儒学在董仲舒之前还只能算是一门学问，而一旦定于一尊，就成了一种“教”。教者，唯有一套凝固的模式，而少有发展与创新，比如佛教、基督教、伊斯兰教，它们的教义自诞生之日起就已明确，后人所能做的，就是诚惶诚恐地信奉。当然，为了适应时代，少量的改造也是有的，但万变不离其宗，教旨的框架与规范是怎么也突破不了的。人们之所以将儒家、儒学称为儒教，也在于它具有这种“万变不离其宗”的“功能”。
董仲舒对儒家的功劳似有两件，一是向汉武帝提建议，另一件便是将一辈子的心血耗于春秋公羊学的研究之上，并用它对儒家的学说加以改造。孔子的第一次改造使得原始儒学成为世俗儒学，而董仲舒的第二次大的改造则更是使它由早期的形而上“沦落”为统治者的一门地地道道的“驭民”工具--政治儒教。
董仲舒改造后的政治儒教影响了汉代及以后的政治、伦理、文化、经济等方方面面的内容，改变了我们脚下这块赖以生存的土壤，在此不得不略加阐述：
一、天人感应。这是董仲舒以阴阳五行原理为基础构建的一套宇宙模式论，他认为，天地之间充满着阴阳和五行之气，人生活在地面，与天隔着一层气，气是天和人的中介，人与天正是通过阴阳与五行之气进行精神层面的交流，相互感应，息息相通。天有所变，人有所感，只要细心体会，就不难发现两者之间的对应关系。由此看来，若说董仲舒改造后的儒家没有形而上的思辨色彩，似乎多少有点冤枉了他。只是他的这种宇宙论模式完全是为政治服务的，比如他将天人感应、阴阳相克用于求雨止雨，以《春秋》推导灾异之变。发展到后来，经学中的神学因素与谶讳迷信相结合，成为两汉之际的一股思想浊流。这种与宗教巫术类似的畸变思想，其实质就是一种拙劣的骗术，它造成了中国文化史上极大的迷误。而始作俑者就是董仲舒，这种发展的结果恐怕是他本人也没有想到的。
二、平均主义。这与董仲舒的中和之理、阴阳平衡密切相关，他认为社会的动乱之源就是贫富不均，两极分化，因此，治乱之本就在于调整平均，缩小贫富差别。然而，他的这种平均只是经济的平均，与社会文化无关，他一再强调人们的地位应有所区别，贵贱应有不同的等级，服装应有区别的标志，朝廷应有不同的座位，民间应有尊卑老幼的顺序。如果形成规定，就有章可循，各就各位，不会竞争，更不会闹出乱子。孔子曾说过“不患寡而患不均”，而董仲舒第一次将这种思想形成具体化的措施献给帝王，成为实施的制度。于是，劫贫济富、平均主义的思想与行为一直影响至今。
三、性三品论。董仲舒将人性分为上中下三等，即所谓的圣人之性、中民之性、斗筲之性。他的三性说对后代产生了广泛的影响，逐渐演变为“天地之性”与“气质之性”，在南宋朱熹手中又变成了“天理”与“人欲”的关系。宋明理学家的“存天理，灭人欲”，便可在董仲舒身上找到清晰的发展脉络。
四、义重于利。董仲舒提出了一个他认为具有普遍意义的原理，那就是“正其谊不谋其利，明其道不计其功”。这一思想为历代儒者所推崇，朱熹曾将这两句写入《白鹿洞书院学规》之中。重义轻利，在中国古代一直占居主导地位。
五、三纲五常。董仲舒认为：“天为君而覆露之，地为臣而持载之；阳为夫而生之，阴为妇而助之；春为父而生之，夏为子而养之……王道之三纲可求于天。”后世儒家据此概括为君为臣纲，夫为妻纲，父为子纲。除仁、义之外，董仲舒还强调了智的重要，加上礼、信，便是仁、义、礼、智、信这所谓的“五常之道”。三纲五常，是其后封建宗法统治的思想主线，广大民众特别是妇女深受其“吃人”之害。
六、以《春秋》为准绳。儒学以《周易》的无所不包为源，一到孔子手中去掉形而上的内涵，再到董仲舒手里仅以《春秋》一经为标准来衡量世间一切物事：他以《春秋》中的“爱人”反对一切战争，以《春秋》之褒贬明华夷之辨，从《春秋》中体会仁义之法，以《春秋》为例裁定诉讼、判断案情，以《春秋》的用辞谨慎表达是非观念及好恶情感……一句话，《春秋》就是儒教的根本，他一辈子耗尽心血为之研究的就是春秋公羊学。董仲舒定儒家于一尊，其他诸子百家的身影便模糊了、消失了，天地也因此而局促了；他只重儒家六部经典中的一部《春秋》，使得探索的空间更为狭隘；最后又缩小到只选择、研究《春秋》三传中的其中一门公羊学，那进入的孔洞与探讨的范围实在是窄之又窄了。董仲舒匡定的这一研究模式与发展轨道无形中限制、束缚了一代又一代后人的目光与手脚。
由原始的宗教儒学而孔子的世俗儒学，再到董仲舒设立的政治儒教，儒家的视野日渐缩小、道路越走越窄。当它在宋明时期变成理学之后，就完全沦为统治者的“杀人”工具了。不知有多少仁人志士在它的束缚下空有一腔报国热情含恨而终，不知有多少妇女被那“存人理，灭人欲”的禁欲主义夺去了鲜活的青春，不知有多少生命被它奴化变成一具具没有灵魂的行尸走肉……
