此处性字即宇宙根本法则，它有本体论和道德论双重意义。道、德、诚等概念是它的不同表现。薛瑄以道德理性的普遍性和表现形式的多样性把天道（性、理、诚等）和人事（忠、恕、仁、义、礼、智等）贯通，把主要讲天道、性命的《中庸》、《易传》和主要讲人伦日用的《论语》、《孟子》等贯通。这表明薛瑄虽然主要是一个实践之儒，但对儒家形而上的境界是有体会的。与那些只注重体认心中四端而不能将之进至本体境界的儒者不同。
薛瑄既以理一分殊言天地之性与气质之性的区别，他也承认朱熹未发是性、已发是情的说法，并把这一学说和周敦颐的“诚无为，几善恶”联系起来，他说：
廓然而大公者，性也；物来而顺应者，情也。性者情之体，情者性之用，此性所以无内外也。（《读书录》卷五）
性之本体，未感物时浑是善，到感物而动之初，则有善有不善，周子所谓“几”也。（《读书录》卷五）
朱熹自中和新说定，其性情体用已发未发贯通无滞，性为未发、情为已发，性是体、情是用的说法终生持守不变。这一说法为薛瑄所接受。薛瑄也把性作为本体，把感物而动之情作为性的作用，未感物时一性浑然。感于物而动，性表现为情，此时善恶萌生。善恶初萌即周敦颐所谓“几”。从心体来说，未发时廓然大公，已发时则物来顺应。廓然大公时性体显露，物来顺应时性表现为情。这些说法，都是对朱熹的承袭，而薛瑄的表述则非常清楚简洁。
薛瑄从天地之性、气质之性不离不杂出发，以变化气质而复性为修养途径。他说：
为学第一在变化气质，不然，只是讲说耳。
为学只是要知性复性而已，朱子所谓知其性之所有而全之也。（《读书录》卷五）
知性首先是知天命之性和气质之性的区别，知此区别即要变化气质以复性。薛瑄言变化气质处甚多，其基本内容，以张载为依归，他说：
张子曰：“形而后有气质之性，善反之则天地之性存焉。故气质之性，君子有弗性者焉。”此言气质昏浊，则天地之性为其所蔽，故为气质之性。善反之而变其昏浊，则天地之性复明，若气质本清，则天地之性自存，初无待于反之之功也。（《读书录》卷五）
气质昏，遮蔽重，则反之为难；气质清，则天地之性直接透显，无待反之之功。所以须变化气质，昏者使明，浊者使清。气质对性的遮蔽和妨碍作用是强固的，所以必须勇加澄治之功，薛瑄说：
气强理弱，故昏明善恶皆随气之所为，而理有不得制焉。至或理有时而发见，随复为气所掩，终不能长久开通。所谓为学者，正欲变此不美之气质，使理常发见流行耳。然非加百倍之功，亦莫能致也。（《读书录》卷五）
“气强理弱”，表示人的本能欲望较之天赋道德意识更加强劲，气对理加于它的禁治有一种天然的反叛。理能否制欲，全看道德主体由修养之功而有的抑制能力能否战胜这种反叛。薛瑄仍然沿袭了理学“去人欲，存天理”的修养途径，将道德理性与人的本能欲望的冲突
以及战胜这种冲突作为道德修养的内容。这和后来主张“人欲之各得，即天理之大公”，重在调适天理人欲的冲突或更加重视顺适人的自然本能的说法是完全不同的。薛瑄作为一个兢兢业业、时时检点自己言行的学者和官吏，其形象仍未脱出理学躬行派的面貌。他的修养途径，主要在去人欲，存天理，所以他说：
“为学大抵就己分上去其本无之私欲，全其固有之天理耳。”（《读书录》卷五）就这一点说，前人把薛瑄的修养功夫概括为“复性为宗”（《明儒学案·河东学案》）是有道理的。薛瑄临终留诗自道“七十六年无一事，此心始觉性天通”，正表明了他复性功夫的最后归宿。
三格物与居敬
