康德在其早期，曾经相当科学地说明了太阳系的“系统结构”以及它形成与发展的过程，建立了唯物主义宇宙观的基础。当时，他充满自信地宣称过：“给我物质，我就用它造出一个宇宙来。”然而，研究的深入使他发现，建立在古典力学基础上的物质机械运动不足以解释生命、思维、意识的活动，他于是设想在种种具体现象之后，有一个独立存在的“自在之物”。正如恩格斯所说，在康德所处的时代，“我们对自然界事物的知识确实是十分零碎的，所以他很可以猜想在我们关于每一件事物的少许知识背后存在着一种神秘的‘自在之物’”。一方面是人们通过感性和理性的认识活动形成的关于种种现象的知识，另一方面是独立于意识而存在的“物自体”，这二者之间的分离与对立，于是便成了康德哲学的一个主要特征。从主观与客观、精神与“物”、现象与“自在之物”相分离与相对立的二元论，康德得出了“自在之物”不可知的结论。
章太炎的思想也经历了类似的演变过程，然而他这一转变，从形式到结论，都具有自己独特的性格，与康德不尽相同。
19世纪90年代，章太炎依据近代天体运行学说、细胞学说、分子学说和进化论成就，说明了宇宙运动和人类形成的过程，建立了具有近代特色的唯物主义宇宙观。这时，就世界范围来说，自然科学比之康德时代有了突飞猛进的发展，然而，中国的思想家们即使竭尽心力，对于这些也只能有一知半解的了解。因此，昔日苦恼着康德的问题，这时也苦恼着章太炎。他发现，任何一种确定的物质，都不能充当宇宙全部事物的本体，任何一种具体的运动形式与运动规律，都不足以概括宇宙万象分歧复杂的演化；尤其是生命与意识的活动，更非旧唯物论的机械运动所能说明。为了解决这些矛盾，他循着与康德相似的思路，企图在宇宙所有现象包括人的意识之外，寻求一种独立的本体与运动形式，并以此为基干建立了他的哲学体系。
章太炎从唯识法相哲学中直接借助了思想资料。
章太炎将独立于宇宙万物和意识、思维之外的自在之物称做“真如”。什么叫“真如”？他说：“《成唯识论》云：真如即是唯识实性。以识之实性不可言状，故强名之曰如。”在他的哲学思想体系之中，这个不可言状而强名之曰“如”的自在之物，既是万物之源，也是万物本体。
为了说明“真如”的含义，章太炎将“真如”与柏拉图的“理念”做了一番比较。他说“在遍计所执之名言中，即无自性，离遍计所执之名言外，实有自性”的“圆成实自性”，“或称真如，或称法界，或称涅槃，而柏拉图所谓伊跌耶者，亦往往近其区域。佛家以为正智所缘，乃为真如，柏拉图以为明了智识之对境，为伊跌耶，其比例亦多相类。乃至言哲学创宗教者，无不建立一物以为本体，其所有之实相虽异，其所举之形式是同，是圆成实自性之当立，固有智者所认可也。”伊跌耶，是柏拉图哲学的最高概念与核心“idea”的音译。伊跌耶，在柏拉图那里，指事物所包含的一般、普遍或共性。柏拉图以理念为宇宙万物的本体。他宣称，只有理念才是真实的存在，而各种变化无常的具体现象，则都是非真实的存在。他还声称，理念不仅绝对不能自感官得知，而且远远超出通常所说的悟性所能理解的范围，人们仅可通过哲学的刻苦努力去追寻。章太炎以为，就这些方面来说，“真如”与“理念”非常相近。
然而，章太炎的“真如”与柏拉图的“理念”又绝非一事。
柏拉图的“理念”，是一种先验的观念。柏拉图因之将理念世界与现实世界看成两个不同的世界，并断言，前者先于后者，并高于后者。由此，柏拉图的哲学走向客观唯心主义。章太炎不同意柏拉图的这些观点。他认为，理念世界就存在于现实世界之中。在现实世界之上或现实世界之外，并无一独立的理念世界。在现实世界之中，“一切形相，皆无实体”，这是因为这些具体的形相都处在无穷无尽的变化之中，“以有转变，非不可改，故说无实”。真如超越于所有这些具体的形相，但是，它并非游离于所有这些具体的形相而形成一个独立的世界。真如的存在就体现于一切具体形相的无穷变化之中。因此，他批评柏拉图所说的独立自在的“理念世界”纯是“悬想”的产物，“本无而强施为有”。
