如《行政处罚法》在我国行政处罚领域确立了行政机关行使行政处罚权的基本程序，如实行申辩和听证制度、调查违法行为与决定行政处罚的相分开的制度、罚款决定机关与罚款收缴机构相分离的制度等重要行政程序，对监督制约行政处罚权力的滥用具有重要意义。