6月8日，肯尼飞机降落，来到“博伊思”号上。澳大利亚第9师将展开对文莱的进攻。在6月10日登陆，只遇到微弱的抵抗。那支军队勇往直前，他们的军官更是渴望胜利。但不论士兵还是长官都缺乏训练和经验。第9师的很多老兵要么牺牲了，要么就成了残疾。登陆后，他们不是继续扩张战果，而是在沙滩上徘徊不前。
下午4点左右，麦克阿瑟上了岸。他自己要做示范，告诉他们怎么做，他轻快地穿过海滩，沿着和海岸平行的公路向内陆走了500码。狙击火力和轻机关枪的枪声从前方的丛林中传出。他继续大步向前，带领着一群担惊受怕的高级军官径直向火力战前进。当他走近后，一辆坦克发出隆隆声，向他们开来，它刚才压毁了敌人的机炮阵地。那个高兴的澳大利亚士兵从里面伸出头来，喊道，“我们解决了那杂种！”
麦克阿瑟继续向前走，带着某种好奇心地去看那些死去的日本人。一位澳大利亚摄影师迎面冲过来，开始狂拍照，想把麦克阿瑟和两个敌军的尸体拍在一起。他就站在离麦克阿瑟几英寸的地方，他突然倒下了，被丛林中附近隐藏的狙击手射中。
肯尼走向麦克阿瑟，在他看来有一点似乎很明显，如果麦克阿瑟也和那位摄影师一样，那这个“假日”看来是完了。肯尼说道，现在麦克阿瑟成功地指挥了的勘察，在他看来，这正是步兵该来的地方。另外，海军正期待他们回去吃晚餐。让晚宴的主人在“博伊思”号上等他们是不礼貌的。那些他承诺过的巧克力冰淇淋和苏打水呢？“好吧，乔治，我们回去吧，”麦克阿瑟说道，“无论如何，我本不该指望你会为任何事而错过冰淇淋的。”
第二天，他回到了海滩，想在文莱周围转转。但澳大利亚还没有结束战争。麦克阿瑟回到了巡洋舰上，前往苏禄群岛，去拜见苏丹。这小小的岛屿是信仰伊斯兰教的勇士摩洛人的家园。潘兴早在叛乱期间是苏禄群岛的领导者，赢得了很多声誉。和麦克阿瑟同辈的陆军军官来说，这里几乎是个传奇地方。
身材矮小，秃头，半裸着上身，上了年纪的苏丹，热情地向麦克阿瑟打招呼。他们用英语交谈了一会，但之后大多数的的对话是苏丹的维齐尔翻译来传达的。苏丹向麦克阿瑟赠送了一把纪念短剑，刀刃是波浪形的，上面刻着《古兰经》文。麦克阿瑟转向艾克尔伯格，而艾克尔伯格正四处张望，瞥见了上校脖子上挂着的望远镜，他向上校使眼色。上校不情愿地把望远镜递给麦克阿瑟，表情有些失落。衔高权大。然后麦克阿瑟彬彬有礼地现代的望远镜赠送给了苏丹。交换礼物完成。他们站着又聊了一会，这时，苏丹的小孙子靠着麦克阿瑟的那漂亮的低帮皮鞋、艾克尔伯格那湛亮的靴子以及爷爷和维齐尔穿着拖鞋的脚上随便小便。四位有身份的人都没注意到散发着蒸汽的小插曲，继续平静地交谈，正和世界上其他人一样见面的时候该做的事。“那个小捣蛋鬼是苏丹的掌上明珠，”麦克阿瑟有哲学意味地说着，这是他已经回到船上，可以换他的袜子了。
打拉根和文莱都被占领后，婆罗洲战役的第三阶段于7月1日展开。澳大利亚第七师登陆巴厘巴板。岛上的炼油中心一直都是整个西南太平洋战区的最重要的战略目标之一。
肯尼用B-24轰炸机对巴厘巴板进行了多次空袭。但并不十分有效。不论如何，1945年7月，巴厘巴板已经不再是战略目标。日军没有从这输送石油已经6个月了，但麦克阿瑟想看看他和肯尼谈论过很多次的这个地方。他期望日军会在这里顽强抵抗，尽管这里已经没有战略价值。
