儒家传统里一个很可注意的特点是有意奖励独立思想，鼓励怀疑。孔子说到他的最高才的弟子颜回，曾这样说：“回也，非助我者也，于吾言无所不说（悦）。”然而他又说过：“吾与回言终日，不违如愚。退而省其私，亦足以发。”孔子分明不喜欢那些对他说的话样样都满意的听话弟子。他要奖励他们怀疑，奖励他们提出反对意见。这个怀疑问题的精神到了孟子最表现得明白了。他公然说：“尽信《书》不如无《书》。”公然说他看《武成》一篇只“取其二三策”。孟子又认为要懂得《诗经》必须先有一个自由独立的态度。
孔子有一句极有名的格言是：“学而不思则罔，思而不学则殆。”他说到他自己：“吾尝终日不食，终夜不寝，以思，无益，不如学也。”“学如不及，犹恐失之。”“朝闻道，夕死可矣。”这正是中国的“苏格拉底传统”。
知识上的诚实是这个传统的一个紧要部分。孔子对一个弟子说：“由，诲女（汝）知之乎？知之为知之，不知为不知；是知也。”又有次，这个弟子问怎样对待鬼神，孔子说：“未能事人，焉能事鬼？”这个弟子接着问到死，孔子说：“未知生焉知死？”这并不是回避问题，这是教训一个人对于不真正懂得的事要保持知识上的诚实。这种对于死和鬼神的存疑态度，对后代中国的思想发生了持久不衰的影响。这也是中国的“苏格拉底传统”。
（《中国哲学里的科学精神与方法》）
朱熹
朱子真正是受了孔子的“苏格拉底传统”的影响，所以立下了一套关于研究探索的精神、方法、步骤的原则。他说：“大抵义理须是且虚心随他本文正意看”，“只虚此心，将古人语言放前面，看他意思倒杀向何处去”。怎样才是虚心呢？他又说：“须是退步看。”“愈向前愈看得不分晓，不若退步却看得审。大概病在执着，不肯放下。正如听讼，心先有主张乙底的意思，便只甲的不是，先有主张甲的意思，便只见乙的不是。不若姑置甲乙之说，徐徐观之，方能辨其曲直。横渠（张载，1020—1077）云，‘濯去旧见，以来新意。’此说甚当。若不濯去旧见，何处得新意来？”
十一世纪的新儒家常说到怀疑在思想上的重要。张横渠说“在可疑而不疑者，不曾学。学则须疑”。朱子有校勘、训诂工作的丰富经验，所以能从“疑”的观念推演出一种更实用更有建设性的方法论。他懂得怀疑是不会自己生出来的，是要有了一种困惑疑难的情境才会发生的。他说：“某向时与朋友说读书，也教他去思索，求所疑，近方见得只是且恁地虚心，就上面熟读，久之自有所得亦自有疑处。盖熟读后，自有窒碍不通处，是自然有疑，方好较量。”“读书无疑者须教有疑，有疑者却要无疑，到这里方是长进。”
到了一种情境，有几个发生互相冲突的说法同时要人相信，要人接受，也会发生疑惑。朱子说他读《论语》曾遇到“一样事被诸先生说成数样”，他所以“便着疑”。怎样解决疑惑呢？他说：“只有虚心。”“看得一件是，未可便以为是，且顿放一所，又穷他语，相次看得，多相比并，自然透得。”陆象山（1139—1193）是朱子的朋友，也是他的哲学上的对手。朱子在给象山的一封信里又用法官审案的例说：“（如）治狱者当公其心……不可先以己意之向背为主，然后可以审听两造之辞，旁求参伍之验，而终得其曲直之当耳。”
朱子所说的话归结起来是这样一套解决怀疑的方法：第一步是提出一个假设的解决方法，然后寻求更多的实例或证据来作比较，来检验这个假设，——这原是一个“未可便以为是”的假设，朱子有时叫做“权立疑义”。总而言之，怀疑和解除怀疑的方法只是假设和求证。
朱子对他的弟子们说：“诸公所以读书无长进，缘不会疑。某虽看至没紧要的事物，亦须致疑。才疑，便须理会得彻头。”
正因为内心有解决疑惑的要求，所以朱子常说到他自己从少年时代起一向喜欢做依靠证据的研究工作（考证）。他是人类史上一个有第一等聪明的人，然而他还是从不放下勤苦的工作和耐心的研究。
