四、陈炯明叛变
就在孙中山专心北伐之时，陈炯明竟不顾大局，乘机叛变。
原来北伐军大有进展之时，广州却落入陈家军（当时孙中山如此称呼陈炯明嫡系军队）手中，陈的亲信叶举等不听命令，于5月8日率军回抵肇庆。10日孙电令广州卫戍司令魏帮平，非有大本营命令各军不得开进广州，然而“陈家军”对孙这道命令却置之不理。5月18日“陈家军”涌入广州，提出了“清君侧”，“除宵小”等口号，其对象是指胡汉民、廖仲恺、许崇智等。20日叶举等公开联名致电孙中山，要求复任陈炯明为广东总司令，魏邦平也在电报中列名。当时叶举部有****50余营，魏邦平兵力不能相抗，又是陈的旧部，只好附名了。
叶举等通电发出后，当时留穗的国民党员汪兆铭、马君武等乃先行驰赴惠州征求陈炯明的意见。陈对汪、马两人表示：“我为了党谊和人格起见，绝对不会反对中山先生，对于部下行动亦必负完全责任，倘有不听命令而反对中山先生者，我只有自杀以谢国人。”
汪、马由惠州回到广州，陈部的杨坤如派兵企图占据兵工厂，马君武乃赴白云山叶举总部访叶，吁请叶派兵制止，叶允下令维持，并且对马说：“总统是我们的父亲，我们做儿子的当然服从父亲，现在总统要我们率兵回防，我们两三日内一定遵令回防。”
孙中山在韶关闻知陈部种种极为愤慨。蒋中正这时在上海，5月25日曾电胡汉民、廖仲恺、许崇智等：愤陈党盘据广州，逆命作乱，力主先定粤局，巩固后方后再图北伐。
陈部既屯集广州附近，因之人心皇皇，广州一夕数惊，叶举部按日向财政部滋闹索饷，财政部长廖仲恺因请孙中山暂时返穗镇慑，胡汉民则加劝阻，认为返穗有三害：一为回省定受包围；二如受包围消息必然中断；三如陈炯明抗命，前途不堪设想。
可是孙中山因收到汪兆铭、马君武的报告，不疑陈竟敢叛变，认为自己返穗既可镇慑，又可使北伐将士认为后方无变故，可以安心北伐。乃命胡汉民留守韶关大本营，遂于6月1日自率卫士返回广州。
在孙中山由韶关回广州之前，5月27日下令“陈炯明以陆军总长办理两广军务，所有两广军队悉归节制调遣”。陈炯明接到这道命令后不置可否，但有电报回答说：已饬叶举等回防，并以人格生命担保叶举必不发生轨外行动。
孙中山回到广州后，获悉“陈家军”在广州滋意胡为，派捐筹饷，明抢暗劫，极为震怒，打算召集叶举等当面谈话，解决军饷和移防问题。但是叶举不敢见孙，先一天离开广州到石龙去了，孙怒上加怒，曾密令海防司令陈策开炮轰击“陈家军”，又被左右劝阻作罢。
6月12日孙中山召集广州各报记者举行谈话会，表示对“陈家军”的态度，孙说：
“我北伐的目的，在于打破北方武人的专制，不料广东军人武武相护，反对北伐。陈竞存（炯明）本人出身秀才，他反对北伐可能是由于政见不同，他的部下反对北伐，却是为了拥护武力。我出兵八月没有获得进展，问题在于武人专制，在后方掣我的肘。我改道江西北伐，是由于湘赵（指赵恒惕）表示服从，成为我们的友军，所以取道湖南，我们必须走到岳州才能遇见敌人，出兵江西，则走出广东一步就可以遇到敌人。不料陈竟疑心改道是为了要对付他们。我由广西回到广州后，北伐军乘车向北江出发，陈竟存才知道我并无不利于他的企图。但是陈家军由南宁开回，在浔州举行秘密会议，歃血为盟，他们一定要恢复陈总司令的职权，否则誓不罢休。他们经过肇庆、三水、河口开到广州，其兵力共有六十营，这时，北伐军义愤填膺地请求我回师平乱，我劝他们按照原定计划继续北伐，后方问题由我负责处理。我回到广州已有十多天，而陈竞存和他和部下没有一个人前来见我，却用兵力威胁，向我索讨军饷。他们口口声声说我不应当罢免他们的总司令。各位都知道，废督裁兵是我回到广东定下的大政方针，总司令是变相的督军，陈竞存没有反对裁撤总司令的任何理由，何况总统有用人行政之权，任何人都不应反对。我今天委曲求全，派陈竞存以陆军总长兼办两广军务，算是仁至义尽。而陈系军人却继续张牙舞爪，我回广州如果自己没有把握，决不会投入陈系六十营军队的大包围中。我为了保全广州秩序，今天特请舆论界来讲讲道理，希望你们在十天内将陈系军人不法行为尽量揭露，告诫他们全部移驻广州城外三十里，听候宽大处置，否则我一定顺从民意，加以驱逐。有人叫我孙大炮，我以前用炮打过莫荣新，今天将以同样的大炮去打这些不听命令，目无法纪的陈家将！”
