在先天上用功还是在后天上用功，是江右聂豹等与浙中王龙溪争论的焦点。王龙溪的先天正心之学立基于先天本正之心体，功夫在万缘放下，截断后天对先天的掺杂、污染，任先天本正之心体流行。而聂豹等虽亦承认先天良知，但认为良知不免气禀物欲之杂，须有收摄保聚之功方可恃任。故江右诸人皆重后天诚意功夫。顾宪成欲调和龙溪与江右，强调须在先天本根上立基，意念上为善去恶已落后着。但顾宪成也反对“悟本体即功夫”，倡导实地为善去恶，而为善去恶须作用于先天之性。故顾宪成既反对“四无”，也反对“四有”，尤其反对“四无”。他实际上倡导以朱子学的具体去补阳明学的笼统，用阳明学的直指心源去补充朱子学的心性为二。他对心的看法体现了他调和先天正心与后天诚意的企向：
人之一心，浑然天理，其是天下之真是也，其非天下之真非也，然而能全之者几何？惟圣人而已矣。自此以下，或偏焉或驳焉，遂乃各是其是。欲一一而得其真，吾见其难也。（《与李见罗先生书》，《泾皋藏稿》卷二）
承认心是浑然天理，心中之是非，若无私欲污染，乃真是非。这表明他承认阳明“心即理”，良知之是非为真是非。但他强调的是须以朱学的实地格物功夫去补充阳明：人的现实的心必有偏驳，难得本体之真，必须用实地功夫去恶复善。顾宪成所说“朱子之格物、阳明之致知俱可别立宗。若论《大学》本指，尚未尽合”（《小心斋札记》卷十四），其意亦指出二家皆未尽功夫之全，倡导二家互补。
顾宪成反对“无善无恶心之体”，亦连带反对佛教。顾宪成年轻时好言禅，后来他对禅的看法有了极大变化，由好言之、厌言之，到耻言之、畏言之。厌者厌其好播弄，实则无多；耻者以儒学为宗，羞与禅家为伍；畏者，“无善无恶”盈天下，士子竞言禅而抛弃儒学。此外，顾宪成反对佛家，是因为佛家以无善无恶为宗。他认为，儒学也有对无的论述，如理的无声无臭和心的未发之中，但儒家之无和佛家无善无恶绝不同。儒家所谓空是实理的表现形式，理无声无臭可寻，但“天下未有实于理者”。佛家所谓空，是追求绝对的空寂，本体功夫皆无。又如佛家讲“不思善，不思恶时，认本来面目”，《中庸》讲“喜怒哀乐之未发”，二者似同而实异。《中庸》之所谓中，乃性，乃善，佛家之喜怒哀乐未发，是空，二者不可混淆。佛家“无善无恶”蔑弃道与法，而道与法绝不可无。道是纲常伦理的根据，所谓“天叙有典，天秩有礼”。法是治世的有力工具，是黜陟与夺的根据。如果道法荡灭无余，则世界将颠倒混乱不复为世界。所以佛氏的“无善无恶”决不可行。
顾宪成也反对主张人性无善无恶的告子，他说：
自昔圣贤论性，曰“帝衷”、曰“民彝”、曰“物则”、曰“诚”、曰“中和”，总总只是一个善，告子却曰“性无善无不善”。便是要将这善字打破。自昔圣贤论学，有从本领上说者，总总是个求于心；有从作用上说者，总总是个求于气。告子却曰“不得于言，勿求于心；不得于心，勿求于气”，便是要将这求字打破。将这善字打破，本体只是一个空，将这求字打破，功夫也只是一个空。故曰：告子，禅宗也。（《小心斋札记》卷三）
这里“不得于言勿求于心”二句，容有不同解释。但顾宪成指斥告子之意却甚为明显。儒家以性善为出发点。儒家之性善，有天道为其根据。所谓“民彝”、“物则”、“诚”、“中和”等，皆是道的不同表现。儒家的修养功夫，实际上是一个“求”字：求去情复性，求与心之本体合一，这些都非“无善无恶”所能成其功。告子所谓性无善无恶，否定了“性”的内容和“求”的过程，本体功夫皆归于无。告子之说，其误与禅宗同。顾宪成之反对禅宗、告子，皆针对其“无善无恶”之说，意在捍卫儒家的理论基础——性善说。他主张性善说的目的，又在于维持世教，救治人心。对此，顾宪成有一段话说得十分恳切：
