黄宗羲讨究君主的职分，是要把后世扭曲了的为君之道扭转过来，恢复儒家的圣君理想。这虽过于理想化，但他对后世****君主扭曲君主职分，视天下为一己之私产的抨击，对小儒无视君主职分的改变，无条件地维护君权所作的批判，都是从政治制度和治权思想的根本大计着眼，跳出了据帝王个人道德和治国能力来评价君主的狭隘眼光。这在他那个时代是相当大胆、相当有启蒙意义的。
黄宗羲也对臣的职分进行了讨究。他认为，臣是协助君主治理百姓的，臣之设为百姓非为君。因为天下国家之大，非君一人所能治，必须设官分担治国之责。人之为臣，是为天下，非为君；为万民，非为一姓。所以，着眼于天下万民，于天下万民为不义不利之事，即使受君主强迫，臣下也不应去做。黄宗羲对于所谓治乱有一个非常卓越的见识：“天下之治乱，不在一姓之兴亡，而在万民之忧乐。”（《明夷待访录·原臣》，《黄宗羲全集》第一册，第5页）历史上****的灭亡，正是天下大治；****的兴起，是祸乱之始。做臣子的，不懂得这个道理，不从万民之忧乐着眼，即使能辅佐君主而治，或为君主死节，都不合于臣道。后世骄奢淫逸之君，不以天下万民为念，其诠选臣子，不过欲得为其奔走服役之人。世上为臣者不明白这个道理，以为臣是为君而设，君将治理百姓的职责分给臣下。这就是视天下人民为君主囊中私物。而为臣者，以为四方劳扰、百姓疾苦将会危及君主，所以在牧民之术上有所改进；若不危及君主的政权，即使天下劳扰、百姓疾苦，皆不过纤芥之疾。作此见解者，从君主一姓的安危着眼，即有善治，也已违背臣道。君臣关系应该是，君与臣皆为天下百姓办事者，不过职分有别。治理天下就像许多人共同曳一根大木头，君与臣共为曳木之人。“出而仕于君也，不以天下为事，则君之仆妾也；以天下为事，则君之师友也。”（《明夷待访录·原臣》，《黄宗羲全集》第一册，第5页）
黄宗羲对君臣的本质的见解是非常杰出的，他的这些见解围绕一个中心观点，这就是，天下为万民之天下，不是君主一姓之天下；君主臣下都是治理万民之天下中的不同职分。这些思想具有鲜明的民本精神。黄宗羲关于臣道的阐述也是有感于明代后期宦官擅权，宦官与外戚勾结倾轧朝中正人君子，朝臣多缄口缩身以自保的黑暗政治而发，具有很强的现实针对性。
黄宗羲的批判矛头也指向古今法制。他所谓法，不限于法律法令，也泛指国家制度设施等。他认为，三代以上有法，三代以下无法。三代之法一以百姓的需要为根据，各种政令、制度的设立，都从百姓的实际利益出发。而后来的君主，一切法律法令与政制设施都是为了巩固自己的统治，延长一姓的祚命。他说：
三代以上之法也，因未尝为一己而立也。后之人主，既得天下，惟恐其祚命不长也，子孙之不能保有也，思患于未然以为之法。然则其所谓法者，一家之法，而非天下之法也。（《明夷待访录·原法》，《黄宗羲全集》第一册，第6页）
如秦始皇改封建为郡县，是因为郡县便于巩固中央集权统治。汉代封王建藩，是因为藩国可以屏障中央政府。宋朝解藩镇之兵权，是因为藩镇不服从朝廷的命令，尾大不掉之势已日渐形成。这些都是为了便利君主自己的统治，不是为了百姓。黄宗羲比较三代之法和后世之法说：
三代之法，藏天下于天下者也。山泽之利不必其尽取，刑赏之权不疑其旁落，贵不在朝廷也，贱不在草莽也。在后世方议其法之疏，而天下之人不见上之可欲，不见下之可恶，法愈疏而乱愈不作，所谓无法之法也。后世之法，藏天下于筐箧者也。利不欲其遗于下，福必欲其敛于上。用一人焉则疑其自私，而又用一人以制其私；行一事焉则虑其可欺，而又设一事以防其欺。天下之人共知其筐箧之所在，吾亦鳃鳃然日惟筐箧之是虞，故其法不得不密。法愈密而天下之乱即生于法之中，所谓非法之法也。（《明夷待访录·原法》，《黄宗羲全集》第一册，第6页）
根本的区别即在三代之法为公法，后世之法为一己之私法。一己之私法，创法者固为私，变法者亦未始不为私。在私法之下，即使有能治之人，其所治亦在私法的范围内。黄宗羲指出，法之为公为私是最大关节，“有治法而后有治人”。为公之法，法之外另有大空间。在公法下，正确的行为固为法所许，不正确的行为也不招致罪名，为法所害。黄宗羲对古来政制和法律的批判，具有很强的民本色彩，但也有极大的空想成分。其公法私法之辨也是以理想的三代之法为根据。但三代之法究竟如何，后人已莫知其详。而在成文法已有数千年的历史，法律早已成为不可或缺的社会生活要素之时，依然以空想的三代之法为致治理想，是不切实际的。
