“太无”者表示它是本体，非具体，而本体不落有无之对待。此不落对待而绝待之本体相对于先天后天来说是中天，中天表示先天即在后天中。它的方法论是三而一，一而三，一三兼举，不一不异。
方以智关于太极的这些描述，继承了中国哲学史上关于本体与万物的关系的思想，也与方氏家学一脉相承。他的太极二仪四象八卦一时具足，三百八十四实有者中皆有虚无者存，与王弼关于大衍义的思想是一致的。不过王弼强调一是多的根据，一是多发生作用的所以然；方以智强调的是一即多，多即一。这一思想与理学家讲的“冲漠无朕，万象森然已具”也是一致的，不过理学家多就道德立论，方以智则用之表达他纯形上学的观点。
在方以智这里，太极是天地万物的统括，天地万物的总体。总体不是个体的机械相加。太极是把天地万物视为一个互相关联、个体不能孤立地在其中活动的总体。从这个意义上说，太极又是万物的统辖和主宰。方以智说：
谓之本不动者，非静也，於穆不已也。几先知几，贯则为一，小其大，大其小，虚其实，实其虚，而无大小虚实矣。并无三征矣。生成合，生成分，分合合分，分即是合。听百家之各专互胜，而统常变之大常者，通自在也。知所以之天，以安其不得不然之天。（《东西均·三征》）
就是说，太极本体是“维天之命，於穆不已”的，它超绝动静，它在万物运动之先，又在万物运动之中。当然这个“之先”，不是指时间上的，而是逻辑上的。它离一切法，而贯一切法。它是万物大小、虚实、分合的根据，但这个根据实际上没有参与具体事物的任何活动，而是任万物之自为。万物之自为而共成一太极，这就是“听百家之各专互胜”。太极以不统而实统之，它知万物之必然，而安万物之不得不然，非有任何造作于其中。它是或舒或卷自在无碍的。所以方以智的太极本体是形式的，不是有实际内容的；它是思辨的产物，不是实证的存在。太极不是万物的集合，也不是万物的来源，它是对万物做总体性思考而得到的一种慧识。这个慧识表明方以智已突破实证存在的层面而进入形上学领域。
3.“所以”在方以智这里，万物的存在和性质都是有根据的，都有它的“所以”。太极是一切存在的根据。太极是最高的“所以”。他说：“深表两间之所以然曰太极。”（《周易时论合编·图象几表》）在他看来，万物都有其必然性，这个必然性出于其本性，不是外在的东西给予的，也就是说，万物“莫非然”。而此“然”背后有“所以然”。太极就是“莫非然中之所以然”（《易余·绝待并待贯待》）。这个“所以”既用来表说本体，又用来表说事物间的联系，而在表说本体中，它既指宇宙论的本体，又指本体论的本体。因为具体物既是有起始的，又与他物“共成一天”；既可以把它看做一个被生的东西，又可以看做一个独立不依的存在；既可以把它看做无目的、无意欲的气化物，又可以看做有性格、欲望与意志的能动体。因为“所以”有许多不同的规定性，故每一种规定都有不确定的性质，都可以说不得已而名之。方以智对“所以”的描述，是从各个不同的角度出发的：
推论“所以”，始以一卵苍苍为太极壳，充虚贯实，皆气也。所以为气者，不得已而呼之。因其为造化之源，非强造者，而曰“自然”。因其为天地人物之公心，而呼之为“心”。因其为生之所本，呼之为性。无所不禀，呼之为“命”。无所不主，呼之为“天”；共由曰“道”，谓与事别，而可密察曰“理”。（《易余·目录》）
