圆∴三点，举一明三，即是两端用中，一以贯之。盖千万不出于奇偶之二者，而奇一偶二即叁两之原也。上一点为无对待、不落四句之太极，下二点为相对待、交轮太极之两仪。三身、三智、三谛、三句皆不外此。总来中统内外，平统高卑，不息统艮、震，无着统理事。即真天统天地，真阳统阴阳，太无统有无，至善统善恶之故。无对待在对待中，设象如此，而上一点实贯二者而如环，非纵非横而可纵可横。（《东西均·三征》）
这一段话集中表现了绝待之太极与对待之万物不离不杂的关系，与前述他的本体论完全一致。
首先，方以智设定了一个超绝万物的本体——太极，他用∴上一点表示。太极不是具体物，也不是构成具体物的基元——气。太极是一个形式概念，是人的设定。这个设定在实证论者看来完全可以取消。但太极在方以智哲学中却是有意义的，它代表了他的一种识度，一种既在万物中又超绝万物的本体观念。说它无对待、不落四句（非有，非无，非非有，非非无）完全是为了强调本体不杂于现象这一面。因其不杂于现象，所以与现象界形成对待。但所谓绝待，又是“无对待在对待中”，本体与现象融通无二。下二点即互相对待之万物，他用太极所生之“两仪”来代表。此处所谓“生”取本体论之“生”而非宇宙论之生，是根据产生结果之意。因为太极与阴阳是不离不杂的关系，所以举一即可明三，举太极即包阴阳，举阴阳之一端即包阴阳之另一端。三身、三智、三谛等皆同一意思，即举一明三，一在二中，二以一统。下面中统内外以下，皆同一思维模式，即“上一点实贯二者而如环”。
方以智的圆∴三点是一个总的思维模式，这个模式贯穿他的哲学的一切方面。这个模式的实质是万物皆相反相因，万物有一本体，这个本体与万物亦相反相因。方以智说：
因对待谓之大因。然今所谓无对待之法，与所谓一切对待之法，亦相对反因者也，但进一层耳。实以统并，便为进也。有天地对待之天，有不可对待之天；有阴阳对待之阳，有不落阴阳之阳；有善恶对待之善，有不落善恶之善。故曰：真天统天地，真阳统阴阳，真一统万一，太无统有无，至善统善恶。统也者，贯也，谓之超可也，谓之化可也，谓之塞可也，谓之无可也。无对待在对待中，然不可不亲见此无对待者也。翻之曰：有不落有无之无，岂无不落有无之有乎？曰：先统后，后亦先；体统用，用即体矣。以故新其号曰“太极”而实之曰“所以”。（《东西均·反因》）
这里反因指具体事物之对待，大因指超绝之本体，本体与具体事物是对待的关系，但也是统一的关系。这一对待与具体事物的对待不是同一层次。对待的层次可以是很多的，这些不同的层次共同组成一个递进的网络。这个网络的最后的末梢即太极。太极展开为阴阳有不同的层次。这里精彩的是，方以智对圆∴三点中上一点统下二点作了引申，这里统可表示为贯、超、化、塞、无等意义。贯即贯通，超即超绝，化即变化，塞即充塞，皆太极与阴阳关系中的不同表现。“然不可不亲见此无对待者”，意为无对待与对待有不杂的一面，如果只注意“无对待在对待中”，用对待来代替无对待，则亦陷于一偏。
方以智这里设定一个形式的存在——太极，就是要表达这样一个意思：具体物不仅与他的对立物处于一个统一体中，而且与万物的总体处于一个统一体中。具体物不是单个的存在，它不但存在于小的对立统一中，而且存在于万物构成的大网络中。在方以智的设定中，具体事物多了一层关系，每一个对立统一体也多了一层关系，这就是和太极总体的关系。这里仍可看出华严宗影响的痕迹：不仅有事法界，还有理法界；不仅事事无碍，而且理事无碍，“一毛头即有无边海印”，每一事物皆在宇宙总体网络中。这是方以智识见宏阔的表现。
