接到罗斯福回电后的几小时，马歇尔发来电报，命令麦克阿瑟把奎松撤出来。经过与麦克阿瑟及内阁谈过之后，奎松决定兑现他曾在1935年给麦克阿瑟许下的酬金。2月13日，萨瑟兰拟定了菲律宾共同体一号行政指令，奖励麦克阿瑟50万美元。萨瑟兰将得到7.5万美元，理查德·马歇尔4万美元，锡德·赫夫2万美元。罗杰斯一边印着指令一边想：“上帝，我也想做将军！”
看完指令后，麦克阿瑟对萨瑟兰调侃说，这还不及他任军事顾问的报酬。似乎麦克阿瑟要的太多，但想到他拒绝巨额预付款而不愿写自传，简拒绝稿费不愿写一本她与麦克阿瑟的书，以及1935年来他放弃公司董事职位所失去的金钱利益，这并不算什么。而且他的商业价值一直都扶摇直上。马林塔坑道内的交易后不久，维京出版社给出100万美元购买他回忆录的版权，他却故意置之不理。
当他从奎松手中接过50万美元的那一刻，他也许会不无嘲讽地在想，就在他、他的妻子儿子都将面临惨死或长期的、被人凌辱的监禁之时，他却变富了。这些钱可能没有机会花出去了。
一号行政令是麦克阿瑟漫长而辉煌的人生中最具争议的一页。奎松以这种方式补偿麦克阿瑟，似乎菲律宾的整个防御计划完成了。他的报酬是10年来每年800万防御预算1％中的46％即36．8万美元，加上1942一1945年间每年3．3万美元的薪水和补贴13．2万美元，共50万美元。
大多数学者都认为这是一次肮脏的交易。就连麦克阿瑟的维护者都想知道为何罗斯福会允许这样做。人们在1935年9月陆军副官写给麦克阿瑟的信中可以找到答案。信中表明允许他自由接受菲律宾政府任何数额的报酬。这封信还特别提到，陆军部长也同意了未来增加金额，而且这封信的内容从来没有作废。1937年麦克阿瑟退休时，马歇尔的前任总参谋长马林·克雷格曾建议总统考虑宣布此信作废，但罗斯福有意让它保持有效。
但是，给萨瑟兰、马歇尔和赫夫的钱就有问题了。这种做法显然违反了陆军军规。麦克阿瑟给自己安排的一系列特许并没有包括付给他部下的钱。可罗斯福没有介入整个交易，麦克阿瑟也没有对这些额外的付款提出疑问。这么做，也就是将他们的年薪增加了10％。
奎松2月20日乘“剑鱼”号潜艇离开了科雷吉多尔岛。他与麦克阿瑟简短却深情地道了别，将他的图章戒指赠给了将军，这也象征着不朽的尊严。奎松仍希望未来有机会重建他的政府，或许在菲律宾群岛中部的米沙部群岛。但这显然是不可能的，我们将看到，麦克阿瑟把他撤到了澳大利亚，奎松最终将从那儿飞往美国。到达华盛顿时，他的慷慨令人难以置信，他试图给艾森豪威尔6万美元，以报偿他在30年代末为共同体所做的贡献。艾克礼貌而坚定地拒绝了。
奎松离开不久，塞耶也跟着离去了。麦克阿瑟亲手转交给他一份礼物，让他到华盛顿时呈交给总统：巴丹半岛上的战利品——一位被击毙的日本军官的军刀。至今它被收藏在海德公园。
奎松即将撤离时，马歇尔试图说服总统命令麦克阿瑟也撤离。罗斯福不同意，因为从政治角度看，这么做是一个重大的错误，“这将意味着白人在远东将颜面扫地。白人可以战死沙场，但绝不做逃兵。”麦克钠特完全赞同他的观点，史汀生也是这个观点。
马歇尔依然坚持己见，但最终改变罗斯福想法的是英一澳关系的突变，几乎威胁到盟军在西南太平洋的整个防御策略。白宫应对这次分裂承担部分责任。2月22日，作为补救措施，罗斯福决定派麦克阿瑟到澳大利亚。澳大利亚首相约翰·柯廷当时说，澳大利亚热切地期待着美国的支援。派麦克阿瑟到澳大利亚是个不言而喻的许诺，澳大利亚没有白盼一场。
第二天，马歇尔通知麦克阿瑟，“总统命令你到棉兰老岛……尽快……从棉兰老岛你将转至澳大利亚，指挥那里所有的美国部队。”这封电报在小灰房子里送到他的手上，他一读到电报，不禁大惊失色。他像疯了一样不停地来回走动。几分钟之内他好像老了好几岁。撤离的命令对他的打击就如同痛失爱人。”
他脑子里一团糟，在走廊里和简坐了很久，诉说自己的苦恼。他对简说：“我
生在美国陆军，长在美国陆军，一生习惯于服从上级命令。但这个命令我不能服从。”然后哭泣起来。
