他在龙场悟到的是“天下之物本无可格者，其格物之功只在己身心上做”（《传习录》下）。后来王阳明从自己“百死千难”的经历中提炼出“致良知”宗旨，以良知为本体，致良知为功夫，格物致知诚意正心统为一事。王阳明的功夫途径归结到一点，就是“动时念念去人欲存天理，静时念念去人欲存天理”。但王阳明判断意念正否的根据是良知，而良知本身也是一种知，它是否必然为“良”？即使王阳明晚年达到“开口即得本心，更无假借凑泊”的修养造诣，但从理论上说，良知作为是非善恶判断的根据，它本身却不能保证无恶的杂入。王阳明后学中的现成良知派，特别是王龙溪、罗汝芳等，主张“一任本心”、“顺适自然”，更难免使行为准则、是非标准中掺入个人意气、主观意志的东西，背离作为特定社会道德规范的“天理”。刘宗周看到了这一点，他欲矫程朱、阳明及王门后学之弊，试图在理论上寻得一种行为的先天主宰、是非判断的先天准则。作为天道的主宰、枢纽的对应物“意”，正好可以作为心中本有的主宰。由此，刘宗周拈出“意”字，以诚意慎独为宗旨。他在理论上所做的工作，相当多的部分是从天道人事、形上形下、已发未发、性情中和诸方面对“意”字进行阐发。
2.意字的内容“意”字作为哲学概念，源出《大学》。《大学》所谓“诚意”，“意”指心中发生的念头。朱熹、王阳明虽然功夫路向不同，但对意字的解释是相同的，即都循《大学》本义，把“意”解释为心中发生的念头。以意为“意念”，这是哲学史上最为通行的用法。但也有少数理学家，以意为心的深微的定向，如胡居仁尝说：“意者心有专主之谓，《大学解》以为心之所发，恐未然。盖心之发，情也。惟朱子《训蒙诗》言‘意乃情专所主时’为近。”（《明儒学案》第38页）这里以意为心中念头发生的引导者、支配者，而非念头本身，与刘宗周“意为心之所存，非心之所发”已经很接近了。但刘宗周对此种解释不惬于心，他说：
愚谓敬斋亦近之，而未尽也。“心有专主”，盖言有所专主也；有所专主，仍是逐物心，即朱子“情专所主”之说。然读《大学》本传“如恶恶臭，如好好色”，方见得他专主精神，只是善也。意本如是，非诚之而后如是。（《学言》下，《刘宗周全集》第二册，第441页）
这是说“专主”只说到了心的状态，未说到所主的内容，内容应是“意”，即好善恶恶之本有意向。江右学派的学者王时槐对“意”字的用法也很特别，他说：
意不可以动静言也，动静者念也，非意也。意者生生之密机，有性则常生而为意，有意则渐著而为念。……天下未有性而不意者，性而不意，则为顽空；亦未有意而不念者，意而不念，则为滞机。（《答杨晋山》，《友庆堂合稿》卷二，第20~21页）
这里他以意为心中的某种情愫，非心中发生的念头。念头有动静，意则超绝动静。寻绎王时槐的意思，他所谓意指某种情感或意绪，它的内容是生生不已的生机，这种生机的根据是性，有性故有生机，有此生机则显发为被生机鼓动着的念头。这里的意也是心中所存而非所发。但王时槐的“意”是具体的、有内容的，它的内容实际上就是生意，与刘宗周深藏心中、决定后天意念的发生方向的主宰者统御者的意是不同的。刘宗周的意不是具体的，它是一种指向，但是只指向善恶，而不指向具体的行为过程，也不是某种具体的情感意绪。泰州王栋关于意的说法更为详尽，也更为接近刘宗周所讲的“意”的意思，他说：
旧谓意者心之所发，教人审几于念动之初。窃疑念既动矣，诚之奚及？盖自身之主宰而言谓之心，自心之主宰而言谓之意。心则虚灵而善应，意有定向而中涵。非谓心无主宰，赖意主之。自心虚灵之中确然有主宰者而名之曰意耳。大抵心之精神无时不动，故其生机不息，妙应无方。然必有所以主宰乎其中而寂然不动者，所谓意也。犹俗言“主意”之“意”。（《会语正集》，《王心斋全集》第148页）
