清朝在中央设立理藩院，位同六部，专管民族事务，由满、蒙员担任，负责少数民族地区地界、封爵、诠选、设官、户口、耕牧、土田、赋税、征发、贡纳、交通、会盟、贸易、宗教、翻译等。清朝将边疆民族地区划分为不同的行政区域，设置军府，为军事行政单位。派遣将军、都统和大臣进行统治。如盛京将军、吉林将军、黑龙江将军、绥远将军、乌里雅苏台将军、伊犁将军等。将军之外还有都统，如归化都统、热河都统、察哈尔都统等。还有大臣，如参赞大臣、办事大臣、协办大臣、领队大臣等有数十种之多。这些均为武职，虽兼管行政，但以军事为主。在民族地区，还根据当地社会组织状况，设置不同的行政机构。如蒙古的盟旗制度。即把原来部落制度打乱，一部划为多旗，旗上有盟，旗盟主要由中央认可，重要事情旗要请示盟，重大问题要会盟决定，届时中央派员参与。西北有伯克制度。伯克为维吾尔语，是由军事头领演变而来的头目的泛称。清朝的伯克制度分工极细，有总理政务的伯克，还有粮赋伯克、争讼伯克、水利伯克、宗教伯克、营造伯克等30余种，并确定等级和待遇。在东北或设旗，或设州县，或依原有组织设乡长、姓长。在全国普遍设立驿站，改善交通和加强联系。在西南地区则继续相机改土归流。
利用宗教进行统治是清朝的一个特色。明朝时期，黄教在藏蒙地区有很大发展，清朝为稳定对藏蒙地区的统治，采取尊崇喇嘛教的政策，有意识地利用宗教作为统治工具，在各地大兴土木，广建寺庙，仅蒙古地区就达上千所。在北京、承德、五台山等内地也修了规模宏大的喇嘛寺。清朝还把大批土地、牲畜、农奴赏赐给寺院，扶植他们成为特殊的封建领主，还对喇嘛实行各种优待，免去兵役、赋税和劳役。对上层喇嘛，还颁赐许多封号，给予不少特权。而且，清王朝还每年安排上层喇嘛进京觐见，享受与王公贵族的同等待遇，增进他们的归属感。允许他们在寺院领地内享有行政、司法特权，允许他们参与世俗事务。这些政策和措施有效地笼络了上层喇嘛，使他们自愿为大清王朝服务。
关于清王朝和藏族的关系。1642年，五世达赖和四世班禅派人到盛京觐见皇太极，次年皇太极派人赴藏慰问。1652年，清派人迎请五世达赖一行3000余人到京，建造西黄寺供其居住，赐予封号、金印，并封固始汗，确定了王朝对西藏的主权关系。此后，格鲁派成为绝对优势的教派，达赖成为天下释教的最高领袖。固始汗虽然掌握地方政权，但政权中总揽行政大权的“第巴”却是五世达赖的亲信。格鲁派进一步强大后，与固始汗争权，固始汗死后，达赖直接任命第巴，蒙古汗大权旁落。1679年，五世达赖亲信桑结嘉措继任第巴。五世达赖死后，桑结第巴密不发丧，并暗中勾结蒙古准葛尔部，进行反清活动。1696年，康熙平定准葛尔，得悉五世达赖已死多年，写信申斥，桑结嘉措诡称五世去世后担心民变，现六世达赖仓央嘉措已经转世15年。大战之后的清朝不得不承认现实，准予正式坐床。1703年，拉藏汗继其父达赖汗后承袭和硕特汗位统治西藏与桑结嘉措开战，桑氏战败被杀，另行任命第巴，并派人进京报告桑氏阴谋，清廷赐封拉藏汗金印，令把六世达赖解送进京。六世达赖解京途中病死于青海湖附近。拉藏汗在六世达赖进京后另立新六世达赖伊什嘉措，但没有得到格鲁派上层承认，青海蒙古亦反对。在这种情况下，朝廷于1709年派侍郎赫寿进藏协助拉藏汗办理藏务，又册封五世班禅罗桑意希为“班禅额尔德尼”，赐金印金册，协助拉藏汗管理政教事务。班禅在西藏的政教地位由此而定。1716年，新疆准葛尔部策望阿拉布坦应桑结嘉措余部之请，派台吉策凌敦多布率兵袭击西藏，杀拉藏汗，囚新达赖，固始汗部在西藏统治结束，西藏陷入混乱。1718年，康熙派兵首次入藏失利，后年再次入藏。同时护送早于1710年就封为七世达赖的格桑嘉措（塔尔寺僧）入藏坐床。1721年，康熙改变由蒙古部族统治西藏的格局，改由藏人治藏。同时，实行前后藏分治，变第巴一人为四名噶伦共治，并采取适当军事措施，以确保统治。1726年，清军在当地固始汗余部支持下进入拉萨。稍后，七世达赖到达拉萨坐床。