薛瑄的修养宗旨是变化气质以复性，变化气质须通过具体修养功夫，他的修养功夫中最重要的是居敬与穷理。居敬与穷理是程朱教人最主要的项目。程颐的“涵养须用敬，进学在致知”学者奉为圭臬。薛瑄以格物为修养功夫的第一步，他所谓格物，所包方面甚广，比程颐、朱熹“穷理亦多端”列举的项目还要多且细。他说：
格物所包者甚广，自一身言之，耳目口鼻身心皆物也。如耳则当格其聪之理，目则当格其明之理，口鼻四肢则当格其止肃恭重之理，身心则当格其动静性情之理。推而至于天地万物，皆然也。天地则当格其健顺之理，人伦则当格其忠孝仁敬智信之理，鬼神则当格其屈伸变化之理。以至草木鸟兽昆虫，则当格其各具之理。又推而至于圣贤之书，六艺之文，历代之政治，皆所谓物也，又当各求其义理，精粗本末，是非得失，皆所谓格物也。然天下之物众矣，岂能遍格而尽识哉？惟因其所接者，量力循序以格之，不疏以略，不密以穷，澄心精意，以徐察其极。（《读书录》卷二）
薛瑄不仅指出格物作为一种活动所包括的方面，而且指出了它应获致的结果。他所谓格物，几无所不包，初始见一物各有一理，终则见万物总为一理。朱熹所谓“物之表里精粗无不到，吾心之全体大用无不明”最后达到的，就是这种境界。知万物各具之理为“物格”，见万理总此一理为“知至”。达到这种境界就是知道了宇宙本性，知道了太极天理。所以他说：“物格知至则识太极矣”，“知至处即性之一原”，“知至乃知性知天”（《读书录》卷二）。这一过程是从分殊之理上升到理一之理的飞跃，是从具体知识上升到亦伦理亦审美的层次。这种层次，是一种体悟出的、超越具体意象的境界和胸怀。从心本身来说，这是一种心之体用皆达其极
致而通透为一的体验。
薛瑄的格物说，基本沿袭朱熹，但相较之下，薛瑄比朱熹更多地强调对宇宙根本之理的体认。朱熹是个极富实证知识兴趣的学者，虽然他格物的最终目的是明天理，但他说得更多的，并不是最后的获得，而是具体的实证的认知过程，这是同时的陆九渊和以后的王阳明批评他的主要方面，他也说自己“道问学上多了些子”。朱熹思想中有相当多的实证知识的成分。薛瑄作为一个实践之儒，强调心性修养，他对于朱熹大量有关实证知识的论述略去不讲，他的读书札记中绝少对实证知识的论述或阐发。这固然因为薛瑄作为一个官吏与朱熹作为一个奉祠取微薄之禄而把绝大精力用于著书讲学的学者不同，更重要的，与明代儒者对心性体验更加强烈的兴趣有关。明代初年的理学与宋代理学在形态上有所不同，后者更加重视心性体验，格物穷理直接指向心性修养，这一特点是显然的。因此可以说，纠正朱熹格物说重视实证知识的偏向不自王阳明始，明初诸儒就以曲折的方式开始了。这一点更表现在薛瑄对敬的发挥上。
敬是二程、朱熹修养功夫的基本方面，二程欲消除周敦颐所受的道家影响，以敬字易“静”字。朱熹把二程关于敬的思想具体化为“静时涵养，动时省察”，以与他的已发未发、中和、性情诸说相对应。薛瑄继承了朱熹以敬为修养基础的思想，他说：“千古为学要法，无过于敬，敬则心有主而诸事可为。”（《读书录》卷五）敬的主要内容是心有主。主是主之以天理，这是实；主之以天理则心能容受外物而不为所溺，这是虚。他在比较程颢和程颐关于主敬虚实的论述时说：
程明道曰：“中有主则实，则外患不能入”。此实字指主敬而言。主敬则天理存而心实，外患自不能入。伊川曰：“中有主则虚，虚则外邪不能入”，此“中有主”即主敬之主，主敬则理虽实而心体常虚，虚则外邪不能入。（《读书录》卷五）
