“台湾旅客”
1898年12月4日，章太炎到了日本占领下的台湾。他拿着日本驻沪领事的一纸介绍信，拜访了民政长官后藤新平，被延聘为由后藤新平所控制的《台湾日日新报》特约撰述。
《台湾日日新报》是台湾最大的一份报纸，每天六版，四版为日文，两版为中文。这家报社的社长是后藤新平的心腹守屋善兵卫，主笔是木下新三郎，中文版主任编辑是籾山衣洲。中文版有两名台湾本地记者，一名叫谢汝铨，号雪渔；一名叫李书，号逸涛，颇有文名。这时在台北的，还有章太炎在诂经精舍时的一位日本同学馆森鸿，也时常为该报撰稿。章太炎被聘为特约撰述后，算是有了一个职业，就在报社附近找了一所房子居住下来。他在给汪康年和孙宝瑄的信中描绘这一居所说：“所居则官房也，直长如竹筒，隔之乃成三节：前、后为客座，中为卧室。亦可谓蜗牛之角矣。”在这里，他关注着国内的政治风云，观察着东亚、南洋的局势，认真地思考着，撰写了数十篇评论政局、外交和探讨哲理的论文。他不常去报社，所撰文稿，大多寄往报社揭载，也有一部分寄回上海或寄往日本发表。
这时，章太炎所最为关注的，首先是康有为、梁启超等人的行止，以及中国实行政治革新所应选择的道路。
政变发生后，康有为、梁启超仓皇出逃。梁启超先行抵达日本，康有为也随后辗转来日。他们一面忙着同日本朝野知名人士洽谈，尽力争取日本方面的支持；一面传檄四方，揭露西太后发动政变的真相，呼吁海内外舆论动员各种力量一起致力于营救光绪皇帝。与此同时，清朝政府除恣意给他们加上各种罪名外，西太后还亲自密谕驻日公使，“令谋缚康有为，若不能，亦必设法杀之”。一些封建观点比较顽固的人，对于康有为等人径自公布光绪皇帝的密诏，揭露后党压制帝党的种种内幕表示不满，说什么“泄秘谋以速主祸，非忠也；讦宫闱以崇婞直，非恕也”。在这一情况下，章太炎完全撇开了往日同康有为在学术上和政见上的种种嫌隙与分歧，给处于艰难和危险境地的康有为等人以深切的关注与热情的支持。
到台北后不多天，章太炎就给康有为寄去一信，对他致以亲切的慰问，引之为同志，建议他“驰骋欧美”、“兼容并包”，并明确表示将与他共相扶持，声讨以慈禧太后为代表的清廷的种种罪孽，坚持“百日之政”所已开始的用以“旋转乾坤”的维新事业。他公开发表这封信，并写了一系列文章，揭露慈禧太后“始听政，则有肃顺之狱；将反政，则有朝鲜大院君之狱；复出训政，则有康有为、谭嗣同之狱”，一贯“恶直丑正”，所以“一人之身，而齿牙为猾，以殄戮志节之臣者至于三数”；鞭笞助纣为虐的袁世凯，指出他只不过是“甘为人服乘，载重而不怒，出跨下而不耻，伈伈，惟鞭箠是惧”的可悲动物；再三叮嘱康有为，要警惕清廷的新阴谋，“慎所进止，以保万民倚赖之身”。章太炎还着重揭露了张之洞一伙假维新的丑恶嘴脸。他写道：“若张之洞，则外托维新，而其志不过养交恃宠。凡所经画，靡帑无数，卒无一成。此或才力不逮，君子犹恕。乃自八月政变，张反倒戈新党，凡七发密电至京，谄谀长信，无所不至，比之杜钦、谷永，盖犹有其罪而无其功矣。”至于梁鼎芬、王仁俊、朱克柔等一班人，“前此自任正学”，可是，“革政难起”，他们就一个个“垂头阘翼”，“非直不能建明高义”，就连他们一向所诵习的那些封建主义的“大义”，“若云阳尊阴卑、子当制母者，亦若瞠焉忘之”。事实证明，他们只不过是一批“自任正学而终于脂韦突梯者”的伪君子，一伙“糟粕，其黠者则且以迂言自盖，而诗礼发冢，无所不至”的“拘儒鄙生”。
针对一些人对康有为的非难，章太炎还专门写了《答学究》一文。他反诘这些非难者：“今祸患之端，始于宫邻，卒于金虎掖庭之上，而罪人在焉。讨之犹可，况数其罪乎？”他十分感慨地悲叹道：“呜呼！全身则废道，持正则见訾。生于乱世，而冤颈折翼，至于菹醢而不悔者，职矣！又重之以乡愿之议，使其义不得伸，悲夫！”
章太炎的态度，使康有为十分感动。在接到他的信后，康有为立即写了一封复信，说：
曩在强学会，辱承赐书，良深感仰，即以大雅之才、经卫之懿告卓如。顷者政变，仆为戮人，而足下乃拳拳持正议，又辱书教之，何其识之绝出寻常，而亲爱之深耶！台湾瘴乡，岂大君子久居之所？切望捧手，得尽怀抱。驰骋欧美，乃仆夙愿，特有待耳。兼容并包，教诲切至。此事至易明，仆岂不知？而抱此区区，盖别有措置也。神州陆沉，尧台幽囚，惟冀多得志士相与扶之。横睇豪杰，非足下谁与？惟望激昂同志，救此沦胥！
