《破恶声论》阐述了同样的思想。“吾未绝大冀于方来，则思聆知者之心声而相观其内曜。内曜者，破黮暗者也，心声者，离伪诈者也。人群有是，乃如雷霆发于孟春，而百卉为之萌动，曙色萌动，深夜逝矣。”这里所说的“心声”与“内曜”，和《文化偏至论》所说的“主观”与“意力”是一个意思。这篇文章特别反对以“科学”、“适用之事”、“进化”、“文明”这四大理由来“灭裂个性”，大声疾呼只有依靠“不和众嚣，独具我见之士，洞瞩幽隐，评骘文明，弗与妄惑者同其是非，惟向所信是诣，举世誉之而不加劝，举世毁之而不加沮”，才能够“烛幽暗以天光，发国人之内曜，人各有己，不随风波，而中国亦以立”。
凡此种种思想观点，凡是熟悉《民报》时期章太炎思想、著述的，都不会感到陌生。只要将《文化偏至论》、《破恶声论》与章太炎的《建立宗教论》及《四惑论》等著作对照一下，便不难看出，章太炎的思想倾向是多么深刻地影响了青年时代的鲁迅。
正因为在基本思想倾向上如此接近，在对待西学与中学、新学与旧学的关系上面，鲁迅也采取了同章太炎相一致的态度。《文化偏至论》强调，在创建20世纪中国之新文明时，必须做到：“外之既无后于世界之思潮，内之而仍弗失固有之血脉，取今复古，别立新宗。”只有这样，才能使得“国人之自觉至，个性张，沙聚之邦，由是转为人国；人国既建，乃始雄厉无前，屹然独见于天下”。《破恶声论》斥责“掣维新之衣，用蔽其自私之体”，高度赞扬“苏古掇新，精神闿彻，自既大自我于无竟，又复时返顾其旧乡，披厥心而成声，殷若雷霆之起物”，坚持了与《文化偏至论》同样的立场。这也正是章太炎所倡导的国粹主义的精神所在。
鲁迅的这些文章与立论，只不过是他同时代直接或间接受了章太炎思想学说影响的一大批青年学子中的一个典型代表。章太炎以他的著作、讲学与待人接物，多么广泛而深刻地影响了一代青年学子，于此也可见一斑。正因为如此，章太炎与他的这批学生结下了深厚的师生情谊，后来经历了许多风风雨雨，直到1933年，鲁迅仍然表示：“以后如相见，仍当执礼甚恭(而太炎先生对于弟子，向来也绝无傲态，和蔼若朋友然)，自以为师弟之道，如此已可矣。”
《民报》被封禁后，章太炎“闲处与诸子讲学”，并陆续撰就学术造诣很深、成就异常突出的《小学答问》、《新方言》、《文始》、《国故论衡》、《齐物论释》等一批专著。他还着手对《訄书》做进一步补充修订。这期间，他曾将前此发表的政论与其他一些论文收集起来，编成一部《太炎集》。这部著作未能出版，但篇目至今仍存。文录共收文七十四篇，从癸巳(1893年)到戊申(1908年)按年编次；别录二十六篇，所收的则主要是《民报》上论政的文章。
这一时期，章太炎借以继续进行“国粹主义”宣传教育的阵地，主要是《教育今语杂志》和《学林》杂志。这两个刊物都不是他本人所编。《教育今语杂志》的编者是钱玄同，《学林》的编者是黄侃，