谁也没有想到，曾经具有健康活力，诞生于中华本土、有着合理内核的儒学，竟走向了它的反面：
一、儒教成为虚伪的象征。它的为尊者讳、为亲者讳、为贤者讳的片面观念，实际上就是在告诉人们怎样做假。一部二十五史，弄不清哪里是真，哪儿为假，让人莫明所以。儒教的一套灭绝人性的伦理道德，就连他们本人都难以做到。比如大儒朱熹曾白字黑字地写有“革尽人欲，尽复天理”之语，可据他的同僚叶绍翁揭发，朱熹不仅引诱尼姑二人为妾，还使得一名寡妇怀孕。朱熹无法抵赖，只得向皇帝谢罪说：“臣乃草茅贱士，章句腐儒，唯知伪学之传，岂识明时之用。”儒教只能空言，不能实行；只能教人，不能律己；只有幼辈道德、家庭道德与国民道德，没有长辈道德、社会道德与政府道德。
二、表面文明，实则野蛮。儒教的“男女授受不亲”，发展到后来连夫妻也不得随便亲近，特别是把妇女不当人看待，要求女性缠足，认为“饿死事小，失节事大”，不知有多少青春男女在礼教的幌子下受到戕害。世界历史表明，越文明的民族，就越为开放；儒教的特别注重礼教，隔离男女，其实仍是一种野蛮习性的残留。
三、反民主、反自由、反科学。儒教提倡贵贱尊卑的等级制，要求臣民认君王为父亲，不允许思想、行为有任何自由：“父子之道，天性也，君臣之义也。”“事君可贵可贱，可富可贫，可生可杀，而不可使为乱。”“民可使由之，不可使知之。”儒教只重人伦，鄙视科学，董仲舒在《春秋繁露·重政》中特别强调“能说鸟兽之类者，非圣人所欲说也”。孔子也是只知“其所当然”，而不知“其所以然”，反对寻根究底、认真严谨的科学态度。
四、门户之见严重。儒教看似中和、中庸，其实最讲极端，容不得别人提出半点争辩与非议，“道不同，不相为谋”。韩愈有言曰：“曾经圣人手，议论安敢到？”
五、因循守旧、思想凝固。儒教信奉的就是述而不作、信而好古，不思开拓进取，一味陶醉于往日的“荣光”之中，日益教条化，容不得半点创新与改变。徐桐曾说过：“宁可亡国，不可变法。”
有关儒教的偏激缺陷以及对国民的遗毒残害，我们还可以列举许多。董仲舒罢黜百家，定儒家于一尊，影响并决定了中国两千多年来的政治、历史、文化、教育等诸多方面的发展。民族的柔弱、虚伪的盛行、科技的落后、官员的腐败、教育的奴化……一切的一切，我们似乎都可以在这一决定民族历史命运的转折关头找到渊源与症结。
有什么样的时代就有什么样的思想，原始儒学诞生于奴隶社会，也在一定程度上适合于封建社会，因为它们同为等级社会，其基础与体制如特权、礼教、宗法、世袭、分封等大致相同，并无根本性的区别与变化。然而，时代在发展，社会在进步，如果后人仍象董仲舒说的那样“天不变，道亦不变”，一味拘囿于儒教信条，那就是我们民族的悲哀了。美国当代哲学家郝大维与汉学家安乐哲在他们合作完成的《孔子哲学思微》中写道：“孔子哲学的失败在很大程度上是创造性的失败……《论语》所反映的孔子的哲学完全不是文化的教条，但当人们被动地领会它，不向它赋予自己的意义和价值、不把它人格化时，它就成了一种文化教条了。孔子的失败，也是那些对文化传统负有责任的人的失败。他们未能自由地支配自己的创造精神，未能很好地维持这些规范来反对统治者强加的专制主义。”若论责任，儒学失败的最大责任当归于董仲舒身上，真是成也萧何，败也萧何。
蔡尚思在《中国传统思想总批判》一书中也曾阐述过类似的观点：“我并不怪孔学的不合新时代，而只怪新时代的人们的尊孔学；又不怪封建派的尊孔帝，而只怪反封建派的尊孔学。”
然而，今天仍有大量的人们对儒教抱住不放，认为它是一济救世的灵丹妙药，值得大力“弘扬”。前些时，就有不少儒教信奉者为亚洲“四小龙”的崛起而欢呼，将日本、韩国、新加坡、台湾的经济成功视为儒学复兴的象征，认定儒学是中国文化对世界文化的最大贡献，是千古不衰的永恒，是“放之四海而皆准”的普遍真理。结果儒学还没有席卷全球，却有一场金融大风暴席卷了东南亚，于是，一阵刺耳的喧嚣与鼓噪也就烟消云散了。即使“四小龙”仍然如日中天，也不是什么现代新儒学的功劳。
儒学，作为一种重要的历史文化现象，确曾不可否认地起过一定的积极作用，也存在着某些方面的价值与精华，但就其本质而言，儒教不仅束缚人们的思想，也制约着社会生产力的发展。
“因政教而成风俗，因风俗而成心理。”儒教在历代统治者的倡导与推行下，成为中华民族两千多年来的主导思想，早已积淀在民族心灵深处，成为遗传基因密码中的分子代代承传，贯注于广大民众的一言一行、一举一动之中。只要稍不留神，就有可能于不经意的一瞬间死灰复燃。如何彻底消除两千多年的儒教遗毒，与新时代同步，与普世文明接轨，真可谓“路漫漫其修远兮”，还得一番长期而艰苦的努力才行。