在马尼拉战役的结束之际，麦克阿瑟派人接来了简和小亚瑟。他们乘坐“挪人”号货轮和速冻食品一起航行了两个小时，从布里斯班到马尼拉。麦克阿瑟让他的参谋给他的家人找个舒适的地方居住。他们回报说他应该搬到到以前的德国大使馆，在巴石河边。这个地方最好的一点就是完好无损，而最糟糕的就是附近流入巴石河的下水管道的气味很难闻。
在菲律宾被占领期间，日军扶植了一个傀儡政权，并授予菲律宾表面上独立，打着幌子说什么派了一个日本大使。美军在莱特岛登陆的消息给这位大使提了个醒，他先是躲在马尼拉旅馆，后来又寻找更不容易在美军进入马尼拉成为进攻目标的地方。他搬到了名为“白房子”的住宅，这曾属于一位名叫巴赫拉赫的德国富豪家庭。巴赫拉赫是战前向菲律宾进口汽车的最大的汽车进口商。德国人是日本盟国的公民，他们的财产和生活是本应该有安全保障，但日军还是占领了他的房子，并且没等巴赫拉赫先生告诉他们说他是德国人前就射杀了他。然而，从这之后，有14间房子的美丽的西班牙殖民风格的别墅保留了下来，没有遭到日军从南京到新加坡的一贯实施的掠夺和破坏。
当大使住进去后，他的行李有中一大木箱从马尼拉旅馆搜刮来的的纪念品。这些纪念品当然比平常游客的带走的毛巾和调酒棒珍贵得多。这位大使还掠走了麦克阿瑟家族的一大批传家宝：一套纯银的茶具，那是日本政府在1905年委托卡蒂埃制作的，作为送给亚瑟·麦克阿瑟将军的礼物；一双银烛台，那是简家族世代相传的传家宝；其他还有一些价值不斐的财务。木箱上标记着“医疗物资”。这明显是为了不让人起好奇心，是对征服者掠夺的欲盖弥彰的绝妙描绘。美军占领马尼拉后，这位大使匆忙逃走，留下了他的“医疗物资”。巴赫拉赫夫人通知了美国陆军军官，她有一些属于麦克阿瑟将军的东西，能否请他安排把这些东西拿去。
同时，乔治·肯尼也在寻找住处。过去两年，他绝大部分时间都住在草棚、铁皮屋和帆布帐篷里。他命令他的参谋四处搜索马尼拉比较吸引人的街区，为他这个“满天飞”的人找个好地方落脚。没用多久，美军侦察机就发现了这座美丽宽敞的巴赫拉赫房子。肯尼前去查看。他喜欢那里的游泳池、酒窖、蒸汽浴室、按摩室、精美的家具、可爱的花园，还有凉快而高大的房间，简直太完美。真是好地方。
那天晚上在宽敞粉刷一新但仍然很简陋的路易斯西塔种植园用过晚餐后，他告诉麦克阿瑟他找到的很棒的大房子。直到第二天早上当他发现麦克阿瑟没来吃早餐，他才意识到他犯了一个错误。当肯尼艰难地吞咽着玉米片粥时，麦克阿瑟正在前往“白房子”的途中，想着这个地方比他的参谋推荐的在巴石河边的房子好多少。美国军队军队有个说法：权高一级压死人。巴赫拉赫的住宅就是这样一座特权的房子，或者他不配这五颗在他的衬衫领口熠熠生辉的，用五个联国（美国、英国、澳大利亚、新西兰和荷兰）的银币制造的银星。
在麦克阿瑟离开马尼拉不久后，肯尼给巴赫拉赫夫人打了个电话，告诉她，他刚来这个地方，询问她是否能给他一点找房子的建议。你可以相信一位住在一所美丽房子里的贵妇人肯定是值得信赖能知道哪里能找到其他富人住的好房子。事实上也的确如此，巴赫拉赫夫人说道，她的姐姐住在一所非常好的房子里。她曾给建筑师定了一条简单的但竞争意味十足的规定，“要建得比我妹妹的房子好。”肯尼跳上飞机，飞往马尼拉，去看一看那所房子，发现巴赫拉赫夫人说的一点不假。那位建筑师的确给她妹妹的建造了一座巧夺天工的房子。