章太炎接到康有为这一封信，也非常高兴。他写道：
数旬以来，屏居枯坐，戚戚寡欢。念夙好之凋零，悲天纲之溃决，疚怀中夜，不能奋飞。昨者晨起，殷忧填膈，忽得工部报书，眉宇盱扬，阳气顿发，盖不啻百金良药也。书中称誉，不无过情，然工部非妄有阿借者。至其自述怀抱，卓诡切至，语不缴绕，而入人肝脾。志士诵之，靡不按剑！
章太炎并特别指出，他与康有为之所以如此“相暱之深”，乃是因为彼此之间“论学虽殊，而行谊、政术自合也”，而且，就以论学而言，“所与工部论辩者，特左氏、公羊门户师法之间耳。至于黜周王鲁、改制革命，则未尝少异也”。
康有为、梁启超为了重建宣传阵地，在旅日华商的资助下，创办了一份旬刊《清议报》。《清议报》在日本横滨出版，由梁启超主编，第一册于1898年12月23日问世。梁启超在发刊词中，以英、法、奥、德、意、日等国的历史经验论证了：“当其新旧相角、官民相争之际，无不杀人如麻，流血成河，仁人志士，前仆后起，赴汤蹈火者，项背相望。”在中国，戊戌变法的失败，并不能阻遏革新的势头，六君子的鲜血，将如“一声春雷，破蛰启户”，激起更多的志士仁人奋身“以扶国家之危于累卵者”。这种斗争精神，赢得了章太炎的强烈共鸣。梁启超等人在《清议报》上，以大量篇幅，历述百日维新的经过，对慈禧、荣禄一伙的罪恶行径进行了淋漓痛快的揭露，热烈地歌颂了为维新事业献出了生命的“六君子”的功绩，这些也都使章太炎感到高兴。
然而，为时不久，章太炎就对康有为、梁启超等人的政治主张及思想倾向重新产生了疑窦。
梁启超从《清议报》第一册开始，就以《续变法通议》为总题，先后发表了《论变法必自平满汉之界始》、《论皇上舍位忘身而变法》等文；接着，又发表了《爱国论》等一批专论。梁启超坚持变法维新，这一立场异常鲜明；但是，这些文章表明，他的思想中还有另外一面，这就是照样害怕暴力革命，希望照旧用支持光绪皇帝实行变法的办法来消弭革命。因此，他们仇视的只是西太后、荣禄等几个人，直接目标，只是让光绪皇帝重新亲政。康、梁以为，那样就会使维新变法的成功得到足够保障。梁启超说：“今日之变，为数千年所未有，皇上之圣，亦为数千年之所未有。”所以，“今日议保全中国，惟有一策，曰尊皇而已”。革命道路呢？万万走不得，“今我国民智未开，明自由之真理者甚少，若倡革命，则必不能如美国之成就，而其糜烂将有甚于法兰西、西班牙者。且二十行省之大，四百余州之多，四百兆民之众，家揭竿而户窃号，互攻互争互杀，将为百十国而未有定也，而何能变法之言？即不尔，而群雄乘势剖而食之，事未成而国已裂矣。故革命者，最险之着，亦最下之策也”。章太炎在离沪赴台以前就已表示“为君陈亥午”，康、梁这时的政治主张当然不能不引起他的关注和深思。
1899年2月16日，章太炎在致汪康年信中谈到康、梁时说：“伯鸾近作，稍逊于前；对山移檄数四，亦卒无应者。二君皆尝通信，谓与日本社会相合，而政府未必肯听其请。此亦恒情，原不足诧。然至此亦悟无兵枋者之不能变政矣。”伯鸾，指梁启超；对山，指康有为。他们在日本，受到了在野政治家大隈重信、犬养毅和浪人平山周、宫崎滔天等的热情款待；他们希望，能够由日本政府出面对慈禧太后等施加压力，迫使她同意让光绪皇帝继续执政，结果，他们的请求在日本政府那里受到了冷遇。章太炎这里着重指出，自己手上没有军权，没有足够的军事力量做后盾，就不可能胜利地进行政治革新。然而，这还不是他与康、梁分歧之真正所在，因为康、梁本人这时也已有类似的认识。分歧的真正所在，其实还是对整个清朝政府可否继续抱有希望的问题。
