一、粤桂战争
在护法战争中，孙中山等国民党强硬革命派遭到盘踞广东的桂系等地方军阀的排挤，使护法运动濒于失败。究其原因还是苦于没有军事实力，军阀们需要你的金字招牌时，挥之即来；一旦其目的达到，或者不能满足其欲望，挥之即去。
当时在广东国民党能掌握的军力只有陈炯明所率领的原广东省警卫军约二十营，海军护法舰队十余艘军舰。就这些力量，桂系仍旧欲除之而后快。而且桂系同北洋军阀眉来眼去，勾勾搭搭，不断拆护法军政府的台。孙中山大为愤怒，因此亦积极充实国民党的实力，争取广东地方派军人为同盟军，派人到各县招收民军以扩充自己实力。广东督军莫荣新通令各县，要把孙所委派的招兵委员当做土匪就地枪决，单是增城一县就有69名招兵委员被杀。孙痛感两广军阀太没有革命观念，因此想带兵到福建另谋发展，但桂系又不肯给予物资支援。12月下旬又有两个招兵委员在广州被捕，孙写信给莫荣新要求保释，莫竟连信都不回就把两人枪决了，这使得孙忍无可忍。
1918年1月3日，孙中山以大元帅名义密令海军、滇军和地方军人李福林、魏邦平等人举行一次军事突袭，以推翻桂系在广东的统治。海军豫章、同安两舰接到命令后，按照指定时间开出广州，向观音山发炮作为起事信号。炮弹打到观音山，广东督军莫荣新急忙传令熄灭灯火，避免目标暴露，同时不许开炮还击，并打电话到海琛舰的海军总长办公室，请程璧光调处。程立即派海琛舰向豫章、同安两舰传令停止炮击，并令两舰开回省城。这两舰发炮后没有获得陆军响应，又接到长官命令，只好开回省城，两个舰长且受撤职处分。
程璧光虽是国民党，可是他不赞成激进，且反对广东内部分裂，早在1917年11月15日孙中山曾命令海军炮击观音山以驱逐前任督军陈炳焜，就因为程璧光反对而未实现，这次孙因为获得地方派军人所表示的支持，才避开程璧光而直接下令，如果当时各方都支持孙的决定，桂系是可能被赶出广东的。无奈当时大家都为自己打算，意见不统一，行动不坚强，所以孙想驱逐桂系出广东的计划遂告流产。
莫荣新应付海军战舰的攻击是冷静而不还击，这个手段非常高明。
第二天国民党元老和桂系对这一突发事件一致主张进行调解。孙中山向桂系提出五个条件：（一）承认军政府为护法各省的最高领导机构，（二）承认大元帅有统率军队的全权，（三）承认广东督军由广东人选任，必要时大元帅得加以任免，（四）被捕民军代表交军政府处理，（五）广东外交人员由军政府任命。莫荣新回答说：第一至第三条须向陆巡阅使请示，第四、第五两条修改为“须得军政府的同意”。莫荣新的答复，等于一个条件也没接受。不过护法军政府和桂系之间的紧张情势总算告了一个段落。大元帅府新任参军长黄大伟发表了一个文告，公开指斥桂系军阀“戴冯拒段，停战乞和”，不过末了说：“督军勇于认错，愿意表示歉忱。”这场风波暂时告一段落。
为了策应护法军在湖南方面的战事，军政府决定向福建进兵，将二十营警卫军改编成援闽粤军，以陈炯明为总司令，邓铿为参谋长。1918年1月，开至潮州、梅县地区，待整补训练后进军福建。这支部队装备低劣，饷相奇拙，但孙中山对其寄予厚望。陈炯明还算争气，进入福建后打得不错，队伍也得到了发展和锻炼，至1919年秋，不但在闽南、闽西拓展了相当一大块地盘，而且拥有了两万大军，为国民党保存了一部实力。不过自此之后，陈炯明自持功高，渐渐有了个人野心，对中山先生也不那么恭顺了。此时的援闽粤军共分两个军，陈炯明以总司令兼任第一军军长，辖李炳荣、洪兆麟、熊略、罗绍雄、邓本殷五个支队，以及梁鸿楷、黄凤伦、丘耀西、陈炯光、罗逸群五个统领（相当于团）；第二军军长许崇智，辖吴忠信、关国雄、蒋国斌、谢文炳、蒋中正（蒋力辞未就，奔上海直至第二军回粤抵东江时才返回，任第二军参谋长。）五个支队。全部兵力约两万人枪，总司令部驻漳州，第一军驻闽南，第二军驻闽西。
