事实证明，章太炎这时根本没有理睬徐佛苏、蚊负、临渊等人“调停”的建议。在接编《民报》后，从7月到12月出版的第六至第十各号中，章太炎就发表了精卫、汉民、县解、寄生等撰写的《驳革命可以召瓜分说》、《再驳〈新民丛报〉之政治革命论》、《满洲立宪与国民革命》、《驳革命可以生内乱说》、《杂驳〈新民丛报〉第十二号》、《排外与国际法》、《就论理学驳〈新民丛报〉之论革命》、《答〈新民〉难》、《复仇论》等十多篇论战文章，几占各期一半以上篇幅。章太炎还在《民报》第九、十号分别发表了精卫《与佛公书》、弹佛《驳〈劝告停止驳论意见书〉》，并专门加了编者按，说明这些论文足以代替编者本人的回答。所有这些文章，标志着《民报》与《新民丛报》的论战进一步深化，并取得重大胜利。
值得注意的是章太炎自己在《民报》第十号发表的《箴新党论》。这篇文章，叙述了以康有为为代表的“新党”形成演变的过程，揭露他们的致命弱点是“竞名死利”。正因为如此，他们与旧党相较，“挟术或殊，其志则非有高下也”。而就他们的政治主张和改良主义理论而言，实在也并不怎么高明：“夫其所操技术，岂谓上足以给当世之用，下足以成一家之言耶？汗漫之策论，不可以为成文之法；杂博之记诵，不可以当说经之诂；单篇之文笔，不可以承儒墨之流；匿采之华辞，不可以备瞽矇之颂；淫哇之赋咏，不可以瞻国政之违。既失其末，而又不得其本，视经方陶冶之流，犹尚弗及，亦曰以是哗世取宠而已。”当时，一批所谓新学学生或留学归国，或毕业于国内新学学堂，在清政府许多机构中供职，章太炎在文章中指出：“诸学生之所为者，又新党之变形也。夫其学术风采，有异昔时；诸所建白，又稍稍切于时用，然其心术所形，举无以异于畴昔。”“然则新党者，政府之桀奴；学生者，当涂之顺仆。”
这篇文章对所谓“新党”做出的估量，对谨愿小心地供清朝政府驱使的“新学学生”所提出的严重警告，既是对梁启超等人有力的一击，也给革命党自身的建设提供了一个反面的鉴戒。当时正在日本留学的许寿裳介绍这篇文章时说过：“凡此所言，皆足以使人警惕，因之同志们奉为圭臬，节操弥坚，舍命不渝，敌忾致果。”
1906年下半年形势的发展充分证实，在章太炎主持《民报》以后，对《新民丛报》的论战不是削弱了，而是加强了。这年年底，梁启超致书康有为，气急败坏地说：“革党现在东京占极大之势力，万余学生从之者过半……东京各省人皆有，彼播种于此间，而蔓延于内地，真腹心之大患，万不能轻视者也。近顷江西、湖南、山东、直隶，到处乱机蜂起，皆彼党所为。今者我党与政府死战，犹是第二义；与革党死战，乃是第一义。有彼则无我，有我则无彼。然则苟非与政府死战，则亦不能收天下之望，而杀彼党之势，故战政府亦今日万不可缓之着也。”这封信，暴露了保皇派处境是多么狼狈，他们对革命是多么敌视，同时，也暴露了他们“与政府死战”的虚伪性。
