各种怀疑猜测、风言风语或捕风捉影一直随着历史长河的流淌流到今天，就连《资治通鉴》一书也引扬子《法言》写道：“或问：‘吕不韦其智矣乎？以人易货。’曰：‘谁谓不韦智者欤！以国易宗。吕不韦之盗，穿窬（墙）之雄乎！穿窬也者，吾见担石矣，未见雒阳也。’”文中虽无明示，但显然也将“连丧三主”视为一桩疑案。
如果说孝文王之死吕不韦有可能脱不开干系的话，那么庄襄王不仅没有对他构成威胁，反而还是一顶遮风蔽雨的保护伞。
庄襄王早年质赵，落魄邯郸，从未想过还有机会登上秦王宝座，因此自小就无什么远大志向，也就不会刻苦磨砺自己习文学武。在20多年的漫漫时光里，他除了意志消沉地泡泡茶馆、常常发呆想想心事外，不会做出什么更有意义的事情。等到他登上王位，也就不会有多大的进取，也无经天纬地之才华。秦国的发展方向、重大举措都是吕不韦一手操纵一人拍板。庄襄王好不容易达到了九五之尊的荣耀与美若霓虹的富贵，除了补偿与享受外，他可不愿为其他事情绞尽脑汁费心尽力。他的一切，包括夫人赵姬都是吕不韦给的，他与吕不韦早就绑在了同一辆“战车”之上，一荣俱荣，一损俱损，可谓荣辱与共休戚相关，他半点都不担心吕不韦会篡权夺利背叛使坏，所以也就放心大胆、放手乐意地让吕不韦独自担当那些令人伤透脑筋的国家大事。而吕不韦对他自然也是忠心耿耿地执掌着秦国的国运，当然，事情干好了是他吕不韦的功劳，干坏了可有庄襄王担当，谁也不会、也不敢拿他吕不韦问罪。吕不韦的手中，握着一柄无形的尚方宝剑，他想怎么干就可以怎么干，谁敢说上半个不字？此等风光自由，他还有必要谋杀子楚吗？
其实，体质本来就比较虚弱的庄襄王在饱食珍馐美味、怀拥百宫佳丽的极端享乐中，早就被掏空了身子。因此遇到变故，偶染疾病，就一发而不可收地走向生命的终点，也并没有什么值得大惊小怪的。
要说动机的话，吕不韦只有一种可能谋杀子楚，那就是让自己的亲儿子早日继承王位，以改变秦国嬴氏之血统。
他会为了这一抽象的理念不顾旧情匆匆忙忙地杀害庄襄王吗？对此，我们仍是无法证实，也不能证伪。由此看来，这又是吕不韦、秦国乃至中国历史上一桩不大不小的难解之谜。
公元前246年，年仅13岁的嬴政以太子身份继承王位，史称始皇帝元年。赵姬封为太后，吕不韦仍为相，除已封为文信侯外，还被尊为仲父。仲父，意即叔父，因齐桓公曾称管仲为仲父，此后，仲父也就成了君王对最亲近之重臣最为尊崇的称呼。
吕不韦虽然在当上丞相的第一天就架空了庄襄王的实权，但毕竟还有一个王者的象征高高耸立头顶，他不得不有所顾忌。而现在，子楚一死，嬴政即位，秦国的政权、军权全部落入他的手中，他想做什么就可以做什么，想怎么办就怎么办，无拘无束，成了一个典型的无冕之王。秦国军民，唯有俯首伏地，唯唯诺诺而已。
至此，吕不韦才算真正知道了权力的力量与滋味，也就不难理解为什么历代会有那么多芸芸众生拥挤在一条狭窄的小路上，为了捞个一官半职而不惜一切代价乃至奋不顾身的。据史书所载，吕不韦虽然达到了权力的峰巅，但他仍保持着清醒的头脑，并未忘乎所以做出什么丧失理智的狂悖之举。