见以为心之本体原是无善无恶也，合下便成一个空；见以为无善无恶只是心不着于有也，究竟且成一个混。空则一切解脱，无复挂碍，高明者入而悦之，于是将有如所云：以仁义为桎梏，以礼法为土苴，以日用为缘尘，以操持为把捉，以随事省察为逐境，以讼悔迁改为轮回，以下学而上达为落阶级，以砥节砺行、独立不惧为意气用事者矣。混则一切含糊，无复拣择，圆融者便而趋之，于是将有如所云：以任情为率性，以随俗袭非为中庸，以阉然媚世为万物一体，以枉寻直尺为舍其身济天下，以委曲迁就为无可无不可，以猖狂无忌为不好名，以临难苟免为圣人无死地，以顽钝无耻为不动心者矣。由前之说，何善非恶；由后之说，何恶非善？（《小心斋札记》卷十八）
这实际上是顾宪成对当时士风世情的批评，他认为风气的败坏与“无善无恶心之体”一语有甚大关系，所以他力斥“无善无恶”之说，倡导回复儒家性善之旨。这是他对心性理论倾注了极大心力的用意所在。
三小心——敬
顾宪成辨无善无恶，着眼在心性本体，他提倡的功夫，是“小心”二字。“小心”实际是“敬”的另一种说法。
顾宪成认为，儒家的全部修养功夫，可以用“小心”二字概括，儒家圣人的修养功夫精义在“小心”，他说：“心不逾矩，孔子之小心也；心不违仁，颜子之小心也。语本体，只是‘性善’二字；语工夫，只是‘小心’二字。”（《小心斋札记》卷十八）在他看来，性善本体，必须辅之以“小心”功夫。性善之善，不是生来即大成美备，而是只有善的端绪；善的端绪，必须从“火之始燃，泉之始达”，培养至“溥博渊泉”地位。在整个修养过程中，必须将“小心”贯彻始终。顾宪成辨“无善无恶”，是为他的修养功夫奠立基础，基础确立后，必须继之以“小心”功夫。而从当时学术界的状况说，强调功夫的必要性更在强调本体之上，他说：
世人往往喜承本体，语及功夫，辄视为第二义。孔子当时只任功夫。……然则孔子之所谓功夫恰是本体，而世人之所谓本体，高者只一段光景，次者只一副意见，下者只一场议论而已。（《小心斋札记》卷十五）
功夫就是本体，功夫是本体的发展及完成。本体是一种潜存，必须靠功夫去实现。从这个意义说，功夫是本体的生命，功夫即本体。如果只有本体而无功夫，善于想象者只是弄光景；善于体悟者只是逞意见，善于解说者只是空议论。这里，顾宪成虽未明确说“心无本体，功夫所至即其本体”，但已有了这个意思。从这里也可以看出，以顾宪成为首的东林学派与以刘宗周为代表的蕺山学派有一个共同点，他们都有见于王学先天良知派忽视功夫、纯任本体所造成的流弊，都有挽颓波于既倒的担承。纠正的方向，在强调功夫。顾宪成以“小心”名其
书斋，即含有此意：
或问：“子以‘小心’名斋，必有取耳尔也。乃札中并未尝及此二字。曾一处及之，予又不能无疑，敢请。”曰：“吾所言无非此二字，只是不曾牵名道姓耳，试体之便见。……诗云‘小心翼翼，昭事上帝’，此之谓也。”曰：“‘小心’是个敬。闻之程子之言敬，曰‘主一无适’；谢上蔡之言敬，曰‘常惺惺’法；尹和靖之言敬，曰‘其心收敛，不容一物。’似说得甚精。”曰：“总不出‘小心’二字。此二字亦何尝不精。”曰：“世儒放胆多矣，提出这二字，正对病之药。”
曰：“这是百草中一粒灵丹，不论有病无病，却少它不得。而今须要实实调服，莫只把来做个好方子。”（《小心斋札记》卷十二）
顾宪成认为其“小心”二字，括尽古来儒者功夫。二程门下功夫要领，不出一敬字。敬即“小心”。小心二字，正对治“放胆行去”之人。这里顾宪成所指，显然在泰州龙溪。顾宪成曾说：“罗近溪以颜山农为圣人，杨复所以罗近溪为圣人，李卓吾以何心隐为圣人。”（《小心斋札》卷十四）又说：“东坡讥伊川曰：‘何时打破这敬字？’愚谓近世如王泰州座下颜何一派，直打破这敬字矣。”（《小心斋札记》卷九）顾宪成论及放胆无忌惮之人，多举颜何，这一点为刘宗周、黄宗羲所承。黄宗羲在《明儒学案》中，谓颜何“非名教所能羁络”、“鱼馁肉烂”等，皆袭用顾宪成之语。