为了摆脱“有两大敌夹于前后”的困境，1907年1月，梁启超再次挽徐佛苏出面游说。徐佛苏对宋教仁说：“梁卓如……向与《民报》辨驳之事，亦出于不得已，苟可以调和，则愿不如是也。《民报》动则斥其保皇，实则卓如已改变方针，其保皇会已改为国民宪政会矣。君可与《民报》社相商，以后和平发言，不互相攻击，可乎？”宋教仁以此事与章太炎磋商，章太炎表示：“可以许其调和。”而孙中山、黄兴、胡汉民等这时则俱表示反对，章、宋马上就放弃了自己的意见。其实，章太炎所谓“许其调和”，并非同意取消革命与改良的原则争论，而只是同意在论争中双方不要互相怒骂丑诋，用辱骂代替严肃的战斗。他说过：“余以胡、汪诘责卓如，辞近诟谇，故持论稍平。”《民报》上的文章也证明，章太炎驳斥改良主义的种种谬论时，并不徇情；在揭露改良派的本质时，犀利的程度也不比汪精卫、胡汉民的文章稍差，他的“持论稍平”，并非对改良主义调和姑息。1907年3月，梁启超将他自己读《说文》的数十条札记编为《国文语源解》，托请蒋观云转求章太炎代为审定，并希望能由章太炎给这部著作写一篇序，企图借此再次向章太炎试探。梁启超在给蒋观云的信中说：“东中士夫其粹于此者，惟章太炎，然以政见歧殊，久不闻问，先生能居间以就正于彼，尤所愿望。(若太炎肯为叙，亦学问上一美谈。)政见与学问固绝不相蒙，太炎若有见于是，必能匡我不逮，而无吝也。”然而章太炎根本没有予以理睬。对于章太炎说来，很明显，政治上的尖锐对立，绝非学术上投其所好即能疏解，更非往昔的私谊所能弥缝。
在事关革命的一系列重大原则问题上，章太炎的立场是坚定的，立论也是鲜明严谨的。发表于《民报》第十二号上的《〈社会通诠〉商兑》，便有力地证明，他在这些方面绝不稍逊于汪精卫、胡汉民等人。
《社会通诠》，英国社会学家甄克思著，严复译述，1904年由商务印书馆印行。甄克思将人类社会分为图腾、宗法、军国三种形态，而将重视区分民族界限、热衷倡导民族主义说成宗法社会的思想意识，曾说：“宗法社会，始以羼族为厉禁，若今日之社会，则以广土众民为鹄，而种界则视为无足致严。”严复以这一理论为根据，反对革命党人所致力的以“反满”为主要目标的民族主义革命。他说：“中国社会，宗法而兼军国者也。故其言治也，亦以种不以国。……是以今日党派虽有新旧之殊，至于民族主义，则不谋而合，今日言合群，明日言排外，甚或言排满。……虽然，民族主义将遂足以强吾种乎？愚有以决其必不能者矣。”甄克思与严复的这一理论，当时曾被改良派人士反复援引，用以反对推翻清朝统治的革命，反对展开反对帝国主义侵略的群众斗争。汪精卫在《民报》创刊号上发表的《民族的国民》，对此就曾表示遗憾。《民报》第二号发表胡汉民的专文《述侯官严氏最近政见》，对严复的观点则曲为解释，说：“严氏政见，其对于民族国民主义实表同情，薄志弱行者慑于革新事业之难，托而自遁，非严氏本旨也。”他们震慑于严复的权威、学识，都没有对严夏的理论观点和政治立场进行直截了当的正面论评。
严复是章太炎的老朋友，先前，章太炎对严复相当钦敬，曾将《儒术真论》和初刻本《訄书》送请严复指正。自从张园国会上分道扬镳以来，章太炎与严复在政治上、思想上距离便日渐扩大。对于严复在《社会通诠》的按语中提出的观点究竟如何评价？章太炎没有因为过去同严复的友好交往而手软，没有因为严复在学术界久享盛名而怯阵，他撰就《〈社会通诠〉商兑》，正面驳斥甄克思和严复的观点，给以此否定“反满”与反帝斗争的种种谬论以有力的反击。
章太炎在文章中首先通过中外历史发展的实际，证明了民族主义的高涨，正是所谓“军国社会”的产物，它正是以“军国社会”为“利器”，十分有力地促进了所谓“宗法社会”的瓦解，因此，把民族主义归结为宗法社会意识，乃是无稽之谈。他写道：