1922年6月13日，陈炯明的部队在广州白云山一带宣布戒严。叶举等纷纷由东江回到广州。14日陈系的人在叶举的总指挥部举行秘密会议。15日孙中山派往惠州迎接陈炯明的廖仲恺在石龙被扣，局势陷入了最紧张危急的关头。
6月15日夜10时，孙中山在总统府内批阅公文，忽然有一通电话来报告情况，据称今夜粤军将有行动，务请总统离开总统府。由于这是一通匿名电话，孙中山认为是谣言或陈系军人故意威胁，所以不予采信。到了午夜12时后，秘书林直勉、参军林树巍前后奔来总统府报告，据云今夜消息险恶，请总统离府暂避。孙不肯，认为陈炯明虽然恶劣，总不至于敢冒天下之大恶而叛变，即使有不轨打算，其部下皆与我久共患难，素有感情，且不乏明理之人，未必助纣为虐，受其愚弄。但林直勉认为粤军蛮横，不可以常理度之，如果真不利于总统，将如之何？孙说：“我在广州之警卫军既然已经全部撤赴韶关，即表示对陈无敌意，陈果不利于我，亦不必出之叛变，如真明目张胆，作乱谋叛，则为叛徒贼子，人人得而诛之。我身为总统，不能不重职守，如果临时退缩，屈服于暴力之下，岂不贻笑中外，污辱民国，轻弃人民之付托。”林等见孙中山义正词严，态度坚决，不敢强劝，乃即辞去。
林等去后，各处电话报告均谓粤军将有行动，务请总统远离，孙中山仍不信。到了午夜2时许，有一位忠于孙的陈系军官自军中潜出，到总统府密报，称粤军各营提前早餐，约定立即叛乱。并备现金20万元以为谋害孙中山的赏金，且约定事成之后各营放假三日。孙中山还是不予置信。
孙中山以诚待人，以信示天下，所以陈炯明叛变的当晚，虽然各方都奔走来告消息不稳，可是，孙中山全不置信。就在这天午夜时候，忽然响起了尖厉的号声，接着到处号声齐鸣，于是“陈家军”叛变消息证实了，这时已是午夜3时多。孙中山左右力劝孙中山暂离公府以避叛军。虽在这紧急当口，孙中山却是临危不乱，镇定异常，以坚决的口吻对左右说：“竞存果然谋逆作乱，则戡乱平逆正是我的责任，我怎可放弃职守，逃避责任。万一力不从心，只有一死殉国，以谢国民。”秘书林直勉、参军林树巍等见孙很固执，乃用手强挽孙中山出离总统府。
这时，总统府附近已由粤军布哨，不能自由通行，林直勉等曾被叛军步哨盘诘了好几次，都侥幸通过。行至财政厅门前，遇叛军大队由东而来，众人因被盘问不能通过，可是孙中山却单身杂在叛军中向前行走，从容不迫，履险如夷。在深夜中，叛军看不清孙的真面目，以为是自己队伍中人，所以毫不疑心，到了永汉马路口，方才出险，便走入长堤海珠的海军总司令部。
海军总司令温树德已获知粤军叛变，现在听说总统微服抵达，真是喜出望外。孙见到温，态度依然从容，只说我们先上军舰去吧。于是温树德乃率领高级海军幕僚侍从孙同登楚豫舰，并立即召集各舰舰长前来商量应变戡乱之策。
广州市内，16日上午3时后，陈炯明的叛军已遍布全市断绝交通，并进占各机关，洪兆麟率领其部属于拂晓时围攻总统府，总统府中只有卫士50余人，在观音山粤秀楼附近防御，与叛军对抗，叛军先后十余次冲锋，都被卫队用汤姆森手提机关枪击退，死伤数目约在三四百人以上，叛军见步兵冲锋无效，乃用炮射击总统府。叛军以为孙中山还在粤秀楼，所以又用煤油浇烧粤秀楼的栈桥，杜绝出路。
