然而，尽管章太炎左一篇宣言、通电，右一篇演说、讲词，曹锟照旧我行我素，利用贿选当上了总统；吴佩孚也照旧我行我素，到处炫耀与使用武力。而章太炎所坚持的“联省自治”，这时则已成了地地道道的“联督割据”；他所津津乐道的省宪法，非但不能成为“民治”的保障，“反做了军阀烂政客争权夺利的保障”。“联省自治”运动，就章太炎原先所确定的目标而言，不能不说是彻底的失败。可是，章太炎却没有从中吸取应有的教训，并由此而觉悟。各省地方军阀与议会把他当做一面金字招牌，争相罗致与利用。章太炎非但没有因此而深感羞辱，反而异常得意，被他们的颂扬与馈赠弄得昏头昏脑，飘飘然起来。1922年8月，吴佩孚为了“羁縻”章氏，策动以黎元洪名义发布命令“晋授章炳麟以勋一位”。章太炎明知吴用意所在，却借口“勋位用意，原系表彰过去劳绩，与现在及将来之主张绝对无关，更不能有所交换”，收受不误。1923年1月，“勋章已到，证书未来”，他还急不可耐地写信托人去催讨。1903年因“苏报案”而被拘禁时，他写过一诗，讽刺过“马肝原识味，牛鼎未忘香”，发出过“浮名是锁缰”的劝告，可是，现在，他自己却心甘情愿地用“浮名”这副锁缰锁住了自己，闻着牛鼎内的浓香便不顾马肝的剧毒偏要一尝了。“联省自治”明明已成了“联督割据”的工具，章太炎却继续把它看成反曹、反吴、反直的治国奇方，他本人明明已经成了许多地方军阀掌中的玩物，却还自我陶醉，以为自己有擎天回地之力，甚至不自量地声称，他若被任命为国务总理，“则毅然不复推辞”，说什么“于草昧经纶，亦自谓略有把握”。这些事实表明，章太炎在各地方军阀势力的包围与笼络下，已经用一堵又高又厚的大墙把自己同民众隔绝开来了。
思想的颓唐与学术的僵化
先前将近四分之一世纪的岁月中，章太炎之所以成为思想史与学术史上自成流派的一位巨匠、大师，在众多领域内起了总结既往和开拓未来的转捩作用，一个十分重要的原因，就是因为他自觉地把思想斗争、学术活动同他所为之献身的政治改革、政治革命紧紧结合在一起。无论是新学理的追寻，还是旧思想的检讨；无论是西方学术的介绍，还是传统文化的清理，都同他政治上的成长与变迁息息相关。也正因为如此，在政治上停滞、落伍之后，他的思想便逐渐僵化，学术上也逐渐失去光泽，甚至于逐渐退化，在现代中国思想史与学术史上也就失去先前那种突出的地位。
章太炎思想与学术倒退的最显著标志，就是他1922年6月致书南京高等师范学校教授柳诒徵，对自己当年订孔、反孔表示忏悔。
1921年11月，柳诒徵在南京高等师范学校史地研究会编辑的《史地学报》创刊号上发表了《论近人讲诸子之学者之失》一文，说今之学者“非儒谤古”，“大抵诵说章炳麟、梁启超、胡适诸氏之书，辗转稗贩，以饰口耳”。文章特别指名斥责章太炎“好诋孔子”，说胡适等人无非是为之“推波助澜”。文章抨击章太炎的《诸子学略说》等文“偏于主观，逞其臆见，削足适履，往往创为莫须有之谈，故入人罪”，说《诸子学略说》中关于孔、老关系的论述，将孔子说成一个其学出于老子而又存心夺老子之名的人物，乃系“以无稽之谈诬之也”。柳诒徵所反对的，实际上是当时“打倒孔家店”的整个思想运动，他“引绳披根”，追源溯始，以为章太炎乃是祸首，并据此断言：“国学沦胥，实诸氏之过也。”
对于柳诒徵这篇文章，章太炎非但没有提出异议，反而公开声明，完全接受其指责。他在致柳诒徵信中说，自己“妄疑圣哲”，“乃十数年前狂妄逆诈之论”，“章氏丛书”中已经刊落，“不意浅者犹陈其刍狗”，“足下痛与箴砭，是吾心也，感谢感谢”。他在信中还特别说明：“鄙人少年本治朴学，亦唯专信古文经典，与长素辈为道背驰。其后深恶长素孔教之说，遂至激而诋孔。中年以后，古文经典笃信如故，至诋孔则绝口不谈”，只是“前声已放，驷不及舌，后虽刊落，反为浅人所取”，追悔莫及。因此，他以为柳诒徵敢于对他的旧论及胡适等人的新论“辞而辟之”，“正如凤鸣高冈，鸠鹊不能以啁噍相对”，使人心大快。
