黄宗羲对四句教第四句“为善去恶是格物”的解释却更接近王阳明后期的思想。他认为为善去恶不是存理去欲的心理行为，不是“趋善如救火，避恶如探汤”的意志趋向，也不是经过是非判断然后去改过迁善的现实行动，他对为善去恶的解释是“率性而行”。率性而行不是罗汝芳式的“顺适当下”，也不是董萝石式的“从吾所好”，而是王阳明的“致良知”，即王阳明在代表他晚年思想的著作《大学问》中所说：
今于良知所知之善恶者，无不诚好而诚恶之，则不自欺其良知而意可诚也。然欲致其良知，岂亦影响恍惚而悬空无实之谓乎，是必实有其事矣。……今焉于其良知所知之善者，即其意之所在之物而实为之，无有乎不尽；于其良知所知之恶者，即其意之所在之物而实去之，无有乎不尽，然后物无不格，而吾良知之所知者，无有亏缺障蔽，而得以极其至矣。（《王阳明全集》第972页）
致良知包括意志和行为，致良知有善恶判断，有据此判断而生发的现实活动，及此活动之后的心理反应（快然或自歉）。致良知概括了诚意正心致知格物各个方面。黄宗羲的意思，是要把分别的、零碎的为善去恶变为一个系列性的连续活动，把功夫连贯起来，使它成为一个在善的原则指导下的自发行为。
黄宗羲刘四句教的以上理解，还有一个根本因素，这就是他想把王门后学中“虚玄而荡”和“情识而肆”二种弊病矫正过来。王龙溪以孟子性善说及王阳明良知即天理说为根据，倡“先天正心”之学。王龙溪认为，人的一切世情嗜欲都产生于意念。心体本善，有意念掺入，始有不善。若能将修养功夫直接植根于先天本正之心体，意所动自不易入。如疏河导源，旁流之溷水自不能污。这就是他说的“凡心习态全体斩断，令干干净净从混沌中立根基，始为本来生生真命脉”。所以王龙溪称自己的学问是“无中生有”。“无”为功夫，“有”为本体。“无”即收摄精神归于静，“有”即本心之善流行。故万缘放下，四面八方通路一齐塞断，让本体之善时时发用流行，此为“无中生有”。良知是天然灵根，不须照管，不须防检，自然流行。故本体上着不得功夫，着力处全在如何使本体流行。只有万缘放下之“无”，才有先天本心之触机而发，神感神应之“有”。“无”越彻底，“有”越生发。日常功夫，只在使当下应机之意念顿然消解，又不使这消解过于操持，时时意念呈露，时时全体放下，随机缘俯仰逶迤，此时即直心状态。有此状态，良知本体自然显现。此为龙溪修养功夫之大端。而这种修养方法的确与遵从王阳明在日用常行中实实落落作为善去恶功夫的教训的钱德洪大不相同，而与禅宗“即心是佛，无心为道”相应。故黄宗羲说王龙溪“跻阳明而为禅”。王龙溪因特重“无中生有”，易堕入“断灭性种”；否定为善去恶，容易流荡不着实地，所以被刘宗周斥为“虚玄而荡”。黄宗羲在比较王龙溪与钱德洪的功夫特点时说：
龙溪以见在悟其变动不居之体，先生（指钱德洪）只于事物上实心磨炼。故先生之彻悟不如龙溪，龙溪之修持不如先生。乃龙溪竟入于禅，而先生不失儒者之矩矱，何也？龙溪悬崖撒手，非师门宗旨所可系缚，先生则把缆放船，虽无大得，亦无大失耳。（《明儒学案》第226页）
