四、提倡“以狱法治经”，以严谨的科学精神弄清经文本义。具体说来，在了解经文本义时必须做到审名实，重佐证、戒妄牵、守凡例、断情感、汰华辞。为此，特别要反对不顾经文本义而侈谈所谓微言大义，反对“援谶纬以明经制，随亿必以改雅训，单文节适，肤受以求通，辞诎则挟素王，事缪则营三统”，因为那都只能使经典统统变成图书符命。
五、“必以古经说为客体，新思想为主观”，对整个古代经学进行批判与总结。他在《中国通史略例》中提出：“所谓史学进化者，非谓其廓清粗翳而已。己既能破，亦将能立。后世经说，古义既失其真，凡百典常，莫知所始，徒欲屏绝神话，而无新理以敹彻之，宜其肤末茸陋也。”他又反复强调：“学名国粹，当研精覃思，钩发沉伏，字字征实，不踏空言，语语心得，不因成说，斯乃形名相称。若徒摭旧语，或张大其说以自文，盈辞满幅，又何贵哉？实事求是之学，虑非可临时卒辨。”
凡此种种，充分表明，章太炎尽管给古文经以较多的肯定，但是，他的基本观点却绝非古文经学所能包括，它们已远远越出了古文经学家所能达到的界限。章太炎的努力，正是要使整个经学研究建立在近代科学的基础上，以更为有效、更为切实地摧毁封建经学的殿堂。
章太炎不仅提出了研究经学所应遵循的这些原则，而且自己曾努力按照这些原则去实践。他早就主张“夷六艺于古史，徒料简事类，不曰吐言为律”，以寻“上世社会污隆之迹”，并借以“明进化”，“审因果”。他也正是极力这样去实践的。他所撰写的《官制索隐》，便提供了一个杰出的范例。
《官制索隐》由《神权时代天子居山说》、《****时代宰相用奴说》、《古官制发原于法吏说》、《古今官名略例》四篇考史文章构成。《神权时代天子居山说》引用《诗经》、《尚书》、《周礼》、《礼记》等文献和古代经说，详加辨析，论证了“古之王者，以神道设教，草昧之世，神人未分，而天子为代天之官，因高就丘，为其近于穹苍”，其后“明堂、清庙、辟雍之制，古今兴废虽不同，然丽王公，奠天位者，其实其名，大氐不出山麓”，“天子居山，其意在尊严神秘”，“盖以为高丘者，君上之所居，通于神明；洿泽者，亡虏之所处，沦于幽谷也”。《****时代宰相用奴说》则引用《尚书》、《周礼》、《礼记》等古代经史文献，说明：“观于寺字、官字、臣字之得名，而知古代所贵，唯子与封君，其非有土、子民之臣僚，则皆等于奴隶陪属；观于太阿、太保、冢宰、丞相、御史、仆射、侍中之得名，而知侍帷幄参密议者，名为帝师，或曰王佐，其实乃佞幸之尤。”这样“夷六艺于古史”而得出的结论，显然不仅与今文经学古史观念相对立，而且也与古文经学的古史观念截然对立，这些结论对经学家们所共同宗奉的封建君臣之义做了彻底的否定，而且比之康有为“托古改制”的论断更有依据。章太炎在这篇论文的前言中说明他撰写这几篇考证文字的缘由时，强调说：“九服崩离，天地皆闭，吾乃感前王之成迹，而为《官制索隐》四篇。盖古今言是者多矣，高者比次典章，然弗能推既见以至微隐，其次期于致用，一切点污之迹，故非所晓，虽晓亦不欲说。吾今为此，独奇觚与众异，其趣在实事求是，非致用之术，乃亦不待排比。推迹经脉，尽于孙络，相其阴阳，尝其臭味。其作始至微眇，而终甚钜。”实事求是地研究古史，不是期于取法，而是为了弄清历史发展的真相，因此，绝不掩盖历史的点污，也绝不仅仅满足于“比次典章”，而坚持从现象深入到本质，“推既见以至微隐”，这样，就不仅使儒家经典从经天纬地的至圣宝典下降到古史地位，而且使它们下降到了古史资料地位。这些理论与实践，充分体现了章太炎的经学批判所贯彻的革命精神与科学精神。
“存在于现存社会关系中的一切缺陷是历史地产生的，同样也要通过历史的发展才能消除。”封建经学在中国思想学术领域盘根错节的统治，是历史地产生的，它的消除，当然也不可能朝夕之间便可成功。章太炎的经学批判，并不彻底，传统的影响不时地总要在他身上这里或那里流露出来，但是，他毕竟在康有为开了第一炮之后，给了封建经学的统治以更为坚实与更为有力的一击。而这一击之所以更为有效，则正因为他在经学批判中坚持了与康有为异趣的求实与求真的精神。
创立近代中国民族语言的理论与实践
