招兵还是比较顺利的。下一步就是军队应该接受什么样的训练，实际上也就是说在招完兵后，如何招将的问题。马基雅维里在这一方面，也显示了他的不同寻常之处。他不以人们通常所看中的人品道德作为选择国民自卫军首领的标准，而是是否具有统帅、组织训练士兵的能力、是否善于择兵打仗作为择将的标准。经过严格的挑选，他最终选定曾经为切萨雷·博几亚效力而在当时却以凶残著名的西班牙人唐·韦凯莱托作为首领，并负责国民自卫军训练事宜，这充分反映了他轻伦理道德重“能力”的非道德主义思想。
他的这一种做法当然引来了一些责难。但是最能说明问题的当然是这支军队的战斗能力了。随后而来的新军训练有素的事实，很快促使这些指责和非难烟消云散。从1507年起，马基雅维里一面倾全部精力和时间于新国民军的组织工作。一面亲率新军三营参与围攻比萨的战争，凭借新军的顽强围攻和英勇战斗，最后使比萨开城投降。1509年6月8日，他率军进入比萨城，比萨被重新置于佛罗伦萨的控制下。至此，佛罗伦萨与比萨十余年来的不断纷争遂告结束。佛罗伦萨臣民在举国欢庆胜利的同时，也纷纷把赞颂的目光投向这场胜利的组织者马基雅维里及其所领导的国民自卫军。
面对纷纷而来的赞扬声，头脑冷静的马基雅维里并没有飘飘然而置国民军的建设于不顾，他清楚地意识到，佛罗伦萨正处于法国同西班牙、教廷等组成的神圣同盟尖锐对立的关节点上，行为稍有不慎，都会因开罪一方而受到致命的打击。于是，他一方面利用再度出使法、德、瑞之机，进一步对这些国家的军事制度的优劣进行深入细致的考察；一方面为加强防务，继续推行军制改革，完善国民自卫军的组建工作。1512年3月23日，在他的不懈努力下，佛罗伦萨共和国政府又通过了完善国民自卫军军需制度的《骑兵军需条例》。其时正值教皇朱利奥与西班牙神圣同盟军队联合与法国作战，西班牙的军队开进意大利后，首先挡住了法国军队向教皇的进攻，把法军赶出了米兰，然后再回军佛罗伦萨。马基雅维里在神圣同盟大军压境的险恶形势下，仍然巧妙地动员了12000名国民自卫军进行保卫佛罗伦萨的战斗，只是由于当时美第奇家族企图东山再起，用金钱贿赂联盟军，取得了西班牙和教皇的支持，在敌强我弱的情况下，这些军队才于1512年在普拉托被神圣同盟军击溃。
佛罗伦萨国民自卫军从组建到伴随共和国的瓦解而失败，虽然只存在了短短7年的时间，但是马基雅维里创建国民自卫军的意义不可低估。国民自卫军作为意大利各城邦第一支由自己的公民组建的武装，不仅在捍卫佛罗伦萨的独立和自由方面，起到了外国雇佣军不可替代的作用，而且为意大利其他城邦组建自己的武装力量提供了样板，这客观上有助于意大利统一武装力量的形成，促进意大利的统一。尤其值得一提的是，马基雅维里所进行军制改革和创建国民自卫军的实践，使他对各种类型的军队有了进一步的认识，更加强化了他的公民军优于雇佣军以及其他军队的思想。马基雅维里作为主管佛罗伦萨共和政府军事和外交的行政官员，长期的军事外交活动和对意大利历史以及现实的深刻的认识，使他深深感到军队对国家强大、民族独立的至关重要性。因此无论在他的政治著作《君主论》中，还是在他的军事著作《战争的艺术》中，军队始终是他着力论述的一个重要的内容。在这些著作中，他曾经以相当大的篇幅论述当时各类军队的优劣，这些论述不仅精辟独到而且深刻地反映了他的良好的军队是国家之根本的思想。
综上所述，马基雅维里从实现国家统一的最高目标出发，基于雇佣军危害国家统一与安全，而国民自卫军则有利于国家统一与安全之客观事实，在西方军事史上第一次进行了创建近代国民自卫军的改革尝试，从而成了“倡导成立现代国家军队的先驱”。他在其著作，尤其在《战争的艺术》一书中对雇佣军和公民军优劣所作之精辟分析和论述，不仅激励着意大利人民去完成他最终未完成的创建国民自卫军的遗愿，实现他对公民军理想的执著追求，而且也使他赢得了“军事学者”和“第一个值得一提的近代军事著作家”的称号。