4.统随泯方以智在圆∴三点思维模式笼罩下制定了几组刻画事物存在和运动的概念，其中最主要的就是统随泯。这一组概念代表他对事物的存在方式的不同观法。方以智说：
明天地而立一切法，贵使人随；暗天地而泯一切法，贵使人深；合明暗之天地而统一切法，贵使人贯。以此三因通三知、三性、三谓之符。覆之曰交、曰轮、曰几，所以征也。……暗随明泯，暗偶明奇，究竟通在泯随中，泯在随中。三即一，一即三，非三非一，恒三恒一。（《东西均·三征》）
这段貌似吊诡的话包含着深刻的道理。“明天地而立一切法”，是从正面的、显著的、建设的方面着眼。从此处着眼，则可以说事物都是真实的，都是存在的，都是可以认识的。“随”即顺随事物表现出的相状、貌态、性质等去认识事物。这是顺着现实事物的“有”的方面去把握事物。从此处着眼，是为大众说法。这是孟子所谓“物交物，则引之而已”。这时事物在人认识中的形象，恰就是他在现实世界中的那样。即禅宗所谓“山即是山，水即是水”。这是认识事物的初始，还未有恢诡谲怪。
“暗天地而泯一切法”则与之相反，是从负面的、隐微的、破坏的方面着眼。从此处着眼，则所见事物都是不真实的，都是虚假的，都是无从认识的。泯即泯灭，事物都改变了性质，天地易位，山水变色，这时的世界不能按事物本有的样态去认识，而是要换一种观法，这种观法不是人人都可掌握的，只有那些具有“负的智慧”的人，才具有这种观法。用这种观法去观万物，则见物皆非其本来面目，这就是禅宗所说的“山不是山，水不是水”的阶段。方以智认为，具有这种观法是很重要的，它的作用在于使人深刻。这需要一定的哲学识度，因为按实证的、科学的眼光，物就是它向人显现的那个样子，除了这些样子以外，余皆不可说，说即陷入形而上学的独断。方以智的高明处，正在于要人获得这样一个眼光，这样一个观法，透过种种耳目见闻的障碍，见出那些物不曾直接呈现给人的东西。这个“泯”字，不是叫人“夜间观牛，所见皆黑”，而是要人即明见暗，从随处得泯。即“即色空”而非“败灭空”。“暗天地而泯一切法”，暗者泯者在认识主体，非有暗之者，泯之者。
至于方以智所谓统，乃是更高一级的认识。所见者无非明，亦无非暗，暗即明，明即暗，随泯同时，圆通无碍。这就是贯通的境界。贯乃统合对立的双方而在更高级的识认中把握它们。此时山还是山，但已包含了“山不是山”之意在自身之内。若套用黑格尔的名词，明、随为正，暗、泯为反，统、贯为合。若以方以智圆∴的理论，则明与暗、随与泯为对待，统与随泯为对待而统即贯随泯。统不能离随泯，故统在随泯中。随泯为一对待，统与随泯为一对待。得其一则其余者即在其中。方以智说：
因有天地，隐一无天地，而剔一不落有无之统天地。究竟统泯无逃于随，但知随中之泯统，又何九六三一之缕罣乎？（《东西均·三征》）
隐即隐藏，剔即逻辑地推论出，有同时包含着无，有无可逻辑地推论出不落有无之统。后两者即在有中见出。举一而得三，会三而归一，圆融无碍，非一非三而又恒一恒三。知此意而象数可忘。这里方以智关于事物对立统一的看法可以说超出了张载，它不仅把对立面既对待又统一的关系看做哲学的重要方面，而且认为，只有包括进了导致产生这两个对立面的本体，整个道理才是圆通的。他不仅反对有一而无二，而且反对有二而无一。