保卫总统府的警卫团长陈可钰、卫士队长兼参军姚观顺守文澜阁，侍卫副官黄惠龙守正门，副官马湘守横门，副官陈喧守天桥，侦缉员陈龙韬、卫士冯俊、黄森、陈海廷、李东兴等守粤秀楼。由于众寡不敌，援绝弹尽，相持至16日上午12时，陈喧率卫队十余名由正门冲出，被击回，改装得脱；姚观顺、黄惠龙、马湘护送孙夫人，姚中弹伤腿，四人乃避入总统府后院，叛军从后院冲入，抢夺衣物，马湘、黄惠龙乘叛军抢劫之时，夹持孙夫人从第一公园小巷，往长洲要塞司令马伯麟宅寄宿。姚观顺负伤后，由卫队背负出险，陈喧等走东山总统法律顾问那文宅，由那文用美国小电船送至孙中山座舰。
总统府卫士以少敌众，苦战十余小时，伤亡三分之一，而叛军则阵亡300以上，消息传出后震动中外。孙后来颁奖卫士训词云：
“革命军的力量，是和别种军队不同的，必要能以一当十，才算合格，用几百人可以敌几千人，那才算是本事。如果不能，便是大耻辱，便不算得是革命军。观音山的卫士便是以一当百的革命军，我理想中的革命军，只有他们足以当之。这种奋斗的精神，实在不可磨灭。”
叛军是有伤害孙中山决心的，有一股叛军专门伏伺于观音山附近民房中，准备等候孙乘汽车离开粤秀楼的总统府时，即向孙座车集中攻击。他们认为孙如果出来，必然乘坐汽车，没有想到孙中山却是步行，而且夹在叛军队伍中步行出险。
16日晨外交部长伍廷芳和卫戍司令魏邦平登楚豫舰晋谒孙中山，孙令魏邦平所部集中大沙头策应海军，恢复广州，并告伍廷芳说：“今天我要率舰队击破逆军，戡平叛乱。否则中外人士一定认为我没有戡乱的能力，并且不知道我在何处。如果我潜伏黄埔，仅仅为了个人避难偷生，我将何以昭示中外？”伍廷芳表示赞同，于是辞离孙中山，径返广州，通告各国驻粤领事严守中立。
当天下午，孙中山亲率海军舰队永丰、永翔、楚豫、豫章、同安、广玉、宝璧七舰由黄埔出动，经车歪炮台，驶至白鹅潭，发炮向大沙头、白云山、沙河、观音山、五层楼等处叛军射击。下午5时，复沿长堤向东游行，沿途发炮，击毙叛军数百人，其余则闻风而逃。由于魏邦平所部旅长陈章甫受叛军运动，未能如期策应，遂失规复良机，努力白费，各舰乃经“中流砥柱”炮台驶回黄埔。
海军攻势停顿后，叛军散而复聚，乘机大抢东鬼基、东市街、小东门、社仁坊、广仁路等处。商店居民被劫一空，国会议员悉数被逐，行李被抢。
黄埔成为孙中山的行辕所在，海军势力完全归服，不过虎门要塞落入叛军手中，但长洲要塞司令马伯麟率海军陆战队与舰队成犄角，使叛军不能陈兵北江，阻碍北伐军之返旆。
陈炯明见海军完全拥护孙中山，于是便想收买海军，可是海军上下一心一德拥护孙中山，不为利诱。
6月19日孙中山以手书致北伐军李烈钧、许崇智、朱培德、彭程万、黄大伟、李福林、梁鸿楷等，令李等迅速率军回粤戡乱，中有：“坚守待援，以图海陆夹攻，歼此叛逆，以彰法典”等语。
23日孙中山由楚豫舰迁于永丰舰。外交部长兼广东省长伍廷芳以耄耋之年，痛恨陈炯明的叛变，使北伐事业功亏一篑，护法大计功败垂成，因之悲愤成疾。18日陈炯明曾有书致伍廷芳，转请孙中山下野，词极悖逆，有“非常国会擅选总统，恶例一开，乱且及于百世”。伍置之不理，病重时家人送至广州省立医院，乃以高龄劳瘁，回天无术，终于不治逝世，享年81岁，弥留时犹训其哲嗣朝枢以护法本末昭示国人，没有一字一句语及家事。这位广东新会老外交家，在清末就曾奉派出使美、日、秘鲁、墨西哥、古巴诸国。辛亥年伍在上海倡议清帝退位。护法政府成立后一直是孙中山左右最重要的一分子。
孙中山在永丰舰上闻知伍廷芳噩耗，悲悼万分，海军将士尤为哀恸，孙温语抚慰海军云：
“今日伍总长之殁，无异代我先死，亦即代诸君而死，为伍总长个人计，诚死得其所；惟元老凋谢，此后共谋国事，同德一心，恐无如伍总长其人矣。唯全军唯有奋勇杀贼，继成其志，使其瞑目于九泉之下，以尽后死者之责而已。”
陈炯明收买海军不成，乃派钟惺可持书登永丰舰，请求讲和，函云：