此处黄宗羲褒扬“实心磨炼”的意图是很明显的。泰州学派的情形要复杂得多。“泰州”以地理区域言，派中人物之学术方向和学说宗旨杂沓不齐。泰州学派创始人王艮曾以古冠服招摇都下，京中皆目为怪魁。但王艮之怪，在其“意气太高，行事太奇”，皆外表形式上异于常人，如深衣、蒲轮之类。其学说相对于阳明弟子中其他派别，更平实无奇，更具平民色彩，更少精英知识分子所有的书院气和出世气。王艮本人的学说，除保身安身论与儒学传统中的杀身取义明显相左外，其他如淮南格物、百姓日用即道等学说，皆未出儒者范围。其修身为本、治国平天下为末的学说，刘宗周以之为古来格物说中最平正无偏者。而他的学说中被后学大大发展了的，是“百姓日用即道”中道、理即在日常行为中，当下即是，不用拟议安排的思想。这一学说至罗汝芳而大放异彩。罗汝芳的学说，以赤子良心不学不虑天然自有为根本，以性体周流不须把持不须接续浑沦顺适为功夫，“解缆放船，顺风张棹，无之非是”。罗汝芳把王阳明致良知学说中本来即是、自然顺适这一面发展到了极端。按黄宗羲的说法，罗汝芳的顺适当下，亦只任气机流行，无有主宰于其间。其顺适当下即禅宗的佛法一切现成，何心隐、李卓吾的“鱼馁肉烂”即承此而起。黄宗羲指出，王龙溪和罗汝芳的学说及修养实践最大的缺失就是任流行而无主宰。他们以为自己的学说是王阳明致良知说合乎逻辑的结果，但王阳明所推致的良知是半生深切体验、艰辛磨砺、孤苦探索所得，是道德理性和知识理性的结合，是即主宰即流行的。而王龙溪和罗汝芳只是承袭口吻，接过王阳明从百死千难中得来的东西，没有真切受用。王龙溪的四无说只是王阳明“心体上着不得一念留滞”这一思想的推广，罗汝芳的顺适当下只是王阳明“良知即是个未发之中，即是发而中节之和”、致良知须“勿忘勿助”等晚年熟化思想的截取与承袭。黄宗羲担心的是，王龙溪的万缘放下、任良知流行的思想，会使私欲附良知骥尾而畅行无阻。万缘放下已将王阳明克治私欲须“如猫捕鼠，一些儿放松不得”的精神丢弃了，其任良知流行亦不必所流行皆良知，已为夹带私欲开了方便之门。罗汝芳的顺适当下，当下皆为良知否尚属不可知，不用拟议安排，正将良知对意念的汰滤一关撤除。“功夫难得凑泊，即以不屑凑泊为功夫；胸次茫无畔岸，便以不依畔岸为胸次”，正是无舵之舟，无羁之马，无有方向，无有主宰。按罗汝芳的意思，赤子良心不学不虑，天然性善，已暗含了方向和主宰，只要顺适即可。但按黄宗羲的说法，此暗含只是理论上的“存有”，这种存有浮现于心的层面、意念的层面，这中间又隔了几重公案，又有多少功夫节次在其中。黄宗羲认为，泰州后学的放言高论对突破理学的陈腐旧套，自标新格，自创新路不无帮助，“虽素不识学之人，俄顷之间能令其心地开明，道在现前，一洗理学肤浅套括之气，当下便有受用”（《明儒学案》第762页）。但已不能如王阳明本体功夫全提，主宰流行兼备，已有偏颇种子在其中。黄宗羲关于流行与主宰的关系曾有如下论述：
生生之机洋溢天地间，是其流行之体也。自流行而至划一，有川流便有敦化。故儒者于流行见其划一，方谓之知性。若徒见气机之鼓荡而玩弄不已，犹在阴阳边事。（《明儒学案》第762页）
流行者在人为心，在天即宇宙间生生不已之生机。流行中有划一，划一不碍其流行之体。所谓阴阳边事，即徒有气而无理，徒有流行而无主宰。黄宗羲对四句教的解释，以刘宗周“意为心之所存，而非所发”、意“渊然有定向”等思想为纲领。他把四句教的第三句“知善知恶是良知”中“知善知恶”解释为“诚意中之好恶，好必于善，恶必于恶”，正是强调流行中有主宰。其纠正阳明后学“虚玄而荡”、“情识而肆”之偏的用心是很明显的。
四本体与功夫
与四句教密切相关的是本体功夫问题。本体与功夫是理学一对重要范畴。它在明代哲学中更有特别的重要性。因为王学及其后的明代学术进程逼出了心的多层次多侧面的含蕴，及这些含蕴的复杂关系。比如，道德理性的根据何在？心的本质属性与理想样态应该如何？先天与后天在成就人格中各充当什么角色？在人的成德过程中道德理性与知识理性的作用各如何发生，二者如何结合？这些都牵涉到本体与功夫问题。对本体和功夫的不同见解是派分的重要依据。
