章太炎的这些言行，理所当然地受到了同盟会许多人士的抨击和唾弃。抨击章太炎最为激烈的，一是同盟会系统报纸《民强报》，王博谦、章佩乙为其主编；二是自由党系统报纸《民权报》，戴季陶、何海鸣为其主编。《民强报》发表了连篇累牍的短评长论，大骂章太炎“丧心病狂，为人不齿”，是“同盟会的蟊贼，统一党的败类，兴波作浪，非搞坏簇新的共和民国不止”。《民权报》则旧事重提，利用刘师培早先刊布的章太炎致刘及何震书，指责章原为端方的奸细，说章氏“在昔则以图财之故，而通清吏，作奸细，弃革命党，攻击孙中山；在今则主张****，逢迎袁世凯，诋毁孙、黄，排斥同盟会”，号召海内外“同声致讨”。黄侃主编的《民声日报》曾刊文说明章氏与端方斯时交涉实况，说端方的企图是“以术致章氏归国而后除之”，而章氏则“知其狙诈，则愈为谰言相弄”，后来，乃是因为“刘受端方之绐，章氏复深拒刘，刘怨章之不见明，则发其书而加以诬蔑之语”，方酿成事端。戴季陶对此则破口大骂，说《民声日报》此文乃是“为狗彘不食之章炳麟作辩护”。《民权报》、《民强报》几乎不放过任何机会，对章氏施以人身攻击；《民立报》较为平和，承认章氏先前“遇捕七次，下狱三年，避地日本，益锐于从事”，对“诸华之得光复”立功为多，但也很不客气地指出：“太炎素贱视政党议士，至比之乾矢鸟粪，今竟甘为抱粪之蜣螂，而作党魁，朝曳裾于朱门，夕奔走于豪右，不恤宗国之危亡，而惟党见是争！”《民立报》对“诸夏衰微，学绝道丧，太炎以四百州仅存之硕果，不务兴废继绝，而驰驱于京邑”表示深憾，实际上就是婉劝章太炎脱离政治旋涡而潜心学术。如果说，这些报刊都免不了带着一些党派成见，那么，局外人黄宗仰的看法就更具有代表性。章太炎的这位老朋友当时曾在《大共和日报》上发表了一封给他的******，对他说：“先生曩者戢影东海，著书立说，翕合气类，阐幽发微。洎乎去年返驾沪渎，组织党会！先生十数年来，屏谢室家，清操壁立，坚苦卓绝，一意孤行；又尝精研内典，圆解出世法，期以学之一途融铸大同主义，始终皦如也。明星泰斗，天下仰之。……窃以为我国今日如河汾教授之宗、雅典学派之脉，非先生无以树绵蕞而振铎当世。”语重情长，字字句句都是要他珍惜自己昔日的历史与清名，不要自己玷污了自己。信中据此劝告章太炎及早摆脱袁世凯的政治染缸：“北都软红，夙号孽冶。黄海虽浊，尚较****旧魔窟略可吸收空气！”黄宗仰是真知章太炎者，他寓意深长的讽喻，从一个侧面反映了章太炎在政治迷途上的徘徊踯躅，是多么深地伤了他往日战友与同志的心。
詈骂，诅咒，词语尖刻的人身攻击，当然不足以使章太炎清醒与觉悟；《民立报》与黄宗仰的婉言劝解，也未能使章太炎回心转意。这里，原因是相当复杂的。他与同盟会不少成员的误会与成见已经过深，难以一下子消除。比如，章太炎听到传言，说黄兴说过同盟会中有人欲暗杀章氏，赖他抑止之，便立即斥责黄兴系“恫疑虚愒”；又比如，章太炎一次在总统府谈论间，曾说到为国务总理者必须有不畏手枪炸弹之毅力，这一事在报界竟哄传为章太炎在总统府以手枪击杀总理唐绍仪，戴季陶立即写了一篇《章炳麟杀人》的短评，说章氏“自持手枪杀人”，已由“教唆犯”变为“现行犯”。在这种情况下，双方思想上感情上都无法接近。更为重要的是，章太炎对袁世凯的幻想与期望都还非常之大，仅凭言辞与只有蛛丝马迹可寻的影约事实，不足以使他警醒。在这中间，章太炎极端自负、一意孤行的倔犟性格，以及“但有人恭维，即甘受人愚弄”的严重弱点，在扑朔迷离的政治风云中，更成了他的致命伤。它们使他在无可置疑处去怀疑，而在不可轻信处去轻信，并且，不碰得头破血流，不会轻易回头。
章太炎建立了统一党，力图以这个党为基础，兼借助于袁世凯的政治经验、军事实力和临时大总统的权力，去实现他的“统一全国建设，强固中央政府，促进完美共和政治”的理想。他自以为找到了一条稳妥切实的途径，为了坚持这一条路，甚至不惜与自己的革命同志反目。然而，他的幻梦并没有延续很久，就被政治现实无情地击得粉碎。