海军对巴厘巴板的轰炸产生了战争中最为壮观的炮火。海军的炮弹炼油厂点燃了巨大的火团。储油罐火光四射。油管里的石油泄露到地面上，围绕着低矮的山丘相成了一条条火河。
麦克阿瑟下令说他想要一条专用汽艇和“巴尔的摩”号舰一起于早上9点30出发带他去岸上。丹尼尔·巴比将军是第七海陆部队的指挥官，他回复了电报：“海滩在敌军的迫击炮控制下，总司令去那里不太安全。”麦克阿瑟的回复是“立即派一条专用汽艇。”不到两分钟，汽艇就到了。
在麦克阿瑟到达的时候，澳大利亚部队仍然在奋力战斗保护海滩。他大步穿过沙滩，走过澳大利亚步兵开火位置，他们正在朝前方的敌军开火。为了观察得更清楚，他走向附近的山脊。当他到达山顶时，一位澳大利亚少校跑向他，说附近的山顶上有日军的机枪。麦克阿瑟毫不在意。相反地，他站在山顶上，背着手，引人注目地研究地形。而他周围的大多数军官都蹲着。一位吓坏了的上校干脆坐在地上，而巴比和战地记者几乎都趴在地上。
麦克阿瑟和少校仔细审视地图，讨论策略情况，全神贯注，完全忽视了飞来的机枪子弹和吵闹声。“顺便说一下，”正当他走下山脊时，他对澳大利亚军官说，“我想，最好把那挺机枪干掉，免得伤着人。”
两天后，麦克阿瑟回到马尼拉。7月15日，他收到两封重要的电文。一份是柯廷过世了。另一份是从马歇尔那发来的电文，上面写着“绝密”。肯尼已经在冲绳部署他的重型轰炸机，并会很快开始向日本发起空袭。马歇尔传来的电报是通知麦克阿瑟，肯尼的轰炸机不得在任何情况下轰炸日本的四个城市：京都、小仓、新泻和广岛。马歇尔并没有解释原因。
1945年7月，美国陆军数十万人从欧洲战场出发前往太平洋战区，陆军部时刻监控着日军在九州的大规模集结。一些激进分子描述了令人畏惧的场景，说是巨大的屠杀场正在筹建中。仓库里近5000架神风特攻队只加足了飞单程的汽油。美军从八万日军手中夺取冲绳，牺牲了五万人。如果按这个比例推算，正如马歇尔所担心的，占领九州美军将伤亡27.5万人。
然而，麦克阿瑟并不认为“奥林匹克计划”会被付诸实施。当克鲁格的第6集团军参谋部正在研究九州南部的航拍照片，以决定哪个师在哪个海滩登陆时，麦克阿瑟告诉萨瑟兰，“迪克，不要在‘奥林匹克计划’或‘皇冠计划’上花太多的时间。如果你能设法拖延时间，那就拖下去好了，因为我们从来就不需要进攻日本。”
尽管当时他并不知道研制原子弹的事，但他已确信这一点。肯尼对原子弹研制的事也毫不知情。原子弹首次成功爆炸是7月16日在新墨西哥湾沙漠。十天后，托马斯·F·法雷尔准将到达马尼拉，向麦克阿瑟简要汇报了“曼哈顿计划”，并解释了参谋长联席会议为什么要留下日本那四座城市。法雷尔告诉他，预计原子弹爆炸的威力相当于两万吨的黄色炸药。美国已经准备投放两颗原子弹，任务会从马里亚纳群岛提尼安岛上的B-29主要基地执行。
新被任命指挥太平洋区的空中部队的卡尔·斯帕茨将军于7月31日到达马尼拉，并向麦克阿瑟出示了投放炸弹的命令。史汀生已经将日本的文化中心——京都从预定轰炸的城市列表中取消。由长崎取而代之。现在一切准备就绪，斯帕茨这样说道。
麦克阿瑟确信，炸弹会将日本打倒，结束这场战争。8月1日，他告诉肯尼，战争会在两周内结束。五天后，日本南部的天空一片晴朗。那天下午，麦克阿瑟邀请了25位战地记者来到马尼拉市政厅，召开难得的不准记录的记者发布会。他谈论了这次战争，但他真正在想的是将要到来的新战争。他坐在舒服的皮椅上，说了整整一个小时。他说道，“原子弹”将会把战争的恐怖扩大到几万倍。现在，技术说了算。他还清楚地记得，还只是十年前，第一架泛美大型远程客机来到马尼拉时，全世界都为之欢呼，认为这是个惊人的成就。而1945年，每天都有数百架飞机飞过太平洋，再没人会觉得大惊小怪了。