“一卵苍苍”，即浑天说之宇宙，宇宙间之物皆以气为基元，故气即“所以”。因“所以”为万物的根据，故为造化之源。而“所以”对于具体物的支配和统辖是无意志和目的的，故又叫“自然”。“所以”无私意造作，并且对万物一例看，无轻重厚薄之别，所以又叫“公心”。因为“所以”乃一物之本质属性，故称其为“性”。其他“天”、“命”从主宰、禀受言，“道”、“理”从共由、条理言，各有所谓。以上这段话从各个不同的侧面全面描述了作为万物根据的“所以”。这些侧面合起来，就是“所以”的属性与功能。这里的“所以”实际就是太极。但太极与“所以”在语言上担负的表达任务不同。有时“所以”等同于太极，如方以智说：“以故新其号曰‘太极’，愚醒之曰‘太无’，而实之曰‘所以’。”（《东西均·反因》）但二者在不同的语境中有不同的功用。总的说，太极重在言本体，“所以”重在言根据。“所以”指现实的功用，而太极则不能发生现实的功用，它表示逻辑关系。也可以说，“所以”是太极的使命的担负者，它是太极与具体事物之间的桥梁。
方以智的太极观念，是儒释道综合的产物。从儒家说，方以智受邵雍、周敦颐和朱熹的影响最大，他曾说：“邵子以太极为无名公，最妙。周子论始终、虚实、有无、道器之大纲，则实中有虚，虚中有实；有之前为无，无之前为有。……有卦爻与无卦爻对，而太极无对也。”（《东西均·三征》）这里对邵雍、周敦颐“太极”概念的吸取甚为明显，方以智的太极即太无的思想，受周敦颐“无极而太极”的影响；太极与两间之物即一即万、舒卷自如的思想，受周敦颐“物则不通，神妙万物”及朱熹“人人有一太极，物物有一太极”的影响，但清除了周敦颐“阴阳一太极，太极本无极”的宇宙发生论因素。方以智关于太极的思想也受了佛教华严宗的影响，他尝说：“华严归于事事无碍法界，始结一真法界。”（《东西均·全偏》）一真法界即太极，事事无碍法界即万有。一真法界即在事事无碍法界中，一真与万有自在无碍。
4.太极与心方以智认为，太极虽是本体，但犹落第二义，若从大地本无一法，亦无本体，破一切相，破一切名言的立场说，一切惟心所转，故太极亦可说是心。
心在方以智这里最主要的意思是三个，其一为代表事物生生不已的势能，这个意思的心主要说其“生”。方以智说：“气生血肉而有清浊，气息心灵而有性情。本一气耳，缘气生生，所以为气，呼之曰心。”（《东西均·尽心》）意为，人之形体与精神皆为气所生，气是一种生生不息的存在；而描述气之生生不已的性质，以心字最为传神，故心即生生。太极即心，是这一意的引申。方以智以太极为心，亦意在强调人的创造性，他说：
必言心者，贵人也。人能弘道者心，言性以表心，言心以表人也。心兼形神，性则虚而遍满矣。通言之，则遍满者性，即遍满者心，未有天地，先有此心。（《东西均·译诸名》）
心与性为同级概念，而心则能表示其生意与创造义，“未有天地，先有此心”，此心即本体所有之生意，生意乃本体所固有。方以智的心的第二种意思是“精神实质”，这个意思的心和“迹”
相对。方以智的意思是，对于任何事物，要把握他的精神实质，都要通过它的外在迹象，但又不能拘泥于迹；忘记迹，抛弃迹，正所以把握心。方以智说：
佛心，佛也；佛法，魔也。魔者，佛之先锋也。及乎无魔，并无佛矣。本无实法，非可执一法也。（《东西均·尽心》）
意思是，佛的精神，才是真正的佛，表现佛的精神的佛法，则是方便设施，也即权法。如执著于权法，以权为实，佛法即是魔障。但掌握佛心，必须从佛法上认取，及至无佛法，佛心亦不可见。但须知法本方便，不可执为佛心，执著佛法正所以失去佛心。将佛心和佛法所表示的关系推广至纯哲学方面，方以智用“神”和“迹”来表示精神本质和外在表现的关系。方以智说：
