口腔念珠菌病以局部治疗为主，但严重病例及慢性念珠菌感染常需辅以全身治疗才能奏效。常用的有以下几种：制霉菌素，局部可用5万～10万单位/毫升的水混悬液涂布，每2～3小时1次，涂布后可咽下。也可用含漱剂漱口，或制成含片、乳剂等。儿童（1～2岁）口服10万单位/次，每日3次；成人口服50万～100万单位/次，每日3次，疗程7～10日，口服不良反应极小，偶尔有引起恶心、腹泻或食欲减退。咪康唑局部使用的叫硝酸咪康唑（商品名达克宁），散剂可用于口腔黏膜，霜剂适用于舌炎及口角炎，疗程一般为10天。酮康唑成人剂量为每日一次口服200毫克，2～4周为一疗程，不可与制酸药或抗胆碱药物同服，以免影响吸收。但是酮康唑可引起肝损害，严重时甚至造成死亡，应引起重视。研究表明剂量在3～5毫克/千克·天，疗程不超过7～10天时是安全的。氟康唑对口腔念珠菌感染疗效优于酮康唑。剂量首次一天200毫克，以后每天100毫克，连续7～14天。伊曲康唑对浅部皮肤黏膜真菌或酵母菌感染的作用强于酮康唑，在进餐时服用可以改善吸收，给药14天以后达到血浆稳定浓度，剂量每日口服100毫克。
中医治疗口腔念珠菌病是从患者身体状况整体出发，辨证与辨病相结合，对疾病进行诊治与调理。中医认为口腔念珠菌病为先天胎毒蕴积心脾，循经上行，复感秽邪浊气，熏灼口舌；或由于素体阴虚火旺，虚火上浮，熏灼口腔而成。治疗复发性口腔念珠菌病常用中药有：①清心泻脾散，适用于口舌满布白屑，周围红赤，口干喜冷饮，烦躁不安，大便干，小便黄的患者；②六味地黄汤，适用于口腔白屑散布而稍干，周围淡红，心烦不寐的患者。此外，可取冰硼散加适量蜂蜜调匀擦患处。