本体和功夫问题，若略去细节上的纷争，基本见解分为“功夫所至即是本体”和“悟本体即是功夫”两派。这一问题的讨论可以溯源到王阳明。王阳明对本体功夫的论说，最详尽的是“天泉证道”和“严滩问答”二处。这二处皆阳明晚年所说，代表他的最后思想。天泉证道，王阳明在听完王龙溪和钱德洪各自的见解后说：
二君之见正好相资为用，不可各执一边。我这里接人原有此二种：利根之人直从本原上悟入，人心本体原是明莹无滞的，原是个未发之中；利根之人一悟本体即是功夫，人己内外一齐俱透了。其次不免有习心在，本体受蔽，故且教在意念上实落为善去恶。功夫熟后，渣滓去得尽时，本体亦明尽了。汝中之见是我这里接利根人的，德洪之见是我这里为其次立法的。二君相取为用，则中人上下皆可引入于道。若各执一边，眼前便有失人，便于道体各有未尽。（《传习录》下）
王阳明这里所谓本体，即心之本体，也就是心本有的属性、功能及其表现样态。所谓功夫，即达到本体或使其充其极的方法、手段、过程。这里要特别注意的是，功能、属性和样态是不一样的，前者重在说它是什么，后者重在说它如何表现。如前所述，四句教的第一句“无善无恶心之体”，此心之体究竟是指心的本质、心的功能还是指心的表现样态，理解就很不一致。刘宗周把它理解为本质，所以他认为王阳明“无善无恶心之体”一句从根本上就错了，应该为它易一字：“有善无恶心之体”。黄宗羲则理解为样态，“无善无恶心之体”即心体本来没有善念恶念，并非说心体非善。周汝登则认为样态与本质不可分，样态是本质的前提：“无善无恶是为至善”。对四句教的记载，《传习录》
本质样态二义俱有。其“明莹无滞”说样态，其“未发之中”说本质（中即性字）。而《阳明年谱》和王龙溪《天泉证道记》重在说样态。王阳明所谓“悟本体即是功夫”是说，上根人一了百通，对于本体的获得，不必循后天在日用常行中克治恶念，存养善根，积累既多，最后心中性体流行这一途径，而是直接悟入心中本具的善性，将功夫路头一齐塞断，让性体流至心中。“悟本体即功夫”，是说不要特别的功夫，悟本体这一行为本身就是功夫。这是利根人的途径。但王阳明又指出：“利根之人，世亦难遇，本体功夫一悟尽透，此颜子明道不敢承担，岂可轻易望人？”（《传习录》下）亦即对于大众来说，还是应该讲“功夫所至即是本体”。所谓“功夫所至即是本体”是说，性虽至善，但绝大多数人的善性已被心中具有的私欲遮蔽，不能直透至心体层面，需要用具体的为善去恶功夫，积累多了，心中本具的善性才会流至心的层面。“心无本体”不是说心中本无善性，而是说心中的善性没有直接朗现，需用功夫去其遮蔽，使其朗现。当然王阳明所说的利根人也并非心中无一点遮蔽，利根人只是“善的分数多些”，用功容易些。钝根人也并非无“一隙通明”，而是遮蔽重些，用功难些。而利根人、钝根人皆有良知只要功夫着到，可获致同一结果。
严滩问答，《传习录》载：
先生（指王阳明）起行征思田，德洪与汝中追送严滩。汝中举佛家实相幻想之说，先生曰：“有心俱是实，无心俱是幻；无心俱是实，有心俱是幻。”汝中曰：“有心俱是实，无心俱是幻，是本体上说功夫；无心俱是实，有心俱是幻，是功夫上说本体。”先生然其言。
