陈献章这封信写于成化七年（1471），这时他四十四岁。按他的弟子张翊叙述，正是他“或浩歌长林，或孤啸绝岛，或弄艇投竿于溪涯海曲，亡形骸，捐耳目，去心智，久之然后有得焉，于是自信自乐”（张翊：《白沙先生墓表》，《陈献章集》第883页）之时。此时陈献章爽朗高明，对于万物的体认，重在心与道俱，活泼健动的方面。所以这封信有驱人感人相与绝尘之概。刘宗周对陈献章有一很中肯的评论：
先生学宗自然，而要归于自得。至问所谓得，则曰“静中养出端倪”。向求之典册，累年无所得，而一朝以静坐得之，似与古人之言自得异。孟子曰：“君子深造之以道，欲其自得也。”不闻其以自然得也。静坐一机，毋乃浅尝而捷取之乎？……“静中养出端倪”，不知果是何物？端倪云者，心可得而拟，口不可得而言，毕竟不离精魂者近是。今考先生证学诸语，大都说一段自然功夫，高妙处不容凑泊，终是精魂作弄处。盖先生识趣近濂溪而穷理不逮，学术类康节而受用太早。质之圣门，难免欲速见小之病者也。（《明儒学案·师说》）
刘宗周这一段评论，专就陈献章“静中养出端倪”的根本宗旨而发。他认为，道德修养，必先有一深厚积累阶段，厚积而发，见解自然超卓。陈献章无此深造阶段，其言自得，是以爽朗高明之资直悟心与理一、心与道俱的高妙境界。这种境界主要靠神秘的冥想，只能自觉于心，不能宣之于口；只是自己的体验，不能成为人人可行的切实功夫；说得虽高妙，亦只簸玩自己的神秘体验而已。必须有深厚的穷理功夫，才能使所养者自然而出。陈献章虽有周敦颐的胸怀洒落，但没有格物穷理功夫；虽有邵雍的和乐自然，但非厚积而发。以超迈之悟代替切实功夫，故难免欲速见小之病。
刘宗周的这段评论，从陈献章学问宗旨的根本趋向着眼，自有相当道理。但陈献章是个诗人，他不像一般理学家那样，他的直觉体悟能力要强得多，他对意境、境界的体验也要深刻得多。他的体验，是他个人潜修所得，这正是他的得力处，亦非以虚见自欺欺人，并且在养出端倪后还有体认物理、稽之圣训、日用间随处体认、广大高明不离于日用等功夫。陈献章对这些虽未有详细发挥，但也算是他学术的内容。刘宗周站在总结明代学术的立场，对阳明后学特别是泰州龙溪一派抛却致良知实功，径任先天固有之本心自然流出，因而有可能陷入猖狂自恣这一弊端痛加针砭，故对凡不加实功而言本然，不加修证保聚而纯任先天这类宗旨一概加以惩创。很明显，刘宗周认为陈献章的静中养出端倪非深造自得，以之为根据应事接物，必难免任性鲁莽之病。黄宗羲对陈献章的评论，明显受乃师这一看法的影响。与陈献章为同门友但精神气质绝不相类的胡居仁也有类似的批评。
三义理融液，操存洒落
陈献章的功夫论，若从较宽泛的意义说，可以包括以下几点：静——静中养出端倪；虚——以虚湛之心保任此端倪；义理之融液，操存之洒落——见解圆通，持身洒落。其中，第三方面最重要，最能代表他的思想归趣。
黄宗羲指出，陈献章之学“以虚为基本，以静为门户，以四方上下往古来今穿纽凑合为匡廓，以日用常行分殊为功用，以勿忘勿助之间为体认之则，以未尝致力而应用不遗为实得”（《明儒学案·白沙学案上》）。这几句话，点出了陈献章功夫论的核心。虚这个概念可有两方面的意思，一是虚而无，一是虚而实。虚而无是万缘放下，心境空灵，一切感受、情感、知识退听于无。这种虚有似道家所谓虚。虚而实是形无而实有，如形而上的道、理等，虚是虚其形体，实是有其功用。陈献章所谓虚，是这后一种虚。他说：
夫道至无而动，至近而神，故藏而后发，形而斯存。……夫动，已形者也，形斯实也。其未形者，虚而已。虚其本也，致虚之所以立本也。（《复张东白内翰》，《陈献章集》第131页）