柏拉图将理念视为游离于现实世界之外的独立的存在，便难以解释大千世界一切现实的事物为什么会存在。为了克服这一矛盾，柏拉图便提出了一切事物的个体俱系理念与非理念的统一这样的理论。对此，章太炎也不同意。他曾经写道：“如柏拉图，可谓善说伊跌耶矣。然其谓一切个体之存在，非即伊跌耶，亦非离伊跌耶。伊跌耶是有，而非此则为非有，彼个体者，则兼有与非有。夫有与非有之不可得兼，犹水火相灭、青与非青之不相容也。伊跌耶既是实有，以何因缘不遍一切世界，而令世界尚留非有？复以何等因缘，令此有者能现影于非有，而调合之以为有及非有？若云此实有者本在非有以外，则此非有亦在实有以外。既有‘非有’可与‘实有’对立，则虽暂名为‘非有’，而终不得不认其为‘有’。其名与实适相反矣。”在这里，章太炎着重指出，柏拉图一面以“理念”为唯一的实有，同时又在“非有”的名义下给另一个本体留下了地盘，这就陷入了自相矛盾。章太炎以为，这正是“伊跌耶”区别于“真如”之所在。
章太炎在将“真如”与柏拉图的“理念”做了比较研究之后，又将“真如”与《韩非子·解老》篇中所说的“道”做了一番比较研究。
在《国故论衡·原道》中，章太炎写道：
韩非曰：“道者，万物之所然，万理之所稽也。理者，成物之文；道者，万物之所以成。物有理不可以相薄，而道尽稽万物之理，故不得不化。不得不化，故无常操；无常操，是以死生气禀焉，万智斟酌焉，万事废兴焉。天得之以高，地得之以藏，维斗得之以成其威，日月得之以恒其光，五常得之以常其位，列星得之以端其行，四时得之以御其变气，轩辕得之以擅四方，赤松得之以与天地统，圣人得之以成文章。道与尧、舜俱智，与接舆俱狂，与桀、纣俱灭，与汤、武俱昌。譬诸饮水，溺者多饮之即死，渴者适饮之即生。譬若剑戟，愚人以行忿则祸生，圣人以诛暴则福成。故得之以死，得之以生，得之以败，得之以成。”此其言道，犹浮屠之言“如”耶(译皆作“真如”，然本但一“如”字)。有差别，此谓理；无差别，此谓道。死生成败皆道也。
在《韩非子·解老》篇中，道是客观实在，是万物之源，又是万事万物生灭变化的总规律。章太炎以为，这里所说的“道”，与“真如”是一个意思。
韩非指出，万物各循其理，道则尽稽万物之理。这里的“理”，指的是万事万物各自的规律、法则；“道”，指的则是所有这些“理”的根本与统会。“理”的差别性反映了世界无穷无尽的各种事物相互之间的差异，而“道”的无差别性则反映了世界的同一性。章太炎以为，“真如”的无差别性及“真如差别之相”的关系，与此也极为相似。真如是无差别的本体，正如《成唯识论》所说：“真，谓真实，显非虚妄；如，谓如常，表无变易；谓此真实，于一切位，常如其性，故曰真如。”然而，真如之相则又有千差万别。《佛地经论》说：“真如即是诸法实性，无颠倒性，与一切法，不一不异。体唯一味，随相分多……乃至穷尽一切法门，皆是真如差别之相。”章太炎这里强调“有差别，此谓理；无差别，此谓道”，即是以“道”为“真如”，而以“理”为“真如差别之相”。
这就表明，在章太炎的哲学中，真如与《韩非子·解老》中的“道”一样，乃是独立于意识之外的客观实在，它存在于宇宙万物之中，又不等于宇宙万物，它构成宇宙万物统一的本体。
章太炎所最为欣赏的，还是康德关于“自在之物”的诠释。他以十分赞叹的口气写道：“康德见及物如，几与佛说真如等矣。”
康德以“自在之物”为万物本体，为唯一的客观实在，唯一的不取决于或受制约于人们意识活动的独立实体。宇宙间所有现象都是相对的、暂时的、有条件的存在，只有“自在之物”方才具有实在性、普遍性和永久性的品格。这些，正是章太炎所说的“真如”的主要特征。
章太炎说：“真如本识，非因缘生。”又说：“真如本识，无有缘起。”这就是将真如看做自在自为的存在，确认它绝不受制约于他物，而为宇宙万象的总根本、世界万物的总源。