桂系军阀不敢明目张胆的排挤孙中山，于是开始从改组护法军政府上下功夫。1918年1月15日，桂系军阀支持下的“中华民国护法各省联合会”，在广州督署成立，俨然与护法军政府分庭抗礼，而且主张南北妥协，放弃武力护法，提议由旧官僚岑春煊担任同北方和议的总代表。这明显就是拆护法军政府的台，因此孙中山坚决反对，坚持“联合会”必须隶属于军政府。其他各方有识之士也纷纷表示反对，幸未得逞。
但军阀们并不罢休，至2、3月，滇、桂军阀联合政学系议员和旧国民党中的不坚定分子如吴景濂、褚辅成之流，提出了改组军政府的主张，将大元帅制改为总裁合议制，借以排斥孙中山对护法战争的领导权。孙中山坚决反对改组军政府，指出军政府的大元帅制是符合民国约法中“元首政治”这一规定的，改变此制，“与约法相违背”。陈炯明、孙洪伊等也相继通电反对改组军政府。但是，在政学系的活动下，非常国会于1918年5月4日通过了《修正军政府组织法》，决定将大元帅制改为总裁合议制。孙中山当即向非常国会辞去大元帅职，并发表通电揭露西南军阀破坏护法运动的种种罪行，指出：“顾吾国之大患，莫大于武人之争雄。南与北如一丘之貉”。5月20日，非常国会选举唐绍仪、唐继尧、孙中山、伍廷芳、林葆怿、陆荣廷和岑春煊七人为总裁，废除大元帅制。21日，推举岑春煊为主席总裁。同日，孙中山愤而离开广州，前往上海，表示与西南军阀决裂。自此以后，护法军政府完全为军阀官僚所控制，成了与北洋政府妥协的议和机构。
孙中山到上海后，住在法租界莫里哀路29号。从此之后深居简出，开始发愤著书，并总结历次以来革命失败的根源与教训。一年多的时间里他写成了《孙文学说》和《实业计划》两书，与1917年写成的《民权初步》合编为《建国方略》。同时时刻关注着南方的军事、政治变化，并多方为身处闽南的粤军筹措军饷，物资，为将来重回广东积蓄力量。1919年6月29日孙中山曾函陈炯明，促其自福建回师广东。孙认为粤军此时在闽不特四面受敌，孤立无援，且给敌人造机会。故欲求今后的生存，必赖有冒险精神和奋斗决心，应把握时机，自闽回师图粤。
1920年春，在广东的滇桂军阀因为争权夺利发生冲突，而军政府的七位总裁也是内讧连连，局面马上也将维持不下去了。孙中山抓住机会，利用滇桂军阀之间的矛盾，联滇讨桂。6月2日孙中山召集唐绍仪、伍廷芳、李烈钧，以及云南唐继尧的代表，在上海他的寓所讨论应对时局的办法。决定由孙、唐、唐、伍四总裁发表联合宣言，全文如下：
“自政务总裁不足法定人数，而广州无政府。自参众两院同时他徙，而广州无国会。虽其残余之众，滥用名义，呼啸俦侣，然岂能掩尽天下耳目？即使极其诈术与暴力所至，亦终不出于两广。而两广人民之心理，初不因此而淹没，况云南贵州四川，固随靖国联军总司令为进止，闽南湘南湘西鄂西陕西各处护法区域，亦守义而勿渝。以理以势，皆明白若此，固知护法团体，决不因一二人之构乱而涣散也。慨自政务会议成立以来，徒因地点在两广，遂为一二人所把持；论兵则惟知拥兵自固，论和则惟知攘利分肥，以秘密济其私，以专横逞其欲，护法宗旨，久已为所牺牲，犹且假护法之名，行害民之实，烟苗遍地，赌馆满街，吮人民之膏血，以保骄兵悍将之愿，军行所至，淫掠焚杀，乡里为墟，非惟国法所不容，直人类所不齿。文等辱与同列，委曲周旋，冀得一当，而终于忍无可忍，夫岂得已？惟既受国民付托之重，自当同心戮力，扫除危难，贯彻主张……”