神而明之，不可迹也，迹迹者泥，不泥则迹亦神矣。偏言迹，其神失；偏言神，其神亦尘。以不生灭之神寓生灭之迹，以增减之迹存不增减之神。以不迹迹，以不神神。（《东西均·神迹》）
意思是，神不是迹，但求神必须通过迹，即迹而不住于迹，透过迹的迷雾来认取神。不拘泥于迹，则迹恰为神；专意于神而遗迹，则神亦为迹。方以智认为，儒释道三教皆为迹，但皆可为见神之助。但现实情况是，儒释道三教学者多泥于迹而遗其神。他大声疾呼：“谁其直天地之气，见天地之心？”（《东西均·神迹》）意思是，使天地之气所生之物皆各遂其生，各极其性，而从中即可见天地的精神，天地的意志。这里又有儒家以物各付物赞天地之化育，物各极其致即实现了宇宙之心的思想。
方以智所说的心的第三个含义是，心是一种识度、一种见解，心的这一义在他后期中尤为重要。在方以智看来，宇宙对于人实际上是一种理解了的对象，它对人显现何种状貌，具有何种意义，给予何种名称，皆因主体的识度而有。宇宙对人主要是一种价值物，这个价值因人精神修养、知识积累的不同而显现不同的面貌，它不再是一种实证的具体物，人对它的认识也不再是反映和摹写，而是一种观照。这就是他说的“心以为量”：心是衡量万物的尺度和根据。指出心的这一义标志着方以智思想的转折：由早年实证的科学的立场，转为观解的、哲学的立场。这一转变，使他把宇宙万物看做一种识度的再生物随着观物角度的转变，眼中心中的物也在转变。但在晚年的方以智眼中，所见之物皆充满了苍凉之感，大有世事惶惑、风光不再的意味。由此对所见之物的解释也有了庄子“无端涯之辞”、“以卮言为曼衍”之风。这反映了方以智受佛教影响之后思想的宏通，但也从另一个侧面反映了他晚年惶惑矛盾无可奈何之情。如方以智表达他对世界的总看法说：
一个世界，十世古今，总是一个心，无二无别。华严寂场，万劫不曾动丝毫，则又何处容得内之，外之，精之，粗之，浅之，深之乎？所谓十八空，即真空也，即并空亦空也。似乎汪洋，而不知空至此乃真空极矣。（《东西均·容遁》）
在他眼里，世界可归之一心。世界本体，本来就是华严宗所谓空虚寂灭万古如斯的世界，心与本体世界为一，则不见事物大小精粗之别。由一心乃有此形形色色的世界，内外精粗皆由心造。心与本体世界为一，就是了达真空；而连此空也空掉，则是最后真实。这里表达了方以智得于佛教的最重要之点：万法总由心造，心是万物如此、如彼的根据，而心随人的修养功夫，有不同的识度和观法。任何事物，都可由心的识度和观法而有不同的表现。像太极这样的高度抽象的观念，更是如此，他说：
邈邈言之，则可曰太极，可曰太一，可曰太无，可曰妙有，可曰虚满，可曰实父，可曰时中，可曰环中，可曰神气，可曰氤氲，可曰混成，可曰玄同。以其无所不禀，则谓之为命；以其无所不生，则谓之为心；以其无所不主，则谓之为天。……从此而因事表理，因呼立名，则千百亿名，千百亿化身皆法身也，岂有二哉？（《东西均·译诸名》）
这些不同的名称，都是对于同一实体的不同表述，用以表达本体的不同侧重，而这些不同侧重，皆因心而起。所以方以智说：“世无非物，物因心生”（《东西均·尽心》）。