当头第一棒，来自他结交不久的那批新朋友——张謇等江浙资产阶级上层代表人物，来自他创建的统一党。
在章太炎进京前，统一党已在酝酿与其他一些政团合并，以扩大其势力与影响。起初，曾同汤化龙、孙洪伊、林长民等发起成立的共和建设讨论会磋商过，因共和建设讨论会内部发生冲突，未能继续磋商下去。不久，即有其他一些政团主动前来洽谈合并事宜，最大的政团是孙武、张振武、刘成禺、张伯烈等以原共进会为基础创建的民社，其次是周大烈、籍忠寅等以梁启超为后台创建的国民协进会，由原光复会成员与一些政客、学子组织的民国公会，由江浙一批教育界人士与其他开明士绅组织的国民党。这四个政团的活动区域分别在长江中游、黄河以北、长江下游与江浙两省。章太炎最初坚持合并以后，“不变党名，不设理事长”。4月15日，统一党与以上四个政团加上后来退出的共和建设讨论会、国民协会的代表举行正式谈判，会商合并事宜，决定合并以后改名为“共和党”，以“保持全国统一，取国家主义”等为党义，设理事长一人、理事四人主持党务。4月24日，在章太炎离沪去京后的第二天，由会谈代表正式签订了合并决议书。5月9日，共和党成立大会在上海张园举行，当场以六百二十五票选举原民社领袖黎元洪为理事长，以一名五百七十六票、两名五百七十五票和一名四百七十五票分别选举张謇、章太炎、伍廷芳、那彦图为理事。
统一党与其他四政团合并工作，主要在张謇主持下进行。根据共和党会议规则，“凡会议以理事长为议长，理事长缺席时以理事之次序在前者代之”。张謇以一票多数位居章太炎与伍廷芳之前，理所当然地应代替黎元洪行使理事长职权。这是一个非常重要的信号，它标志着江浙资产阶级的代表人物觉得自己的羽毛已经丰满，已经不需要章太炎这块金字招牌，更不需要听命于章太炎。正如《中国同盟会杂志》此前不久在一篇文章中所说：“盖事势至于彼时，有湖北之民社派与南北各处之官僚派，已足以自树一帜，再无利用章氏之必要，所谓过桥即须抽板者也。”
章太炎曾极力想控制事态的演变。离沪以前，他曾告诫张謇：“主持合并事件，不可让步。”到京以后，听说已经签订了合并的决议书，他又与张謇“电商者三四次”。然而，张謇根本没有将他的异议当一回事。他在日记中写道：“连接章函电，槎桠特甚，乃知政治家非文章士所得充。”原议共和党成立大会在北京召开，张謇也以时期迫促为由，抢先在上海召开，企图造成既成事实，迫使章太炎就范。事态的演变完全出乎章太炎的预料。他发现自己受了愚弄。这给他很大刺激，使他开始重新考虑先前同原立宪党人及一批旧官僚的关系，发现他们这批人并不像自己原来所想象的那样是和自己走同一条路。他在北京统一党本部大会上发表的演说专门谈到了这一点。他说：“仆在南方，于《大共和日报》中极斥同盟会办事不合，以南方政府之专横也；而穷途失志辈之骂同盟者，则为争官、争衣食计。公私之辨，较然易知，岂能以政党为官僚派开辟门径哉！今日南方政府已消，同盟会亦鲜可诋之处，时有张弛，则对付不同。且同盟会之弊，不过暴乱；而老立宪党及官僚派，则为巧言令色足恭者。暴乱易灭，腐败难医。譬如中枪弹者，取出即愈；传染花柳病者，乃终身不可治。然则立宪党、官僚派之害过于同盟会远矣！”同盟会与立宪派官僚派的分量，在他头脑里的天平上轻重明显地有了变化。他说：“仆本非为人作傀儡者！”正是因为不愿意做个傀儡，他宣布辞去共和党理事。6月5日，他在北京主持原统一党党员特别大会，决议从共和党中重新独立出来，并被推选为统一党总理。