固始汗嫡孙罗卜藏丹津从军平藏有功，袭亲王爵。但他企图复先人霸业，于1723年胁迫青海和硕特部叛乱，川陕总督年羹尧奉命平叛后，清朝解除青海藏族对和硕特部的隶属关系，恢复土司制度，并对青海喇嘛寺院进行整顿，撤消封号，减少喇嘛；改西宁卫为西宁府，设立西宁办事大臣，总办青海蒙藏事务，把青海置于中央直接管辖之下。
此时（1727年），西藏发生三噶伦反对首席噶伦的内乱，内乱平息后，清廷正式派出驻藏大臣，总理前后藏一切事务，三年一任，并有调动驻藏军队之权。封没有参与叛乱、且协助平叛有功的原噶伦颇罗鼐为贝子，总管地方政务，后封为郡王。为削弱西藏地方势力，清把康定、理塘、巴塘等地划归四川管辖；把中甸、维西、德钦等划归云南；把后藏拉孜、昂仁、彭措林三个宗划归班禅直接管辖。1729年，在云、川藏区设置土司、土官进行治理。1747年，颇罗鼐死，子珠尔默特那木扎勒袭父职位。珠氏上台后，与驻藏大臣和七世达赖发生矛盾，主要是反对朝廷派遣驻藏大臣，并与宗教领袖争夺权力。叛乱再发，清军再次入藏，未抵，七世达赖等将叛乱首要擒获。
为防止叛乱再发，清对西藏地方行政建制再次进行了重大改革。(1)废除封授郡王制和郡王掌握政权的制度，正式授权达赖喇嘛掌握西藏地方行政事务；(2)正式建立噶厦即西藏地方政府，设一僧三俗四名噶伦，会商办理政务，重大政务须请示驻藏大臣。(3)噶伦不得私自任免地方官员和寺院堪布，必须报达赖喇嘛和驻藏大臣酌定。(4)设立译仓（秘书处），内设四名僧官大秘书，统管寺院政务和僧官任免事宜；噶厦的公文、政令亦须经译仓审核生效。(5)增兵1500名，加强边防。这些措施，确立了格鲁派管理西藏的政教合一的制度，驻藏大臣有与达赖共同管理西藏政务的平等地位。
1757年，七世达赖逝世，一时无人理政，乾隆用第穆担任摄政至下一世达赖亲政之前。这是西藏地方摄政制度的开始。1788年和1791年，尼泊尔国廓尔喀族两次入侵西藏。前次由于清廷使臣懦弱，赔款议和而退；后索银遭达赖拒绝二次入侵，福康安率军入藏，1792年尽复失地，且深入尼国700余里，尼国请降后撤回。以此为鉴，清再次改革西藏制度。福康安与八世达赖、七世班禅共商，提出《西藏善后章程》102条款，1793年经清政府修订为29条颁布执行，即《钦定西藏章程》。(1)重新规定驻藏大臣、达赖、班禅职权和地位，明确驻藏大臣督办西藏事务，地位与后两者相等，地方僧俗均受大臣管辖。(2)设立活佛转世的“金瓶掣签”制度，活佛去世后，由驻藏大臣将各地所报呼毕勒罕写于牙签之上，置于清政府颁发金瓶之内，在驻藏大臣亲临监督之下，于大昭寺宗喀巴像前抽签，呈报中央政府批准生效，坐床仪式也要驻藏大臣主持。(3)设立地方常备兵3000人，军官由驻藏大臣和达赖共同选任。(4)西藏对外事物，由驻藏大臣主持。外方给达赖、班禅的信件须报驻藏大臣查验并代为酌定复信内容。噶伦不得与外国人私自通信。(5)地方赋税和政府收支，统由驻藏大臣稽查总核。这一清廷对西藏地方政治、经济、内政、外交、宗教、军事诸方面的规定，用法律和文字固定下来，意义重大。
十一
梳理下来，中国历史上处理边境少数民族地区关系大体经历了三个阶段。一是汉唐时期，实行羁縻制度。此制草创于秦，形成于汉，唐有添加，至宋无大发展。二是元朝时期，建立行省，实行土司、土官制度。这是元朝的创造。三是明清时期，从土司、土官制度入手，逐渐改土归流。改土归流应该说是明朝的发明，清朝实行的更为彻底、有效。就中央政府与边境少数民族地区的关系状况而言，应当说元、清两代是比较好的。这或许与他们本身都是以边疆少数民族身份入主中央政权有关。他们对如何处理中央政府与少数民族地区的关系，怎样才能易于为少数民族所接受深有体会，从而处置也就较为好些。
我们现在实行的民族区域自治制度既是历史经验积淀的产物，又是我们自己在一定理论指导下的创造。这里的关键是民族自治与区域自治的结合，既不是单纯的民族自治，也不是单纯的区域自治，而是特定民族在特定区域中的自治。其中的道理值得认真体悟。