对于日本来说，它已经被打败了，它的当权者也清楚这点。苏联准备加对日战争，为这场战争增加他们的力量，这样的举动是欢迎的。“苏联士兵每牺牲一个就意味着可以少牺牲一个美国士兵。”苏联将歼灭日本部署在满洲的两个野战集团军。他并不期望矛盾会持续更长时间。那些记者回到他们的办公室，就从华盛顿传来新闻，广岛已经被一颗原子弹摧毁了。
然而，即使现在，代表日本政府的六位军官实际上拒绝投降。他们认为美国的进攻太过血腥，太过恐怖，因此，美国肯定能给他们提供更好的投降条件。在无记名投票表决中，他们一致投票要继续战斗。
两天后，即8月8日，苏联向日本宣战。斯大林并不打算在瓜分太平洋区胜利果实时被排除在外。8月9日，美国在长崎投放了第二颗原子弹。日本战时内阁投票结果是三比三。日本天皇自1941年来首次发表意见。他建议他的政府寻找投降的途径。
西奥多·怀特曾在1941年秋天采访过麦克阿瑟，后来在麦克阿瑟到达澳大利亚墨尔本后，他又一次见到他。这次他赶赴马尼拉又见到了他。他发现他跟以前完全不同。这个麦克阿瑟既不是他1942年看到的那个大吼大叫、怒气冲冲，被失败情绪所困扰的将军，也不是一个得意洋洋，被胜利冲昏了头的将军。他现在最想谈的就是原子弹。“怀特，你知道那意味着什么吗？”
“您指什么，长官？”
“像我这样的人已经过时了，”他双手背在身后边说边踱步，“以后再也不会有战争了，怀特，不再有战争了。”
现在战争掌控在科学家和思想家的手中，不再是掌握在军人手中。个人勇气，能和原子弹比吗？有没有战术也没关系了，步兵在劫难逃，炮兵大大落后，装甲兵也过时了。麦克阿瑟有一天和肯尼开玩笑，“下次战争的胜利者将是某个拉原子弹引线的少尉，他应该立刻授予上将军衔。打赢一场战争值四颗星。”
8月15日，麦克阿瑟被任命为盟军最高司令官，也就是说将由他接受日本投降。他不想私下处理这一事件，不像艾森豪威尔那样，允许德国在清晨在一间阴暗的普通教室向他投降。麦克阿瑟希望有一个仪式，一个隆重而有纪念意义的仪式，让全世界都能看到。海军对于让他接受投降不怎么满意，但在“密苏里”号战列舰上举行仪式让他们得到一些安慰，也能让哈里·杜鲁门高兴。总统女儿玛格丽特曾为这个4.5万吨的庞然大物剪彩下水。
麦克阿瑟、华盛顿和日本政府花了将近两个星期才商量出结束战争仪式的细节。正当他们在做这件事的时候，索普来看望麦克阿瑟。他想把他目前负责的6000名通敌犯交给菲律宾政府。“他们会替这些人开脱罪责，或者就会因为政治原因把他们放出来，我知道会这样的，”索普说，“但是，我们尽了自己的职责。”麦克阿瑟同意他的观点。
8月23日，所有的通敌嫌疑犯都交给了奥斯梅纳。从此以后，麦克阿瑟在菲律宾的事也渐进尾声。他再没牵涉到那个国家的事务中，也没多大兴趣了。如果有什么事让他感到欣慰的话，那就是这件事终于结束了。他曾经了解和热爱的那个菲律宾不再存在了。这是个崭新的国家，正在迈向一条崭新的道路。他也要开始崭新的生活。
六天后，他坐上他的C-54运输机，罗兹送他飞往日本。