二、以战争制止战争
1. 战争是正义的，武器是神圣的
战争作为解决阶级和阶级、民族和民族、国家和国家、政治集团和政治集团之间的矛盾的一种最高斗争形式，自它伴随着人类文明社会产生以来，便成了政治学家、军事学家和历史学家探讨的永恒主题。处于意大利文艺复兴大变革时代、力主统一的杰出的人文主义政治家、军事家马基雅维里，面对四分五裂的意大利现状及连绵不断的战争，不能不表示极大的关注。由于每一个人文主义者受基督教道德影响的程度不同，由此形成了在战争问题上对立的派别，产生了截然不同的战争观。
对于基督教人文主义者发出的反对一切战争的口号，第一个站出来持反对态度的人文主义者不是别人，而正是非道德政治学家马基雅维里。他认为，世界上有两种斗争方法，一种方法是“运用法律”，另一种方法是“运用武力”。如果一个君主“为了确保他的新王国领土安全免遭敌人侵害”，就有必要“依靠武力”制胜。他认为战争有正义与非正义之分，“对于必须战争的人们来说，战争是正义的”。他为正义战争辩护说，伟大的正义是属于我们的，“当除了拿起武器以外就毫无希望时，武器是神圣的”。他不赞同基督教人文主义者“以和平、忍让和对上帝依赖来制止战争”的观点，主张以暴力制止暴力，以战争制止战争。
在战争的价值上，在马基雅维里看来，罗马人之所以能建立一个庞大的帝国，上升到“极度强盛”和“拥有巨大权力”的辉煌地位，就在于它不断发动扩张和征服战争。他在《史论》中以“战争是获取利益的战斗”为题论述了战争的价值。他认为，如果一个国家像罗马共和国那样进行时间短而规模巨大的战争，不仅会维护一个国家内部的政治和平与自由，还会“成功地获得比其他国家更大的荣誉和权力”。在《君主论》最后一章，他甚至引用诗人彼特拉克（Francesco Petrarca，1304~1374，意大利诗人、人文主义者。与但丁、薄伽丘同为十四世纪三大作家。以鼓吹古典文化、提倡人文主义被视为欧洲人文主义之父）的诗句，号召意大利人民拿起武器，进行一场“反暴虐”驱“蛮族”的伟大正义的战争。
决定战争胜负的主要因素是什么？文艺复兴时期的人文主义者也各持异议。有的认为，一个国家财富的多少决定着战争的胜负；有的认为，决定战争胜负的主要因素是新兴的军事力量炮兵；马基雅维里对上述观点都不赞同。他认为，那种把财富视为“战争的主要支柱”的看法是错误的，因为“战争是用钢铁而不是用黄金进行的”。他用富裕的威尼斯依赖金钱进行战争最终失败的事实来论证自己的观点。他说：“几年前，威尼斯人积聚了大量金钱，但由于他们没有用这些金钱来购买钢铁制作武器，结果失去了他们的国家。”在批驳了财富制胜的观点后，他接着又对战争全靠炮兵取胜的论点进行了批驳。他认为，枪炮固然对战争非常重要，他甚至同意，“如果古罗马时代有枪炮的话，罗马人会更迅速地取得他们的成就”，但他并不认为用先进的武器——大炮装备起来的炮兵是决定战争胜负的决定性因素。因为在他看来，炮兵不可能战胜具有良好美德的军队。由此，他得出结论，唯有具备美德的军队才是决定战争胜负的主要因素。
2. 把美德灌输到军队中去
马基雅维里虽然认定由本国公民组成的军队较外国雇佣军、外国援军和混合军优越，但他并不认为一支组织紊乱、毫无“美德”的军队是良好的军队。而要想建立一支既组织良好又具有“美德”的军队，必须在军队组织建设和思想建设上下工夫。