方以智以一心之识度作为万物变换形式的根据，所以他将心比做甄陶万物的陶钧。他将晚年的重要著作定名为《东西均》，就是要表达他的这一思想：两间之物，生生不息，无一时或停。而万物皆泥，人为陶者，心为运钧，众器不同，皆由心造。人生在世，就是一个不断地甄陶众物的过程，无一人例外。方以智称孔子为大成钧，老子为混成钧，孟子为邹钧，佛教为空钧，禅宗为别钧（教外别传意），濂洛关闽为性命钧，经论训话为传注钧，象数、考证、事业、文章为专门钧。世无有非钧者，一有经营，即成匠者，各以其心，甄陶万物。虽有精粗，究不外陶者。这就是方以智的哲学观，也是他的本体论：所谓哲学，就是甄陶万物的现实活动。甄陶活动就是对万物做出某种诠释，这个诠释的根据，就是识度，就是观法，就是心。构成物的实体的是气；形成物的分别的，是心。方以智晚年另一部哲学著作《药地炮庄》的题名也表达了相同的思想：要将庄子这一凉心败火之药，重新加以烹炮，而烹炮此药之薪火，是心，是识。这些都说明，方以智所谓心重在识度之意，这是心最重要的意思。他所谓心，与陆王“心即理”之心不同，更与禅宗“明心见性”之心不同。
方以智的心的这一含义，很大程度上得于华严宗所谓心。华严宗之四法界，理法界是本体，事法界是现象，理事无碍法界是本体现象舒卷自在而不相碍，事事无碍法界是现象界各具体事物互相包合，层层无尽。但最后归于一心。一心又称一真法界，一真法界开四法界。智俨的《华严一乘十玄门》，第九门曰“唯心回转善成门”，其中说：“前诸义教门等，并是如来藏性清净真心之所建立。若善若恶，随心所转。”法藏的《华严经旨归》说：“明一切法皆惟心现，无别自体，是故大小随心回转，即入无碍。……离心之外，更无一法。纵见内外，但是自心所现。”《华严金师子章》说：“金与师子，或隐若显，或一或多，各无自性，由心回转。”华严宗虽与法相唯识宗都以心为生起万法的根据，但二者不同。法相唯识宗的心是意识心，重在解释人对事物形成了别的根据，揭示人的“执”的由来：由熏习而为种子，种子为因，识为果。而华严宗讲的心是观法心，心的不同观法可得不同结果。他所重的是回转。它要揭示的是“不执”的由来：知万法唯心回转，无实我实法，故不执。方以智所谓心，可以说对佛教各派皆有吸收，但以华严宗为归趣。他尝赞扬华严宗曰：“岂知华严一乘，即别是圆，无一尘非宝光，无一毛非海印乎？此为究竟当然本然之大道，余皆权乘，或权之权也。”（《东西均·道艺》）他对华严宗，一是吸收其理事无碍，事事无碍，“一毛即海印”。另一是以心为回转的根据，一切法唯心所见，“大小随心回转”。
方以智所谓心、所谓识度，强调吸收各种知识和价值观念，经过自己的独特理解、加工消化而后成，所以他特别注重知识积累和跳出具体见闻的局限，他说：
古今以智相积，而我生其后，考古所以决今，然不可泥古也。……生今之世，承诸圣之表章，经群英之辩难，我得以坐集千古之智，折中其间，岂不幸乎！（《通雅》卷首一）
知识是世代探索、积累的，后人实际上都是折中者。方以智个性中对知性活动的喜好，使他对集前人的知识而重新加以衡定充满了自信。这一点是贯穿终身的。他强调须积累而后贯通，贯通靠识度之高明，见解之融通。但具体知识的积累须精密。他非常赞赏明末大儒黄道周的一句话：“吾家物事，切忌笼统，混帐不得。”（《东西均·象数》）
这种对积累和贯通的见解使他不契禅宗屏除渐进积累、直下顿悟的学风，即使晚年在禅宗圣地青原山依然如此。他多次对禅宗提出批评，以宗悟为“鬼话”，贬斥那些不学经典、没有知识、专守一个悟字、除此别无伎俩的禅客。他赞成在广泛积累、融会贯通基础上的悟，他说：