就是说，道无形体，无方所，而道之功用触目皆是，不远乎人。从道的无形体说是藏、是虚；从其现实作用、表现说，是近、是形。动是道表现出的现象，这是有形的、可以经验的，而道本身是不可经验的。不可见者是可见者的本体。此之谓“虚其本也”。致虚，就是通过功夫使人心与道的这种形式上虚无但却无时无刻不在发生功用的性质为一。这就是“致虚所以立本”。陈献章说：“以无所着之心行于天下。亦焉往而不得哉！”（《明儒学案》第84页）“无所着之心”似禅宗的“不着相”、“无所住而生其心”，但其实质却与禅宗不同。禅宗所谓心无儒家所说的性、四端、良知等内容，禅宗所谓性是心的形式上的功用。陈献章则本体为有，表现形式为无。所以陈献章的功夫常从无这一方面说，如：“人心上容留一物不得，才着一物，则有碍。……是以圣贤之心，廓然若无，感而后应，不感则不应。又不特圣贤如此，人心本来体段皆一般，只要养之以静，便自开大。”“到得物我两忘，浑然天地气象，方始是成就处。”（《明儒学案》第84页）
皆以功夫之虚显本体之有。由于陈献章多有此类话头，所以当时有人讥他为禅。陈献章对此并不讳言，如他在给提学赵瑶的信中说：
佛氏教人曰静坐，吾亦曰静坐；曰惺惺，吾亦曰惺惺；调息近于数息，定力有似禅定，所谓“流于禅学”者，非此类欤？（《复赵提学佥宪》，《陈献章集》第147页）
他认为自己的修养功夫与周敦颐的“主静”、“一为要”相同。似禅非禅，不值得深辩。后世学者辩陈献章非禅者甚多。清人陈世泽于《重刻白沙全集后叙》中有一段话：
曰：“世以公为禅学，信乎？”泽曰：“非也，禅家不知有伦常者。若公也，以鸢飞鱼跃之理，见于人伦日用之间。孝友如公，君亦闻之熟矣，禅能若是乎？”曰：“非禅何以谈静虚也？”泽曰：“公之静虚，岂禅之静虚也哉？禅主寂灭，有静而无动者也。禅主了空，空虚无实者也。公谓为学必得所谓虚明静一者为之本，可知公之静，乃静一之静，非静寂之静；公之虚乃虚明之虚，非虚无之虚。释语与吾儒似同而异，毫厘霄壤，贵择之精。公尝言之矣，君盍平心察之。”(《陈献章集》第914页）
清人屈大均亦有相同的议论：
白沙本于濂溪，濂溪主静而白沙致虚，其旨固不殊也。朱子不言静而言敬，盖患人流入禅，然惟敬而后能静。敬也者，主静之要也。盖吾儒言静，与禅学辞同而意异。吾儒以无欲而静，故为诚为敬。禅以无事而静，故沦于寂灭而弃伦常，不可不察也。（《陈文恭集序》，《陈献章集》第921页）
此二人辩陈献章非禅，皆从两个方面着眼：其一，陈献章之静，以承认儒家性善为前提，而禅宗则守空寂。陈献章之静虚是功夫而非本体，功夫之无之虚正所以养本体之有。禅宗的静则是心中无任何意念，如槁木死灰。陈献章的静并不要求“於穆不已”的活泼泼的心停止活动，而是要廓然大公，随感而应。禅宗的静则要求心理活动一概禁绝，达到定的状态。其二，陈献章的静是初学功夫，通过静使纷扰的心理活动安静下来。成熟的、圆满的功夫境界是如程颢所谓“动亦定，静亦定”。静中养出的端倪要在日用践履中护持养育，故他又提倡动静无方。禅宗的静是入门乃至成道的一贯功夫。其公案机锋等接引后学的方法，只是达到静的方便法门。黄宗羲在《明儒学案·白沙学案》
案语中，说出了儒释在修养功夫上不得不有相同之处的缘由，兼为陈献章辩白：“或者谓其近禅，盖亦有二：圣学久湮，共趋事为之末，有动察而无静存，一及人生而静以上，便邻与外氏。此庸人之论，不足辩也。”在黄宗羲看来，儒学应有两个方面：即理论的方面和实践的方面。理论的方面应穷究天人之际，心性之微。实际上在心性的阐发方面，宋以前的儒者做得并不够，倒是佛道二氏出于修行的需要，穷探心性最精微之处。理学本是吸收佛道的思想成果特别是修养方法而成，其中的释道因素是其内在的有机成分。故一涉及心性修养的深层方面便入二氏之窠臼，此不足怪。另一方面，黄宗羲所谓“共趋事为之末”确实道出了宋以前儒学发展中的片面性。儒学应该循着理论和实践并重的途径发展，使自己更加充实广大，更能适应理论探索向更深更广层次发展的需要。所以陈献章“自博而约，由粗入细”，反归心性精微，这是他在儒学发展中的一个贡献。似禅非禅，不必深辩。
