导火线是在苏州东吴大学任教时，章太炎照旧“言论恣肆”，竟在课堂内外公开抨击清朝统治，宣传革命。他曾出了《李自成胡林翼论》这样的题目，让学生作文。他的言行，惊动了远在武汉的湖广总督张之洞、在南京的两江总督刘坤一。张之洞特遣人到宁与刘坤一密商，转赴苏州，嘱江苏巡抚恩寿设法逮系章氏。这时恰好已放寒假，章太炎回余杭度岁，恩寿扑了个空。今存张之洞致湖北巡抚端方密函一封，从中可以窥见这些封疆大吏对着这样一个小小的年轻人是多么惊恐：
章炳麟事，前面托沈道到金陵密告岘帅（刘坤一）筹之。 顷沈道归言：岘帅已密函致恩中丞（恩寿），沈亦赴苏面陈， 恩已与东吴大学堂两洋人商允，今年不请章入该堂矣。特奉闻。
当张之洞所派人员到达南京时，章太炎的知交张伯纯获悉张之洞与刘坤一的密谋，立即发电余杭。电文云：“枚急赴沪。”这天又是阴历大年初一。章太炎接到电报后，见电文末尾未曾署名，不知究竟，十分怪愕。他忙发一函去沪，托吴保初代为查明原委。吴保初了解情况后，嫌函告太慢，又一次遣人赴杭告急，要章太炎立即赴日本走避。恰好这时，东吴大学教士所遣告急者亦赶到了杭州。正在杭城的黄绍箕、孙诒让、宋恕及陈黻宸又分别探悉，署浙江巡抚任道镕正在布置逮治章太炎，纷纷前来“促炳麟亡之日本”。章太炎乃匆匆离家，于阴历正月十四日即1902年2月21日抵沪，住宿一夜，“次日附日本舟东渡”。就在他动身这一天，上海道衙门还遣人寻踪到吴保初家，向吴家仆人打探章太炎的行踪。
一个文弱书生转向革命，竟然惊动了两名总督、三名巡抚、两名道台，兴师动众，前来追捕，结果，又一再扑空。这一事实， 反过来又恰好说明，章太炎的言行已经使高高在上的统治者们感到了威胁，而在一般爱国志士中，则已赢得了相当的尊敬与同情。
浩浩东海之上，风波恬静。章太炎在船舱中凭窗远眺。回顾这一年多来的经历，他感到，奋斗的目标终于明确了，前进的道路也终于清楚了，内心是充实的。虽然是再次出亡，他却并不伤感，相反，觉得浑身充满了力量。这次出亡，是对围捕他的封疆大吏们一次示威，同时，也是他准备向反动营垒发动一场正面冲击的前奏。他已经下了决心：激流勇进。
“支那亡国纪念会”
1902年2月28日，章太炎抵达日本横滨。
一到日本，他就欣喜地发现，与两年半以前他初次来日时相比，情势已经发生了显著变化。
变化清楚地表现在梁启超身上。不久前遭到章太炎《正仇满论》严词驳斥的这位维新巨子，于2月8日创办了一份新的刊物《新民丛报》。他原先主办的《清议报》不久前因遭火灾停刊，梁启超在复刊时，乘机改名，“取《大学》新民之义，以为欲维新吾国，当先维新吾民”。他宣称：“中国所以不振，由于国民公德缺乏，智慧不开。”这基本上还是前一年《中国积弱溯源论》的观点。但是，在资产阶级改良主义一再碰壁的现实面前，他对保皇、勤王的道路是否真能走得通，也不能不产生怀疑。革命派对他的批评，特别是章太炎《正仇满论》一文，使他的思想受到了触动，推动了他思想的钟摆向革命方面的摆动。当章太炎来到横滨时，他对章仍表示诚挚的欢迎，并邀请章太炎就住在《新民丛报》报社中。章太炎因此在致吴保初等人的信函中称许说：“《丛报》已出二册。任公宗旨较前大异，学识日进，头头是道，总之，以适宜当时社会与否为是非之准的。报中亦不用山膏罣语，以招阻力。大约此报通行，必能过于《清议》也。”
更大的变化发生在留学生中。这几年，留日学生人数已经有了显著增加。1896年，留日学生仅十三人，1898年为六十八人，1899年为一百人，1900年为三百人，1902年更增至六百人。1900年，出现了第一个留日学生团体“励志会”，其中许多成员曾回国参加唐才常发动的自立军起事，有的还为此献出了自己的生命。曾经去安徽大通指挥过自立军起事的秦力山，以为“汉局之堕，罪在康(有为)之拥资自肥，以致贻误失事，遂对康宣布绝交”。他在日本和其他一些具有同样觉悟的励志会成员戢元丞、沈云翔、杨延栋、杨荫杭、雷奋、王宠惠、张继等人创办了《国民报》，“大倡革命仇满学说，措辞激昂，开留学界革命新闻之先河”。章太炎的《正仇满论》便是寄给他们在《国民报》刊出的。章太炎来到日本后，为便于同秦力山等人进行接触，只在《新民丛报》报社住了十多天，就搬到东京牛区天神町六十五番中国留学生公寓居住。他一边与秦力山等人每日聚会，“讨论革命排满之宣传方法”，一边“仍为广智删润译稿，间作文字登《丛报》中，以供旅费而已”。冯自由为广智书局翻译日本帝国大学教授德国那特硁博士所著的《政治学》，全文四十万字，便是由章太炎“润词”的。