汉语，是世界上历史最为悠久而又最富于稳定性的语言之一，它在中华民族的历史发展中，曾经起过非常积极的作用。到了近代，适应于中国社会的巨大变化，汉语从词汇、语音到语法结构，都发生了变化。如何使汉语的发展规范化，使汉语发展为近代化的、真正统一的民族语言，是章太炎学术研究中费时最多、用力最勤的一个课题，也是他所致力的近代中国民族文化建设中所最为关注的一个问题。
早在《訄书》的《方言》、《订文》、《正名杂义》等篇中，章太炎就专门讨论了如何使各种方言逐步统一、如何使汉语适应于近代中国社会的变化与中外交往的扩大而发展等问题。出狱东渡以来，他又陆续撰写了一系列专门论文和《小学答问》、《新方言》，《文始》、《国故论衡》卷上等一系列专著，进一步深入研究了这些问题。为了使这些问题能够比较科学地得以解决，他还着重研究了语言的起源、语言与社会的关系、语言自身发展的历史过程、语言内部各种因素的相互关系、语言发展的方向与途径等基本理论问题。所有这些，也正是他在东京讲学最为主要的内容。可以毫不夸大地说，章太炎以其辛勤的劳动与顽强的探究，非常出色地为中国古代文字音韵学的发展做了总结，又为近代中国语言学的发展奠定了基础，为推动近代中国民族语言的发展做出了不可磨灭的卓越贡献。
为什么必须高度重视中国民族语言的建设？究竟应当怎样正确地从事近代中国民族语言的建设？为了比较科学地解决这些问题，章太炎首先研究了语言的起源和语言发展的客观规律。
在《訄书·订文》中，章太炎已经明确指出，语言和文字，都是人类社会生活发展的必然产物；语言和文字的丰富发展或干涩退化，直接地关系着社会的盛衰。他写道：
泰逖之人，款其皋门而观政令，于文字之盈歉，则卜其世之盛衰矣。
昔之以书契代结绳者，非好其繁也。万世之萌，皆伏于蛊。名实惑眩，将为之别异，而假蹄迒以为文字。然则自太上以至今日，解垢益甚，则文以益繁，亦势自然也。
先师荀子曰：后王起，“必将有循于旧名，有作于新名”。是故国有政者，其伦脊必析，纲纪必秩，官事民志日以孟晋，虽欲文之不孟晋，不可得也。国无政者，其出话不然，其为犹不远，官事民志日以呰媮，虽欲文之不媮呰，不可得也。
名源于实。语言文字的产生与发展，都基于人类社会的需要。“解垢益甚，则文以益繁”，突出了语言文字必定随着人们社会交往的日益繁复而不断发展。官事民志，或日以孟晋，或日以呰媮，对语言文字的制约作用，也充分证明了语言文字的发展与否同社会政俗的兴衰进退是如何息息相关。
正是基于这一认识，章太炎在这篇文章中大声疾呼，要使中国由国势日削转变为国势日强，必须充分重视语言文字的发展。他指出：“北宋之亡，而民日呰媮。……是故唇吻所余偫，千名而足；檄移所偫，二千名而足；细旃之所承，金匮之所藏，著于文史者，三千名而足；清庙之所奏，同律之所被，著于赋颂者，四千名而足；其他则视以为腐木败革也已矣。若其所以治百官、察万民者，则蔇乎移檄之二千而止。以神州之广，庶事之博，而以佐治者廑是，其庸得不澶漫掍殽，使政令逡巡以日废也？”纵观世界，最为发展的语言当数英语，“今英语最数，无虑六万言，言各成义，不相陵越。东、西之有书契，莫繁是者，故足以表西海”。相比之下，中国语言文字的发展便大为落后。章太炎还进一步指出，尤为严重的是，“今自与异域互市，械器日更，志念之新者日蘖，犹暖暖以二千名与夫六万言者相角”，在此形势下，“其疐便既相万，及缘傅以译，而其道大穷。今夫含生之属，必从其便者也，然则必有弟靡以从彼者，虽吾文字，亦将弃不用矣”。在这里，章太炎说明了，南宋以来，语言文字的萎缩与僵化，已经导致“政令逡巡以日废”，近代以来，面临“与异域互市，械器日更，志念之新者日蘖”这前所未有的形势，中国古老的语言文字若再停滞不前，那就势必要产生更为严重的后果。为此，他提出：“孟晋之后王，必修述文字。其形色志念，故有其名，今不能举者，揗而摭之；故无其名，今匮于用者，则自我作之。”使历史悠久的中国语言文字充实活力，得到一个重大的发展。