今吾党所言民族主义……所为排满者，岂徒曰子为爱新觉罗氏，吾为姬氏姜氏，而惧子之殽乱我血胤耳？亦曰覆我国家，攘我主权而已。故所挟以相争者，惟日讨国人，使人人自竞，为国御侮之术。此则以军国社会为利器。以此始也，亦必以终，其卒乃足以方行海表。岂沾沾焉维持祠堂族长之制，以陷吾民于大湫深谷中者？
夫排外者，惟其少隘也，故于未灭我国家者则仇之，已灭我国家者则置之。铁道之争，华工之约，其利害岂不甚巨？顾其害， 尚有大于此者。虽然，彼所争者，亦国家一部之事耳。……
且今之民族主义，非直与宗法社会不相一致，而其力又有足以促宗法社会之镕解者。……今外有强敌以乘吾隙，思同德协力以格拒之。推本其原，则曰：以四百兆人为一族，而无问其氏姓世系为。察其操术，则曰：人人自竞，尽尔股肱之力，以与同族相系维。……内之以同国相维，外之以同患相救，当是时，则惟军国社会是务，而宗法社会弃之如脱屣耳。
这里，宗法社会实际上就是封建社会的代名词，而军国社会则是资本主义社会的代名词。20世纪初中国革命家们倡导“反满”，反对帝国主义侵略中国，究竟立足于何处，又以何处为归宿？章太炎毫不含糊地说明了，中国革命家们所坚持的民族主义，绝不是为了维护什么封建的宗法制度，恰恰相反，“吾党所称之民族主义，所恃以沃灌而使之孳殖者，舍军国社会而外，无他法”。唤起人们的民族意识，使人们竭力致死，见危授命，以“尽责于吾民族之国家”，这正是军国社会的客观要求，它的归宿也必然是军国社会的确立，“吾党所持者，非直与宗法无似，而其实且与之僢驰。”
严复以为，民族主义不足以遂强吾种。而摭拾严复余唾的那些鼓簧弄舌者，则以为民族主义的发展趋势必定“有败而无成”。其理由，一曰中国是一落后的宗法社会，不足以与西方列强先进的军国社会抗衡，二曰革命党人只能“以会盟驰说相励”，而“无军事之实”。对此，文章指出，第一，“国之兴废，非徒以社会文化高下为衡，顾民气材力何如耳！”第二，革命理论宣传，“言谈虽虚，要以促社会之自觉”，其效果将远不止“寸鳞一翮之助”。法国革命时，“官军有利器，足以摧坚入深，而革命党无军需，仓皇遇警，有持机案道具以相格者。此非必败之道耶？徒以大风所播，合军民为一心，而效死以藩王室者少，故民党得因之成业”。中国革命党人固然手上没有掌握什么军事力量，但也绝不是仅仅满足于口头宣传，“夫战争之事，宁我薄人，而无恃他人之不吾薄。吾岂徒效法人所为，冀人之倒戈厥角以为恃？固曰：鸠合骏雄，厚集群力，以成戎衣之烈。是所焦心茧足以求之者，顾岂非军国社会之事哉？”据此，章太炎断言，尽管列强军国社会已经高度发展，中国统治者又掌握着很大的军事力量，革命仍然完全可以夺得胜利。他豪迈地说：“法人有言，所志不成，当尽法国而成蒿里，以营大冢于其上。士苟知此，彼天然淘汰、优胜劣败之说，诚何足以芥蒂乎？循四百兆人之所欲击，顺而用之，虽铲类赤地，竟伸其志可也！”
信赖民众，信赖民众的觉悟，相信民众觉醒之后将团结起来进行殊死的战斗，这就是军国社会的精神，这就是革命将可胜利的保证。章太炎当然也没有解决如何真正把民众发动起来、领导民众前进的问题，但是，既然已经初步形成了这一信念，他就看到了希望所在，有了前进的勇气和信心。在祖国日益深重的危难面前，章太炎与严复采取了截然不同的态度而在政治上与之完全决裂，这不正是一个重要的原因吗？