王栋这里已明言意非心之所发，而为心之所涵，并且批评审几于动念之后的功夫方法，明确说意是心中的主宰，而且这个主宰本身是寂然不动的。这可以说非常接近刘宗周所谓意。但要指出的是，刘宗周的意有天道上的根据：天道之枢纽是天运的主宰。人心中念起念灭，流行不息，但有“意”为心中发生意念或作出判断的规定者、主宰者。作为统一的宇宙（包天道、人心）来说，二者的法则是同一的。刘宗周关于意的思想是他的天道论的自然推展。另一方面，刘宗周并未看到过王栋的著作，这在《刘子全书》的编者董玚在全书卷首所作的说明和黄宗羲为《全书》作的序中都已明言。可以说，刘宗周关于意的思想是他的自得自悟，或者说是他的天道论和他对现实学弊的纠正意愿两相吻合的产物。
综合刘宗周自己的解说，关于“意”字，可有以下几项内容：其一，意是心中本有的支配后天念虑的最初意向。朱熹解《大学》，把“意”字定义为心中生起的念头。刘宗周不同意这种解释，他批评朱熹说：
意者，心之所存，非所发也。朱子以所发训意，非是。传曰“如恶恶臭，如好好色”，言自中之好恶一于善而不二于恶。一于善而不二于恶，正见此心之存主有善而无恶也。（《学言》上，
《刘宗周全集》第二册，第390页）
意思是说，“意”不是心中发生的念头。念是已发，而意是未发。见好色而爱之，见恶臭而恶之，这是“念”，属已发边事。但此已发必遵循心中本有的好好色、恶恶臭的“意”。这个“意”即存主，是念头发生所依据的最初意向。从这个意义上说，它是与心共始终的一种存有，它的内容是“好善恶恶”，所以从价值指向上说是纯善无恶的。刘宗周把“意”比作指南针向南的特性：意者心之所以为心也，止言心，则心只是径寸虚体耳。着个意字，方见下了定盘针，有子午可指。然定盘针与盘子终是两物。意之于心，只是虚体中一点精神，仍只是一个心，本非滞于有也，安得而云无？（《问答》上，《刘宗周全集》第二册，第337页）
在刘宗周这里，心、念、意三者区别甚为明显，心是虚体，它是发生、盛贮念的，意是念的发生所遵循的方向。念属于可体验到的形而下的心理现象，意则从念的方向性上推知，属形而上。就如指南针，其现实的指向是念，其必指向南的性质是意，二者非为一物。这里，意与念的区别是很清楚的。
刘宗周认为，既然“意”不是现实的活动，而是一种形而上的存在，所以，意不是动，而是超乎具体心念之动静、有无的绝对的静，他说：
意为心之所存，则至静者莫如意。乃阳明子曰：“有善有恶者意之动”，何也？意无所为善恶，但好善恶恶而已。好恶者，此心最初之机，惟微之体也。（《学言》上，《刘宗周全集》第二册，第390页）
意是与心共始终并潜存于其中的主宰，故曰存主。它不是所发，所发是念。念有动静，意则超乎动静。从这个意义上说，王阳明“四句教”中“有善有恶者意之动”是错的，因为他把“意”看做有善有恶的念头，同于朱熹所谓“心之所发”。刘宗周反复申明，“意”只是善必好、恶必恶的先天意向，不是好善恶恶的后天活动。这种意向即“十六字心传”所谓“道心”，故曰“惟微”。这一意向又叫做“机”，但这个机不是周敦颐所谓“诚无为，几善恶”之几。周敦颐所谓“几”，也是已发边事，虽其动甚微，但已属念。刘宗周认为他所谓“机”是《易传》所说的“吉之先见者”，即现实的吉凶之念所依据的意向。