这时，由秦力山带头，留日学生开始与旅居横滨的孙中山有了接触。章太炎居住在东京期间，曾和秦力山一起专程往横滨访问孙中山，而孙中山也一再专程到东京，同他们相会。这些接触，使孙中山所从事的革命活动与留日学生的爱国斗争开始结合起来，有力地促进了留日学生中革命情绪的高涨。而章太炎本人，在孙中山的启迪和秦力山等人的鼓舞下，政治上、思想上也都有了一个飞跃。他在回溯这段经历时说过：“时香山孙公方客横滨，中外多识其名者，而游学生疑孙公骁桀难近，不与通。力山独先往谒之，会余亦至，孙公十日率一至东京，陈义斩斩，相与语，欢甚，知其非（唐）才常辈人也。诸生闻孙公无他犷状，亦渐与亲，种族大义始震播横舍间。”这段回忆，大体是符合当时实际的。
章太炎就一系列与革命相关的重大问题，与孙中山进行了深入的讨论。其中，给章太炎留下最深刻印象的，就是孙中山提出的“平均地权”主张。章太炎在《定版籍》一文中，曾详细记述了他与孙中山讨论这一问题的经过。
起初，章太炎所考虑的，只是在革命成功以后，如何改革赋税制度，以保障国家有足够的财政收入。孙中山指出，不解决土地兼并问题，而专门谋求如何使农民的赋税负担合理化，实是弃本而逐末。他认为，土地是自然物，不应听由地主任意垄断，用以暴富，而应制定法律，保障农民均等地享有地权。他主张“不躬耕者，无得有露田”；每一农民，占有的露田不得超过二十亩，场圃、池沼则不得超过十亩。“夫不稼者，不得有尺寸耕土”。孙中山的分析使章太炎的头脑豁然开朗。先前，他所想的主要是如何合理核定赋税的数额以减轻农民的负担，这时，他方才懂得：“田不均，虽衰定赋税，民不乐其生，终之发难。有帑而不足以养民也。”年前，他在苏州，常常经过冯桂芬祠堂，一些人曾极口称赞冯桂芬“为郡人减赋，功德甚盛”，他一了解事实，却发现冯桂芬所谋得的减赋，其实只于“世族”有利，广大农民并没有得到任何实际利益。那时，他不明白其中根源，现在一想，正是由于没有解决农民的土地问题。根据孙中山提出的设想，章太炎制定了一个平均地权的具体方案《均田法》：
凡土：民有者无得旷。其非岁月所能就者，程以三年。岁输其税什二，视其物色而衰征之。
凡露田：不亲耕者使鬻之，不雠者鬻诸有司。诸园圃，有薪木而受之祖、父者，虽不亲邕，得有其园圃薪木，无得更买。池沼，如露田法。凡寡妻、女子当户者，能耕，耕也；不能耕，即鬻。露田无得佣人。
凡草莱：初辟而为露田园池者，多连阡陌，虽不躬耕，得特专利五十年。期尽而鬻之，程以十年。
凡诸坑冶：非躬能开浚哲采者，其多寡阔狭，得恣有之，不以露田园池为比。
这是经由孙中山与章太炎共同制定出来的近代中国第一个完整的资产阶级土地革命方案。它的核心，就是消灭封建地主土地所有权，解决农民的土地问题，并保证发展资本主义工商矿业与大农业对于土地的需要。但是，在这个方案中，章太炎根本没有考虑如何依靠农民的自身斗争去实现。同时，这个方案也过于粗疏，根本没有顾及中国农村极为复杂的现实，因而具有极为明显的空想成分。尽管如此，这一方案的提出，仍然不失其重要性，因为它表现了章太炎的思想已经产生一个新的飞跃，即在反对封建政权斗争的同时，已开始注意到如何进行铲除封建经济基础的斗争。它还十分生动地说明了，中国最早的革命民主主义者孙中山在帮助一代资产阶级革命家、思想家成长方面，曾经起了多么重要的作用。