6月29日孙中山派朱执信和廖仲恺到漳州，敦促陈炯明返粤驱逐桂系，许以经济上之援助。粤军将领许崇智和邓铿等亦向陈炯明陈说。陈炯明此时已经坐大，很安于现状，本无意回粤，但经不起内外要求，乃与福建督军李厚基密约撤兵，由李厚基供给军费饷糈，以交换粤军撤出闽境，闽南粤军驻地由闽军接防。陈炯明私心在保全政治资本，不愿消耗实力，所以暗中派遣黄强、金章等向桂系及其附属派系政客暗中勾结，打算和平回粤，朱执信认为陈炯明反复无常，一怒而折返上海。
7月中旬，北方直皖战争爆发，才五天，号称无敌的段祺瑞边防军全部溃灭。南方的桂系本与北方的直系暗中勾结，因此，拟借这机会打算混水摸鱼、计划派兵入闽，这是一石二鸟的如意算盘，表面上是伐闽，出军时就顺道先灭粤军，同时以福建地盘为铒以诱海军，于是海军林葆怿径电陈炯明，宣称不管粤军同不同意，海军都要策应桂军来攻福建。这一来，陈炯明才感到事态严重，认为自己的存在是与桂系势不两立。
桂系计划攻闽，迫使陈炯明决心回粤，同时和闽军连结一气，全力合作。李厚基慷慨支援粤军军费60万元，子弹600万发，以换取粤军占据的福建地盘。
8月12日，陈炯明在漳州公园誓师，分左右中三路回粤。
以第二军全部任右翼，由永定、上杭、武平进攻大埔、松口、蕉岭、平远；由许崇智指挥，负责肃清韩江上游，占领梅易、兴宁为目的。
以第一军之李炳荣、邓本殷、罗绍雄、熊略部任中路，由小溪、平和进攻铙平、平原，而出高陂，由叶举指挥。
以第一军之洪兆麟、梁鸿楷等部任左翼，由邓铿指挥，与中路军会合，共同肃清韩江下游，以完全占领丰顺、潮安、汕头为目的，而以破惠州为最后目标。
同时，邹鲁、姚雨平等以义勇军名义在潮汕应援，运动刘志陆的亲信军队铙光、罗兼柔为内应。
粤军远戍福建已经两年，平素被桂系的欺凌压迫，凡有血气的人，无不痛心疾首，因此回师命令颁下，全军振奋，都抱破釜沉舟之志，以光复故乡驱逐客军为目的。所以攻势开始后，极为凌厉，粤督莫荣新弄巧成拙，惹祸上身，急调桂军精锐莫正聪，卢炎山、江永隆、刘达庆、卓贵廷、林虎、马济、沈鸿英及滇军李根源等军分头抵御，可是挡不住要回家乡的广东佬。桂军驻粤多年，搜括自肥，情形类似张敬尧军之在湘，因此军纪废弛，毫无抵抗能力。
8月16日粤军攻克大埔、潮州、梅县。
21日陈炯明抵汕头督师，孙中山特电嘉慰，电云：“粤军分路进攻，所向大捷，连得名城险要，使敌闻风而溃。……捷报传来，欣喜无量，由此绥定百粤，预祝最大之成功。”
8月底，孙中山电促邓铿乘桂军意志未能统一，惊骇震荡之际，挥军疾攻惠州。又电请陈炯明接济赣军赖世璜部。赖部原属李烈钧。
粤军收复潮梅后，乘胜疾进，右冀进占志隆、龙川、河源。河源之战，桂军沈鸿英和林虎的主力惨遭击溃。中路进占永安，左翼由海陆军联合击破三多祝，进抵平山，距惠州仅四十里。
自从粤军攻克河源，平山后，桂军已没有抵抗能力。西江、北江革命军乘势突起。朱执信奉命偕吴礼和等策动虎门炮台起义，9月6日虎门炮台守兵正式宣布独立。
虎门守军起义后，因降军与邓铿之部队发生冲突，情况严重，降军要求朱执信莅虎门，朱执信于9月21日冒险只身入虎门要塞，因误会被降军包围，朱一面恳切劝谕，一面后退，退至半途，为乱兵枪击，竟以身殉，死时才36岁。