“大总统钧鉴：国事至此，痛心何极，炯虽下野，万难辞咎，自十六日奉到钧谕，而省变已作，挽救无及矣。连日焦思苦虑，不得其道而行。惟念十年患难相从，此心未敢丝毫有负钧座，不图兵柄现已解除，而事变之来，仍集一身，处境至此，亦云苦矣。现惟恳请开示一途，俾能遵行，庶北征部队，免至相戕，保全人道，以召天和。国难方殷，此后图报，为日正长也。”
孙中山蒙难后，即于18日密电宁波，敦促蒋中正来粤赴难，拍电用其次子纬国的名字以保密。20日。蒋中正贻书张人杰，托以后事，急速登程。25日离沪，29日抵穗，谒孙于永丰舰，谈各方情况至夜分始毕。陈炯明闻蒋中正南来，惊惶失措。汪兆铭7月1日致蒋中正书中曾云：“……陈闻兄来，面色发青，说：他在先生身边，必定出许多鬼主意。”
18日上海党员张继、杨庶堪、柏文蔚、黄复生等160人联名通电，痛责陈炯明昧于恩义，甘为叛徒，促其幡然悔悟，讨贼自效。陈炯明置之不理。
在江西前线北伐的各军，从6月20日后，即不断接获孙中山蒙难消息。23日接南雄电，知叛将翁式亮、杨坤如部已经占领韶关，追击大本营的人员，迫近始兴。文官长胡汉民已离韶关，前线总部召开军事会议，会中有两派主张：一派主张仍继续前进，先克南昌、九江，再行应付粤事；一派主张立即回粤，助孙中山平乱。27日胡汉民驰至赣州，报告广州变乱情形，军心为之激昂。当晚再开会议，许崇智、李福林、朱培德即决议旋师讨贼，议定以粤军第二军、滇军（朱培德部）、福军（李福林部）及粤军第一师（梁鸿楷）回粤，分由大庾，信丰向粤境南雄前进。其他各军则暂驻赣境，李烈钧留守赣南，以为后方屏蔽。回师行动开始，不料粤军第一师梁鸿楷抵达信丰，竟不依照原订计划，连夜向三南方面退入连平，潜归惠州，与陈炯明会合。第一师是邓铿所手创，北伐入赣后和许崇智等部共同作战，颇有战功，不料陈炯明叛变后，始而踌躇不决，继而甘心从逆，邓铿地下有知，真是死不瞑目。
梁鸿楷投逆后，胡汉民主张尾追，先肃清东江。许崇智则主张径向韶关回师，因已约定滇军为右翼，许军与福军担当正面合攻韶关，经东江至广州路远，孙中山困处兵舰上应急赴援为宜。如果径追梁军，福军独任回师之责恐力不能胜，而滇军因不知究竟，易启疑窦。
胡汉民同意许崇智主张，决定向韶关进兵。
7月2日北伐军许崇智、李福林、朱培德、黄大伟诸部皆入粤境，自南雄、始兴直指韶州，决定攻韶计划：
（一）以滇军朱培德全部由江口渡河经仁化向韶州进攻。
（二）以李福林全部沿河左岸，经周田大桥、长坝、黄浪水向韶州进攻。
（三）以第二军之许济、孙本戎、谢宣威等由火山、大塘方面向韶州进攻。
其他部队为预备队，另以第九旅黄国华部由三南方面还攻翁源。并同立誓约，约词：“三军一致，誓同生死，拥护孙大总统，平定粤省之乱，如有异心，天诛地灭。”
许崇智自南雄驰电给孙中山：
“陈逆叛变，围攻公府，令人切齿痛恨。北伐各军业已集中南雄，指日进攻韶关，誓必讨平叛逆。朱总司令所部滇军尤为奋勇，业已开拔前进，想叛军不足当其一击也。”
许崇智电报到孙中山手中时，海军方面却又有不稳的消息。
由于陈炯明倾全力收买海军，海军司令温树德为何某所挟制，态度趋于暧昧。各舰长有移往西江之意。早在6月2日，孙曾召集海军各舰长训话，说明坚守黄埔，舰队不可移动的理由：西江水浅，如各舰移往，则三大舰仍需留黄埔，如此则海军分而力弱。何况黄埔地位重要，是广州的咽喉，又有长洲要塞，其价值较西江为重要。如果大本营一离黄埔，则长洲要塞就可能守不住，广州水陆形势全入叛军之手；海军一往西江，重来广州较难，如果北伐军回粤，就无法收水陆夹攻之效，因此以不动为宜，坚持以待北伐军来援。
7月5日陈炯明再遣钟惺可登永丰舰谒孙中山，孙对钟义正词严地说：“陈炯明对我只有悔过自首，才可以言求和，因为他是犯上作乱，对乱臣贼子怎有言和可言。”
