鹅口疮必要时需要全身用药。虽然我们一般主张局部治疗为首选，但当局部治疗无效或者效果不明显的时候就需要全身用药。
局部治疗的药物包括：①2%～4%碳酸氢钠溶液：是婴幼儿鹅口疮的常用药物，多用于哺乳前后洗涤口腔，以消除能分解产酸的残留凝乳或糖类，使口腔成为碱性环境，可阻止白色念珠菌的生长和繁殖。轻症患儿不用其他药物，病变在2～3天内即可消失，但仍需继续用药数日，以预防复发。也可用本药在哺乳前后洗净乳头，以免交叉感染或重复感染。②龙胆紫水溶液：龙胆紫液在1：10万的浓度时仍能抑制念珠菌的生长。口腔黏膜以1/2000（0.05%）浓度为宜，每日涂擦3次，以治疗婴幼儿鹅El疮和口角炎。但使用后易导致药物染色，不易观察损害的变化。市售1%龙胆紫醇溶液，因浓度过大，刺激性大，需要稀释后使用，不宜直接用于婴幼儿El腔黏膜。③洗必泰：洗必泰有抗真菌作用，可选用0.2%溶液或1%凝胶局部涂布，冲洗或含漱，也可与制霉菌素配伍成软膏或霜剂局部涂敷。全身用抗真菌药有制霉菌素、酮康唑、氟康唑和伊曲康唑等，在后面会详细介绍。此外，还可以进行综合性治疗，也可以选用中医治疗，除用抗真菌药物外，对身体衰弱，有免疫缺陷病或与之有关的全身疾病及慢性念珠菌感染的患者，常需辅以增强机体免疫力的综合治疗措施，如注射转移因子、胸腺素、脂多糖等，补充铁剂、维生素A等。具体用法为：转移因子皮下注射，2毫升/次，1～2周1次，以1～3个月为1疗程。胸腺肽每次2～5片，1日3次。脂多糖2～4毫升，肌内注射。硫酸亚铁预防用量1日300毫克，治疗用量一次300毫克，1日3次。维生素A每日3万～5万单位，分2到3次口服，症状改善后减量。