顾宪成小心二字，涵盖甚广，周敦颐之“无欲故静”，程门之静坐，皆包括其中，他尝指示初学入门者曰：
同志聚晤往往论及初入门功夫，诚切务也。第此处亦难指定耳，才指定便未免因药发病，故必从性地入方稳。无已则有二焉：一是周元公令程子寻孔颜乐处所乐何事，一是杨龟山门下相传教人静坐看喜怒哀乐未发作何气象。（《小心斋札记》卷八）
“从性地入”是方向，周程功夫是入门，而周程功夫，在他看来，皆不出一敬字。顾宪成非常赞赏周敦颐的“主静”，他说：“周子之静盖从无极来，是究竟事。程子喜人静坐，则初下手事也。”（《小心斋札记》卷九）他区别了主静和静坐：主静是求与本体符合，是功夫路向；静坐是求息心凝虑，是一种具体修养方法。主静是饱学者安身立命事，静坐是初学者调适身心事。二者不可同日而语。但二者有相通的地方，这就是静为根本，重视未发。顾宪成在肯定二程以静坐为善学，李侗于静中看未发气象的同时，特别提掇朱熹的明理为静之说，他尝言：“程子每见人静坐，便叹其善学，罗豫章教李延平于静中看喜怒哀乐未发气象。至朱子又曰：‘只理会得道理明透，自然是静，不可去讨静坐。’三言皆有至理，须参合之始得。”（《小心斋札记》卷一）在他看来，静坐、静中体认未发、理会道理明透三者都是必要的。静坐能使身心安适，是身心交养之法，属较低层次的功夫。静中体认未发，能屏息妄情，与心之本体为一，是较高一级的功夫。而理会道理是对宇宙根本之理的觉解，是了性达命之事，它包贯前二种取静之法，是更高一级的功夫。顾宪成主张三者参合，就是三者并存，各有其用武之地。但他的重点在理会道理，特别是对相对来说具有较高理论修养的人。
顾宪成的“小心”，其中最重要的是无欲，他说：
早来思无欲二字最妙。无欲则虚，虚不窒矣。无欲则清，清不溷矣。无欲则刚，刚不屈矣。无欲则简，简不劳矣。无欲则静，静不扰矣。无欲则高，高不俗矣。（《小心斋札记》卷十三）
这里顾宪成对无欲的解说，杂糅张载、周敦颐、《易传》之说，可以说是对“小心”主体境界的要求，目的在阻断欲望对本心的戕害，护持本体发用流行。顾宪成欲矫正“无善无恶”说带来的弊病，所以用了相当多的心力辨性之善恶。他的“小心”宗旨，是对程朱主敬说的继承，对王学中现成良知派蔑弃功夫，“放胆行去”的纠治。他是在王学流弊渐成风气之后提倡向程朱学复归的先导。此后刘宗周、黄宗羲起而纠王学之偏，都受了顾宪成的影响。清代儒者由王返朱，注重实学，亦可溯源至顾宪成。但他的学术规模，从理论的广大深刻说皆不如刘宗周，对王学的系统总结，要赖明代儒学的殿军刘宗周黄宗羲了。
最后要提到的是，顾宪成所开创的东林学派，是对晚明政治发生了极大影响的政治—学术力量。顾宪成不是一个书斋中人，他希图以讲学影响政治，以清议左右舆论，从而完成救国志愿。他曾说：“官辇毂，念头不在君父上；官封疆，念头不在百姓上；至于水间林下，三三两两，相与讲求性命，切磨德义，念头不在世道上，即有他美，君子不齿也。”（《小心斋札记》卷十一）做官就要上报国家，下安百姓；讲学就要培养道义，救民之急。经他的提倡，东林书院“亦多裁量人物，訾议国政”。当时也以天下清议之宗目东林。后来东林逐渐演成一切不畏权贵，大胆承当，不随流俗，敢于抗争的人物、行动的代名词：“乃言国本者谓之东林，争科场者谓之东林，攻逆阉者谓之东林，以至言夺情、奸相、讨贼，凡一议之正，一人不随流俗者，无不谓之东林。”（《明儒学案》第1375页）因此东林成了阉宦、权臣的大忌。东林诸君子，以血肉之躯撑拄国运，“数十年来，勇者燔妻子，弱者埋土室，忠义之盛，度越前代，犹是东林之流风余韵也。一堂师友，冷风热血，洗涤乾坤”（《明儒学案》第1375页），亦中国历史上一段精光独露而又可悲可叹之时。