真如，又称如来藏。章太炎在说明如来藏的特性以及它与现象界的关系时说：“佛法虽称无我，只就藏识生灭说耳。其如来藏自性不变，即是佛性，即是真我，是实，是遍，是常。而众人未能自证，徒以生灭者为我，我岂可得邪？……今应说言：依真我(如来藏，是实、遍、常)，起幻我(阿赖耶，非实、遍、常)；依幻我，说无我，依无我，说真我。”这里的“我”，即通常所说的“本质”、“本性”。而所谓“真我”，则相当于康德所说的“自在之物”。在中国，早在1903年，梁启超在《近世第一大哲康德之学说》中就说过：“案：佛说有所谓真如。真如者，即康德所谓真我，有自由性者也。有所谓无明。无明者，即康德所谓现象之我，为不可避之理所束缚，无自由性者也。”章太炎这里所说的“真我”与“幻我”，即相当于康德的所谓“真我”与“现象之我”。如来藏自性不变，是实，是遍，是常，相当于自在之物，是自在自为的独立实体，具有实在性、普遍性和永久性的品格；以生灭者为我，我不可得，则相当于现象之我，包括所有物质现象与精神现象在内，由于处在永不止息的生灭变化之中，都只能是非实在、非普遍、非恒常的幻相。章太炎所说的“依真我，起幻我”，指的是现象世界正是依真如本体而产生；“依幻我，说无我”，指的是不承认任何物质现象与精神现象具有永恒的、普遍的、实在的性质，而看到它们必然产生，又必然灭亡；“依无我，说真我”，指的是只有确认所有的具体事物、具体现象都处在不断的生灭之中，才能理解为什么只有“真如”方才是世界本体，是唯一普遍、永久而真实的存在。
康德的“自在之物”，在《纯粹理性批判》中，被规定为非认识对象。康德认为，有两种不同的对象，“即一方面是属于经验的感官和知性的对象，另一方面是属于力图超越经验界限的孤离的理性而只为人们所思维的对象”。前一对象，指广大的现象界；后一对象，指自在之物。康德说：“认识—对象，我必须能够证明它的可能性(从其为经验所证实的现实性来证明，或者先天地由理性来证明)。”可是，对于“思维—对象”自在之物来说，由于它处于人们的经验界限之外，无论依靠人的感性直观能力还是先天的知性能力，人们除去可以思及它确实是客观存在之外，不可能对它有更多的了解。据此，康德断然宣称：“我们不能对作为物自体的对象有任何知识，而只能有关于感性直观的对象即现象的知识。”就这一方面而言，章太炎的“真如”与康德的“自在之物”也几乎完全一致。
章太炎所说的真如“在遍计所执之名言中，既无自性；离遍计所执之名言外，实有自性”，与康德将“自在之物”规定为非认识对象就如出一辙。所谓“遍计所执之名言”，指从哲学角度来对事物进行综合与分析所使用的各种概念与范畴，如色与空、自与他、内与外、能与所、体与用、一与异、有与无、生与灭、断与常、来与去、因与果等等。章太炎认为，所有这些分别，皆“由意识周遍计度刻画而成”，“离于意识，则不得有此差别”。使用这样一些概念来分析各个具体的事物，就这些事物自身而言，无所增加，亦无所减损，所以，这些概念与范畴，“其名虽有，其义绝无”。真如，既为宇宙万物之源，当然也就不能利用这样一些概念与范畴去规定它的性质。“离遍计所执之名言外，实有自性”，正是确认真如有完全不依赖于意识的“周遍计度刻画”活动而自在自为的客观实在性，它绝非什么虚无缥缈、不可捉摸的抽象观念。
章太炎说：“自来哲学、宗教诸师，其果于建立本体者，则于本体之中，复为之构画内容，较计差别，而不悟其所谓有者，乃适成遍计所执之有。于非有中起增益执，其本体即不成本体矣。”这里所批评的，不仅有旧唯物论，而且有旧唯心论，还有各种宗教教义。自在之物也好，真如也好，作为宇宙万物的本体，就意味着不容许与它相平行或者相对立的一切异己物同时存在，也不容许在其内部“构画内容，较计差别”，这和康德所说的“我们不能对作为物自体的对象有任何知识”，实际上是同一个意思。
章太炎对康德的“自在之物”学说唯一的保留，就是他不同意康德径直宣布自在之物并非认识对象，因而不可知。他写道，康德“终言物如非认识境界，故不可知。此但解以知知之，不解以不知知之也。卓荦如此，而不窥此法门”。以不知知之，本于《庄子·知北游》，指超越于闻、见、言这三种认识方法，凭借冥想、本能、直觉与灵感，领悟不可闻、不可见、不可言的“道”。章太炎认为，依靠这种方法，真如或自在之物便可由不可知一变而为可知。
章太炎还借助于《成唯识论》所说的“心心所四分法”，来说明真如可以亲自证知。心心所四分法，指人们的意识活动，除去能觉的“见分”与所觉的“相分”之外，还有所谓“自证分”与“证自证分”。“相、见所依自体名事，即自证分。”“复有第四证自证分，此若无者，谁证第三？”章太炎认为，康德之所以遽然做出自在之物不可知的结论，就是“由彼知有相、见二分，不晓自证分、证自证分故”。