两人都是章太炎的高足，两个刊物风格很不相同，但宗旨却是一致的。《教育今语杂志章程》第一章“宗旨”开宗明义地宣布：“本杂志以保存国故，振兴学艺，提倡平民普及教育为宗旨。”其内容分八大类：社说、中国文字学、群经学、诸子学、中国历史学、中国地理学、中国教育学、附录(又分算学、英文、答问、记事四类)。《学林》内容分作十二门类：名言部(以发明小学为主)、制度部、学术流别部、玄学部、文史部、地形部、风俗部、故事部、方术部、通论部、杂文录、韵文录。就门类而言，两者基本相同。两个刊物也有区别。《学林》可以说是一个以提高为使命的刊物，而《教育今语杂志》则可以说是一个以普及为使命的刊物。在《学林》上，章太炎发表了他的新作《文始》以及一批长篇学术论文：如《封建考》、《信史》、《征信论》、《思乡愿》、《秦政论》、《秦献记》、《五朝学》、《非黄》、《释戴》等等。《学林》总共只出了两期，他的文章几乎囊括了全部篇幅。在《教育今语杂志》上，章太炎发表了两篇“社说”《常识与教育》、《教育的根本要从自国自心发出来》，《庚戌会衍说录》、《论经的大意》、《论诸子的大概》、《论文字的通借》等一批演讲记录，全部都是用白话文写成，浅显通俗，也占了这个刊物相当大一部分篇幅。《学林》与《教育今语杂志》的文章从形式到内容虽然都有很大差异，但仔细对照一下，便可发现，坚持建设具有自己民族特色的近代文化，正是贯串这两个刊物全部论著的共同主题。
在《庚戌会衍说录》 中，章太炎专门讨论了所谓留学的目的和方法。他指出：“求学不过开自己的智，施教不过开别人的智。”为了求智，“就应该把迷信打破”。而所谓迷信，不单单是指宗教，“但凡不晓得那边实际，随风逐潮，胡乱去相信那边，就叫做迷信”。即以追求欧洲的学问而言，要真正懂得它的精华与实质之所在，就必须先打破对于传教士的迷信，打破对于严复以及日本学者的迷信，才能求得其真。然而，仅仅做到这一步，还很不够，“得了前人已成的学问，不可将就歇手；将就歇手，自己仍然没有自己的心得”。必须在现成知识的基础之上，“又发生自己的知识来”，比前人“更进一级”，“学问才得新新不已”。他以“送信”与“写信”做比喻，将欧洲人比做“写信的人”，将传播西学的人比做“邮便局送信的人”，而将一般学生比做“接信的人”，呼吁人们千万不要“总是在送信的地位”，而要像李善兰、华蘅芳那样“先做送信的人，后来又能够做写信的人”。他说：“只望将来各项学问，都到写信的地位，那个求学施教的事，才得圆满呢！”不能满足于将“欧洲的学问”仅仅介绍到中国来，还必须在这一基础上有所创新，有所前进，形成具有自己民族特色的新的学问，章太炎以为，这才是留学生们负笈东游所应当树立的正确目标。
在《教育的根本要从自国自心发出来》一文中，章太炎简要地叙述了中国学说发展的概况，说明了“中国学说，历代也有盛衰，大势还是向前进步”，不可一笔抹杀，笼统地说什么“中国本来没有学说”、“近来的学者没有心得”。章太炎承认，人们对于自己的语言、礼俗、历史、文化、政事等等，都还有大量问题没有弄明白，因此，不知它们的优劣究竟在哪里，也不知究竟应当怎样进行变革，为了改变这一状况，必须坚持向前追寻探索。在追寻探索时，章太炎强调，必须反对两种偏向：“只佩服别国的学说，对着本国的学说，不论精粗美恶，一概不采，这是第一种偏心；在本国的学说里头，治了一项，其余各项，都以为无足重轻，并且还要诋毁……这是第二种偏心。”他认为，在克服这两种偏向时，特别要注意，不要盲目地跟在一些外国学者后面跑，把这些外国学者稍稍涉猎了一点中国学说以后做出的论断当做无价至宝，他们说坏，自己就跟着说坏，他们说好，自己就以为“一经品题，声价百倍”，跟着叫好，而必须坚持从中国的实际出发。文章反复说明，“凡事不可弃己所长，也不可攘人之善”，“自国的人，施自国的教育；象水火柴米一个样儿，贵也是要用，贱也就要用，只问要用，不问外人贵贱的品评。后来水越治越清，火越治越明，柴越治越燥，米越治越熟，这样就是教育的成效了”。文章还指出：“至于别国所有中国所无的学说，在教育一边，本来应该取来补助，断不可学《格致古微》的口吻，说别国的好学说，中国古来都现成有的。”