当晚他就拟好了给总统的回电，解释了不能离开菲律宾的原因。他给自己的部下看了这封电报，希望他们支持他，但他们一致坚决反对。他不得不服从总统的直接指令。而且，他必须活着，并且继续与日军作战。他们一直争论到深夜。他的部下辩驳道，不服从命令就要被送上军事法庭。那么，肯定会被判有罪。如果被判有罪，那么将军的余生将在耻辱中渡过，那又能做什么事情呢？最后他被说服了，但他非常痛苦。第二天一早，他回电马歇尔，请求由他决定何时何地以何种方式离开。请求获得了批准。
巴丹半岛的防线依然坚守。日军在半岛战役指挥拙劣，3月初甚至有从马尼拉到科雷吉多尔岛的传言，本间不堪被解职的耻辱，剖腹自杀了。麦克阿瑟说道：“我猜他一定把我的浴室弄得一团糟。”
虽然巴丹半岛守住了，但由于食物短缺，4月份必定会沦陷。麦克阿瑟必须在此之前离开菲律宾，但他不想乘潜艇离开科雷吉多尔岛。他一生都讨厌封闭的空间。他宁愿在开阔的大海上冒险，也不愿一周甚至更长的时间被关在潜艇封闭狭小的空间内。最终他决定在3月11日那个月光暗淡的夜晚乘巡逻艇离开。
惟一的问题是不知道简和亚瑟能否经受得住在巡逻艇上长时间而充满危险的航行。一天下午，麦克阿瑟让约翰·巴尔克利中尉带她做巡逻艇绕科雷吉多尔岛短途航行。简回到马林塔后告诉麦克阿瑟，她不反对坐巡逻艇。当晚，麦克阿瑟带着巴尔克利一起散步，确信没人偷听后，他告诉巴尔克利，马上有一个撤退计划，需要高度保密。“总统执意地命令我离开。”麦克阿瑟告诉海军中尉，一点也不掩饰其沮丧之情。他说他自己宁愿到巴丹半岛和日本人打仗，战死沙场，但是未得到批准。
随着撤退时间的临近，他又陷入了混乱状态。他每晚在房间里踱步达数小时。简有时起来想试图安慰他，但她每一次回到床上，他就又开始踱步了。
3月9日晚，他派人去叫温赖特，温赖特第二天早上赶到。他们坐在走道里，麦克阿瑟解释“根据总统的一再命令”他要走了，这话听起来有些夸张。“事已至此，我要么服从，要么离开陆军。我想让你告诉所有的部队，我是在不断地抗议下被迫离开的。”
“当然，我会的，道格拉斯。”温赖特说道。
麦克阿瑟解释说，他将继续指挥菲律宾，只不过是从澳大利亚。群岛将被划分为4个地区，温赖特将指挥其中最重要的区域，吕宋。实际上，此时温莱特就在负责巴丹半岛和科雷吉多尔岛。
“如果我能顺利到达，我将尽力率领最多的人马尽早打回来”麦克阿瑟说。
“你会顺利到达的。”温赖特答道。
“我还会回来的。”
他们谈了一会儿纵深防御和炮兵策略。然后麦克阿瑟进屋去拿出一盒塔巴卡里拉雪茄和两罐剃须膏作为分别礼物。
危险的是，麦克阿瑟撤离的消息将使巴丹半岛的防线彻底崩溃。饥饿本来就已经使士气低落。麦克阿瑟没有返回前线，像温赖特那样看望伤病员，没有和战士们一同承担哪怕是一点点的风险，更是使士气一落千丈。
虽然麦克阿瑟看上去英勇无畏，但他害怕医院。不管平时还是战时，他都避免去医院。1月10日以后，他没去巴丹半岛上看望作战部队，是因为，1月15日他曾信誓旦旦地宣称：“援兵马上就要到了……”这让他无法面对那些对他寄予希望的士兵，那些信任他的人们，那些出于对他的信念正在流血、受伤，面临被俘，甚至可能被折磨致死的人们。
他曾公开恼羞成怒地批评海军，他曾在东京玫瑰电台讥讽取笑哈特的逃跑趣事，如今海军则回敬他一首歌谣《防空洞里的道格》，这首诗成了战时诗歌中的经典。巴丹半岛上的美国人中几乎没有谁不会几句《防空洞里的道格》。事实上，这首歌谣贬低了麦克阿瑟的勇气，它像一把尖刀，带给他强烈的痛苦。那么，如果麦克阿瑟现在去看望巴丹半岛上的部队，他将告诉士兵什么：援兵还没上路呢？
作为对他没有回到巴丹半岛的惩罚，《防空洞里的道格》的嘲笑伴随了他一生，使其终生都挥之不去。
3月11日晚，巴尔克利的巡逻艇靠近了科雷吉多尔岛北面码头。麦克阿瑟、简、亚瑟、阿珠、萨瑟兰、马歇尔、赫夫、凯西、哈尔·乔治、威洛比及六七名其他参谋军官和文书罗杰斯军士将分乘两艘巡逻艇抵达棉兰老岛。B－17将在那儿把他们带到澳大利亚。
夜幕降临时，他曾布满弹痕的“克莱斯勒”轿车停在小灰屋外，麦克阿瑟对妻子说：“简，该上车了。”