王阳明这里借用佛家吊诡语，正说反说，以曲尽本体功夫不同方面的含义。而王龙溪也确实透悟本体功夫二种不同路向及其结果。王阳明之“有心俱是实，无心俱是幻，是本体上说功夫”，意思是，本体是有，此有即心之本体，即良知。若不承认良知为有，以良知为虚幻，则失去孟子以良知本心为出发点、为第一义谛的宗旨，故为大错。而以良知本体为实有，以推致此实有之良知为功夫，则是正确路向。“本体上说功夫”，即承认本体、体证本体、推致本体就是功夫。如准前述本质样态之分，此一句是从本质义说，且近于王龙溪“先天正心”之旨。“无心俱是实，有心俱是幻，是功夫上说本体”，“无心”即无现成本心、现成良知，功夫着到，即良知本体。未经功夫的本体，只是虚幻的有、抽象的有，此亦“功夫所至即是本体”之意。“悟本体即功夫”、“功夫所至即本体”，是王阳明良知说的最主要的两个方面，须说到这两个方面，阳明宗旨才是完全的。所以王阳明然其言。王阳明晚年居越之后，功夫熟化，境界既切近又高远，早年许多兢兢业业实地用功的话头多不提，所论功夫多就高明一路。但此前论学之言，特别是训诲初学，则以“功夫所至即其本体”为主。
阳明殁后，其后学以对本体功夫的不同见解分为二大派。以王龙溪、罗汝芳为代表的“现成良知派”重本体，强调良知本体完完全全，当下现成，悟此本体，即为功夫。以江右聂豹、罗洪先为代表的“功夫修证派”重功夫，强调良知虽人人皆具，但其现实表现并非直接与本体同一。黄宗羲对于本体功夫问题，明显赞成“功夫修证派”。这一点是受了刘宗周的影响。他对这一问题的见解，集中于两个问题：其一，何为阳明真正宗旨；其二，现成良知派和功夫修证派何者得阳明真传。这两个问题其实是一个。关于这个问题的讨论贯穿于《明儒学案》全书。
王阳明是朱熹之后最大的儒者，他一生精进不已，好学善学，具有多种学养，加上他传奇式的经历和军事上的卓越建树，使他的学术思想具有既高明又平实、既广大又精微的特点。王阳明的学术历程，黄宗羲分为六个阶段。龙场悟道后的三个阶段，彼此间差别较大，可以说是“致良知”教的准备、确立、熟化期。准备期的特点是以静、收敛为主。黄宗羲对这一时期的概括是：
自此之后，尽去枝叶，一意本原。以默坐澄心为学的，有未发之中，始能有发而中节之和。视听言动，大率以收敛为主，发散是不得已。（《明儒学案》第181页）
一意本原者，专以养成精纯的道德理性为务。尽去枝叶者，摒去佛老杂学、辞章骑射等。具体事物的知识虽不摒去，但已经作为道德理性的辅助与衬补。未发为根本，未发不仅是尚未发为意念，而且是尚未发为意念时的廓然大公状态。这种状态的养成主要靠静中体验。默坐澄心是静中体验的方法。收敛是趋向静，在静中涵养性体；或虽有意念发生，在静中使意念消沮。收摄精神、静中涵养的功夫路向虽持续了相当长的时间，但默坐澄心这种具体的修养方法却很快被纠正了。因为王阳明发现默坐澄心容易养成喜静厌动之弊，所以又以在实事上磨炼为主。但实事上磨炼的目的仍在省察克治，仍是收敛而非发散。这一功夫路向为江右聂豹、罗洪先的归寂、主静宗旨所本。不但江右，浙中弟子中及门较早、性情笃实的也趋向这一路。黄宗羲虽对王阳明成熟期的思想十分赞赏，但他最推许的，在王阳明对于朱熹路向的扭转，在于其将道德理性放在最根本的位置，以道德理性统领知识，合知行为一的致良知说。对于王阳明晚年由本领阔大，功夫熟化直悟良知与道、性、气等的关系而有之超迈语、境界语，则未见推许。不仅未见推许，且有裁之抑之使归于实地的意思。他在《明儒学案》中评论徐爱说：