他的大成就有两个方面：第一，他常常对人讲论怀疑在思想和研究上的重要，一这怀疑只是“权立疑义”，不是一个目的，而是一个要克服的疑难境地，一个要解决的恼人问题，一个要好好对付的挑战。第二，他有勇气把这个怀疑和解除怀疑的方法应用到儒家的重要经典上，因此开了一个经学的新时代，这个新经学要到他死后几百年才达到极盛的地步。
（《中国哲学里的科学精神与方法》）
理学
理学是什么？理学挂着儒家的招牌，其实是禅宗、道家、道教、儒教的混合产品。其中有先天太极等等，是道教的分子；又谈心说性，是佛教留下的问题；也信灾异感应，是汉朝儒教的遗迹。但其中的主要观念却是古来道家的自然哲学里的天道观念，又叫做“天理”观念，故名为道学，又名为理学。
（《几个反理学的思想家》）
理学的历史影响
理学的运动，在历史上有两个方面。第一是好的方面。学者提倡理性以为人人可以体会天理，理附著于人性之中；虽贫富贵贱不同，而同为有理性的人，即是平等。这种学说深入人心之后，不知不觉地使个人的价值抬高，使个人觉得只要有理可说，富贵利禄都不足羡慕，威武刑戮都不足畏惧。理既是不生不灭的，暂时的失败和压制终不能永远把天理埋没了，天理终有大白于天下的一日。我们试看这八百年的政治史，便知道这八百年里的智识阶级对政府的奋斗，无一次不是掮着“理”字的大旗来和政府的权威作战。
（《戴东原的哲学》）
第二是坏的方面。理学家把他们冥想出来的臆说认为天理而强人服从。他们一面说存天理，一面又说去人欲。他们认人的情欲为仇敌，所以定下许多不近人情的礼教，用理来杀人，吃人。譬如一个人说“饿死事极小，失节事极大”，这分明是一个人的私见，然而八百年来竟成为天理，竟害死了无数无数的妇人女子。又如一个人说“天下无不是的父母”，这又分明是一个人的偏见，然而八百年来竟成为天理，遂使无数无数的儿子媳妇负屈含冤，无处伸诉。八百年来，“理学先生”一个名词竟成了不近人情的别名。理与势战时，理还可以得人的同情；而理与势携手时，势力借理之名，行私利之实，理就成了势力的护身符，那些负屈含冤的幼者弱者就无处伸诉了。八百年来，一个理字遂渐渐成了父母压儿子，公婆压媳妇，男子压女子，君主压百姓的唯一武器；渐渐造成了一个不人道、不近人情、没有生气的中国。
（《戴东原的哲学》）
宋儒的理学是从中古的宗教里滚出来的。中古的宗教——尤其是佛教——排斥肉体，禁遏情欲，最反乎人情，不合人道。宋儒用人伦的儒教来代替出世的佛教，固然是一大进步。然而宋儒在不知不觉之中受了中古禁欲的宗教的影响，究竟脱不了那排斥情欲的根本态度，所以严辨“天理”、“人欲”的分别，所以有许多不人道的主张。戴东原说宋儒的流弊遂使后世儒者“以理杀人”；近人也有“吃人的礼教”的名言，这都不算过当的判断。
（《〈老残游记〉序》）
理学杀人
清儒戴东原曾指出，宋、明理学的影响养成一班愚陋无用的理学先生，高谈天理人欲之辨，自以为体认得天理，其实只是意见；自以为意见不出于自私自利便是天理，其实只是刚愎自用的我见。理是客观的事物的条理，须用虚心的态度和精密的方法，方才寻得出。不但科学家如此，侦探访案，老吏折狱，都是一样的。古来的“清官”，如包拯之流，所以能永久传诵人口，并不是因为他们清廉不要钱，乃是因为他们的头脑子清楚明白，能细心考查事实，能判断狱讼，替百姓伸冤理枉。如果“清官”只靠清廉，国家何不塑几个泥像，雕几个木偶，岂不更能绝对不要钱吗？一班迂腐的官吏自信不要钱便可以对上帝、质鬼神了，完全不讲求那些搜求证据、研究事实、判断是非的法子与手段，完全信任他们自己的意见，武断事情，固执成见，所以“小则杀人，大则误国”。
（《〈老残游记〉序》）
格物致知
《大学》的方法论，最重要的是“致知在格物”五个字。程子、朱子一派的解说是：