经历了戊戌变法的失败，章太炎原先就已经有相当强烈的反清思想，这时变得更为强烈了。在《台湾日日新报》上，他不仅猛烈抨击慈禧太后那一伙所谓“后党”，而且公开地声讨整个清朝政府的腐朽统治。他在《正疆论》中谈到台湾归属时，提出所谓“归于日本诚不若归于支那，而归于满洲则无宁归于日本”，立论的依据就是根本不承认清朝政府统治的合法性。他写道：“满洲之与我仇，非特异种而已也，自一片石之战，声言为明讨贼，而终则先踣福王，而后踣自成。扬州之屠，江阴之屠，嘉定之屠，金华之屠，舟山之屠，吾支那之民，僵尸蔽野，流血扬沫，虽以闯、献之贼虐，而其残酷不逮于是也。《春秋》之义，复仇者至于九世。是故吾支那之与满洲，不共戴天，不共履后土。”在《论亚东三十年中之形势》一文中，他在声讨清朝政府亲俄卖国政策时指出，这一政策，将导致“东自大河，西自冈底斯山，其阴则必沦于俄”，其结果，将不仅贻害北方广大地区，而且将危及整个中国。清朝政府之所以必然奉行这一政策，也不是慈禧太后个人的问题；即使光绪亲政，也改变不了这一局面，因为这是清朝统治这个事实本身造成的。为此，他写道，俄人南侵，“满汉之同祸，虽至愚劣，犹将与知之。今慈禧太后之言则曰：‘西方之公法，有亡国，无覆宗。吾守吾玩好，蓄吾金币，宁局促于一畿，而为其役属之帝。’夫岂能以一人持莠言？固满蒙之甘心于为厮养走卒也久矣。今上者，于满洲则由余金日也。众心成城，而众口铄金，上之废，固职矣。幸而中兴，犹不足以挽满蒙之北向，自河而北，亦掣曳于满蒙也必矣。”这是从抗击列强蚕食鲸吞着眼，要使祖国河山得以保全，也非得推翻清朝统治不可。
正因为如此，章太炎对康有为、梁启超等只反慈禧太后而不反清王朝，感到难以理解，也难于苟同。他将办《正学报》未成而由武昌沿江东下时写的《艾如张》一诗，改题为《泰风一首寄赠卓如》，寄往横滨，用代讽谏；同时，又写了《台北旅馆书怀寄呈南海先生》，寄给康有为。诗中写道：
一读《登楼赋》，悠然故土思。
回首忆畴昔，搔首愈躇踟。
早岁横江汉，谈经侍“不其”。
清言凌“白马”，壮志抗黄羲。
忽展《埼亭集》，逾惊秀楚辞。
帝秦终蹈海，访《武》尚《明夷》。
石隐优游日，天王明圣时。
操刀期必割，沦鼎待重掎。
这是章太炎对自己思想演变历程的一次生动描述。不其，不其山，汉末郑玄曾在这里讲学；侍“不其”，指的是自己早年曾走过旧式经生的传统道路。后来，开始研读诸子和历史著作，滔滔雄辩，几乎可以与公孙龙子的“白马论”相匹敌；同时，又开始醉心于西方的共和制度，思想激进，则足以与黄宗羲相抗衡。读了全祖望的《鲒亭集》和王秀楚的《扬州十日记》后，对大清朝廷的统治在感情上发生了重大变化，这就是一变而为憎恶与厌弃。鲁连不帝秦，现在自己则是绝不帝清，然而，这番蹈海东渡，并非仅仅为了避开清廷黑暗统治的淫威。《武》，周公摄政时所创作的舞乐，“象武王伐纣之事”；《明夷》，《周易》卦名，“离下坤上，明夷，利艰贞”。“访《武》尚《明夷》”，喻在乱世之中立志不畏艰险，走武王伐纣的道路。石隐云云，说明现在绝非可以优游逍遥的时刻，祖国大好的旧河山，正期待着我们这一辈去收拾重整呵！
章太炎希望通过自己的现身说法，对康有为、梁启超产生相应的影响。但是，他并没有能够使康、梁等人对清朝政府的态度有所改变，相反，在康、梁的反影响下，他倒写了一篇《客帝论》，从自己原先的立场退了下来。这篇文章历数了清朝统治的种种罪恶，论证了“反满”是正义的行动。他写道：
乃夫宾旅侵突而为君者，故迩梁远，以华夏为异类。蜂刃所抵，类祃厥宗，而无所殷痛。扬州之屠，嘉定之屠，江阴之屠，金华之屠，啖肉也如黑鹫，窃室也如群麀。其他掊发窖藏，掘冢坏陵，而取其金鼎玉杯银尊珠襦之宝以为储藏者，不可以簿籍计也。及统壹天下，六官犹耦，防营犹设。托不加赋以为美名，而以胡骑之饷，刓敝府库；迮有狱讼，则汉民必不可以得直；迮有剧寇，汉臣贤劳而夷其难；创痍既起，又置其同族于善地以乱其治。吾义士之谋攘逐者，亦宁有过职乎？
然而，紧接着，章太炎便又承认，目前确实不能进行以“反满”为直接目标的革命，理由主要是这样做会导致“逐加于满人，而地割于白人”。同时，目前也可以不必革命，理由则是由于光绪皇帝已经“椎胸啮臂，以悔二百五十年之过矣”。章太炎就这一点写道：“彼疏其顽童，昵其地主，以百姓之不得职为己大耻，将登荐贤辅，变革故法，使卒越劲，使民果毅，使吏精廉强力，以御白人之侮。大东辛颛之胄，且将倚之以为安隐。若是，又可逐乎？”