正当他自我陶醉之时，赵姬却主动找上门来了。自从来到秦国，以赵姬的身份、吕不韦的地位及壁垒森严的王宫而言，他们必然小心翼翼，即使有过眉目传情之举，但脱衣上床的私通行为，恐怕还不曾有过。然而，子楚一死，赵姬就再也按捺不住了。庄襄王今日一个美人，明日一个宫女，对犹如一本翻烂了的旧书般的赵姬，自然用心“耕耘”的功夫就少了。也就是说，自来秦宫的三四年间，赵姬名为王后，实际上却在守活寡。这对一个还不到30岁正值性欲旺盛之年的女人来说，比处于水深火热之中还要难熬。子楚一死，赵姬就有了一种挣脱囚笼重获自由的快感，吕不韦的胆子也大了起来，他摒弃左右，寻了一个秘密所在，让赵姬痛痛快快地满足了几番。赵姬却像久盼甘霖的枯禾，雨水一洒，禾苗就返青了、旺盛了。她并不满足于几粒可怜的雨露，她要取得名正言顺的地位，与吕不韦重行结为夫妻。这在吕不韦看来肯定嗤为典型的妇人之见，作为商人出身的他所看重的并非虚名，而是一种可触可摸可见的实利，与赵姬私通跟实际上的夫妻又有什么两样？王宫森森，规矩严明，他们做得到吗？两人私通，已是冒天下之大不韪了，怎能继续不顾死活直往前冲呢？可是，赵姬却泪眼婆娑地苦苦相求，并提出要他废掉嬴政自立为王的主意。
她说：“只要当了秦王，我还是王后，咱们俩就可堂堂正正地呆在一起了。”吕不韦听了，当即愣住：“我怎能杀掉自己亲生的儿子抢夺他的王位呢？儿子为王，不就跟自己当王一回事吗？再说，嬴政不也是你的儿子吗？你怎就这么狠心呢？”赵姬说：“一边是我的儿子，一边是我的情人，如果要我选择其中一个的话，不韦，靠得住的还是你。毕竟，亲生儿子并不等于咱们自己啊！”
这时，吕不韦才真正感到了事情的严重性。具有超常智慧的他很快就想出了一个自以为绝妙的脱身法子--他找到了一个名叫嫪毐的高大英俊的青年男子作替身，让他以宦官的身份进入太后王宫服务。在处腐刑时，吕不韦特地派人做了手脚，并没有除掉嫪毐裤裆里的两粒睾丸。也就是说，派给赵姬的还是一个真正的男人。这样一来，赵姬的欲火得到满足，就不会来找吕不韦“扯皮拉筋”了。
在此期间，吕不韦又做了一件大利于秦国的事情。
近邻韩国面对强秦的猛烈进攻，于无奈之际想出了一条拖住秦国的“疲兵之计”。他们派出一个名叫郑国的优秀水利专家，劝说秦人修筑一条大渠。秦国一旦动工修渠，将会投入大量的人力、物力、财力而无暇东征，韩国也就获得了安全。韩国之所以想出这一计谋，就在于十年前，秦国蜀郡在郡守李冰的主持下治理岷江水害，修建了着名的都江堰水利灌溉工程，使得蜀地千里沃野成为秦国的大粮仓。这回，只要稍稍游说，获益多多、尝过甜头的秦国肯定会再次动工修渠的。
韩国的推测一点不错，吕不韦见郑国精通水利，而他提出的在关中地区修一大渠，然后取泾河之水灌溉关中平原的建议不仅切实可行，而且可以预见到的是，其获利将不亚于都江堰。
于是，秦国又一项伟大的水利工程于秦始皇元年（公元前246年）正式动工，奠基仪式由相国吕不韦亲往主持，其庄严隆重可想而知。
然而，最惯使用间谍、情报战术的秦国很快就探明郑国原来不过是韩国的一个奸细，而他劝说的秦国修渠之策，也是一条恶毒的疲秦之计。
疲秦之计虽然拖住了秦国，韩国可以再行苟延残喘数年，但渠成之后，将是一项利国利民的不朽大业，秦国也会因此而更加富强。一个高明的拳击手自然懂得，先将拳头稍稍收回，然后再打出去会更加有力。
发现中计之后，吕不韦并没有杀掉郑国，而是继续重用他将渠修下去。
这充分显示了吕不韦心胸之豁达大度与用人的不拘一格，由此我们也窥见到了吕不韦身上的确具有一般凡夫俗子难以企及的远见卓识与大家风范。
郑国为了回报吕不韦的不杀之恩，对工程的设计与施工也就更加认真精心了。十年后，工程终于顺利完工，吕不韦下令以水工郑国的名字命名该渠，叫它郑国渠，首开中国历史上以人名命名某项工程之先河。