“所谓‘致知在格物’者，言欲致吾之知，在即物而穷其理也。盖人心之灵莫不有知，而天下之物莫不有理。惟于理有未穷，故其知有不尽也。是以大学始教，必使学者即凡天下之物，莫不因其已知之理而益穷之，以求至乎其极。至于用力之久，而一旦豁然贯通焉，则众物之表里精粗无不到，而吾心之全体大用无不明矣。”（《朱子补大学》第五章）
这一种“格物”说便是程、朱一派的方法论。这里面有几点很可注意。（1）他们把“格”字作“至”字解，朱子用的“即”字，也是“到”的意思。“即物而穷其理”，是自己去到事物上寻出物的道理来。这便是归纳的精神。（2）“即凡天下之物，莫不因其已知之理而益穷之，以求至乎其极。”这是很伟大的希望。科学的目的，也不过如此。小程子也说：“语其大至天地之高厚，语其小至一物之所以然，学者皆当理会。”倘宋代的学者真能抱着这个目的做去，也许做出一些科学的成绩。
但是这种方法何以没有科学的成绩呢？这也有种种原因。（1）科学的工具器械不够用。（2）没有科学应用的需要。科学虽不专为实用，但实用是科学发展的一个绝大原因。小程子临死时说，“道著用，便不是”，这种绝对非功用说，如何能使科学有发达的动机？（3）他们既不讲实用，又不能有纯粹的爱真理的态度。他们口说“致知”，但他们所希望的，并不是这个物的理和那个物的理，乃是一种最后的绝对真理。小程子说：“今日格一件，明日格一件，积习既多，然后脱然有贯通处。”又说：“自一身之中，至万物之理，但理会得多，自然豁然有觉悟处。”朱子上文说的“至于用力之久，而一旦豁然贯通焉，则众物之表里精粗无不到，而吾心之全体大用无不明矣”，这都可证宋儒虽然说“今日格一事，明日格一事”，但他们的目的并不在今日明日格的这一事。他们所希望的是那“一旦豁然贯通”的绝对的智慧。这是科学的反面。科学所求的知识正是这物那物的道理，并不妄想那最后的无上智慧。丢了具体的物理，去求那“一旦豁然贯通”的大彻大悟，决没有科学。
再论这方法本身也有一个大缺点。科学方法的两个重要部分，一是假设，一是实验。没有假设，便用不着实验。宋儒讲格物全不注重假设。如小程子说：“致知在格物，物来则知起。物各付物，不役其知，则意诚不动。”天下那有“不役其知”的格物？这是受了《乐记》和《淮南子》所说“人生而静，天之性也；感于物而动，性之欲也”那种知识论的毒。“不役其知”的格物，是完全被动的观察，没有假设的解释，也不用实验的证明。这种格物如何能有科学的发明？
（《清代学者的治学方法》）
训诂与义理
阮元纂辑《经籍纂诂》，更把一切古训诂都搜集排列，看作有同等的参考作用。搜集古训诂来作治古书的根据，这是清儒的一个基本方法。迷信《说文》固是可笑；但轻视古训诂而空谈义理，更是可笑了。方东树最爱谈义理，但他自己实在不曾明白他所谓“义理”是什么东西。义理应该分两层说：一是古经的意义，一是后人的见解。清代学者略有点历史的眼光，故能指出宋儒用主观见解来说古经的毛病。我们也应该认清楚：治古书是要依据古训诂的，古训诂有不完全之处，我们应该用精密的归纳比较，求出古书的意义。我们不可认后人的主观见解为古书的义理。方东树的根本毛病即在于误认宋儒的义理为“直与孔曾思孟无二”。这种完全缺乏历史眼光的成见是不配批评清儒的方法的。
（《戴东原的哲学》）
佛法的把戏
我是研究历史的人，在我的眼里，一切学术思想都是史料而已。佛法只是人类的某一部分在某时代倡出的思想和信仰；科学也只是人类的某一部分在某时代研究出来的学术思想。这两项材料在人类历史上各有其相当的地位，但我们治历史的人没有把他们拉拢来做“搭题八股”的必要。
其实信仰佛法的人，也大可以不必枉费心力来做这种搭题文章。……科学家自有他的立场，并不靠这一二偶合之点为他增高身价。他在实验室里研究元子、电子、素子，并不因为古希腊有过元子论便增加他的信仰，也并不因为古印度有过极微论便取消他眼前的研究。他至多不过说：“很难得，古人没有我们的设备，居然敢提出这样大胆的假设！”