经过这么一番折腾，统一党元气大丧，许多党员与地方组织俱已改隶共和党，余下的成员思想也多相当混乱。在统一党本部所在地北京，“统一党完全是王赓一手搞起来的，不过打着章的招牌而已，实际上和章毫不相干”。与北京相邻近的天津，“众党员有主张离北京而独立者，有主张忠告章太炎者，有主张解散者”，还有许多人要求加入同盟会，“以遂彼辈为国民之初心”。山东、江西两处，统一党支部坚持独立，与共和党发展到“以白刃相见”，四川统一党支部则“与演进、政济、民社三党并合”。凡此种种，都表明章太炎对于统一党已经丧失了控制力。7月24日，章太炎离京赴武汉，谒见黎元洪。黎元洪衣着朴素，少言寡语，给他留下了很好的印象。在武汉待了二十多天，黎元洪、刘成禺等都来劝说他仍与共和党合并，他因不愿孙中山、黄兴在国会选举中当选为正式大总统、副总统，同意与共和党在国会中“交互系维，提携取效”，答应担任共和党理事，并邀请黎元洪担任统一党名誉总理。然而，共和党本部并不欢迎章太炎重返，而以袁世凯为后台、野心勃勃的王赓正想借统一党自创局面，对于重新与共和党合并也毫无兴趣。章太炎愤极，回京以后便给黎元洪发去一电，说：“迩者躬诣武昌，亲聆教益，以两党合并，排拒异谋。浃旬以来，默观近状，乃知中国之有政党，害有百端，利无毛末。若者健稳，若者暴乱，徒有议论形式之殊，及其偕在议院，胡越同舟，无非以善腾口舌为名高，妄扩院权为奉职，奔走运动为真才，斯皆人民之蠡蠹，政治之秕稗。长此不息，游民愈多，国是愈坏。”为此，他要求黎元洪带头宣布脱离所有党派，并表示自己也将“趋步后尘”。黎元洪对此未予置理，章太炎便独自宣布脱党。而王赓等人却绝无挽留之意，立即开会，决议“听其脱党”，另举理事，表示要“大张旗鼓，独立进行”。
先是被共和党当做敝屣抛在一边，继而又被自己手创的统一党冷漠地一脚踢开，这不仅意味着章太炎同江浙资产阶级代表人物特别是立宪派人物“蜜月”的结束，也意味着他曾寄予很大期望的所谓政党政治的破产。脱离共和党后不久，正值内阁总理唐绍仪因与袁世凯不合拂袖出京，各党纷纷推举总理，章太炎发表了《内阁进退论》，断言：“吾意政党内阁，在今日有百害而无一利；两党交构，亦有轧轹之忧。”他倡议“建无党总理”，说“各部总长虽数党杂糅也，调和于无党总理之下，则意见销而事举”。脱离统一党之时，孙中山恰好应袁世凯之邀到达北京与各界会晤。9月5日，章太炎出席了孙中山在下榻之处迎宾馆举行的茶话会，在会上发表了演说，要求袁世凯、黎元洪、孙中山三人都超然于所有党派之外：“鄙意以为袁、黎、孙三公皆无须立党，行事而当，发言而正，人心助顺，是四万万人皆其党，又安用私党耶？”这固然系属异想天开，却暴露了这位学者出身的革命家政治上是多么幼稚，但是，它也确实反映了章太炎“统一共和”的幻想，在来自张謇与统一党方面的当头一棒之下，已经难以挽回地支离破碎。
当然，直到这时，他的“统一共和”之梦也还没有完全破灭，因为他对袁世凯还继续抱有很大幻想。而给了当头第二棒，并使他的梦幻彻底破灭的，则正是袁世凯本人。
“政治革命”的玄想与血的现实
正当章太炎倡导袁、黎、孙都超然于党派之外的时候，原立宪党、保皇党人在梁启超的直接策划下，却在加紧集结他们的力量。8月25日，根据梁启超的示意，以汤化龙、林长民为首的共和建设讨论会，以孙洪伊为首的共和统一党，联合了国民新政社、共和俱进会、共和促进会等北方一些小政团，成立了民主党。经过一番紧张的活动，梁启超本人离开日本乘轮返国，10月5日抵大沽，10月20日抵北京。他自称到京以后十多天中，“吾一身实为北京之中心，各人皆环绕吾旁，如众星之拱北辰。其尤为快意者，即旧日之立宪党也。旧立宪党皆以自己主张失败，嗒然气尽，吾在报界欢迎会演说一次，各人勇气百倍。旬日以来，反对党屏息，而共和、民主两党人人有哀鸣思战斗之意矣”。他的归国，大长了原保皇党、立宪党人以及一批旧官僚的气焰，使他们加快了重新纠集自己的力量、企图左右政局的步伐。