黄宗羲对学校的性质与功能也有独特的设想。他设想的学校，不像后世通行的学校那样仅仅是教育机构，而是类似上古社会的宣教机关，其职责在以清议影响政治，以教育培养人才，以礼乐化民成俗。黄宗羲说：“学校，所以养士也。然古之圣王，其意不仅此也。必使治天下之具皆出于学校，而后设学校之意始备。”（《明夷待访录·学校》，《黄宗羲全集》第一册，第10页）培养、造就知识分子，不是学校的全部任务，学校同时是一种代表民意指向、反映政治状况、营造宽松气氛的场所。学校的职责首先是清议，而清议是自由的。学校可以“使朝廷之上，闾阎之细，渐摩濡染，莫不有诗书宽大之气。天子之所是未必是，天子之所非未必非，天子亦遂不敢自为非是，而公其非是于学校”（《明夷待访录·学校》，《黄宗羲全集》第一册，第10页）。
学校的存在可以造成一种宽松的气氛，形成一种无形的监督，从君主到百官，其政令设施皆考虑学校的意见，皆出于它的无形监督之下。天子不敢自立于超越的权力之地而拒绝学校的监督，百官也惮于清议，不敢利用职权谋取私利。黄宗羲认为，三代以下，学校的清议作用逐渐丧失，历史上除东汉太学生讽议朝政，裁量人物，豪强避其贬议不敢公然为非，北宋太学生伏阙槌鼓请起李纲等少数事件外，学校以知识分子群体力量影响政治的局面已经丧失。朝廷失去了民间舆论的监督，一切在天子的无限权力笼罩之下：
三代以下，天下之是非一出于朝廷，天子荣之，则群趋以为是，天子辱之，则群擿以为非。簿书、期会、钱谷、戎狱，一切委之俗吏，时风众势之外，稍有人焉，便以为学校中无当于缓急之习气。而其所谓学校者，科举嚣争，富贵熏心，亦遂以朝廷之势利一变其本领。而士之有才能学术者，且往往自拔于草野之间，于学校初无与也。究竟养士一事亦失之矣。（《明夷待访录·学校》，《黄宗羲全集》第一册，第10页）
在朝廷的导向与高压下，学校失去了清议监督政治的职能，变成了仅仅科举考试的养成所。士子趋于利禄之途，学校培养人才的功能也蜕变了。黄宗羲痛斥此种现象：
于是学校变而为书院。有所非也，则朝廷必以为是而荣之；有所是也，则朝廷必以为非而辱之。伪学之禁，书院之毁，必欲以朝廷之权与之争胜。（《明夷待访录·学校》，《黄宗羲全集》第一册，第11页）
黄宗羲这里的议论是有感于明代末期朝廷与在野知识分子间的残酷斗争而发，有感于宦官擅权，迫害正人，禁伪学、毁书院的行径而发，意在抨击朝廷的高压对于正直知识分子的迫害。
黄宗羲对学校培养人才的职能也提出了新的设想。他提出，郡县的官学，由郡县众议，请名儒主持。郡县学校皆设《五经》师，兵法、历算、医药、射御亦有师。学宫之外，寺观庵堂皆可改为书院小学，寺产归于学校，供给贫穷学生。国家的最高学校太学，推择当世大儒或退位宰相为祭酒。每月初一，天子率宰相、六卿、谏议大夫到太学听讲，天子百官皆就弟子列。政治上有缺失，祭酒可直言无讳。天子之子年十五以上，应到太学学习，使其知民情，习劳苦，以免闭置宫中，所闻所见不出宦官宫妾的范围，养成妄自尊大的习气。郡县每月二次，程序一如太学。在选拔人才上，学校中的学官不隶属于朝廷主管地方教育的提学，其与提学为师友关系。学官负责选地方上的俊秀补太学，太学中的俊秀送礼部考试授官。各级学校中学生的黜陟，由学官主之，提学不参与其事。
学校同时是化民成俗的机构。在乡饮酒中，合一郡一县的缙绅士子，士人与庶民中年高无过犯者，坐上座，学官和郡县皆以晚辈之礼叩请乞言，以养成尊老之风。乡贤名祠，不以势位为进退。或立或废，一依其功业文章学行。一邑之先贤陵墓祠宇，其修饰与表章，皆学官之事。民间婚丧嫁娶事，皆依朱熹《朱子家礼》。庶民不懂得的，皆可问学官。“故入其境，有违礼之祠，有非法之服，市悬无益之物，土留未掩之丧，优歌在耳，鄙语满街，则学官之职不修也。”（《明夷待访录·学校》，《黄宗羲全集》第一册，第14页）
黄宗羲关于学校的设想，虽也是以理想的三代学校为蓝本，但其中实际可行的成分要比他关于君臣法制的议论多得多。他的设想，代表了在野知识分子虽不实际参与国家政治，但通过学校这种融清议、教育、化俗为一体的特别职能来参与社会事务的理想。
黄宗羲是一个目光敏锐、富于批评精神的思想家，他在《明夷待访录》中还涉及财政、赋税、兵制、选用人才、宦官祸国等问题。他的设想虽有较多的空想成分，但总的说，他比他同时代的知识分子更为正确地看到了未来社会的走势。他的书在后来的民主运动中发生了很大影响，这绝非偶然。从这里说，把他作为“新世代的开创者”（冯友兰语）是有理由的。