章太炎强行出走被阻以及在总统府接待室被暴力劫持非法拘禁一事，在朝野之间都引起了震动，并引起了国际舆论的注意，使袁世凯在政治上道义上都陷入了非常尴尬和被动的境地。1月8日起，京沪各报便纷纷刊布有关消息，不断发表评论。国学会发布启示，说明章太炎入京以来“豪强肆虐，纵兵环之”，今又被劫持，“下落不明”的事实，宣布国学会不得不因之中废，要求“天下之士”，从这里体察“袁大总统恪恭宪典，优待学者之深且切也”。《顺天时报》1月10日刊登的报道已对章太炎“日来消息不通，生死莫卜”表示担忧，抨击袁世凯政府说：“一士之不能容，可想见中国官宪之赫赫矣。”11日，该报又刊登了《拘禁贤士》的长篇评论，16日又以《政府酿乱之不觉》为题，再次抨击逮捕与拘禁章太炎的措置。
章太炎直闯总统府，大诟袁世凯包藏祸心，就他自己来说，已经横下了一条心，正如他在给汤国梨的信中所说：“与彼业已破面，惟有以死拒之。”单独一人，被禁锢于军事教练处，他深感“更苦于下狱”，因为“狱中尚有同囚者，此则唯有一人”。悲愤之极，他“默坐静思”，“时行断食”。“时危挺剑入长安，流血先争五步看”，到这时，终于有了最后的结果。他给黎元洪又写去一信，说：
劫质以来，不见天日。虽出于承宣官之恣肆，若谓当涂无意，必不其然。我公有意维持，亦恐终身屈辱。唯望代启当涂，置之死地，双丸洞腹，以毕天年。自分以一书生提倡大义，功成事遂，可以永终。
这也就是他自己给“流血先争五步看”做出的最后结论。
铁锁寒幢中的沉思与总结——《检论》
慑于章太炎在国内外的声望，迫于社会舆论的压力，经过对利弊得失的反复权衡，袁世凯最后决定，将章太炎移送南下洼龙泉寺长期监禁，命令京师警察厅总监吴炳湘执行。袁还手书十二条，指令改善章太炎的饮食起居条件，准许他说经讲学的文字被传抄，容许一些“与彼最善，而不妨碍政府者”前往看望及与彼交谈。同时，又严格规定，凡章太炎“关于时局文字，不得外传，设法销毁”，龙泉寺出入人等“严禁挑拨之徒”，“求见者必持许可证”，对章氏居处“早晚必派人巡逻”。总统府某要人是时曾为此发表谈话，说考虑到章太炎在中国学界的特殊地位，如给章太炎以活动的自由，其言论文章影响所及，绝不可小视，“大则危害民国统一”，故政府之方针，是将章氏禁锢四五年，待大局既定，再伺机释放，而不欲置之于死地。章太炎自此也就名副其实地成了一个特别囚徒。
2月20日，章太炎迁至龙泉寺，作为重罪人而被严密监视看守。他“益愤恚异常，拒绝官厅供给，惟以来京时旅费所余治餐，所以深绝袁氏，示义不食袁粟之意也”。
就在章太炎被关押进石虎胡同及龙泉寺这段时间中，袁世凯加紧背叛民国，恢复****独裁制度。1914年1月10日，袁世凯悍然下令停止参众两院所有议员职务，解散国会。2月28日，袁世凯又下令解散各省议会。为了进一步加强特务警察恐怖统治，3月，袁世凯命令设立肃政厅。5月1日，袁世凯宣布废除《临时约法》，而代之以他授意炮制的御用约法，同一天，他又下令撤销******，以总统制取代责任内阁制，在总统府内设政事堂作为办事机构，并任命清朝大官僚徐世昌为国务卿，使政治权力进一步集中到他自己手里。
章太炎痛心地注视着这一切，“百念俱灰”，“惟以数册破书消遣”。是时，袁世凯不时遣人前来刺探章太炎的态度，“道及国体”，章太炎即“以他语乱之”，“间亦以辞章讽刺，《宋武》、《魏武》二颂及《巡警总监》、《肃政史》二箴皆是时所为也”。
《魏武帝颂》，高度评价了史家素来争论不已的曹操的历史功绩，赞颂曹操能够外抗强敌，内保黎民，“出车而狁襄，戎衣而关洛定。登黎献乎衽席，抍旄倪乎隍阱”，政治上能够“布贞士于周行，遏苞苴于邪径”，“尸中原之魁柄”，“不狐媚以弭戎警”。基于此，章太炎认为，曹操“信智计之绝人，故虽谲而近正”。针对当时一些袁世凯党羽胡吹袁氏犹若尧、舜、桓、文的论调，以及另一些人将袁氏比作曹操的譬喻，章太炎直斥袁世凯不伦不类，“胡厚颜而无赪！”《宋武帝颂》主题思想和《魏武帝颂》一致，并更为直率地斥责袁世凯之流只不过是一伙“穿窬滔天，家室相残，敢奸王命，盗偷左纛”的“幺魔”，也就是一伙窃国的盗贼与丑类。《巡警总监箴》与《肃政史箴》则主要揭露袁世凯设置这些机构的险恶用心，尖锐地指出，所有这些官衙，其真正职责都只不过是为袁世凯剪除异己，罗织成狱，使国家越加昏暗。