明白了方以智的圆∴三点，明白了一与二既对待又贯通的两个层次，争论方以智是“一分为二”论者还是“合二而一”论者洵属多余。方以智既是一分为二论者，又是合二而一论者。“合其两端而观焉”，庶几可见方以智哲学的全貌与真象。
方以智关于随泯统的观点，是对天台宗“一心三观”、“三谛圆融”的借鉴。“一心三观”是天台宗的基本理论，认为一心可同时观空、假、中，观假即观空中，观空即观假中，观中即观假空，三谛虽三而一，虽一而三，不相妨碍。“一念心起，即空，即假，即中。”（智《摩诃止观》卷一下）这样才算把握了诸法实相。在方以智这里，“一者，无有，无不有也，即随即泯而即统矣”（《东西均·三征》）。随泯统一时皆有，三一无碍。他所谓随，即天台宗所谓假有，泯即天台宗所谓真空，统即天台宗所谓中道。“即随即泯而即统”，一即三，三即一，非三非一，恒三恒一，即天台宗三谛圆融。方以智晚年出家，所住多为禅寺，但方以智喜积累基础上的圆融观法，不专主一家，他吸收佛教多家的理论冶为一炉，其中以华严为主，兼及天台和禅宗。他的事物互相包含，层层无尽，最后归于一心的思想取自华严，而统随泯圆融无碍则吸收了天台。他虽然对禅宗不务实学，不由积累有所批评，但禅宗“离四句，绝百非，直下一刀，更无前后，坐断千圣顶”（《东西均·三征》）的激励迅奋精神对他也有一定影响。
5.交轮几方以智描述事物存在及其运动的另一组重要概念是交轮几。交即空间上的交错、交叉，轮即时间上的前后相续，几即事物变化的微小征兆。这些概念本是易学中旧有的，方以智的父亲方孔炤就曾用它解释象数学。方以智则用它来说明事物运动的方式和状态，他说：
交以虚实，轮续前后，而通虚实前后者曰贯。贯难状而言其几。（《东西均·三征》)
所谓虚实交，指对立统一中的两个对立面相交，这个对立统一体又与产生它的本体相交，即圆∴三点中下两点相交，下二点作为对立的一方与上一点相交。下二点之相交中，阴为虚，阳为实；上一点与下一点相交中，太极为虚，两仪为实。在方以智，交是事物的普遍现象，事物各个不同，而莫不以交的形式参与整个宇宙的运动。他说：
人人一琉璃也，物物一琉璃也，可方可圆，可棱可破，可末可长，而交之轮之。（《东西均·三征》）
琉璃可现五色，喻事物不同的方面，如方圆、棱破等。无论事物的哪一方面，无论事物呈现何种相状，它都无不交无不轮。交的形式和结果便是一而二，二而一。方以智说：
尽天地古今皆二也，两间无不交，则无不二而一者，相反相因，因二以济，而实无二无一也。（《东西均·三征》）
交的方式有显交，有隐交，有显隐相交。交的结果有一方显者，有两方显者，有因交格而变为他物者。交的动力则在二一之中，即：一分为二是相交的动力，合二为一是相交的结果。方以智说：“一因二而两即参。”（《东西均·三征》）就是说，一是二相交的结果，而之所以有二，乃因有其本体之一，本体之一与它所包含的一即成为三。本体之一内包含的二种相对立的势力必然发生交格，此二作为一方又与本体之一交格，其始为一分为二，其终为合二而一，而成一新的统一体。这些思想在方氏父子的《周易时论合编》中有大量论述。
关于轮，方以智指事物自身的前后相续，无始无终，如轮相转。方以智认为，事物都是前后相续无有终始的；所谓终始，是主体于无始中规定某一时刻或某一状态为一个阶段的开始。他说：
因有推无者，必推无始，推之则念念有无始矣。念也者，“今心”也。于无始中扼其终始，则一呼吸为终始。（《东西均·三征》）