当晚，麦克阿瑟回来吃晚餐，他告诉肯尼，“我偷了你的房子，你现在打算怎么办？”
“我找到了一所房子，”肯尼说道，“我今天去了马尼拉，为自己找到了另一所房子。”
“那房子好吗？”
“比你的房子好。”
“在哪里？”
“关于那所房子，我什么也不会告诉你，但比你的房子好。”
“狗娘养的，”麦克阿瑟说道，“我为什么不再等一等，就可以得到那所房子呢！”
3月6日，简和小亚瑟抵达马尼拉。麦克阿瑟乘坐一艘小船去接他们。当船返回码头，肯尼就在那里。当时，数百架战斗机和轰炸机飞过海湾，向北飞行，进攻还在俯视克拉克飞机场的日军。当引擎的轰鸣声渐渐远去时，简对肯尼微笑这说，“能听见飞机声是不是很高兴？上一次我在这里，到处都是日军飞机，我们看都不敢，只顾四处躲藏。”
几天后，麦克阿瑟带着他的妻儿到马尼拉旅馆。房顶不见了，上面的几层也被烧了，但是一层的人还和往常一样多。酒吧里挤满了互相请客喝酒的军人。麦克阿瑟一家爬上布满瓦片的楼梯来到楼顶阁楼。他们闷闷不乐地站在那，惆怅地回忆着过去很多他们共同度过的快乐的日子。公寓内部完全被火完全烧毁了。现在什么也不是，就像个变黑的贝壳，没有了屋顶，暴露在天空下，上面覆盖着5英寸厚的灰烬，简的小型卧式钢琴就像抛光的黑色大理事墓碑一样从这厚厚的灰土中露了出来。
简这个人爱交际，为人友善，非常关心他人福利，她几乎还没收拾行李，就决定要去看望比利比德监狱的囚犯。然而，当她来到那里时，那些虚弱不堪、疾病缠身的囚犯中，很多人还裹着虱蚤孳生的毯子里，他们用一种难以置信的目光盯着她精美绝伦的帽子和白得让人晕眩的手套。简感到很尴尬，连忙摘下帽子，脱去手套，把他们扔在将军那辆黑色的老“凯迪拉克”轿车的后座上。
她走访了马尼拉四家军队医院，赢得了在菲律宾作战的所有士兵的喜爱。有些在医院的士兵情况并不比监狱的好很多，但是就像麦克阿瑟说什么也不会去医院一样，也没有什么可以让简离开那里。
有一次，埃格伯格带她去碧瑶附近的战地医院，该医院位于吕宋北部的山区，那里战争仍在继续。在那里和简交谈的病人中一个是在不到一小时前受伤的。当简和埃格伯格返回马尼拉时，埃格伯格被叫到麦克阿瑟的办公室。“你竟然带她到炮火连天的战地医院去了？我不喜欢这样！”麦克阿瑟生气地说道，拳头砸向桌子。“你不能……你绝对不能让她陷入危险。要是你带她去前线，发生什么事……”一时间，他不知道该说什么。这种情景太可怕了，简直不能用言语来形容。“我不知道我会对你做什么，”他愤怒地说。他把他的愤怒都发泄到了桌子上，而不是冲着医生，他又再次重击桌子，说道：“绝对不要再那么做！”
简对他的爱情的忠诚就像他对她一样。1月26日，在他65岁生日，她用梨列农饭店的信纸给他这样写道
亲爱的“长官”先生，
你不知道我有多么爱你。
小亚瑟还是和以前一样被宠爱着，溺爱着，过分保护。回到马尼拉，他没有同龄的玩伴，但有一天麦克阿瑟回到家，带来了从街上捡来的又饿又瘦弱的杂种狗，用马尼拉的话来说就是一条村庄猎狗。这只狗带回来后慢慢恢复了健康，取名为“斯波蒂”。事实证明它非常活泼，惹人喜爱，小亚瑟非常喜欢它。有一天，这只狗被来访军官的车撞死了，伤透了小小亚瑟的心。麦克阿瑟命令从此住房到车道的门锁上，还去市郊寻找另一条狗。他带着另一只瘦弱而讨人喜欢的狗回到家。这只取名为“布莱基”，但几个月后，它变得脾气暴躁，麦克阿瑟不得不怀着痛苦的心情让人把那只狗杀了。小亚瑟的心再次彻底碎了。麦克阿瑟也是。