为了使学术研究更加切合中国的实际，章太炎还提出，必须使书本与书本以外的经验相结合，使学校教育与学校以外的社会教育相结合，要注意打破狭隘的致用观，坚持将对真理的追求放在第一位。
关于书本知识与实际经验相结合的问题，章太炎说：“书籍不过是学问的一项，真求学的，还要靠书籍以外的经验；学校教育不过是教育的一部，真施教的，还要靠学问以外的灌输。”特别是在当时学校为清廷所控制的情况下，他认为更必须强调这一点，并用建立学会、倡导学会讲学来弥补学校教育的不足。他说：“学会不受学部的管辖，也不受提学使的监督，可以把最高的知识灌输进去。后来有高深知识的愈多，又可以再灌输到学校去。这句话，并不是兄弟有意看轻学校。不过看中国几千年的历史，在官所教的，总是不好；民间自己所教的，却总是好。又向旁边去看欧洲各国，虽然立了学校，高深的知识，总在学校以外，渐渐灌输进去。……所以说学校不过是教育的一部，求学校的进步，必定靠着学校以外的东西。”
关于求是与实用问题，章太炎坚持的主要观点是“致用本来不全靠学问，学问也不专为致用”。政治学者并不能做成政治家，而政治上的英雄伟人也不见专门讲究政治学，“在致用上，第一要紧是阅历，第二要紧是勤劳，书本子上的学问，不过帮助一点儿”。正因为如此，就必须承认在学问与致用之间将不可避免地存在一段距离，不能要求所学的东西立即都能致用，也不能反过来要求只有能够立即致用的东西方才可以学习。他指出：“在政府设许多学校，原只望成就几个致用的人。至于学生求学，以及教人求学，就不该专向致用一面。”这就是尽管不符合当时的政府致用的需要，只要符合几分真理，仍然应当去钻研，去追寻。
凡此种种，都表明了章太炎所倡导的国粹主义与地主买办阶级的封建复古主义正是互相对垒的两股不同思潮。封建复古主义思潮也鼓吹要保存“国粹”，他们的目的是死死抱住封建制度不放，用封建遗产来抵制新文化，抵制革命。章太炎所倡导的国粹，与封建复古主义者所说的国粹有着截然对立的内容，他的目的，也正与他们完全对立。他所追求的，是要立足于中国，在中国自身的地基上，重演欧洲文艺复兴的历史，创造出中国资产阶级自身的民族文化，以推动正在艰难地前进的资产阶级民族民主革命事业。
诚然，无论章太炎本人，还是整个中国资产阶级、小资产阶级，都胜任不了彻底战胜旧文化、用新的民族文化取代封建旧文化的历史使命。即以章太炎来说，在强调必须反对政治、经济、文化各个方面的民族悲观主义与民族虚无主义，树立民族自尊心与自信心时，历述、赞扬中国历史遗产中的优秀传统，他便自觉不自觉地颂扬过许多其实是糟粕或者并不值得颂扬的东西。然而，这并不能掩盖这样一个基本的事实，即章太炎所致力的，仍然是对于封建文化的批判，特别是对于盘根错节的封建主义的统治意识形态的批判，是新的中国式的资产阶级民族文化的创造。由于他是从封建营垒中分化出来的叛逆者，对旧的文化异常熟悉，在反戈一击时，便往往比较容易击中要害，而且比之他人更为有力。应当说，正是在这样的潮流与实践中，章太炎方才成长为近代中国资产阶级“国学大师”的。