这是说，程颢所说的实和程颐所说的虚皆主敬。薛瑄的主敬非仅空守恭谨而已，而是与义相为依持，所以他常敬义双举，他说：“敬字自《书》中说起，孔子解《坤》六二，说敬与义尤详。为学之要无越此。”（《读书录》卷五）此处沿袭旧说，以“十翼”为孔子所作，虽不确切，但他认为，《坤》卦六二《象》辞“直以方”道出了敬义夹持之义。直即敬，方即义，直以方即敬义夹持。
薛瑄论居敬穷理二者交相发明之义更多，他说：
居敬以立本，穷理以达用。
居敬有力，则穷理愈精；穷理有得，则居敬愈固。
一于居敬而不穷理，则有枯寂之病；一于穷理而不居敬，则有纷扰之患。（以上见《读书录》卷五）
这里，居敬是一种心态、一种精神方向的确立，穷理是精思义理。前者是后者的准备，后者是前者的充实。这就是薛瑄所说的“才收敛身心，便是居敬，才寻思义理，便是穷理，二者交资而不可缺一也”（《读书录》卷五）。但薛瑄在这二者中，实际更重视主敬，他对二程居敬穷理这平行的二者复分出本末主次，他说：
程子论恭敬，曰聪明睿智皆从此出。盖人能恭敬，则心肃容庄，视明听聪，乃可以穷众理之妙。不敬，则志气昏逸，四体放肆，虽粗浅之事，尚茫然而不能察，况精微之事乎？以是知居敬穷理二者不可偏废，而居敬又穷理之本也。（《读书录》卷五）
他还说：
古语曰：“敬，德之察也”，此语最宜潜体。盖道妙莫测，靡有攸定，惟敬，则能凝聚得此理常在。如心敬，则凝聚得德在心上；貌敬，则凝聚得德在貌上。以至耳目口鼻之类，莫不皆然。或有不敬，则心君放逸而天德亡，百体懈弛而物则废。虽曰有人之形，其实块然血气之躯，与物无以异矣。此敬之一字，乃聚德之本，而为践形尽性之要也欤！（《读书录》卷五）
但在薛瑄，居敬穷理二者在修养功夫纯熟后，实际是一事，或是一件功夫的两个方面。他对敬为聚德之本体会尤深。薛瑄作为一个实践之儒，以敬字整饬身心，律己甚严，他自谓：“余每夜就枕，必思一日所行之事。所行合理，则恬然安寝；或有不合，即辗转不能寐，思有以更其失。又虑始勤终怠也，因笔录以自警。”
“余每呼此心曰：‘主人翁在室否？’至夕必自省曰：‘一日所为之事合理否？’”（《读书录》卷五）真可谓朝乾夕惕，刻刻在心。
四薛瑄与明代关中学者
关学是宋代理学的重要一支，关学的创始人张载苦学精思，穷究天人性命，其学以躬行礼教为特点。张载死后，弟子星散。关学逐渐式微。弟子中有数人东入洛阳，从二程问学。从北宋至明代中期，关学虽不至断绝，但其中无有力人物。明代成化、正德之后，王恕、薛敬之、吕柟等，播声光于关中，虽无张载之盛，亦岑寂中一响。需要说明的是，宋代张载的关学，其弟子学风大致相近，师徒授受，学说传承，有学派的规模。而明代关中学者，仅以其皆为陕人，其仕宦及学术活动，皆主要不在关中，且无大致相同的学术宗旨和相近的学风，也无明确的师承关系。故尚不足以称为“关学”，姑以“关中学者”称之。据王盛撰《薛文清公书院记》所列薛瑄门徒及从游学子，其中有关中士人十数辈，但无以学鸣者。《明儒学案》所载能传河东之学的关中学者，首推张鼎。张鼎为陕西咸宁人，成化进士，仕至户部右侍郎。少年时从父任职蒲州，因得及薛瑄之门，终生恪守师说。薛瑄殁后，张鼎为他搜集校正《文集》。张鼎之后有段坚、张杰、周小泉、薛敬之等人，皆学有所得。后学中较著名的是吕柟。吕柟字仲木，号泾野，陕西高陵人，正德进士，官翰林修撰、国子祭酒等。吕柟在南京九载，与湛若水、邹守益共主讲席，“海内学者大集，环而听者前后几千余人”（《关学编》卷四）。《明儒学案》也说吕柟“讲席几与阳明氏中分其盛，一时笃行自好之士，多出先生之门”（《明儒学案·师说》），著作多种，最著名的是《泾野子内篇》，是他各个时期讲学语录的汇编，集中反映了他的哲学思想。