然而，能够发之吟哦的，终究只是很少一部分，更多的思虑与言语郁结在胸中，无由发泄。“幽居数月，隐忧少寐。”到5月下旬，所携旅费已接近罄尽，章太炎便打算就此绝食，槁饿而亡。5月23日，他给女婿龚宝铨写去一信，说：“往昔所希，惟在光复旧物，政俗革新。不图废清甚易，改政易俗，竟无毫铢可望，而腐败反甚于前。”“仆遭围守者五月，幽居又五月矣。不欲以五羖鬻身，遭值穷匮，遂将槁饿，亦所愿耳。”他还将自己在日本所穿的一件和服寄往上海给汤国梨留作纪念，说：“斯衣制于日本，昔始与同人提倡大义，召日本缝人为之……吾虽殒毙，魂魄当在斯衣也。”
即将弃世而去，名位、家室，包括新婚而又已久别的妻子在内，都未足使他吝恨。他所深引为憾的，是“怀抱学术，教思无穷，其志不尽”。他在给龚宝铨的信中总结自己的学术成就时说：“所著数种，独《齐物论释》、《文始》，千六百年未有等匹。《国故论衡》、《新方言》、《小学答问》三种，先正复生，非不能为也。”但是，这些俱已属于过去，深为愤疾的，是还有一些著作来不及写出了。“虽从政、蒙难之时，略有燕间，未尝不多所会悟，所欲著之竹帛者，盖尚有三四种。是不可得，则遗恨于千年矣！”
对后事做了一番安排之后，6月7日起，章太炎即“饬厨役断炊”，开始绝食。这次绝食持续了七八天。“其时弟子们环吁床前，请进食，先生始尝梨一片”。他的旧友黄节、马叙伦为此分别致函政治会议议长李经羲，请他出面要求袁世凯恢复章太炎的自由。而汤国梨则致电袁世凯、黎元洪，请求对章氏“量予自由，俾勉加餐”。袁世凯不愿蒙“逼死国学大师”之咎，命令吴炳湘派其亲信内城官医院院长徐延祚以治病为名，提出一份章太炎病情诊断书，以此为台阶，让章太炎迁出龙泉寺。徐延祚禀文及吴炳湘批示原件现今俱存。禀文写道：“窃延祚奉派赴龙泉寺诊视章炳麟病状，连日遵诣该处查察，章炳鳞病情委系郁虑太深，以致肝火内炽，木横乘土，因以化源内竭，脏腑失水谷之养，故形气为之委顿。窃查章炳麟性本执拗，复以幽居日久，因郁成病，非设法移其居，豁其心志，恐未易奏药石之功。”吴炳湘在禀文之后批道：“兹据所陈各节，自系实在情形，应即于城内地方择定于卫生相宜屋宇，克日迁移，以便该医员随时为之调摄，俾得早日健痊，不但为章氏一人计，实为社会留一华国之人才也。”经过这一番做作，6月16日，章太炎被移至东四牌楼本司胡同铁如意轩医院，表面上撤去监视的警察，实际上由徐延祚负责监督。直到这时，章太炎方才复食。7月24日，经黎元洪、钱恂等再三活动，章太炎迁入东四牌楼钱粮胡同一家民房。这家民房，是一个前清小贵族的产业，内房三间，房有两厢，院内栽种了一些竹木，月租五十三元。章太炎住在这里，由袁世凯政府每月拨付银币五百元作为经费，实际上，由巡警总监吴炳湘一手包办。“以巡警充阍人，稽察出入。书札必付总厅检视，宾客必由总厅与证。”然而，在这里，章太炎毕竟有了一些
读书写作的自由，特别是他的一批学生黄侃、马裕藻、钱玄同、吴承仕、周树人、朱希祖、许寿裳等获准可以经常前来看望他，同他一道论学，使他郁闷稍解，“连日购到全史、九通、《通鉴》、经疏诸书”，他又取出《訄书》，继续增删为《检论》九卷。
1910年在东京时，他在讲学、著述及重建光复会之外，对于《訄书》已“多所修治”。今存《訄书》改削稿本，留下了他这一次修治的设想与成果。这一稿本，是以共和2747年秋9月东京铅印再版本为底本，在上面直接增删改定而成。全目经增删，除去保留原来大部分外，准备新增《原经》、《六诗说》、《小疋大疋说》、《八卦释名》、《孝经说》、《原道》上中下、《原法》、《原名》、《原五家》、《正见》、《征信》、《秦献》、《第七十子》、《思乡愿》、《告浙江人》、《五术》、《说刑名》、《五朝法》、《代议然否论》、《告王鹤鸣》、《国风》、《佹诗》、《伤徐锡麟》、《告刘光汉》、《志六国》、《告刘揆一》等篇。