郑国渠位于渭河以北，全长150多公里，采用了原始的简易渡槽，解决了横跨诸多河流的问题，并利用有利地形，全部实行自流灌溉，显示出高超的技术水平。郑国渠建成之后，灌溉面积高达4万多顷（约合现今280万亩），秦国的大本营--关中平原于一夜之间仿佛就变成了一座米粮仓。
随着嬴政的一天天长大，他对吕不韦的怨恨也在加深，磨擦与矛盾渐渐变成或隐或显的冲突。
前面我们曾经谈到过，童年时的嬴政就因吕不韦与母亲赵姬的暧昧关系而对他产生了一种朦胧的恨意。童年的生活与环境深刻地影响着个人性格的形成与发展，童年时期的本能感觉与好恶印象很有可能会凝成一种无法化解的心理定势。嬴政在孩提时代萌生的恨意非但没有随着年龄的增长及吕不韦对他的关怀与挚爱慢慢消释，反而还在一天天莫名地增长着。对待嬴政，除了关爱外，吕不韦更多的则是督责，督促他练文习武，刻苦用功，成为具有雄才大略的明君。而这，只会加深嬴政心头的反感：你是谁？有什么资格管我？仲父又算得了什么？毕竟不是我的父亲呢！别看我仲父长仲父短地叫得亲热，心里头可烦着你恨着你呢！
吕不韦对他的心理活动自然不曾知道，也不会对一个不甚懂事的孩子去进行一番深深的探究，他所能做的，只是在心里头一声声地呼唤着儿子，然后在行为上尽着一个父亲应尽的职责。
公元前244年，秦国为了雪耻报仇，吕不韦重用败军之将蒙骜反攻魏国，一下子掠取了20座城池，大获全胜而归。对此，身为相国的吕不韦免不了会露出几分骄矜之色，没想到秦王嬴政却不屑一顾地说道：“这算得了什么呢？只能算个半胜，若是我呀，就要一鼓作气，率军打到魏国首都大梁。”吕不韦听了，觉得嬴政小小年纪就有如此气势，真是孺子可教也，不禁拈拈胡须，颔首而笑。嬴政又继续说道：“我要占领大梁，屠城三日，然后乘胜消灭魏国，杀他个尸首遍地，血流成河，人人害怕，个个臣服，然后班师回宫！”吕不韦听得惊惊乍乍，就想这孩子哪来这些凶恶可怕的念头？得赶紧让他转弯，学点爱民抚民的治国之道才是。就找来几个功底深厚的导师，给他灌述一些儒家、道家、墨家的思想与内容。
然而势得其反，那些先生们一天到晚喋喋不休的吟咏与讲解弄得嬴政晕头转脑乏味极了，不由得产生了一种强烈的逆反心理。你要我学儒通墨懂道，我偏不理会这些破玩意儿！我要研习专与儒墨道唱对台戏的法家学说，把它当作法宝，看你仲父又能把我怎样？
天下没有不透风的墙，时间一长，吕不韦与赵姬的私通嬴政自然也会心知肚明。极有可能，他还有意无意间地见到过他们两人缱绻相依的镜头。除了咬牙切齿地独自愤怒外，对此他也无可奈何。于是，不禁又唤起了童年的恨意，新仇旧恨一齐涌上心头，他发誓一有机会就要报复。而这次的仇恨对象，除了相国吕不韦，还有母亲赵姬，他觉得母亲淫乱宫闺，实在有失身份太不像话了！
少年嬴政的心头，灌满了一股难以言说、无从发泄的仇恨与羞辱。联想到童年时所见，就追溯到了母亲赵姬以前曾是吕不韦爱妾这一事实，联想起秦国曾经流传过他是一个小杂种的风言风语，一时间，聪颖的嬴政似乎什么都明白了。
于是，他就认真地观察相国那慈父般的眼神，回想仲父这些年对他的恩爱，一言一行，点点滴滴，历历在目。顿时，他的心头涌过一股从未有过的亲情与亲切，呵，极有可能，仲父就是自己的亲生父亲呢！
明白了这一点，嬴政的心头就变得复杂起来。