这个小男孩现在年满7岁了，简觉得应该让老师来管教他了。麦克阿瑟雇佣了一个英国女士菲利斯·吉本斯夫人当他的老师。在之后的六年里，“吉比”不仅是小亚瑟的好老师，同时也是简的一位随和而迷人的伙伴。女老师是这样评价小亚瑟的，“非常聪明，但拼字爱犯错误，和所有的美国小男孩一样。”
吉比精通钢琴演奏，并很高兴发现小亚瑟拥有相当高的音乐天赋。他会兴致勃勃地坐在钢琴前几个小时，学习识谱或勤奋地训练。小亚瑟演奏天赋很高，几乎演奏过或唱过一次的任何曲子，都能表演。
让麦克阿瑟更高兴的是，他不仅能和他的家庭生活在一起，他还最终得到了一架C-54运输机，而且突出的机头两侧都刷上了“巴丹2号”。道格拉斯航空公司对此做了很多改进，因为使其还少生产了4到5架飞机。哈普·阿诺德看到这架飞机，忍不住惊呼“我的上帝！”结果是连对乘飞机有着不愉快记忆的简都认为太棒了。
回到位于卡拉·维多利亚的老总部大楼本应让麦克阿瑟兴奋不已，但这座建筑几乎被彻底损毁了。他让人修复了弹痕密布的马尼拉市政厅，并于5月把总司令部搬到了那里。他把市长办公作为自己的办公场所。麦克阿瑟再次拥有了舒适的家和宽敞的办公室，他又回到像以前一样的工作习惯，上午9到10点工作，中午回家吃饭和午睡，回家吃晚饭或看电影之前在办公室加几个小时的班，然后睡前阅读一两个小时。此时他在“卡萨布兰卡”书房里里读过的大部分书关于日本的历史，和关于日本政府如何运作的材料。
罗斯福总统对于勾结日本的菲律宾人的政策是非常明确的：他们是菲律宾自治政府和美国的叛徒。他们必须被拘捕，因叛国罪予以严厉惩罚。麦克阿瑟认为这是菲律宾自治政府的事，而不应该由美国陆军来处理，但奥斯梅纳没有能力部署大举逮捕通敌者的行动。于是这件事就由麦克阿瑟来处理。1945年春，麦克阿瑟的反间局长埃利奥特·索普准将已逮捕5000多名通敌嫌疑的菲律宾人。
通敌的主要人物几乎都是菲律宾自治政府政界和商界的精英人士。普通菲律宾人则仍然对美国忠诚。讽刺的是，离奎松最近的那一阶层显得更乐于为日军做事。唐·曼纽尔本人早在1940年就和日军接触，因为他害怕美国人会放弃这个岛国让其自生自灭。他打算和成功占领西太平洋的人合作。另外，菲律宾的统治阶级和日军同流合污是不可避免的。说的难听一听，日本人用不着怎么求婚，只需颐指气使就能让菲律宾人跟他们上床。苟且偷生总是那些精英们的处世哲学。
这反映出西班牙4个世纪统治下的根深蒂固的信条。菲律宾官员们长期以来一直本着良好的意愿努力去做在那些英国文明认为道德不允许的事。他们确实相信自己可以满足征服者的要求，同时保护自己的人民。正如1902年叛乱那会，麦克阿瑟将军向国会做的汇报中指出，发生叛乱时，“总统和其他官员表面是向着美国，但暗地里却叛乱分子为伍，更加荒谬的是，他似乎在某种程度上关心着双方的利益。”
在奎松流放美国的两年里，他的体力越来越不行了，他想极力证明所有的通敌犯实际上无罪，因为这些人中很多都和他关系密切，比如乔治·瓦加斯是他前任执行秘书，还有乔斯·劳雷尔是他的司法部长。他发誓，他们确实没有通敌。。他们的所作所为不是叛国。他们只是表面上和日军合作，这样才能保护菲律宾的普通百姓不受占领政权的更大伤害。奎松如果不声称他和劳雷尔和瓦加斯一直用无线电联络的，那么他的说辞可能更能让人信服，而这显然是假话。