在《订文》的姊妹篇《方言》一文中，章太炎还专门讨论了如何促进中国各地方言逐步统一的问题。文章叙述了汉语演进的历程，说明“乃今语言，略分十种：河之朔暨于北塞，东傅海，直隶、山东、山西，南得彰德、卫辉、怀庆为一种，纽切不具，亢而鲜入，唐虞之遗音也；陕西为一种，明彻正平，甘肃宵之，不与关东同……汝宁、南阳，今曰河南，故荆豫错壤也，及沿江而下，湖北至于镇江，为一种……其南湖南，自为一种；福建、广东，各为一种……开封而东，山东曹、沇、沂至江淮间，大略似朔方，而具四声，为一种；江南苏州、松江、太仓、常州，浙江湖州、嘉兴、杭州、宁波、绍兴为一种，宾海下湿，而内多渠浍湖沼，故声濡弱；东南之地，独徽州宁国，处高原，为一种……四川上下，与秦、楚接，而云南、贵州、广西三部，最为僻左，然音皆大类关中，为一种。”尽管使用同一种文字，各地口语却有很大差异，这对于发展民族经济、建设近代民族国家、繁荣民族文化都非常不利。章太炎指出：“今夫种族之分合，必以其言辞异同为大齐。”而要克服各种方言的限制，使各地口语相通，则应确认：“夫声乐者，因于水地，而苍生当从其文者以更始。”文章分析了各种方言的特点及其相互关系，提出“夫十土同文字，而欲通其口语，当正以秦蜀楚汉之声”。这篇文章关于方言的区分，后来有所修改章太炎后来将十种方言改订为九种，取消湖南一种，将它与湖北、江西合并。见《检论·订文》。，至于“以秦蜀楚汉之声”为正的主张，则非常明显地具有用以证实“宛平王迹之磨灭不终朝”的“反满”宣传色彩，但是，尽管有这样那样一些缺陷，这篇文章将民族语言在文字统一的情况下应当进一步谋求口语统一的问题，首次明确提了出来，在发展近代中国民族语言方面，仍不失其纲领性与开拓性的意义。
出狱东渡以后，章太炎在东京留学生举行的欢迎会上发表的著名演说词中，在谈到如何“用国粹激动种性，增进爱国的热肠”时，所列举的第一项要求，就是“提倡小学”，在中国实现欧洲文艺复兴式的所谓“文学复古”，以增强伟大的“爱国保种的力量”。其后，在《国故论衡》的首篇《小学略说》中，他将民族语言的重要性提到了更高的程度，说：“若夫理财正辞，百官以治，万民以察，莫大乎文字。”“盖小学者，国故之本，王教之端，上以推校先典，下以宜民便俗，岂专引笔画篆，缴绕文字而已？苟失其原，巧伪斯甚。”人类的全部文明史，民族文化的全部遗产，国家的经济、政治、文化生活，广大民众互相交往以及认识世界，都离不开语言文字。语言文字是否符合时代的需要，也正是要看它是否能够有力地促进这一切方面的发展。
这一时期，他通过阅读日本学者的语言学方面的论著，对近代西方语言学理论有了稍多的了解。以他自己原先语言文字方面的素养为基础，他撰写了一系列重要著作，对中国语言文字发展的过程、趋向及其内在规律，做了比较系统比较深入的探求。
语言起源问题，是18世纪在欧洲伴随着资本主义的迅猛发展而提出来的一个重要理论问题。当时，这个问题曾吸引了许多哲学家与科学家的注意力。最初，人们主要从人类的认识与人类的理性发展的历程去考察，后来，则进一步从生物学、社会学的角度去考察。由此，人们逐步奠定了近代语言学的理论基础。在中国，文字音韵学在清代汉学家那里曾经得到光辉的发展，然而，关于语言起源问题，则属于空白。章太炎在近代中国首次专门研究了这个问题。在《国学讲习会略说》中，他以《论语言文字之学》为题，对语言的起源做了分析；后来，他又将其中有关部分单独抽出，冠以《语言缘起说》题目，收入《国故论衡》中。在其他许多演说、演讲词与论文中，他也从不同角度分别对这个问题进行了探讨。
章太炎首先从认识论方面，说明了语言起源于对客观事物的描绘。“语言何自起乎？呼马而马，呼牛而牛，此必非恣意妄称也。诸言语皆有根。先征之有形之物，则可见矣。”他举例说，雀之得名，是由于其音即即足足；鹊之得名，是由于其音切切错错；鸦之得名，是由于其音亚亚；这些都是摹声而定其名。另一类，则是以事物的某一特征而定其名，如马因武得名，牛因事得名。“要之以音为表者，惟是鸟类为多；以德为表者，则万物大抵皆是。……一实之名，必与其德或与其业相丽相著，故物名必有由起。”正因名源于实，“太古草昧之世，其言语惟以表实，而德业之名为后起。故牛马之名成立最早，而事武之语即由牛马变化而生。稍近文明，则德、业之语早成，而后施名于实”。
在说明语言起源的认识论根源时，章太炎还进一步指出：“物之得名，大都由于感觉。感觉之噩异者，刺激视听，眩惑神思，则必为之立一特别之名；其无所噩异者，则不为特名，而惟以发声之语命之。”简言之，“言语之分，由感觉之顺违而起也”。在《国故论衡·语言缘起说》中，“感觉”二字被统改为“触受”。在这里，章太炎显然力图用唯物主义的反映论来解释语言的起源，这就为比较正确地把握语言起源与发展规律提供了较为科学的基础。