1902年4月26日，阴历为三月十九日，明末崇祯皇帝在北京煤山上吊身死正值二百四十二年。为了激起人们对清王朝的愤恨，章太炎与秦力山、冯自由等人会议商定，“应于是日举行大规模之纪念会，使留学界有所观感”。这一计划，得到了孙中山的支持。章太炎起草了《支那亡国二百四十二年纪念会书》，历数清朝统治者的野蛮、残暴与无能，批评了君主立宪、市府分治等各种主张，说明处在清朝统治之下，“鞭箠之不免，而欲参与政权，小丑之不制，而期扞御皙族”，统统都会落空。章太炎在这份宣言书中号召：“愿吾滇人，无忘李定国；愿吾闽人，无忘郑成功；愿吾越人，无忘张煌言；愿吾桂人，无忘瞿式耜；愿吾楚人，无忘何腾蛟；愿吾辽人，无忘李成梁。别生类以箴大同，察种源以简蒙古，齐民德以哀同胤，鼓芳风以扇游尘，庶几陆沉之痛，不远而复。”无论从历史上满汉两族的关系考查，还是从清朝统治建立后的现实观察，将明亡于清说成“支那亡国”，显然与事实不符。宣言书以儒家“非我族类，其心必异”和“贱夷狄”的传统教条为自己的立论根据，更无说服力。然而，它的目的是借此全盘否定清朝统治的合法性，这在当时，对于唤起广大留日学生的民族感情，将人们的斗争目标进一步集中到反对清王朝统治上面，则还是有很大的鼓动性与积极作用的。
在这份宣言书上署名的，有章太炎、秦力山、冯自由、马君武等十人。他们原定在上野精养轩举行纪念仪式。清朝驻日公使蔡钧闻讯，慌了手脚，忙拿了章太炎起草的宣言书亲访日本外务省，“请求禁止开会，以全清日二国友谊”。4月25日，东京牛区警察署通知章太炎等，“奉东京警视总监命，制止开会”。第二天，日本当局出动大批警吏到上野精养轩门前及不忍池附近进行弹压，赶来与会的留学生数百人被迫解散。孙中山“亦自横滨带领华侨十余人来会，及询知清使馆借外力干涉情事，乃在精养轩聚餐，以避日警耳目”。
为了使纪念会得以举行，孙中山邀约章太炎、秦力山、冯自由等人赴横滨集会。26日下午，在横滨永乐酒楼正式举行了“支那亡国二百四十二年纪念会”。孙中山陪同章太炎等人进入会场，奏军乐。由孙中山任主席，由章太炎宣读纪念词。是晚，“兴中会仍在此楼公宴太炎等，凡八九桌，异常欢洽”。孙中山倡言“各敬章先生一杯”，“凡七十余杯殆尽”。
与此同时，居住在香港的兴中会成员陈少白、郑贯公等人在他们所主编的《中国日报》上刊载了《支那亡国二百四十二年纪念书》，“大事宣传”，4月26日，他们在香港永乐街《中国日报》报社也举行了同样的纪念会，“同志莅会者极形踊跃”。
“支那亡国纪念会”的活动，是对清朝政府的一次政治示威。它把正在高涨起来的革命浪潮集中到“反满”这个简明的目标上来。它借助于唤起人们的民族情绪，在留日学生中迅速扩大了革命影响，在上海、广州、澳门和国内其他许多地方，也推动了革命思想的传播。而章太炎本人通过这一实践活动，也开始与留学生中群众性的革命探索结合起来。
在这一纪念活动中，章太炎对梁启超的认识又深了一层。
来日本之初，章太炎曾努力谋求使梁启超与孙中山联合到一起。他说：“任公曩日本以革命为志，中陷保皇，近则本旨复露，特其会仍名保皇耳。”他以为，梁启超与孙中山在政治上、思想上的分歧，无非是梁启超“知事无可为，而专以昌明文化自任；中山则急欲发难”，他们之所以曾经闹到几乎势不两立，主要还是因为清廷从中挑拨离间，“大龟近策，以为使孙、康二人自相残杀，而后两害可殊，其计甚毒”。他感慨地说：“吾不敢谓支那大计在孙、梁二人掌中，而一线生机，惟此二子可望。今复交构，能无喟然！”因此，他把谋求孙、梁联合视为击破清廷谗构阴谋的革命需要。
此时，梁启超的思想比先前确实日趋激进。他曾有《自励》二首，抒写自己的志向与胸怀。第二首说：
献身甘作万矢的，著论求为百世师。
誓起民权移旧俗，更研哲理牖新知。
十年以后当思我，举国犹狂欲语谁？
世界无穷愿无尽，海天寥廓立多时。
可是，他并没有结束自己在革命与保皇之间的彷徨。保皇主义在理论上的支离和在实践中的破产，他都熟知，可是，他始终不能克服自己对革命的恐惧，不能抛却对大清王朝的脉脉温情，尤其不能违背老师康有为的主旨。章太炎误以为梁启超本以革命为志，现在已经恢复本旨，走向革命，这是轻估了梁启超思想中保守的一面。当章太炎和秦力山等人发起“支那亡国纪念会”，征求梁启超为赞成人时，梁启超思想中的这一面就突出地显露出来了。当时，章太炎、秦力山将宣言书邮寄横滨《新民丛报》，托请梁启超代为分发给当地华侨，并广为宣传。梁启超起初复书同意列名于宣言书上，数日后，却“再函太炎，谓此事只可心照，不必具名，请将彼之赞成人名义取消”。临阵脱逃，显然不能以“胆怯”二字推托。章太炎尽管还没有放弃争取梁启超投身于革命的希望，但是，对于梁启超的为人和他一再表白的革命本旨，很自然地都已不那么轻信了。