后来，麦克阿瑟谈到，“日本这部新宪法仅仅是对明治宪法做了修订。”他是希望让日本人觉得可以接受，但事实上，麦克阿瑟推出的宪法和过去的完全不用。这是占领的一项最重要的成就。这部新宪法让日本走上了成为真正自由与民主国家的道理，而在世界的这一地区，以前也从来没有真正的自由和民主。这部宪法帮助日本成为东亚地区的一个令人羡慕的国家，而不是东亚的灾难。
杜鲁门总统只对占领事项中的一小部分有直接感兴趣。起诉战犯就是其中一项。就在日本投降后的四天，总统就通知了参谋长联席会议，要麦克阿瑟立即把那些战犯送交法院审理“不得延误”。六周后，麦克洛伊访问日本，他提醒麦克阿瑟，总统希望看到行动。
大多数被起诉的罪名是违反人道罪或破坏和平罪，这些都是战争史上的新罪行。这些罪行向同盟国设在纽伦堡和东京的法庭起诉的。在这些法庭建立期间，麦克阿瑟回复杜鲁门总统的请求，利用自己作为太平洋陆军部队司令官的职权，以战争罪把山下奉文将军带到位于马尼拉的法庭。控告山下奉文的罪名包罗未能制止对菲律宾平民的屠杀和对马尼拉的肆意破坏。
无论是在当时还是以后，人们始终认为麦克阿瑟对山下奉文的起诉是纯属报复。最近出版的一本著作中对此事的贫农噶伦很有代表性。该著作认为，麦克阿瑟审判自己以往的敌人致使“他名誉的极度破坏”。D·克莱顿·詹姆斯教授撰写的麦克阿瑟传记也是类似的观点。
在马尼拉遭到破坏的时候，山下奉文并不在那里，他也没有命令将这座城市变成战场。这些可怕的事件发生的时候，他在距马尼拉150英里外的吕宋北部的山区。尽管如此，他仍然被起诉，因为他身为菲律宾战场日军的总司令，有责任了解当时正在发生的事态，并阻止暴行的发生。
在设立审讯山下的特别军事法庭上，麦克阿瑟并不没有任意地采取对被告不利的行为。他根据战争罪行办公室、哈里·杜鲁门、约翰·麦克洛伊提出的建议及伦敦会议的诉讼程序知道自己的行动；在伦敦会议上，盟军讨论了如何处理这些战争罪行。当涉及到证据规则时，他采取那些已列入可用权威性行文中列出的规则，英国政府的《战犯审判条例》，并增补了认定自证其罪非法的条款。从某中程度上，山下受审判的诉讼程序比在纽伦堡所采用的审判程序更公允些。
由美国军官组成的专门小组将对山下进行审判。山下面临的更像是军事法庭而不是民事法庭，要知道军事法庭是因不能公正实施裁决而臭名昭著。但山下奉文受到了他的辩护律师是A·弗兰德·里尔的不利影响。例如，里尔辩护说他的当事人没有得到公正的审判，是因为他没有足够的时间来准备辩护资料。而正是里尔自己要求只要两周时间准备的，这使审讯这一案件的特别军事法庭感到吃惊。特别军事法庭表示会给他更多的时间，但他拒绝不接受这个提议。特别军事法庭还多次敦促里尔接纳更多的律师来辅助他完成这显然工作量很大的辩护工作，然而他又拒绝了这项建议。
山下奉文审判一案最为麻烦的一点是，之前没有相关的案例是起诉战地指挥官没有能力控制自己的军队，而要对他们犯下的罪行承担后果。山下辩护小组中有一位会讲日语的海军中尉缪尔·S·斯特拉顿曾亲自来到东京，想让麦克阿瑟相信山下曾阻止他的军队实施暴行，麦克阿瑟不为所动，说道：“让历史作出裁决。”
指挥官对其部下控制究竟因该达到什么程度，法律还没有明确规定，但麦克阿瑟很清楚该怎么做。他的父亲曾教过他，作为军官应汲取很多重要教训。有一点就是“始终关心你的部下。”另一点是“除非你能确信这项命令会被执行，不然就不要下达命令。”如果山下真的想要阻止暴行的发生，那就意味着他知道他们正在做的事，并且没有阻止成功。有禁不止并不能免除指挥官应负的责任。
山下被宣判有罪，并处以死刑，被告立即向最高法院上诉。法官们以6票对2票之差作出决定，法庭没有裁决权，投多数票的包括美国历史上最有威望的三位法官：费利克斯·弗兰克福特，威廉·O·道格拉斯和雨果·L·布莱克，投反对票的两个人是弗兰克·墨菲和威廉·拉特利奇。他们认为这次审判是“合法的私刑”。