吕柟之学，以朱子学为主，并继承了张载注重践履的特点。他曾与学者讨论为学之方，以格物致知、博学于文、约之以礼为为学大要。他反对王阳明致良知之学，认为致良知三字太笼统，应遵从朱子为学之方，格致诚正步骤秩然。格物穷理为功夫第一步，积学既多，意才可以诚。但他对于格物的内容，与朱熹看法不同。他认为朱熹的格物，内容太泛，容易造成学者注重格物，忽视诚意，只在知识上着眼，不能时时关涉身心修养的弊病。吕柟强调，格物之物，必是切于身心修养的，并且要在礼乐的陶养中进于道，他提出：“须将圣人言行，一一体贴在身上，将此身换做一个圣贤的肢骸。故今置身于礼乐规矩中，是不负父母生身之意也。”(《明儒学案》第151页）这里可以明显看出张载“躬行礼教”，着重践履学风的影响。
吕柟也非常注重慎独，他认为慎独是人不知而己独知处，装缀矫饰作伪等一点也掺合不得。慎独是积累心地功夫的最切要方法。慎独可以包括朱熹“静时涵养，动时省察”二样功夫。《语录》问：“戒惧慎独，分做存天理遏人欲二件看，恐还不是。”先生曰：“此只是一个功夫，如《易》闲邪则诚自存。不但未与事物接应时是独，虽是应事接物时也有独处，人怎么便知？惟是自家知得。这里功夫却要上紧做。”（《明儒学案》第149页）“存天理”即静时涵养，“遏人欲”即动时省察。而慎独是一个功夫，可以包括这两个方面，人欲遏时，即是天理。慎独是心髓入微处的功夫。
在知行问题上，吕柟主张知行二者不可偏废，先知而后行。他认为，宋明诸大儒所教修养方法，似偏于知，当以行字为之补救。他说：
人之知行，自有次第，必先知而后行，不可一偏。傅说曰：“非知之艰”，圣贤亦未尝即以知为行也。周子教人曰静，曰诚，程子教人曰敬，张子以礼教人，诸贤非不善也，但亦各执一端。（《明儒学案》第142页）
这里虽然说的是道德修养方面的知与行，并不是理论上知和行的关系的讨论，但他有一明确的看法，这就是先知后行，知行并重。这里先后只表示具体知行中的次序，并不是说价值上的主与次、轻与重。明代哲学多讲心性体验，知行等抽象的理论问题不为所重。故吕柟亦仅泛泛提及而已。与他知行并重的见解相应，在闻见之知和德性之知的关系上，他反对张载德性之知不萌于见闻的说法，主张德性之知与见闻之知相辅而行。如他的学生问：“张子何以言‘不梏于见闻？’”吕柟回答：“吾之知本是良的，然被私欲遮蔽了，必赖见闻开拓，师友夹持而后可。虽生知如伏羲，亦必仰观俯察。……殊不知德性与闻见相通，原无许多等第也。”（《明儒学案》第140页）就是说，知识是道德修养的辅助，知识的作用在唤醒心中本具的德性良知，而且从根本上说，二者是同一的。这可看做对张载偏重于德性之知的纠正。总之，吕柟是一个持守程朱学说的学者，并且承续张载关学之流风余韵，没有大的创获。他的弟子在南方者居多，他们受阳明学的影响亦在所难免。
河东之学学风平实，而于平实中见精彩，非如王门后学中一些人一意求新，高自标榜，讥河东之学为“未见性”。后来东林学者高攀龙说：“薛文清、吕泾野语录中皆无甚透悟。后人或浅视之，岂知其大正在此。”(《会语》，《高子遗书》卷五）黄宗羲也说：“河东之学，悃愊无华，恪守宋人矩矱。故数传之后，其议论设施，不问而可知其出于河东也。若阳明门下亲炙弟子，已往往背其师说，亦以其言之过高也。”（《明儒学案》第109页）这都是从纠王门后学的偏向着眼，赞扬河东之学平实无奇，与王门学者的评论自是不同。