“五无”，最终走到了绝对的虚无主义。但它毕竟不是消极地逃避现实，而是对现实世界苦难的抗议。它既是对现存的世界秩序全面而彻底的否定，也是在现实的诸种矛盾面前找不到真正的出路而陷入绝望的表现。当时，中国资本主义正处在上升时期，中国资产阶级仍是一支生气勃勃的新生的社会力量，可是，在西方，在日本，社会现实已经清楚地说明，资本主义与资产阶级的胜利，不仅意味着文明的进步，而且包含着罪恶的滋长。而在中国资本主义发展过程中，人们所已蒙受的新的苦难和将要蒙受的苦难，又不能不捶击着中国革命家们的心。“震于泰西文明之名，劝工兴商，汗漫无制，乃使豪强兼并，细民无食”，这是中国的现实，也是往后相当一段时间的必然趋势。中国革命家们在为未来而英勇奋斗，可是，等待着他们的那个未来，却包含着新的危机和新的苦难。取代资产阶级的新生的无产阶级，这时却还没有显示出自己伟大的历史的潜力，不仅在中国社会政治舞台上它还无足轻重，即使在日本它也还没有显示出自己伟大的历史创造力。解决现实世界的诸种苦难的社会力量既然还没有实际地形成，人们便只能从幻想中去寻求解脱的方法。章太炎思想的彷徨、怀疑、转变，正深刻地反映了20世纪初中国社会和中国革命的这一特点。
于此可见，由于社会接触面的扩大，由于同日本社会主义、无政府主义活动家及亚洲其他国家革命家的频繁接触，章太炎的视野更加开阔了，对社会矛盾的观察加深了，他的革命的民族主义和民主主义思想都有了新的发展，新的飞跃。原先的许多信念被突破了，或者动摇了，可是，却找不到新的更为坚实有力的东西来代替它，结果，他自身便陷入了大苦恼：一边继续在战斗，一边却滑向怀疑主义、悲观主义、虚无主义。中国社会自身的矛盾惶遽状态，在这位思想家的头脑中得到了浓缩与升华。这就是1907年章太炎思想转变的最主要的特色。
“兄弟阋于墙”
正当同盟会领导的革命运动蓬蓬勃勃向前发展时，日本朝野对待中国革命党人的态度发生了重要变化。
1906年12月4日，萍浏醴起义爆发。由于同盟会会员事先在会党群众中做了大量宣传、组织、发动的工作，义旗一举，“不数日聚众数万人，占据三四县，声势之大，为历次义师所未有”。清廷飞调湘、赣、苏、鄂四省军队，进行血腥的“会剿”。起义失败了，但是，它作为同盟会成立以来所领导的首次武装起义，已经显示出同盟会的成立将会有力地促进群众队伍的集结，启迪人们的觉悟，推动武装斗争的发展。因此，清廷上下，惊魂甫定，便立即采取了一系列的紧急措施，企图对同盟会活动“严加防缉”。为了打击同盟会的领导中枢，清廷一面诏命外务部与学部对留日学生进行侦查，指令驻日公使杨枢要求日本有关当局开除与革命党有联系的留学生，一面严令各省查禁《民报》，不准《民报》与其他革命书刊由日本输入内地。接着，清廷又训令驻日公使杨枢向日本政府正式提出交涉，要求日本政府逮捕并引渡孙中山。
日本当局先前直接或间接地支持或默许过孙中山和留日学生中的革命活动。与日本军部关系极为密切的玄洋社、黑龙会，从首领头山满、内田良平到一批重要骨干如宫崎寅藏、平山周、萱野长知、末永节等，同中国革命党人一直关系异常密切。日本在野党首领大隈重信、犬养毅等，也都经常以中国革命党人的庇护者与支持者的面目出现。在日本，如果说，幸德秋水、堺利彦、山川均等代表了反军国主义势力，那么，这几股势力便恰恰相反，正是日本军国主义的狂热鼓吹者和积极推行者。他们支持中国革命，有着与幸德秋水等截然不同的目的。他们所追求的，并不是中国、日本与其他东方国家真正的解放；他们所念念不忘的，其实是不断地推进日本在华独占性的殖民权益。鉴于中国革命发展的浪潮将不可遏止，日本军国主义者便一面继续利用清朝政府，借助于各种政治的、经济的、军事的、外交的压力，迫使清朝政府满足他们所提出的种种扩大其殖民权益的要求；另一面，则企图通过对中国革命党人的“亲善”，通过政治上、经济上、军事上对中国革命党人有限度的支持，对中国革命运动的发展施加直接影响，进而控制中国革命运动，达到推进日本在华利益的目的。