陈炯明第一次派钟惺可来求和时，是7月1日，当时魏邦平也登舰谒见孙中山，请示可否让他调解，孙责魏以大义，勉其效陆秀夫而以文天祥自待。孙说：“宋亡还有文天祥、陆秀夫，明亡亦有史可法。我们今天遭遇叛乱，如果没有文天祥、史可法，则何以对民国已死无数之同志？”钟惺可第二次登舰时，魏邦平也派人随同前来，请示愿任调停之责，其办法为：（一）****退出广州城；（二）恢复政府；（三）北伐军停止南下。
其实魏邦平所提三点，陈炯明并未答应，陈的求和只是缓兵之计，一方面向孙中山求和，一方面全力收买海军，海圻、海琛、肇和三大舰均被收买，打算径自脱离孙指挥，驶离黄埔，任由鱼珠、牛山的叛军炮台轰击其余各舰。
7月8日三大舰叛离图遁的消息经已证实，孙中山乃决心将各舰移驻长洲要塞后方之新造村一带，免被叛军封锁。
当晚11时，海圻、海琛、肇和三大舰升火起锚，离黄浦外驶，孙中山乃下令其余各舰自黄埔上驶，经海心冈驶往新造村附近，掩护长洲要塞，以防鱼珠叛军袭击。
由于海军三舰退出，战斗实力减弱，孙中山乃决心守卫长洲要塞。9日下午1时，鱼珠炮台的叛军钟景棠部渡河袭击长洲。要塞司令马伯麟部开枪应敌，叛军死伤甚众。可是海军陆战队孙祥夫部叛降****，反戈相向，引敌登陆，长洲要塞遂告失守。海上各舰在望远镜下看到，愤恨不已，即向鱼珠叛军轰击，只以距离太远不能收效。
马伯麟退出长洲要塞，即登永丰舰向孙中山请罪，孙颇予优礼，同时下令各舰集中新造西方，收容要塞溃兵。孙主张在长洲要塞失守后，惟有进攻东歪炮台，以为海军根据地。马伯麟及部分海军将领认为东歪炮台地形险隘，炮队密布，攻夺不易，就是想通过也很困难，所以大家仍主张把舰队移到西江去活动。可是孙中山坚持原意说：“我们如往西江，必须经过中山、鱼珠各炮台，何况三大叛舰驻守沙路港口，正监视我们各舰行动，就算我们能冲过中山、鱼珠，三大叛舰也会阻挡我们，到那时岂不是进退两难。所以我们唯有出击东歪炮台，驶入省河，别无他途。”各舰长在孙指示下乃鼓勇驶入省河。
10日上午2时，孙中山率领永丰、楚豫、豫章、广玉、宝壁等舰由海心冈驶至三江口，天色微明，各舰乃向东歪炮台叛军阵地试射，叛军还击，一时炮声隆隆。当时舰队炮少，叛军据有炮台形胜之地，布置既密，大炮又多，因此各舰只虽然发炮，却彷徨不敢驶进。孙慷慨对各舰下令说：“民国存亡，在此一举，今日之事，有进无退。”9时半孙先以座舰永丰舰率先前进，然后再命其他各舰随后前进，向东歪炮台猛轰。豫章舰长欧阳格最告奋勇，攻击甚为得力。不料舰队刚到炮台附近，叛军两营野炮队早已密布两冈，由四面八方发炮还击，永丰舰中了六弹，船身震荡甚剧，其余各舰亦均受伤。
孙中山在枪林弹雨中立于永丰舰的甲板上指挥若定。谢心准请孙入舱，孙不理，亲自指挥舰上炮手开炮，舰上有多人受伤仆甲板上，血迹殷然，孙亲扶伤者下舱，态度镇定而从容。
7月10日孙中山率各舰冒枪林弹雨直入白鹅潭。永翔、同安二舰亦随从来归。当时广州税务司夏竹和英商惠尔来谒，夏竹先问：“总统是否来此避难？”孙说：“这是中国领土，我当然可以自由往来，你怎么可以说我是避难？”夏说：“只因白鹅潭是通商港口，接近沙面，万一战事发生，恐怕牵及外国兵舰。不如请总统离粤，以使广州商业不受影响。”孙听了大为生气，不过没有流露出来，只是庄严地说：“这话不是你所应该说的，我生平只知道公理和正义，不畏强权，不服暴力，决不怕无理的干涉。”夏竹为之悚然。英商惠尔在旁听了肃然起敬说：“总统真是中国的伟人，谁说中国没有人才，我今天亲见总统的大无畏精神，令人无限景仰。”两人乃告辞而去。