陈献章功夫论最重要的是义理融液与操存洒落的统一，他认为这是儒家功夫的最上乘，因而最难达到。他说：“义理之融液不易言也，操存之洒落不易言也。”（《复张东白内翰》，《陈献章集》第131页）义理之融液有获得和应用两个方面，特别是后者，要做到应用圆熟诚大不易。获得义理，最普遍的方法是格物致知，但由于主体的学识、格物致知的目的指向等因素，其结果大不相同。学识积累是体悟的必要条件。学识积累越深厚，在同一事物上体悟到的意义与价值就越多，与其他道理的融会贯通就越容易。陈献章所谓义理融液，强调的不是获得义理的数量和深度，而是多个义理的融释变通统合能力。这种能力不是仅从书本上获得，更重要的是在实事上体悟，圆通自然，不着痕迹。所以，义理之融液须以道德实践为主，以知识积累为次。陈献章曾说：“心地要宽平，识见要超卓，规模要阔远，践履要笃实。”（《明儒学案》第84页）这可以看做他对学者的要求，也可看做他对义理融液的诠释。义理融液，必须破除见解的凝固僵化，陈献章说：
人与天地同体，四时以行，百物以生。若滞在一处，安能为造化之主耶？古之善学者，常令此心在无物处，便运用得转耳。学者以自然为宗，不可不着意理会。（《与湛民泽》七，《陈献章集》第192页）
陈献章功夫论上的不滞一处是与他天道观上的自然相统一的。心不胶滞于具体对象，是义理融液的首要条件。对心不能防范太严，把捉太紧，也不能无纲领统贯，散漫不成片段，他说：“治心之学，不可把捉太紧，失了原初体段，愈认道理不出。又不可太漫，漫则流于泛滥而无所归。”(《明儒学案》第88页）
他又强调气象的养成，认为好的气象也是义理融液的前提。他常教人理会气象：“学者先须理会气象。气象好时百事自当，此言最可玩味。言语动静，便是理会气象地头。变急为缓，变激烈为和平，则大有功。”（《与罗一峰》，《陈献章集》第159页）另外，义理融液并不是教人做乡愿，而是提倡守礼有节，陈献章说：
弃礼从俗，坏名教事，贤者不为。愿更推广此心于一切事，不令放倒。名节，道之藩篱，藩篱不守，其中未有能独存者也。（《与崔楫》，《陈献章集》第236页）
有操守，重名节，在具体运用中，根据不同情况对原则做适当变通。要将义理融化于日常践履中，时时事事合于义理又不与当前形势扞格。义理之融液表现为经与权的合一。
陈献章功夫论中更具特色、更能代表他的学说宗旨的，是他关于操存与洒落的论述。操存指修养功夫上的常提不放，洒落指不拘执某种原则，不追求某种效果，自然而然。“自然”是洒落最主要的表现。陈献章之学，以自然为宗；自然之乐，是最高的快乐。他说：“自然之乐，乃真乐也。宇宙间复有何事？”（《与湛民泽》九，《陈献章集》第193页）在儒者，道德修养出于自觉，乐是道德修养的自然结果。即如吴与弼苦学苦修，“五更枕上，汗流泪下”，亦有此乐。但陈献章自然之乐，与此不同。陈献章的乐，不是道德战胜了感官欲望从而主体看到了自己的崇高而发生的愉悦，而是主体的意志、行为与宇宙律则自然顺适，不强与之合而自然吻合，主体从中体会到某种境界而有的愉悦。从学吴与弼归乡之后，陈献章从潜修苦学到证悟此自然之乐，花了二十余年时间。他曾述说他得到这种境界的感受：
宇宙内更有何事？天自信天，地自信地，吾自信吾；自动自静，自阖自辟，自舒自卷；甲不问乙供，乙不待甲赐；牛自为牛，马自为马；感于此，应于彼，发乎迩，见乎远。故得之者天地与顺，日月与明，鬼神与福，万民与诚，百世与名，而无一物奸于其间。呜乎大哉！（《与何时矩》，《陈献章集》第242页）