然而，吕不韦不仅我行我素，执掌着秦国的实际大权，就是对他这个名正言顺的秦王，也根本不放在眼里。秦国一应大事，不让嬴政过问，不与他磋商，做了就做了，气也不给他通一声。这倒罢了，他还反过来要求秦王学这学那，做这做那，大事小事请示汇报，动不动还有可能挨训受斥。
你吕不韦就是我的亲生父亲，也不能这个样子嘛！毕竟，你只不过是一个臣子；而我，却是高高在上的一国之主，并有着嬴姓氏族的高贵血统，尽管很有可能只是名义上的，可你仲父也不能太不把我当回事啊！
是可忍，孰不可忍？
然而，嬴政不得不心里泣血、脸上陪笑地一忍再忍。他是一个狂暴之人，同时也是一个工于心计之人。忍吧，小不忍则乱大谋，按秦国习俗，等到22岁那年就可举行冠礼执掌实权了。于是，他就眼巴巴地盼望那冠礼之日快快到来……
而此时的吕不韦，在一步步获得巨大成功与走向权力峰巅的同时，却感到了一种从未有过的空虚。
为了秦国的大业，吕不韦真可谓竭尽驽钝日夜驰驱。他做商人时就走南闯北地四处奔波，后来为扶立异人做王又殚思竭虑耗心尽力，而坐稳丞相位极人臣乃至成了无冕之王后，他还是像个螺陀般一天到晚转个不休。当然，他的努力、奋斗都得到了丰厚的回报，还没有哪个商人像他这样获得过如此巨大的成功。是的，他吕不韦已经达到人力所能达到的高度。这辈子，他似乎什么都得到了，金钱、美女、权力……要什么就有什么，想怎么干就怎么干，随心所欲，无所顾忌，此乐何极？然而，静下心来细细一想，却又似乎什么都没有得到，一切都是空虚，都是幻觉。得抓住点什么真实的东西，做一件传之后世永垂不朽的大事才行。
那么，又该做点什么才好呢？
一眨眼，都60花甲的人了。这一辈子，吕不韦似乎从来就没有空闲、休息与安逸过。他真想就此好好地放松一下自己，享享清福，过几天安逸日子，也就是达到人们常说的“生于忧患，死于安乐”之境界。可是，他不能够啊！这辈子，他最放心不下的就是嬴政，他所能做的，就是拼将一把残躯燃烧殆尽，把秦国整治得更加繁荣富庶，为统一六国扫清最后的障碍，为未来的天下奠立雄厚的基础……一句话，他要为自己的亲生儿子留下更多有益而可观的东西。可嬴政又是一个怎样的儿子怎样的君王呢？吕不韦想按自己心中的理想改变他塑造他，就表面而言，他的目的似乎已经达到了。可是，今后的一些实际发展又将会怎样呢？他不能把握，也无法控制，更缺少自信。
看来，要想建立千秋万代永不衰败之伟业，除了立功恐怕还远远不够，得考虑立言才是。
经过一番思考，吕不韦传来李斯相商。这个李斯，就是日后鼎鼎有名的秦国丞相。而现在，他还不过是投奔到吕不韦门下的三千客人中的其中一位，当然，也是他最为器重的一位。下面就是他们两人的对话：
吕不韦问：“我想问你，立功与立言，孰轻孰重？”
李斯回答：“立功重于眼前，立言在于未来。功绩有目可睹，立言深入人心。两相比较，窃以为立言重于立功。”
吕不韦再问：“要想传之千古呢？”
李斯道：“功绩易逝，唯有立言，方能成为一块永不磨灭、永垂不朽的丰碑！”
吕不韦闻言，不觉高声叫道：“好，既如此，我意已决！”
李斯问道：“不知相国如何立言？”
吕不韦站起身来，激动地在室内走来走去道：“我要编着一部大书，书的名字就叫《吕氏春秋》。我要吸取诸子所长，扬弃百家所短；既要保存远古的重要史实，又要反映当今战国七雄之争；既要立足于秦国，还要让它成为一部未来天下一统后的建设蓝图与施政大纲。”