接着海军部长汤廷光来函，请求孙中山停战，自己愿负调停之责。孙乃立即复了一信云：“专制时代君主尚能死社稷，今日共和国家，总统死民国分所应尔。如叛徒果有悔过之心，则和平解决，吾亦所愿也。”第二天孙正在慰劳海军将士，忽接汤廷光送来议和条件，完全以敌体相待，并限于第二天12点为答复期限。孙看了勃然震怒，即令秘书起草答复，信内有云：“叶逆等如无悔过痛改之诚意，即如来函所云，准以明日十二时为限可也。”
19日孙中山再督军舰猛攻前山炮台，予叛军以打击。
这时，由于孙所率军舰驻节白鹅潭后，与外人之战舰鳞次栉比。陈炯明、叶举等有投鼠忌器，势难炮击，生怕发炮不慎波及外人，惹出交涉。可是谋害孙之心并没有稍戢，曾暗中和桂系周天禄商量，周天禄主张以水雷去袭击孙的座舰，叶举乃许周天禄，如果奇袭成功的话，即任命周为水警厅厅长。周于是赴广南船澳和他的同事徐直等制造水雷，并教授徐直以施放水雷之法。于是徐直率同事三人携同水雷，自驾小轮潜向白鹅潭进发，迨放置水雷后即遄返广南船澳向周天禄复命，大家以为计时可以成功，于是置酒猜拳，兴高彩烈，以为永丰舰必被炸为齑粉。
19日10时，白鹅潭海面隆然一声，水花怒放，可惜这个水雷系用白铁火水罐，内贮炸药15磅，炸力微弱，又值潮水涨满，永丰舰移动，距爆炸处远，故未击中，徐直等复乘小轮往观动静，见永丰舰无恙，相顾失色，正拟转舵图脱，为乘电船来追之水兵捕获，查出真相。由于白鹅潭内有英、美、日军舰，叛军乱放水雷足以威胁外舰安全，故各国领事向叛军提出抗议，叛军这项行动乃告中止。
7月9日，北伐军先头部队与叛军开始接触，展开激战。10日三路北伐军均与叛军接触。叛军自占领韶关后，前进部队仅至大桥为止。以韶关及芙蓉山，帽子峰及河东莲花山一带高山之险要形势为防线，修筑坚固工事，布满铁丝网，以抗回师的北伐军。双方接触后，右翼滇军占领白虎坳、黄冈岭、鸡公岭等要地，迫近韶关外之帽子峰；中路李福林部迫近流塘、下长坝一带，向高地之****施行攻击；左翼许崇智部孙旅迫近东锡窟前背一带。
许崇智部第九旅黄国华及何梓林两部，连占鲁溪、坝子圩等处，19日占领狮子岭及翁源城。叛军方面急调援军支持，因有粤汉路运输之便，增授迅速，而北伐军则水陆交通均形不便，翁源失守。20日许军张民达苦战再度收复翁源，但又失守。24日黄大伟部集中始兴，到达翁源前线，三度攻克翁源。火山方面战事亦极激烈，北伐军久战疲劳，前线颇有动摇之势，许崇智亲自进驻火山。24日北伐军猛烈攻击，大破叛军，叛军全线向大塘韶关方面总退却。北伐军乘势追击。27日许部左翼进占莲花山阵地向韶关车站猛攻，陆旅向马坝方面进攻，另一支进占大塘、羌在街之线。湘军第七混成旅旅长陈嘉祐驰援，助攻叛军。
正当回师的北伐军节节胜利时，由赣返粤之第一师梁鸿楷部陈修爵团突投效叛军，由马坝向北伐军左翼陆旅进攻，陆旅久战兵疲，不能支持，首先退却，于是牵动全线。各部遂总退却。
29日韶关方面之北伐军失利，翁源方面亦被叛军击破，全线摇动。湘军陈嘉祐所部三旅，一旅在火山，其余两旅在周田、仁化尚未加入阵线，亦连带退却。30日各军退至始兴县属之江口，才收容部队，重加整顿。叛军追击至长冈、水南、水口等处。北伐军获知翁源方面亦告失败，于是自江口退却。8月3日退至赣边的南雄，第九旅黄部退至虔南，赣军赖世璜部退至信丰，李明扬部退大庾，李福林部一支退仁化，一支退南雄，滇军朱培德部、湘军陈嘉祐部因为河川阻隔退南雄不易，向湘桂边境退却。当时李烈钧在南雄，主张各军全部退桂林，许崇智则因为在福建有延平王永泉的关系，以及多年和福建的历史，主张退福建。结果分道扬镳，许崇智军、李福林军及黄大伟部偕同退福建，李烈钧之赣军、朱培德之滇军、陈嘉祐之湘军退往湘边，李烈钧则赴上海养病。
8月4日南雄为叛军所占，6日北伐军退至龙南、会昌、瑞金，转出福建。