在他看来，组建军队是军事建设极其重要的一环，因为一个国家唯有按照一定的制度组建起军队，这个国家才有军队建设可言，否则军队建设只是纸上谈兵。从总体看，马基雅维里非常注重军队的组织建设，这不仅表现于他在1506年和1507年把大部分时间花在了新国民军组织工作的实践上，而且表现在他提出了一套关于军队组织建设的理论。这套理论涉及到军队的构成、建制、军官的配制与将领的选择等方面。
关于军队的组织建设，马基雅维里在其《论佛罗伦萨国民军队组织化》一文中作了系统论述。他认为军队最好是由爱国的本国城乡公民组成，步兵行军作战比较艰苦，可以在能吃苦耐劳的乡村居民中招募，骑兵则限于在佛罗伦萨市市民中招募。鉴于法王路易十一废除步兵只保留骑兵，结果导致法国军事力量削弱之教训，他主张一个国家既要维持一定数量的步兵作常备军，也要拥有一定数量的骑兵。一个国家的军队只有按骑兵和步兵相结合的形式组建起来，才能进可以攻，退可以守。对于军官的配制，他主张每20名军人设军官一人，而这些军官必须是佛罗伦萨市民而非农村居民。在军队组织建设中，马基雅维里最重视将领的选拔，他把是否具有组织训练好军队、是否具有指挥打胜仗的能力，作为选拔将领的唯一尺度。他认为，一个称职的将领应该像古罗马将军那样，除了具有“小心”、“深谋远虑”和“伟大的勇气”三种必备素质外，最重要的是要有“管理和控制军队的优秀方法”。他主张明确规定军事将领的任职期限和权力范围，反对军事将领终身任职和拥有军事以外的权力。因为在他看来，军队将领任职如无期限或权力过大，就会“获得军队的支持并把它变为自己的党徒”，结果导致“政治制度平衡遭到破坏，暴君专制随之兴起，政治自由受到损害”。
军队的组织建设固然对造就一支强大的军队至关重要，但马基雅维里认为，如果一个政府不注重军队的思想建设，也不可能建立起一支真正强大的军队，因此，他非常注重军队的思想建设。马基雅维里笔下的军队思想建设，其中心内容是向军队灌输“美德”，即培养军队士兵为保卫祖国的自由而把个人的安全和利益置之度外的勇敢和大公无私的爱国精神。他认为，对一个君主来说，最危险的是全然不了解美德在军事上就像在城邦内政事务上一样，其重要性高于一切。因为一则“战争是用钢铁而不是用黄金进行的”，所以战斗中更需要胆略勇气；二则战争是为保卫祖国的自由和安全而战，这就要求士兵具有大公无私的美德和忠于国家的爱国精神。他之所以对外国军队和雇佣军不感兴趣，主要原因在于他认为这些军队“由自私的动机所推动”，其真实企图是“打倒雇佣它作战的政府”。
他在军队美德高于一切的思想观念支配下，批驳了在军事上的两种错误观点：一是批驳了那种只依据财富去衡量敌人而不依据胆略和勇气去衡量对手的观点；二是批驳了认为“战争最后只是靠炮兵而已”的观点。他虽然承认炮兵在作战中具有重大作用，甚至同意“如果古罗马时代有枪炮的话，罗马人会更迅速地获得他们的成就”的观点，但他坚持认为，炮兵“尽管在一支与古代的美德相结合的军队里是有用的，但在反对一支有美德的军队时，它仍然是无用的”。既然培养军队的美德如此重要，那么如何将美德输入到军队中去呢？他在《战争的艺术》第四卷作了较为详细的论述。他认为，强制人们按符合美德的行为方式行事最灵验的方法，是威吓他们不敢另作选择。一个君主应该像汉尼拔将军那样，强行把美德灌输到军队中去，从而使士兵“在最惊险的战斗中表现出最大的活力和勇气”。
3. 以攻为守，最大限度地消灭敌人
在马基雅维里看来，要想驱逐外族，把意大利从蛮族的控制下解放出来，从而实现意大利统一的政治目的，还必须探讨战略战术问题。为此，他不仅在其代表作《君主论》和《史论》中，以相当的篇幅讨论属于战略范畴的“每一个国家可能使用的进攻与防守之道”，而且他还于1519年至1520年间撰写了专门论述战略战术问题的军事著作——《战争的艺术》。