从这一目录可以看出，修治本保持了《訄书》原先的体系。修治本所收的《原学》，题目同《訄书》原刻本，但内容则改为后来收入《国故论衡》的《原学》。修治本所收《原儒》、《原经》、《原道》、《原名》，后来也收入《国故论衡》。《原五家》当即《辨性》，评介告子、孟子、荀子、杨子、漆雕开五家的人性学说。《正见》则为《国故论衡》中的《明见》篇。《国故论衡》作为一部专门著作出版于1910年5月，《訄书》修治本将其中卷中、卷下相当一部分(包括《佹诗》，即《国故论衡》中的《辨诗》)收入，说明是时《国故论衡》尚未出版，甚至还未计划辑为专书。于此亦可知，《訄书》这一次修治当在1910年春。
与原书相校，修治本新增的有《原儒》、《原经》等二十七篇，删去的有《儒道》、《族制》、《公言》、《弭兵难》四篇；篇题未改、内容更新或作了重大修改的有《订孔》、《学变》、《清儒》、《订文》所附《正名杂义》、《官统下》(改用《官制索隐》一文内容)、《争教下》等篇，篇题更改、内容改动不很大的有《原墨》(原《儒墨》)、《原法》(原《儒法》)、《原名》(原《儒兵》)、《通谶下》(原《订实知》)、《五术》(原《官统下》)、《谴虚惠》(原《不加赋难》)等篇。
从修治本的目录与修治的情况可以看出，这是一个未完成的稿本。作者不久显然就改变了原来的计划，将《原学》、《原经》、《原儒》、《原道》、《原名》、《原五家》、《正见》、《佹诗》等篇抽出，与其他一些论著编为《国故论衡》。紧接着，他又投入了《文始》与《齐物论释》两部著作的写作，《訄书》的修治也就停了下来。
武昌起义以来，南北倥偬，《訄书》修治稿本也就一直置于箧中。自从拘留于龙泉寺以来，“一人独处，思虑恒多”，他就自觉“学问转有进步”，而且，这些进步，“非得力于看书，乃得力于思想耳”。迁入钱粮胡同以来，有了较好的读书与写作环境，心情也较前稍许平静，他想到应当完成的第一项任务，便是将搁置已久的《訄书》修治工作继续下去。
从8月开始，章太炎就一再催促龚宝铨尽快从他在上海的书箱中找出《訄书》改削稿本，带到北京，以便重加磨琢，再施笔墨。
在那“黄沙蔽高岑，浮云暗白日。荡荡天门开，舆金相过轶。惨惨棘林下，降虏操刀笔”的日子里，章太炎开始对《訄书》再次进行修订。12月下旬，因为与章氏同住的黄侃突然被警察强制迁走，章氏弟子及一些友人前来探访一再受阻，章太炎愤恚极甚，再次绝食，《訄书》修治一度停顿。
章太炎这一次绝食，较之前一次，态度更为坚决。他曾给徐世昌及各总长一封信，历述“守卫诃问，囚虏相遇”的种种遭际，说：“悠悠终古，长此安穷，是以决志趣死，更无余望。”信中表示，除非让他剃度出家，则决不复食：“但愿奉还勋位，长与世辞，于金山、九华、国清、天童间得住行脚，饥餐野果，渴饮流泉，庶或保此余生，得免世患。业已形如槁木，心若死灰，政府亦当谅其无他志矣。诸公诚有意维持，惟望直据下情，转陈天府。若蒙听许，当即缴上勋章，归受梵戒；如不获遂，虽强进饮食，时御药饵，亦终忧悒而死耳。”经他的弟子再三劝解，特别是他的好友马叙伦的诱导，加上他所钟爱的三女儿章(展)到京看望，吴炳湘答应解除对章氏门人及友朋入访者的若干限制，章太炎方才勉强恢复饮食。《訄书》的修治工作此时方得以继续进行。
从这次修订工作一开始，他就发现，继续保持《訄书》原先的体系将容纳不了他所预定的各方面内容。1910年春天增补的许多文章，现在有的已收入《国故论衡》，有的收入专门的文录则更为适合。至于当时所做的许多修改，有的仍然应当坚持，有的则需要进一步斟酌。于是，他一边撰写了一批新的论文，一边对原修治本重新进行了审定。被全部删去的有《原学》、《通谶》(曾试图改名为《非谶》上、下)、《封禅》、《冥契》、《订实知》等篇，改变题目或增删内容的有《订孔》、《原法》、《儒侠》、《原兵》、《平等难》(改名《商平》)等篇。这些篇，他或者在原书上修订后请人誊录，或者让人先行誊清，他再作修改。这也就是今存修治本原稿上留有不同于1910年春修治计划的痕迹，以及若干记述武昌起义后心得体会的文字的缘故。
章太炎将所增订保留的旧文及新撰写的各文重新编次，按内容分成九卷，并将书名更易为《检论》，于1915年四五月间杀青。