1943年10月，由日本扶植的菲律宾总统劳雷尔声称，麦克阿瑟甚至在离开科雷吉尔多前就明确批准了他的通敌行为。麦克阿瑟有力地反驳了这点，“我在离开菲律宾前，没有给过任何菲律宾领导人任何指示……据我所知，除了那些军人之外，每个菲律宾人都是按照自己的良心做事的。”
即使这样，如果他能避免，他还是无意执行罗斯福总统严厉的反通敌政策。奥斯梅纳也不想这么做，他曾在1945年3月去过佐治亚州温泉劝说总统。事实上，整个菲律宾的统治阶级都摆脱不了通敌嫌疑。奥斯梅纳的很多亲戚，包括他的两个儿子，都曾为日军工作过。罗斯福总统暗示，他愿意缓和他的强硬政策，只审讯那些宣誓效忠日军的被指控犯有叛国罪的人。但他于4月12日过世。他的继任者副总统哈里·S·杜鲁门，将这权利交给麦克阿瑟，让他决定如何处置通敌者的事。
经过3年的战争才回到菲律宾，麦克阿瑟经常被菲律宾人讲述关于日军对战俘和菲律宾普通老百姓的暴行而被激怒。在莱特岛战役中他心里还带着那股愤怒。他曾想不仅对日本人进行报复，还有那些愿意帮助日军，如劳雷尔和瓦加斯等人进行报复。然而，在他到达吕宋后，他的态度温和下来。一方面，菲律宾原计划于1946年7月4日独立。调查和审讯一大批通敌者要花数年之久。既然美国要从此事中抽身，那这就是菲律宾人需要自己解决的事了。另一方面，他听到越多关于日军占领后那里的情况，他就很难对那些无法掌控自己命运的人做出评价。
有一天，麦克阿瑟对他的飞行员达斯提·罗兹上校说，“从我们安全没有受到威胁的角度来评判或批评那些几乎可以用任何方式来保命或救家人的性命这样是不公平的，特别是在苦难中看不到任何解放的希望的时候。”另外，对于“通敌”或者“勾结”并没有法律的定义，但“法语中，”他讽刺道，“对这个词有个定义，即通敌者指‘那些比你通敌多的人’。”
麦克阿瑟和日军傀儡政府下的所有要人都很熟悉。在他担任军事顾问的时候，甚至更早，在他担任菲律宾军区司令时，他就和他们在马尼拉的共济会第一地方分会称兄道弟，在马拉卡南宫的官方宴会厅共进晚餐，在陆海军俱乐部开晚会，一起在黎萨体育馆观看拳击赛事，还会在政府接待中恭维他们的妻子。他并不是特别追求社交生活的，但他的大部分社交生活几乎都是和他们在一起度过的。
在日军占领期间，他曾指望依靠游击队向他提供一些通敌者的情报，他们是不是真的想保护他们的人民？或者他们只是想保护自己的家庭、事业和钱财？
遗憾的是，麦克阿瑟收到的情报都是先在科特尼·惠特民手上拐了弯才到他这里的。这个肥胖的律师聪明伶俐，善于游说，但太喜欢耍阴谋，太自私自利，就像鸟儿只为自己的巢铺羽毛一样。他太沉迷于做手脚，以至于他所说所写的那些关于菲律宾人的东西很少有名副其实的价值。
直到麦克阿瑟回到菲律宾，并与游击队的领导人交谈后，才知道他过去收到的情报都是不公正的。在这些通敌者中，他最应该提的不是劳雷尔，而是曼纽尔·罗哈斯，他曾是自治会谈的前演讲者，也是这个群岛最大的报纸《马尼拉日报》家族的后裔。麦克阿瑟认识罗哈斯这个工作狂和烟鬼20年了，还曾在科雷吉尔多围攻战中任命他为自己的参谋。