回师讨逆的北伐军全盘失败后，对于在白鹅潭坚守待援的孙中山自然是一个严重的消息，因为这表示守株“无兔”了。孙中山在永丰舰上维系军心可资号召的希望断绝了。因此随侍孙左右的人都劝他速离广州，别谋发展，而最重要的事是如何安置那些前线军队。孙认为一定要得到前方准确的情报，内心始安。
8月9日得悉陈炯明又有攻袭孙中山座舰的计划，专攻永丰舰，并贿买海军将士保持中立，还有一个阴谋是收买某一舰长，伪为抵抗，向沙面的外人住宅区发炮，这一来当然引起了国际交涉，嫁祸于孙。由于这些情报，大家认为孙不能再居永丰舰，使自己目标如此暴露。孙说：“我们可以派人通知各国领事，促请他们自卫，并且注意这些阴谋。郑重告诉他们如果有这种行动，当由陈炯明负责。”
这时，南雄失守的消息传到座舰，孙中山乃召集各舰舰长及重要干部会议，大家认为：赣南失陷，南雄不保，前方腹背受敌，战局当然恶化。总统株守省河，有害无益，还是离开这个困窘之地，别图发展为上策。
孙接纳了大家的建议，决定离开广东去上海。派人通知各国领事。原订计划是乘搭商轮，但英国领事表示可派炮舰摩汉号护送去香港，乃改乘英舰。
8月9日下午3时45分，孙中山率蒋中正、陈策、黄惠龙等由永丰舰登英炮舰摩汉号，舰队善后事宜委托秘书林直勉、参军李章达代办，加发所有官兵一月薪饷。
孙中山在英炮舰上与幕僚人员讲述外交上应取的态度。当日下午4时摩汉号由广州启航，7时出虎门要塞。孙对左右感慨地说：“真没有想到我和各位能够脱险，还能到今天。今后只要一息尚存，此志不懈，民国责任仍在吾人身上，不可轻弃以负初心。”这天晚上孙意气自若，与幕僚纵谈时局至深夜2时才就寝。
8月10日上午6时抵香港，即转搭俄国皇后号邮船去上海，香港政府派员照料一切。留港的国民党员古应芬、谢持、汪兆铭、刘纪文等都登轮晋谒。正午12时邮船由香港启碇出口驶沪。在邮船上孙中山曾纠正外人对广州事变的影响，因外传陈炯明叛变为“革命”，孙说：“革命与叛逆之名相反，革命为一庄严宝贵之名词，革命有革命之主义，革命之精神与道德，法国革命之主义在自由，美国革命之主义在独立，中国之革命在求实行三民主义。陈炯明此次叛乱，纵兵扰民，为祸国家，恰与革命之精神与道德成一反比例，而其主义则在盘踞与割据以逞一己之私，这不是革命而是叛逆。叛臣贼子，人人得而诛之，不能任其鱼目混珠也。”
8月14日上午，俄国皇后号邮轮驶抵上海，孙中山在吴淞登陆，上海各团体代表鹄候岸边欢迎者约数千人，极为热烈。下午孙即召集同志讨论国会与时局各问题。
15日孙中山发表护法宣言，全文如下：
“六年以来，国内战争，为护法与非法之争。文不忍艰难创造之民国，隳于非法者之手，倡率同志，奋斗不息。中间变故迭起，护法事业，蹉跎数载，未有成就，而民国政府，遂以虚悬。国会知非行权无以济变，故开非常会议，以建立政府之大任，属之于文。文为贯彻护法计，受而不辞。就职以来，激励将士，出师北向，以与非法者战。最近数月，赣中告捷，军势远振，而北军将士，复于此时为尊重护法之表示，文以为北军将士有此表示，则可使分崩离析之局，归于统一，故有六月六日之宣言，愿与北军将士提携，以谋统一之进行。不图六月十六日，护法首都，突遭兵变，政府毁于炮火，国会遂以流离，出征诸军，远在赣中，文仅率军舰，仓卒应变，而陆地为变兵所据，四面环攻，益以炮垒水雷，进袭不已。文受国会付托之重，护法责任，系于一身，决不屈暴力，以失所守。故冒险犯难，孤力坚持，至于两月之久，变兵卒不得逞。而军舰力竭，株守省河，于事无济，故以靖乱之任，付之各处援师，而自来上海，与国人共谋统一之进行。回念两月以来，文武将佐，相从患难，死伤枕藉。故外交总长伍廷芳，为国元老，忧劳之余，竟以身殉，尤深怆恻！文之不德，统驭无方，以至变生肘腋，咎无可辞。自兵变以后，已不能行使职权，当向国会辞职，而国会流离颠沛之余，未能集会，无从提出。