独占中国的东北、蒙古，吞并朝鲜，是日本军国主义者追求的首要目标，也是内田良平等人向中国革命者最先开出的价码。日俄战争结束后，情势有了重要变化，这就是日本业已一举夺得原在俄国控制下的旅顺口、大连湾和附近领土领水的租借权，中东铁路南线的支配权，库页岛南半部的主权，并迫使俄国承认朝鲜为日本独占的范围。1905年11月， 日本当局强迫朝鲜政府签订《日韩协约》，规定由日本政府在朝鲜设统监一名，常驻朝鲜首都汉城，向正式吞并朝鲜迈出了一大步。年底，日本政府又胁迫清政府签订《中日满洲善后协定》，承认日本通过《朴次茅斯和约》从俄国手中夺得的在中国东北南部的各种殖民特权。同清朝当局进行肮脏交易的经历，使日本军国主义者深感到从清廷手中榨取各种殖民权益方便、直接，更为经济与实惠。为了表示对清王朝的支持，从清王朝更多榨取，就在胁迫朝鲜政府和清朝政府签订上述条约的同时，日本政府颁布了《取缔中国留学生规则》，对中国同盟会成立以后在留日学生中迅速高涨的革命潮流，首次公开采取压制态度。
萍浏醴起义后，当清王朝向日本政府提出逮捕和引渡孙中山、进一步压制留日学生中革命运动的要求时，日本正在为如何防止美、英资本在“门户开放”的幌子下打入中国东北而焦虑。为了防止清朝政府被美、英政府拉过去，日本军国主义者决定给清王朝更多一点甜头。这时，日本执政的是西园寺公望内阁，尽管西园寺有所谓自由主义的名声，但还是接受清朝政府的要求，同意驱逐孙中山出境，并让日本中央大学、早稻田大学开除了三十九名与革命党有关系的留学生。
日本政府方面所采取的第一个行动，就是迫令身为同盟会总理的孙中山离开日本。内田良平与伊藤博文秘密磋商，决定由日本外务省通过内田良平、宫崎寅藏，秘密交付孙中山八千元，作为他离日的经费，并答应他三年后可以复返日本。同时，由东京证券商铃木久五郎出面，公开资助孙中山一万元。
2月25日，日本朝野并由内田良平出面专门为孙中山饯行。3月4日，孙中山偕胡汉民等在萱野长知伴同下离日去南洋。日本方面这一措置是一箭三雕：一、迫使孙中山出境，削弱同盟会领导中枢；二、满足了清朝政府所提出的要求；三、骗取孙中山对日本朝野有关人士的谅解。
日本方面所采取的行动并未就此中止。为了分裂中国革命运动，以便分而治之，他们通过加入同盟会的八名日本人，在同盟会总部中挑起了一系列纠纷。这就是章太炎所说的：“时日本人入同盟会者八人，自相克伐，汉人亦渐有异同。”1907年，当章太炎的思想正在发生重要的转折时，他也深深地卷入了这些纠葛。
当时，日本加入同盟会的八人是：内田良平、宫崎寅藏、末永节、平山周、萱野长知、清藤幸七郎、北辉次郎、和田三郎。孙中山离日不久，他们就利用孙中山接受日本政府秘密赠款事，在同盟会内部挑起第一场纠纷。
孙中山离日前，共接受日本方面赠款一万七千元，他急于用这笔款子去南方边境发动起义，便以一千元用于举行告别宴会，以二千元交章太炎作《民报》经费，将其余款子全部带走。平山周、北辉次郎、和田三郎称，此事全由内田良平、宫崎寅藏经手，他们事先并未与闻，而孙中山没有将日本政府秘密赠款一事告诉同盟会总部其他成员，其中很可能另有隐情。他们透露的情况，在同盟会总部中引起了一些人对孙中山的怀疑与不满。张继、章太炎、刘师培、田桐、谭人凤等人，联系孙中山离日前夕为制定青天白日旗还是井字旗同黄兴发生的争执，宋教仁抱怨孙中山“素日不能开诚布公，虚心坦怀以待人，作事近于****跋扈”愤而辞职等事，由此，对孙中山产生了怀疑，以为孙中山私自受贿，在日本政府威胁利诱之下，做了有损于同盟会声誉的事。章太炎因《民报》经费困难，曾要求孙中山将铃木赠款全部留给《民报》使用，这时听说孙中山还另外接受日本政府秘密赠款，尤为愤激。他不做深入了解，便以为孙中山的作为有违革命道德，意气用事地把《民报》社所悬挂的孙中山像取下，写上“卖《民报》之孙文应即撤去”的批语，寄给孙中山，并提议革除孙中山的同盟会总理职务。正在这时，又传来孙中山所指挥的黄冈、七女湖起义相继失败的消息，张继、章太炎便正式要求召集同盟会大会，罢免孙中山总理职务，改选黄兴为总理。因庶务干事刘揆一力排众议，黄兴也来信调解，事态方才稍许平息。