其二，意是心之主宰。意既是决定心念方向的潜在意向，所以它最本质的属性就是主宰。刘宗周认为，人的思想、行为皆受“意”的指导，因为意“一于善而不二于恶”，所说它又叫“诚体”。人的思想和行为偏离天理，就是因为诚体被蒙蔽了的缘故。诚体如果时时清明，时时朗照，受意指导的行为就是合乎天理的。他在回答弟子问圣凡之别时说：
百姓日用而不知，惟其定盘针时时做得主，所以日日用得着。不知之知，恍然诚体流露焉。故圣人知之，而与百姓同日用，则意于是乎诚矣。“诚无为”，才着思勉，则不诚，不诚则非意之本体矣。观诚之为意，则益知意为心之主宰，不属动念矣。（《问答》上，《刘宗周全集》第二册，第339~340页）
圣人与百姓都具有“意”、“诚体”，其不同在于，百姓对自己的“意”是不自觉的，圣人则是自觉的。但不管自觉与否，诚体都在发生作用，都在主宰人的思想和行为。自觉则能“诚意”，保持意的本体的清明状态。不自觉则意可能受蒙蔽。
在作为行为的主宰这个意义上，“志”和“意”都可以说是主宰。但在刘宗周这里，志和意是有明确区别的。志是行为活动的指向，意则是决定活动指向的潜在意向。如果用“气”这一含义复杂的中国哲学范畴说，意是“心之中气”，志是“心之根气”。刘宗周说：
心所向曰意，正如盘针之必向南也。只向南，非起身至南也。凡言向者，皆指定向而言，离定字便无向字可下，可知意为心之主宰矣。心所之曰志，如云“志道”、“志学”，皆言必为圣贤的心，仍以主宰言也。心所之与心所往异。若以往而行路时训“之”字，则抛却脚跟立定一步矣。……意者心之中气，志者心之根气，故宅中而有主曰意，静深而有本曰志。（《问答》上，《刘宗周全集》第二册，第343页）
意是先天本具的潜在意向，如盘针之必南，志是后天活动的指向。意有定，这个定的内容是好善恶恶，所以“意”是个有伦理意味的概念，“志”则无伦理意味。志必受意的主宰，而意则不受志的主宰。如以行路譬喻，“之”无定向，泛言“去”、“往”则有定向；“之”譬犹“志”，“往”
譬犹“意”。所以，“志”是无伦理指向的“根气”，“意”是有伦理指向的“中气”。
其三，意是未发之中。“意”的内容既是好善恶恶的潜在意向，而且又超越具体心念的动静，是所存而非所发，所以它又是未发之中。刘宗周与弟子的一段问答清楚地说明了这一点：
问：“一念不起时，意在何处？”先生曰：“一念不起时，意恰在正当处也。念有起灭，意无起灭也。……”又问：“事过应寂后，意归何处？”先生曰：“意渊然在中，动而未尝动，所以静而未尝静也。本无来处，亦无归处。”（《问答》上，《刘宗周全集》第二册，第339页）
不管念是否起，意永在中之位，无动静、无生灭、无来去。意虽无消失时，但可有明昧时，被私欲蒙蔽了的意不能直贯形下的心念，恶由是发生。但在刘宗周这里，具体的恶念绝不是永恒的中的作用。中即诚体，即意，正心是使念虑和行为合乎天理。诚体是本，正心是末，刘宗周说：“诚以体言，正以用言，故正心先诚意，由末以之本也。”（《明儒学案》第1552页）这里体用是本末、源流的意思。
刘宗周以“意”为未发之中，与朱熹、陆九渊、王阳明等有代表性的说法皆不同。