朱执信名大符，任侠苦行，精博能文，早岁追随孙中山献身革命，蒙难后孙悲痛逾恒。
粤军回粤，进展顺利，黄明堂、陈继虞、周之贞、王鸣亚、胡文灿、李天德、梅萼等，各地民军纷纷起义。西江、北江、琼岸等处都落入起义民军手中，陈自先集兵十八营，并继续扩大收编，向高、雷方面桂军进逼。
粤军第一主要目标是惠州，桂军全力固守，粤军屡攻不下，孙中山乃致电闽督李厚基，请其迅速派兵支助粤军，以收夹击之效。闽粤合兵当可收复惠州，惠州得则广州肇庆各地即不成问题。这时候闽军旅长王永泉和厦门方面的军队已和粤军合作，出发助防。
9月26日，广州警察厅长魏邦平、广惠镇守使李福林在省城对岸河南宣告独立。所有内河兵舰及广三铁路均为收复，驻扎江门警卫军司令陈德春亦和魏李采取一致行动，在绥远炮台组织办事处。这样一来，桂军的交通全被扼断。
10月1日孙中山致电湘督谭延闿，促湘军出师助攻，直下北江以攻桂军。
魏邦平和李福林的独立，摇动了广州的桂系，而海军亦逼桂系的粤督莫荣新离粤，莫荣新不得已乃倡调和之说用作缓兵之计，且用各种方法离间粤人，孙中山和唐绍仪、伍廷芳都致电魏李两人，敦促他们迅速驱莫以安粤局。
粤局本可一鼓而定，不料粤军进入粤境后，政治因素复杂，反而胶着不前，于是孙中山再促留在上海的蒋中正赶赴粤境，敦促陈炯明等尽快收复广州，惠州。蒋于9月30日由上海启程，10月3日抵香港，拜奠朱执信灵枢；5日上午乘船至汕头，登岸后即赴粤军总部和各参谋晤面，并拟定作战意见致驻扎老隆的陈炯明。
蒋的作战计划为左翼当独立作战，固守潮梅，海、陆丰暂时放弃亦可，目的在诱敌深入，俾松弛敌人在惠州的防务，以便右翼作战。右翼可分为二部：一向龙门、增城前进，独立作战；一部固守河源、紫金，监视惠州，相机规取。如果直取博罗，反而促成桂军死守死战之心，可能旷日持久，转不如西向龙门绕道。
作战计划拟定后，蒋即驰赴前线，担任许崇智部参谋长，加入右翼军作战。
粤军新攻势开始，桂军在各战线上俱露疲态，侧面后方俱受威胁，士气沮丧，战斗力大减。迫不得已，乃拟将惠州交与李根源，调回林虎、马济以对抗宣布独立的魏邦平和李福林。可是李根源却孤军难支，遭粤军猛击，损失子弹300余箱，团长一名亦被击毙，桂系的滇军陷于极端困境。
10月20日粤军第二军军长许崇智因病请假，由蒋代统其军，声威大震，所向克捷，桂军三四千人弃泰尾焚掠民居向惠州溃退。
10月21日，粤军第二军进至黄麻陂，粤军熊略部占领横沥，邓铿部进至家公岭与和平山的左翼军联络。合围后，粤军乃于22日一举攻克惠州城，桂军向博罗鲤湖退却。江门警卫军和高、雷、钦、廉、琼各处民军四起应援，东江桂军进退失据，广州桂军又陷于被围攻中。这时候的桂系已成强弩之末，只希望能安全离粤就于愿已足了。
10月23日陈炯明召集军事会议于惠州，决定总攻广州计划。以左翼军扫除增城的桂军，向龙门埔前进，进攻广州的西北；以中路军扫除石龙的桂军，沿广九路右方前进，集中龙眼洞，担任东面的攻击；以右翼军扫除东莞的桂军，沿广九路左方前进，攻击广州东南。
广州的桂系坐困釜底，不得已遂于10月24日宣布取销军政府，岑春煊、陆荣廷、林葆怿、温宗尧等通电解除政务总裁职务。
桂系统治广东的局面到此结束，附庸桂系的政客集团也同归消灭。林葆怿本来是随程璧光一同南下护法的，随后受桂系的引诱，投奔桂系，现在桂系崩溃，林葆怿竟通电与北方海军联合。