终始皆以某一刻为参照，如取消这一前提，则无终始可言。而作为参照的某一刻、是人设定的，时间本身是无始终的。方以智的意思是，事物的轮转相续是没有穷尽的，无始无终的，事物以时间中的绵延为存在形式。没有脱离时间的存在物。佛以成住坏空为轮，邵雍以元会运世为轮，易以元亨利贞为轮。终而复始，轮轮相续。方以智认为，事物皆轮转，轮转的方式无穷无尽，物各以其本性决定的方式发生轮转：
物物皆自为轮，直者直轮，横者横轮，曲者曲轮。虚中之气，生生成轮。举有形无形，无不轮者。无所逃于往来相推，则何所逃于轮哉？衍而长之，片而褙之，卷而接之，直立而上下之，干交而贯蒸之。以此推之，凡理皆然。（《东西均·三征》）
“自为轮”者，轮转的动力在己，“直”、“横”、“曲”皆轮转的空间形式。“衍而长之”等，则轮转中与它物发生影响的方式。在方以智看来，交轮同时，轮转者，相交而轮转，相交者，在轮转中相交，方以智说：“阴阳本交汁也。亦自轮为主客体用，不以交而坏其轮也。”（《周易时论合编·坤》）意思是阴阳本自相交，阴阳在相交中叠为体用。轮转中有相交，相交不废轮转。相交是空间上的互相干涉，互相介入，轮转是时间上的相续不停，交轮同时即是宇中有宙，宙中有宇。他说：
灼然宙转于宇，则宇中有宙，宙中有宇，春夏秋冬之旋轮，即列于五方之旁罗盘，而析几类应，孰能逃哉。（《物理小识·占候类》）
交在轮中交，轮在交中轮，万物同时在时间和空间中运动，构成宇宙框架。方以智还说：
轮有三轮，界圆而裁成立，有平轮，有直轮，有横轮。三者拱架而六合圆矣，象限方矣；二至、二分、四立见矣。……南北直轮，立极而相交；东西衡轮，旋转而不息，南北之水火即东西之日月。东西之轮即南北之轮矣。平之则四方中五盘轮也。（《东西均·三征》）
意思是万物上下，来去左右的交轮，使宇宙有了方向、象限和时间上的规定。南北是上下交，是直轮，东西是左右交，是横轮。南北交轮，北寒南热是两极之交轮，东西交轮，日月错行，是日月之交轮。中央与四方之交轮，则表现为“四方中五盘轮”的形式。方以智说：“圆之上，统左右而交轮之，旋四无四，中五无五矣。”（《东西均·三征》）意思是，圆∴三点下二点为上一点所统辖，上一点使下二点既相交又轮转，轮转于上方，则为四点，∴中上一点则为中五，中五与旋四之关系是体与用、主宰者与表现者的关系。体显而用藏，则旋四无四；用显而体藏，则中五无五。体用交轮而显，旋四中五叠为宾主。直轮横轮平轮虽交轮的形式不同，而为交轮则一。所以万物无所逃于交轮。
在方以智这里，交轮的形式是多样的，但无论何种形式，都通过“几”发生作用。几是事物运动的关节点。交、轮要在这一关节点上发生作用。方以智说：
何谓几？曰：交也者，合二而一也；轮也者，首尾相衔也。凡有动静往来，无不交轮，则真常贯合于几可征矣。（《东西均·三征》）
所谓“真常贯合于几”，指事物的存在、事物的运动、事物的规律集中体现在“几”上。而“几”又是极细微、不易把捉的端萌。方以智又说：
几者，微也，危也，权之始也，变之端也，忧悔吝者存乎介。介，间也。（《东西均·三征》）
方以智看重的是几的细微的端萌，有而无、无而有、有无之间之意。因为端萌藏有后来发展结果的潜能和种子。方以智举例说：“天地未分前，即贯十二万九千六百年中，冬至子之半者，即贯四时二十四节中。”（《东西均·三征》）这就是真常贯合于几的意义。
几即动即静，即有即无，它是交轮的最初承担者。方以智赞成邵雍虽立先天之义，而着眼点却在动静之间的“几”上：