朱熹所谓心主要指接受外界印象的认识主体，它是空无一物、湛然虚明的。朱熹《大学或问》说：“人之一心，湛然虚明，如鉴之空，如衡之平。以为一身之主者，固其真体之本然。”虽然朱熹以性为未发，情为已发心统性情，性是个表示性质的范畴，它不现实地发生作用。心在未发时虽是性，但性不直接与心发生交涉，它是通过情这一形而下的存在才与心发生现实作用的。所以朱熹的未发之中只是念虑未生以前的虚静状态。刘宗周批评这种关于未发之中的观点，认为朱熹此说惑于禅学，因为心中无主宰，所以功夫断为格物、存心两截，而存心中又分为“静而存养，动而省察”两途，无有贯彻于一切功夫之主线，故失之支离。刘宗周也不同意陆九渊、王阳明对未发之中的解释。陆九渊主“心即理”说，以“本心”为其哲学出发点，主张“收拾精神，自做主宰，万物皆备于我”。但本心如无精微功夫，则易与习心相混。王阳明有见于此，于本心中特提揭“良知”二字，作为心之本体。良知即是未发之中。但王阳明虽将良知替去陆九渊的本心，并有“存天理，去人欲”作为致良知的实功，但良知仍是知，其中并非本然具有好善恶恶之“意”。刘宗周认为：“提起诚意而用致知功夫，庶几所知不至荡而无归。”（《问答》上，《刘宗周全集》第二册，第348页）在他看来，这三家的根本错误都在于不知未发之中的真意思。
如上文所言，刘宗周对“意”的解释，有其本体论的根据。他的“诚意”，即《大学》、《中庸》所说的慎独。“意”字即独体，诚的功夫即慎。“慎独”之独，为独体，它是天命之性的凝聚和表现。宇宙大化流行中有一主宰曰天枢。此天枢“无极而太极”，己不动而为万化之主宰。天枢是宇宙的独体，而人心中之独体，则为“意”。刘宗周说：“意根最微，诚体本天。本天者，至善者也。以其至善，还之至微，乃见真止。”（《学言》下，《刘宗周全集》第二册，第453页）就是说，天道之诚是心中之“意”的根据，此意根即独体，保护此独体在慎之一法，“慎独”即保护此意根不被遮蔽，时时精微。所以说，“独之外别无本体，慎独之外别无功夫”。
三对王阳明及王门后学的批评
刘宗周提出“意”字，最主要的目的在于纠正心中无主宰这一流弊，所以，他重点破斥的是王阳明晚年定本“四句教”及王龙溪由四句教生发出的“四无”说。他批评阳明、龙溪说：
阳明先生于知止一关全未勘入，只教人在念起念灭时用个为善去恶之力，终非究竟一着。……故其答门人，有“即用求体”之说，又有“致和乃所以致中”之说，何其与龟山门下一派显相矛盾乎？然则阳明之学，谓其失之粗且浅、不见道则有之，未可病其为禅也。阳明而为禅，何以处豫章、延平乎？只为后人将无善无恶四字播弄得天花乱坠，一顿扯入禅乘，于其平日所谓“良知即天理”、“良知即至善”等处全然抹杀，安得不起后世之惑乎？阳明不幸而有龙溪，犹之象山不幸而有慈湖，皆斯文之厄也。（《答韩参夫》，《刘宗周全集》第三册，第359页）
这里，刘宗周与一般对于王阳明的批评不同。一般皆以阳明为禅，刘宗周则独辩阳明“似禅而非禅”。一般以阳明为禅，是说他“看喜怒哀乐未发前气象”，同于禅宗“不思善，不思恶时，认本来面目”。刘宗周认为，单就这一点，并不能说阳明为禅，因为看喜怒哀乐未发前气象，是周敦颐、二程“单提口诀”。罗从彦、李侗皆就此一路。在刘宗周看来，未发气象，正是他所谓“意”、“独体”。看未发气象，就是直求此“意”字，以为中节之和的根据，这正是儒家修养的正途。批评王阳明认取未发为禅，就是以未发时为空寂，此正堕于禅矣。王阳明的错处，在于他不是时时认取未发气象，而是教人在念头发生后以良知判断其善恶，然后实地为善去恶。在刘宗周看来，念头既已发矣，克之何及？王阳明这种方法，是由用见体、致和即所以致中的方法。对“意”、“独体”超绝对待，为主宰后天心念之先天意向这个意思，尚未透彻。
所以，王阳明的根本错处在于不知先天有止，故失之粗浅。王龙溪“四无”说，谓“心是无善无恶的心，意是无善无恶的意”，将心中本具的“意”抹去，使心成一空寂虚无之物，此亦堕入禅学。