25日粤军第一军攻克石龙，桂军向增城、东莞退却。
博罗、石龙相继落入粤军之手，广州已无险可守，26日莫荣新率领残军于逃出广州前，发出通电声称把广东交还北京政府，同时取消西南自主，公然向北方投降。林葆怿、沈鸿英也潜逃无踪。
27日粤军进入广州。许崇智设军部于广州市内的潮州会馆。
在东江的桂军残部由马济率领，绕道北江回桂，与此同时，黄明堂收复钦廉地区，黄大伟收复高雷地区，邓本殷收复琼崖地区，至此，全粤遂次第光复。
北方因岑陆等宣布投降，遂颁南北统一之令，孙中山与唐绍仪、伍廷芳、唐继尧正式宣言军政府依然存在，西南护法，非为个人权利，北方如果有谋和诚意，唯有在和会中谋取解决途径。
11月1日陈炯明抵广州。
11月10日孙中山在上海的军政府办事处下令任命陈炯明为广东省长，兼粤军总司令，统一军政，并取消督军名义。这时候因为独断自专的桂系既已完全撤出广东，孙所领导的军政府本拟移驻云南的计划遂告打消，仍迁回广州。
蒋中正这时在粤军中，深感陈炯明处处有私心，因此于11月6日由香港搭轮去上海，行前留书给粤军总司令陈炯明，指责他改变战略。原来陈炯明包藏私心，置西江要地肇庆于不顾，反以中央军派遣北江，名为掩护右翼军回攻四会，事实上右翼军既进至北江，攻克清远，除直上韶关，肃清北江任务外，自不必折回四会，再完成西江任务之理。因此蒋认为陈炯明有私心，乃毅然求去。12日抵上海即晋谒孙中山，报告广东情形，第二天再谒孙中山，这时孙得到粤军第二军军长许崇智的来电，亦愤陈炯明所行所为，欲弃粤来沪。
但是，孙中山认为可以感化陈炯明，同时不应放弃以广东为革命基地的打算。于是25日孙率伍廷芳、唐绍仪由上海动身赴广东，国会议员已至上海的亦相继动身去粤。
25日，粤军攻克肇庆、梧州等地，肃清西江。陆荣廷最初扬言宁失广西，断不失广东，可是现在桂军形势逼迫，唯有全部退出粤境。
桂系既已投靠北京政府，北京方面对陆荣廷不能不加以安置，于是特派陆荣廷督办粤边防务，并任命谭浩明为广西督军。
29日，孙中山和伍廷芳、唐绍仪抵广州，通电重新召开军政府政务会议。以广州观音山旧督署为军政府所在。唐绍仪嫌府址不够壮丽，移住亚洲酒店，伍廷芳兼外交部长驻观音山军政府内，孙则下榻粤秀楼。
军政府恢复后，12月1日发表各部部长，内政部长由孙中山自兼，财政部长唐绍仪，交通部长唐继尧，陆军部长陈炯明，外交部长伍廷芳，司法部长徐谦，参谋部长李烈钧，秘书厅长马君武。唐继尧在云南，不能来粤，因此交通部长由王伯群代理，参谋部长李烈钧率军在外，亦以次长蒋尊簋暂代部务。
同时将所有粤军重新整编：
总司令，陈炯明
参谋长，邓铿
第一军军长陈炯明兼
第一师邓铿兼
第二师洪兆麟
第三师魏邦平
独立旅六个，旅长分别为：邓本殷、翁式亮、杨坤如、陈炯光、熊略、李炳荣。
五路司令：李福林、仲景堂、黄大伟、罗绍雄、黄明堂。
第二军军长许崇智
参谋长蒋中正
辖四个旅：吴忠信、蒋国斌、谢文炳、关国雄。
这里重点提一下邓铿的第一师，其部下的各级军官主要有旅长梁鸿楷，参谋长陈可钰，副官长李济深，以及邓演达、叶挺、张发奎、薛岳、黄镇球、蒋光鼐、钱大钧、李章达、徐景唐等一大批青年军官，后来都成为粤军中的佼佼者。
军政府虽然恢复了，实际上势力仅及广东一省，而陈炯明则心怀异志，对革命事业没有信心，渐渐沦为军阀。
民国以来，孙中山颠沛磨折，所凭借的革命基础虽然薄弱，可是革命的意志，愈战愈强，愈挫愈坚，这种革命魄力和革命抱负，真是古今中外所少见。