至于此次兵变，文实不知其所由起。据兵变主谋陈炯明及诸从乱者所称说，其辞皆支离不可究诘。谓护法告成，文当下野耶？六月六日文对于统一计划，已有宣言，为天下所共见。文受国会付托之重，虽北军将士有尊重护法之表示，犹必当审察其是非与诚伪，为国家谋长治久安之道，岂有率尔弃职而去之理？陈炯明于政府中为内务总长，陆军总长，至兵变时，犹为陆军总长，果有请文下野之意，何妨建议，建议无效，与文脱离，犹将谅之。乃兵变以前，默无所言，事后始为此说，其为饰词，肺肝如见。按当日事实，陈炯明于六月十五日，已出次石龙，嗾使第二师于昏夜发难，枪击不已，继以发炮，继以纵火，务使政府成为煨烬，而置文于死地。盖第二师士兵，皆为湘籍，其所深疾，果使谋杀事成，即将归罪，以自掩其谋，而兼去其患。乃文能出险，不如所期。始造为请文下野之言。观其于文在军舰时，所上手书，称大总统如故，可证其欲盖弥彰已！谓陈炯明以免职而修怨，叶举等以饬回防地而谋生变耶？无论以怨望而谋不轨、皆为法所不容，即以事实言之，文于昨年十月，率师次于桂林，属陈炯明以后方接济之任。陈炯明不惟断绝接济，且从而阻挠。文待至四月之杪，始不得已改道出师，于陈炯明呈请辞职之时，犹念其前劳，不忍暴其罪状，仍留陆军总长之任，慰勉有加，待之岂云过苛？叶举等所部，已指定肇、阳、罗、高、雷、钦、廉，梧州、郁林一带为其防地，乃辄率所部，进驻省垣，骚扰万状。前敌军心，因以摇动，饬之回防，讵云激变？可知凡此种种，亦非本怀，徒以平日处心积虑，惟知割据以便私图，于国事非其所恤，故始而阻挠出师，终而阴谋盘据，不惜倒行逆施，以求一逞。诚所谓苟患失之，无所不至者。且即使陈炯明之对于文积不能平，至于倒戈，则所欲得而甘心者，文一人之生命而已，而人民何与？乃自六月十六日以后，纵兵淫掠，使广州省会人民之生命财产，悉受蹂躏，至今不戢。且纵其凶锋，及于北江各处，近省各县，所至洗劫一空。人民何辜，遭此荼毒！言之痛心。向来不法军队，于攻城得地之后，为暴于一时，已犯天下之大不韪。今则肆虐亘于两月。护法以来，各省虽有因不幸而遭兵燹，未有如广东今日所处之酷者。北军之加兵于西南，军纪虽驰，有时犹识忌惮。龙济光、陆荣廷驻军广东，虽尝以骚扰失民心，犹未敢公然纵掠。而此次变兵，则悍然为之。闻其致此之由，以主谋者诱兵为变时，兵怵于乱贼之名，惮不敢应。主谋者窘迫无术，乃以事成纵掠为条件，兵始从之为乱。似此煽扬凶德，汨没人道，文偶闻野蛮部落为此等事，犹深恶而痛绝之；不图为此者，即出于同国之人，且出于统率之军队，可胜愤慨！文夙以陈炯明久附同志，愿为国事驰驱，故以军事全权付托。今者甘心作乱，纵兵殃民，一至于此。文之任用非人，诚不能辞国人之责备者也。此次兵变，主谋及诸从乱者所为，不惟自绝于民国，且自绝于人类，为国法计，固当诛此罪人；为人道计，亦当去此蟊贼。凡有血气，当群起以攻，绝其根本，勿使滋蔓。否则流毒所播，效尤踵起，国事愈不可为矣。以上所述，为广州兵变始末。至于国事，则护法问题当以合法国会自由集会，行使职权为达到目的，如此则非常之局自当收束。继此以往，当为民国谋长治久安之道。文于六月六日宣言中所陈工兵计划，自信为救时良药，其他如国民经济问题，则当发展实业，以厚民生，务使家给户足，使得休养生息于竞争之世。如政治问题则当尊重自治，以发舒民力。惟自治者全国人民共有共治共享之谓，非军阀托自治之名，阴行割据所得而借口。凡此荦荦诸端，皆建国之最大方略，文当悉其能力以求贯彻。自维奔走革命卅余年，创立民国，实所躬亲。今当本此资格，以为民国尽力。凡忠于民国者，则引为友，不忠于民国者，则引为敌。义之所在，并力以赴。危难非所顾，威力非所畏，务完成中华民国之建设，俾国民皆蒙福利，责任始尽。耿耿此诚，惟国人共鉴之。”