麦克阿瑟有权审查判罪，并减轻判罚。他在对媒体宣布的一项声明中承认，“对在军事战役中被打败的敌人作出刑事判决，对我来说实属不易，”“我审查了诉讼程序，想替他找一些减轻处罚的情况，但一无所获。我根本找不到……。”1946年2月23日山下被处以绞刑。
创造了山下一案的先例，就注定了本间雅晴的命运；他1942年占领菲律宾，迫使麦克阿瑟乘坐鱼雷快艇逃跑，并迫使温赖特投降。对他的起诉是他在声名狼藉的巴丹“死亡行军”中因没有阻止对美国人和菲律宾人施以恐怖行径而负有责任。本间被宣判有罪，但并没有处以绞刑，而是采用了对军人来说更能接受的处罚方式：“以步枪射击处死”。他的妻子前去见麦克阿瑟。她谈到她对他丈夫感人肺腑的情感，并请求麦克阿瑟饶他一命。当时，麦克阿瑟是这样回答的，“这是我人生中最为挣扎的时刻之一。”
不管他个人对本间太太多么同情，他无法忘记本间迫使温赖特让菲律宾所有部队投降所采用的那种方式。他曾威胁要杀害他在科雷吉多尔能抓捕的每个美国人，除非温赖特让菲律宾其他的司令官命令自己人投降。当麦克阿瑟向美国驻苏联大使艾夫里尔·哈里曼描述这些事的时候，禁不住泪流满面。1946年4月，本间被处决。
与此同时，远东国际军事法庭（东京审判）还起诉了28位日本人，其中包括把日本陷入战争的军事集团的原头目东条英机将军。麦克阿瑟将这个案子交给他的反间谍长部长索普准将取证，并确定应受审人员名单。麦克阿瑟亲自把东条英机的名字放在该名单首位，剩下的由索普提供提供。整个工作让索普很不自在。据他所知的军事历史，胜利者不会把战败的敌人送上审判，当然也不会处决他们，原因很明显。谁会相信这是公正的审判呢？
他建议麦克阿瑟采用他父亲曾在菲律宾实现和平时的做法。亚瑟·麦克阿瑟少将并没有审讯叛乱者头目，而是将一些人放逐到关岛，然后一直留在那里知道叛乱平息之后很长时间。索普建议他把日本战争头目关押起来，但不要执行死刑。除了那些罪行不可饶恕的应该受到惩罚，其他的可以放到偏远的小笠原群岛上。“这是个好主意，但我不能这样做，”麦克阿瑟说道。“我们的盟国要血债血偿，我们的人民也要血债血偿，他们要这样做，我是无法阻止的。”他想指控那些被告是暴力犯罪，要按刑法来定罪，而不是像纽伦堡审讯那样，被告指控多数被判“破坏和平罪”和“反人道罪”。尽管如此，他发现整个过程很难办，只能按命令行事，自身尽量少介入。
麦克阿瑟任命法庭的法官，并有权减轻或改判（而不能加刑）。审判工作持续了两年。在1948年11月审讯结束之际，两位被告已死亡，另一名被告精神失常。25名幸存的被告均宣判有罪。东条和其他6名被告被宣判死刑，其他被告被判处长期监禁。麦克阿瑟允许死刑保持有效，但又说对这些判决进行审查是他做过的工作中“最令人厌恶”的工作。
东京审判和对山下奉文和本间的审判一样，都在当时受到了强烈的谴责。作为“胜利着的公正”，就像是穿着黑色袍子的妓女报复。对于战俘的大多数审判，不管是在远东还是在欧洲，都是在战争开始前不存在的。这让很多在法律中成长的人很不安。另外，国际法不管是在半个世纪后，还是当时都是和国内法律结合的产物。任何人都可以只要找到证据，就能对战俘提出诉讼。在纽约和旧金山也存在。尽管这个选择不是在公正的审判和有缺陷的审判中，而是在有审判和没有审判之间。
麦克阿瑟采用的制度不是完美的，不是因为他要去创设这样的工具，来谋杀以前的敌人，而是因为不管是他还是别人都不能想出更好的办法。马尼拉和东京审判是有严重缺陷的，但并不比其他地方糟糕。总法官曾私下谴责他所谓的“纽伦堡高级的私刑。”胜利者会公正吗？是，但也不可避免。
麦克阿瑟的父亲即是一名将军，也是一名律师。他的祖父是当时是最成功的法学家。他有一些对世界法理的认识，尽管他从没去过法学院。几乎就在日军登陆吕宋的那刻，他就想到了结局会怎么样。他曾威胁日军司令这些恶行的报应。对他们来说是不可想象的。对他来说，这是明摆着的。他似乎是从一开始就听到了刽子手操刀的拍击声，看到了绞索，并预见了最后的子弹声不会打响在战场上。射出的这些子弹是板着面孔的行刑队举枪瞄准的步枪，他们瞄准的目标是面对着监狱的大墙，低垂着头站着的可怜的、穿着破烂不堪的工作服的罪犯。