然而，第二场纠纷紧接着又发生了。
6月，孙中山为发动广东钦廉起义，派萱野长知返回日本会同宫崎寅藏等购买一批枪械。9月初，萱野长知押送所购的器械由日轮运到汕尾海面，因接应者时间失误，未能卸下。日轮停泊香港时，日本领事召见日轮公司经理，说港督得到广东官吏电报，得知日轮私运军械，要对日轮查缉扣押，要求该轮立即离港返日。于是全部器械由该轮带回日本，而在抵达日本港口时，又为日本警察当局所扣留。就在萱野长知9月押运器械离日后，平山周、和田三郎忽然赶到《民报》社，告诉章太炎、宋教仁等人：“吾党在日新购枪械，属明治十八式，陈旧不堪作战。”章、宋等闻讯后，“遽用《民报》社名明电香港《中国日报》，谓械劣难用，请停止另购”。孙中山为此曾大为恼火，以为“武器购买运输之计划”完全为章、宋等所“破坏”。事实上，当时“运械至钦州海岸计画早已抛弃”，孙中山责备章、宋“泄漏机密，破坏戎机”，也未曾洞悉内情。这场纠纷，使孙中山对章太炎、宋教仁及平山周等不复信任。孙中山致函宫崎寅藏，谴责平山周、北辉次郎、和田三郎等“不顾公义”，“立意欲破坏团体”，“几致全局为之瓦解”。孙中山在信中表示：“弟以后不复信任此数人，其关于日本之运动，当托足下全权办理。宜秘密行事，不特平山、北、和田数子不可使之闻知，本部中人及《民报》社中人亦不必与之商议，专托足下一人，力任其难。”孙中山将在日本进行活动的全权交给宫崎寅藏一人，对其他人都不再信任。无形中，同盟会本部和《民报》社被撇在一边，而孙中山本人也由此转而专意经营南洋。
两场纠纷，本都发端于一些枝节性问题。彼此之间，之所以大动干戈，大施挞伐，误会越弄越深，关系越闹越僵，明显地，是由于他们互相抱有成见，意气用事，以一时的感情冲动取代了理智的冷静思考。然而，事态发展的过程表明，在这些纠纷中，一边是内田良平、宫崎寅藏、萱野长知，另一边是平山周、北辉次郎、和田三郎，他们常常起着关键性的作用；他们的背后，其实都是那个并不经常出场的玄洋社头子内田良平。同盟会八名日籍会员的活动，恰似在一名导演的指挥下，串演着一出双簧戏，尽管他们中间一些人自己也不一定意识到。就日本当局说来，仅仅用了一万七千元的“馈赠”，和一批以昂贵的价格售出、经过一番大旅行、复又由自己命令警察出面加以扣留的军火，便在同盟会主要领导人中播下了彼此互不信任的种子，把同盟会总部弄得天翻地覆，这不能不说是一个险恶的政治阴谋。而章太炎自以为反对孙中山私下接受日本政府馈赠，系嫉恶如仇，坚持革命气节，而与宋教仁联名电告香港《中国日报》，要他们注意军械质量，不要为日人所弄，也是出自至诚，为了维护革命利益，实际上，都是做了玄洋社、黑龙会所希望做的事情。明明干出了使亲者痛仇者快的事，章太炎却还不自知，充分表现了这位革命的思想家、理论家，在处理实际事务时，书生气十足，政治上是多么轻信与幼稚。
外部的挑唆，内部的纷争，增添了《民报》在经费上所遇到的困难。章太炎回溯1908年《民报》经济窘困的情况时，曾写道：
夫东京本瘠苦之区。万数学生，仅支衣食，非有余裕足以供给《民报》也。萍乡变后，《民报》已不能输入内地，销数减半，印刷房饭之费，不足自资。而孙文背本忘初，见危不振。去岁(指1908年)之春，公私涂炭。鄙人方卧病数旬，同志遂推为社长，入社则饔飧已绝，人迹不存。猥以绵力薄材，持此残局。朝治文章，暮营经费，复需酬对外宾，支柱警察，心力告瘁，寝食都忘。屡以函致南洋，欲孙文有所接济，并差胡汉民或汪精卫一人东渡。邮书五六次，电报三四度，或无复音，或言南洋疲极，空无一钱。有时亦以虚语羁縻，谓当挟五六千金来东相助，至期则又饰以他语。先后所寄，只银圆三百而已。及河口兵兴，乃悉以军用不支为解。