这是章太炎在五四新文化运动向纵深发展时期向旧文化维护者呈递的一份降表。它表明，当年曾经勇猛地向封建旧文化冲击过的这位“有学问的革命家”已经丧失了先前的勇气与革命精神。他不但没有支持空前凌厉的“打倒孔家店”这场思想运动，反而被这场思想运动吓倒了，因而，更快地回转去维护那些自己所曾深恶痛绝的东西。这一封信，不仅使柳诒徵本人受宠若惊，而且大长了整个旧文化营垒的气焰。所以，柳诒徵立即复书章太炎，对这位“万流宗仰”的“海内大师”“幸倡斯旨，以抑狂澜”表示庆幸。
章太炎给柳诒徵的这封信，写于1922年6月15日。从4月1日开始，他应江苏省教育会之邀，在上海主讲“国学”，每周一次，共讲了十次，到6月17日结束。这是他继东京、北京两次讲学之后，第三次登坛主讲。在演讲中，他虽然没有为先前“诋孔”而表示忏悔，但是，已经不再有先前那种锋芒。就演讲的内容而言，和前两次相比，并没有增添什么东西。学术上停止了新的开拓，实际上，就是结束了自己的学术生命。刚刚开讲时，吸引了三四百名听众，还有一大批人被阻挡在讲堂之外，到后来，听讲者只剩下了七八十人，许多人因失望而辍听，与先前两次讲学形成鲜明的对照。这一事实正清楚地表明，章太炎的思想与学术都已落在时代的后面，已经不再能满足改革与前进的社会需要。
1923年9月，正是“联省自治”名存实亡之时，由章太炎任社长、汪东编辑的《华国》月刊问世了，这是章太炎思想与学术日趋颓唐的又一重要标志。他在为这份月刊所写的发刊词中劈头就说：“挽近世乱已亟，而人心之俶诡，学术之陵替，尤莫甚于今日。”他指责了一番“居位者率懵不知学”，但主要矛头是指向新学的提倡者，这些人被他说成“大氐稗贩泰西，忘其所自，得矿以为至宝，而顾自贱其家珍，或有心知其非，不惜曲学以阿世好”。他表白：“睹异说之昌披，惧斯文之将队，尝欲有所补救，终已未偟。”而《华国》月刊的使命，便是所谓“甄明学术，发扬国光”。这些言辞表明，他已经逐步站到反对新文化运动的旧文化维护者一边。
1924年8月，章太炎在《华国》月刊第一卷第十二期上发表了《救学弊论》一文，抨击翁同龢喜谈《公羊》而忘其他经史，潘祖荫好铜器款识而排《说文》，“以奇诡眇小为学，其弊也先使人狂，后使人陋，尽天下为陋儒，亦犹尽天下为帖括之土”，斥责张之洞“优养士类”，致使“惰游之士遍于都邑，唯禄利是务，恶衣恶食是耻”，“与齐民已截然成阶级”。为此，他提出：“今之学校，先宜改制，且择其学风最劣者悉予罢遣，闭门五年然后启，冀旧染污俗悉已湔除，于是后来者始可教也。”竟要将许多学校关闭五年！重新开启以后，又该怎么教学呢？《救学弊论》提出：“教之之道，为物质之学者听参用远西书籍，唯不通汉文者不得入；法科有治国际法者，亦任参以远西书籍授之；若夫政治、经济，则无以是为也。”这一主张，其实只是重复了他当年曾极力反对过的张之洞“中学为体，西学为用”的老调，这是对他自己多么尖刻的讽刺！他特别痛恶“文科”的现状，不仅不容许在这一领域内参用“远西书籍”，而且不容许在这一领域中泛泛地研治所谓“国学”。他的要求是“文科”必须“专务史学”。他写道：“今诸科之中，唯文科最为猖披，非痛革旧制不可治。微特远西之文徒以绣其鞶帨，不足任用而已，虽国学者亦当有所抉择焉。……欲省功而易进，多识而发志者，其唯史乎？其书虽广，而文易知，其事虽烦，而贤人君子之事与夫得失之故悉有之……其所从入之途，则务于眼学，不务耳学，为师者亦得以余暇考其深浅也。如此则诡诞者不能假，慕外者无所附，顽懦之夫亦渐可以兴矣。……吾所以致人于高明光大之域，使日进而有志者，不出此道。”