甄克思、严复为什么会错误地把民族主义硬性说成宗法社会的观念呢？章太炎认为，这是因为甄克思没有认真研究东方各国的历史，便以偏赅全，把局部地区的特殊现象夸大成了普遍规律。他指出，“甄氏之意，在援据历史，得其指归。然所征乃止赤、黑、野人之近事与欧、美、亚西古今之成迹。其自天山以东中国、日本、蒙古、满洲之法，不及致详。……未极考索之智，而又非能尽排比之愚，固不足以悬断齐州之事。”而严复在译述西书时，又没有对中国历史进行系统而深入的研究，只知将他一知半解的某些中国事状与甄克思书中所说的一些条例加以比附黏合，以甄克思的观点为判断是非的最高标准，“历史成迹，合于彼之条例者则必实，异于彼之条例者则必虚；当来方略，合于彼之条例者则必成，异于彼之条例者则必败”。简单化，绝对化，当然不可避免地就要做出错误的结论。章太炎在《〈社会通诠〉商兑》中反复强调：只有坚持从中国事状本身出发，只有对中国的风俗形势有深入的了解，才能从中归纳出符合中国实际的条例，只有这样，所得的结论方才不致重纰缪。
《〈社会通诠〉商兑》很有说服力地证实，章太炎在理论上、学术上具有较高的素养。由于章太炎辛勤的工作，在他主持《民报》后，《民报》批判改良主义、保皇主义的斗争在深度和广度两个方面，事实上都是前进了，而不是后退了；《民报》的影响是扩大了，而不是缩小了。《复报》第四号刊载的《〈民报〉广告》说，“本报以发挥民族主义、国民主义、民生主义，而主张种族革命、政治革命、社会革命为目的……适遇余杭章炳麟枚叔先生出狱至东京，遂任为本报编辑人。报事益展，销行至万七千余份。”这一段话，对于从1906年7月至1907年4月临时增刊《天讨》出版这一阶段的《民报》来说，完全不是溢美之词，而是很确切的。
思想上的重要转折
向西方学习，是近代中国进步思想家思想发展的主旋律，章太炎也不例外。
章太炎向西方学习，大体上经历了三个阶段。甲午战争以后，他向西方学得的主要是进化论；1900年以后，他向西方学习的主要内容是资产阶级社会学和政治、法律、经济、文化、教育、宗教等学说；1906年出狱来到东京以后，他极为热心而精心研读的则是西方的哲学著作以及当时在日本革命志士中风行一时的社会主义与无政府主义学说。
章太炎对西方资本主义世界曾经非常向往。对于如何针对中国的实际情况，找到在中国建立资本主义制度的通途，他进行过认真的探索。然而，第三次来到日本以后，随着对于资本主义的现实了解逐渐深入，对于资本主义制度下社会矛盾的发展感受较为直接而具体，联系到资本主义在中国的发展带来的一系列新的社会问题，他的思想开始发生了重要变化。
给了章太炎以最强烈刺激的，就是日本社会矛盾的激化。日本，过去也曾十分落后，明治维新后，迅速强盛起来，特别是1904年至1905年日俄战争中，一下子把老大的沙皇俄国打得惨败，声誉更是大增。先前，章太炎对日本曾经非常钦羡，甚至以为那里就是理想的“陇首余糇粮，道路无拾遗”的太平世界。然而，这次在日本较长时间的定居，发觉情况远不是自己所想象的那么美好。他在《东夷诗》中叙述了自己早先对日本的向往以后，接着写道：
少壮更百忧，负绁来此畿。
车骑信精妍，艨艟与天齐。
穷兵事北狄，三载熸其师。
将率得通侯，材官山鸡。
帑臧竟涂地，算赋及孤儿。
天骄岂能久？ 愁苦来无沂。
偷盗遂转盛，妃匹如随麋。
家家怀美疚，骭间生疡微。
乃知信虚言，多与情实违。