封建经学殿堂的拆散
近代中国民族文化的树建，既是中国古代传统文化的继续与发展，又是对中国古代文化遗产的批判与否定。而封建经学殿堂的拆散，对堆满了各种历史垃圾的地基进行清理，则是建设近代中国民族文化的首要前提。
应当说，在近代中国，康有为是向封建经学殿堂冲击的第一个勇士。他把传统的法定经书统统斥之为“伪经”，断言两千年来“聚百千万亿衿缨之问学，统二十朝王者礼乐制度之崇严”，都是“奉伪经为圣法，诵读尊信，奉持施行”，并认定，正因为如此，“中国之民遂二千年被暴主夷狄之酷政”。这些言论，不仅引导人们怀疑古文经文，而且将人们引向怀疑儒家经典本身，更进一步怀疑“圣人”孔子本人，这便触发了对封建经学统治一场狂飙式的冲击。封建卫道士们视之为洪水猛兽，群起而攻之，原因也就在这里。
然而，康有为并没有完全脱去孔学的旧服装。他一边企图拆散封建经学的旧殿堂，一边又努力砌造一座新的经学殿堂。西汉今文经学使孔子的地位上升为王为神，又有孔子改制、立三世之义、为汉及万世制法等许多奇异诡怪之论，康有为发现，这一旧瓶很便于装入新酒。他一面大骂两千年来崇奉的经书都是伪书，祸害极大，一面又将孔子本人以及儒家六经特别是《春秋》与诠释《春秋》的《公羊传》推崇到无以复加的高度：“天既哀大地生人之多艰，黑帝乃降精而救民患，为神明，为圣王，为万世作师，为万民作保，为大地教主。生于乱世，乃据乱而立三世之法，而垂精太平，乃因其所生之国而立三界之义，而注意于大地远近大小若一之大一统。乃立元以统天，以天为仁，以神气流形而教庶物，以不忍心而为仁政。合鬼神山川、公侯庶人、昆虫草木一统于其教，而先爱其圆颅方趾之同类，改除乱世勇乱争战角力之法，而立《春秋》新王行仁之制。”这一段对孔子的褒美，实际上就是康有为自己试图建筑的新的孔学殿堂的一幅蓝图。康有为把西汉今文经学，特别是董仲舒的公羊学，说成了解孔学真谛的唯一法门，要人们“因董子以通《公羊》，因《公羊》以通《春秋》，因《春秋》以通六经，而窥孔子之道本”。在他的号召与影响下，今文经学确也风靡一时。康有为这么做，并非真正皈依于西汉今文经学，“抱此区区，盖别有措置也”。事实上，他的许多经学理论，与西汉今文经学也确乎南辕而北辙。正因为如此，康有为无论是在拆毁封建经学的旧殿堂时，还是在精心构造他的孔学新宫殿时，都往往彷徨失据，他的理论也经常是虚构超过事实，臆断多于论证，主观脱离客观。他的理论尽管给人们以很大震动，却不能使人们真正信服，结果，便既不能将封建经学殿堂从人们思想中真正拆除，也不能为取代它的新的民族文化提供真正合适的形式。
章太炎拆散封建经学殿堂的努力，既是康有为工作的继续，又是对康有为工作的否定。从思想学术界的实际状况中，章太炎逐步认识到，不切实地批评康有为的错误，不廓清他所散布的迷雾，就不可能还孔子与儒学的真面目，将摧毁封建经学对思想学术界统治的努力确立在科学的基础上，用真理去战胜谬误，用事实去战胜种种偏见与谎言。
章太炎曾经尊奉过古文经学，这时又常常借助古文经学的一些旧说来加强自己的立论，但是，只要比较深入地了解他这一时期的整个经学理论，便可发现，他的思想不仅与今文经学相对立，而且也与古文经学相对立；他对传统经学的研究与批评，完全不是株守古文经学的陈说，构成其主要特色的，其实是近代的历史与逻辑的批判精神。