辛亥革命前，他视“用国粹激动种姓，增进爱国的热肠”为最紧要的事，那主要是为了打掉民族自卑感和民族虚无主义，建立起近代民族文化，用以对抗帝国主义的奴化思想，取代传统的封建文化。那时，他并不反对在政治、经济、文化等各个领域内，取法东西各国先进的理论、制度。他本人就非常注意学习和研究西方哲学、社会学以至政治、法律等等方面的“学理”。可是，现在，他将“参用远西书籍”限定于自然科学、技术科学等所谓“物质之学”领域内，而将政治、经济所属的社会科学、人文科学等领域视做禁脔，要求将全部西学排拒于这些领域之外，实际上，已经退到了张之洞“中学为体，西学为用”的泥淖中。事实表明，这时，为他所不满的，固然有胡适“承认自己百事不如人”、“死心塌地的去学人家”一类倾向，然而，更为主要、更为直接的，却是马克思主义、俄国十月革命的经验。他反对用马克思主义来观察中国社会，反对以马克思主义为指导来解决中国政治、经济、社会问题，反对走俄国十月革命的道路。这才是《救学弊论》的真正要害。
章太炎对于正在中国大地上出现的新的革命风暴从一开始就采取了怀疑与对立的态度。孙中山接受中国共产党和共产国际的帮助，改组国民党，于1924年1月在广州举行国民党第一次全国代表大会，确定了联俄、联共、扶助农工三大政策，建立了有中国共产党党员参加的领导中枢，实现了国共合作，预示着中国大革命的高潮即将到来。可是，对于这一重要转折，章太炎全无思想准备，也完全不理解。他对自己先前所已构造的思想体系深信不疑，自身不愿冲破，也不愿意别人冲破；他本就好固执己见，刚愎自用，而来自抬轿子者所谓“洞烛几见”、“深识老谋”、“高山仰止”、“为民意所归”一类颂词，更使他自以为是，给自己的思想构筑了重重壁垒。因此，对于他原先思想体系所容纳不了的新的历史变动，他从一开始就感到完全格格不入。对于共产国际给予中国革命的支持和帮助，对于孙中山的联俄、联共政策，他尤为疑虑不止。过去沙皇俄国的侵华野心，日本一批浪人与政客在支持同盟会的帷幕掩盖下所进行的种种阴谋勾当，使他对于十月革命后的俄国以及在中国进行活动的共产国际代表也根本不信任。旧的成见与新的臆想结合起来，使他对于孙中山的三大政策以及不久后开始的大革命采取了对立的态度，他的这一态度，受到了反对国共合作的一批国民党****代表人物的欢迎，因而很快便被他们所包围，被他们拖去做反对中国共产党、反对共产国际、反对苏联、反对大革命的炮手。
1924年冬，激烈反对国民党改组和国共合作的冯自由、居正、田桐、马君武等一批国民党****分子，齐聚上海南阳桥裕福里二号章太炎寓所，“咸主张非号召同盟会旧人，重行集合团体，不足以匡济时局”，并一致推举章太炎领衔发出所谓《护党救国公函》。由章太炎执笔撰写的这份公函声称，“曩无尺寸之藉，而能取中夏于满洲之手；今有数省之力，而倒授军阀以主器之权”，追根溯源，“由民党涣散之故”。公函呼吁“同盟旧人，重新集合团体，稍就次，乃旁求时彦熔于一冶”，就是企图以恢复同盟会为名，重新结集力量，同改组后的国民党相抗。1925年2月，章太炎和十多名****代表人物终于组织了一个“辛亥革命同志俱乐部”，“并光复、共进诸会及滦州派与同盟会同冶于一炉”，不久又去掉名称中“革命”二字，正式定名为“辛亥同志俱乐部”。这一行动，表明章太炎已经从思想僵化、学术退化走到了政治上、组织上与新的革命潮流相对立。对于章太炎等人的这一行动，身任中国共产党总书记的陈独秀当时曾尖锐地给予鞭笞，斥责他们其实“早已背叛了民党”，揭露辛亥同志俱乐部的开办费两千元便来自广东军阀陈炯明的在沪代表。
1925年3月12日，孙中山在北京逝世。8月20日，国民党****领袖廖仲恺在广州被刺身死。其后不久，******、汪精卫渐次控制了广州国民政府军政大权。汪精卫当年复刊《民报》时排斥章太炎留下的宿怨，******指挥暗杀陶成章结下的旧仇，加上他们两面三刀，纵横捭阖，在南方革命阵营中种种叫人们捉摸不定的表现，使章太炎在大革命的高涨特别是北伐战争的胜利发展面前，方向愈加迷乱，以至到了是非不分的程度。