整个上午，巴克马斯特率领着抢险人员在航空母舰上奋战，“汉曼”号驱逐舰给他们提供必要的动力。10时05分，巴克马斯特正在忙碌着，突然发现风平浪静的海面上出现了4道鱼雷航迹，他大声叫道：“鱼雷！”
★“汉曼”号驱逐舰的沉没
航空母舰上的警报迅速发出了声响。“汉曼”号驱逐舰拼命向雷迹开炮，想在鱼雷击中目标前把它们引爆，但却无济于事。
第一枚鱼雷击中“汉曼”号舰体中段，另两枚从它底下钻过去，击中“约克城”号右舷舰底与舰侧间的结合部，把舰体炸出了一个大洞。第四枚鱼雷从舰艉部脱靶而过。
由于“约克城”号的三号辅助升降机被连根拔起，各种固定装置全部轰然砸在机库甲板上。前桅右舷侧支脚的铆钉断裂，人被抛得到处都是，有的被掀进海里，有的摔得遍体鳞伤。
“汉曼”号驱逐舰二号锅炉舱被击中，舰身几乎被炸成两截，不到3分钟就沉没了。许多人被从甲板上掀进了海里，还有很多人当场被炸死。“汉曼”号下沉时，它上面的深水炸弹在3个不同深度发生爆炸。舰上13名军官中9人丧生，228名舰员中72名死亡。
在“汉曼”号沉没前，特鲁舰长让人把几名因休克而暂时失去战斗力的人从舷边放下去，并把救生衣给了他们。在舰艉部即将沉没时，他自己连救生衣也没穿就跳进了海里。后来，特鲁被“巴尔奇”号驱逐舰救起。
在田边的第四条鱼雷射出的瞬间，潜艇已下潜到它所能安全下潜的最大深度。接着田边驾艇直接朝“约克城”号驶去。时间一秒一秒地缓缓走过，田边和艇上其他人都在等候爆炸的声响。发射鱼雷后40秒钟左右，潜艇剧烈震动了一下，接着是第二次、第三次。
田边知道，对于艇上的人来说，战斗才刚刚开始。一艘潜艇潜近猎物要比从它身边逃脱容易得多。鱼雷发射出去还不到5分钟，美军的深水炸弹就投下来了。但田边觉得美军驱逐舰似乎在盲目地乱投。所以“伊-168”起初一个小时的日子还比较好过。
一个小时后，一艘美军驱逐舰从“伊-168”上方自右至左直接驶过，投下两颗深水炸弹。随后，又接连有驱逐舰从潜艇上方驶过和投弹。不过，总起来讲“伊-168”还算幸运，它已成功地避开了60颗深水炸弹。
但是不久，令田边担心的事情终于发生了。突然，“伊-168”就像一匹野马似地跳了起来，艇员们头顶上方的油漆开始一块块地剥落，照明系统发生故障，艇内一片漆黑。原来，他们的前鱼雷发射舱和后转向舵机舱进水，蓄电池受到损坏。接二连三地落下的深水炸弹，使潜艇不断摇晃。由于没有电，潜艇动弹不得，水平舵和垂直舵失灵。
田边知道，潜艇在水下无论如何也坚持不了两小时，因为气压只剩下40千克，几乎无法呼吸。紧急照明也熄灭了，水兵们在昏暗的手提灯光下工作。大约在13时40分，“伊-168”的艇艏开始上翘了30度。
此时，田边不得已作出了最后的决定：听天由命，任其上浮，在海面上进行最后一次战斗。田边下令：“炮和机枪作好射击准备，迅速上浮射击。”
舱口盖刚冒出水面，田边就纵身一跃跳上舰桥。他惊讶地发现，附近海面空空如也。他朝远处望去，只见大约在1万米以外有3艘敌驱逐舰。特别使田边感到兴奋的是，那艘航空母舰不见了，他于是断定“约克城”号确已被击沉。
而实际上，“约克城”号此时此刻仍在海上漂着。当“伊-168”发射的鱼雷命中“约克城”号后，反而使它的倾斜减到17度，而且巴克马斯特还希望再继续进行抢救。
“伊-168”的攻击使巴克马斯特的许多努力白费了。美国驱逐舰正在全力营救幸存者，打捞死尸，搜寻“伊-168”。巴克马斯特决定在天亮之前暂不采取任何行动，等舰队的“纳瓦霍”号拖驳船到来。于是他和抢险队离开了母舰，上了“巴尔奇”号驱逐舰。
田边那边没有能高兴多久，他很快又看见那3艘驱逐舰正折头朝他开来。田边想在潜艇全速航行时给蓄电池充电，但他马上意识到，“伊-168”的水面航速和追击他的驱逐舰是不可相提并论的。他感到这一次很难脱险了。
田边命令通联官给联合舰队发报说：“我们击沉了‘约克城’号，现将同敌舰决一死战！”田边立即下令：“紧急下潜到60米深度。”
接着，主机械师那里传来了好消息：“电机已能使用。”美军的驱逐舰此时似乎又失去了目标，它们的炮弹和深水炸弹落得越来越远。
田边指挥“伊-168”潜艇打赢了这一仗。15时50分，潜艇浮出水面。
侥幸逃脱后，6月19日，田边用油箱里仅剩下的800千克燃油，把潜艇开到了吴港。
另一面，“约克城”号令人难以置信地在海上漂了一夜，直到将近拂晓时分，它的舰员以及担任警戒的舰艇才真正把它放弃。
当驱逐舰中队司令爱德华·P·索尔海军上校看着这艘巨型航空母舰已实在无可救药时，才让各驱逐舰围聚在它的四周，向它举行了告别仪式。
在绚丽的晨曦中，“约克城”号下沉的速度越来越快。美军的驱逐舰列队就位，注视着它沉入大海。它沉没时，各舰下半旗，全体人员脱帽肃立。
“约克城”号于6月7日4时58分沉没。至此，美军第17特混舰队大体上就解体了。弗莱彻率“阿斯托利亚”号和“波特兰”号返回珍珠港。“巴尔奇”号、“休斯”号和“莫纳汉”号在加油点被编入第16特混舰队。巴克马斯特及其部下从“巴尔奇”号转到“格温”号，随同载着“汉曼”号的幸存者的“本汉姆”号同时回国。
这一次，日本人在中途岛的海战中，终于给美国人来了一次严重的打击。但同时，山口也被美国人重重地给予了回击。这是足以使“飞龙”号致命的一次回击。
3.“飞龙”号的覆灭，日本最后之举
“飞龙”号对美舰队的第二次攻击，也是日本人在这场海战中发动的最后一次进攻。那时，“飞龙”号只剩下了6架战斗机、5架俯冲轰炸机和4架水平轰炸机。
在日机对“约克城”号实施攻击的过程中，美军舰载机也对日舰“飞龙”号实施了多次攻击。先后到达“飞龙”号上空并实施攻击的有79架美军飞机。
由于“飞龙”号的幸运，它成功地躲避了26条鱼雷和大约70颗炸弹的攻击。在历经美军飞机的多波次攻击之后，“飞龙”号的舰员与飞行员早已精疲力竭，疲惫不堪。但是，山口仍决定利用黄昏的有利时机再次出击，给美军舰队以最后的致命一击。
15时31分，山口向南云报告：“我们计划用尚存的全部兵力，于黄昏时发动攻击，以歼灭残敌。”因为山口确信他的飞机已击沉或重创了两艘美国航空母舰。结果他犯了这个严重的错误。
他的第一波攻击飞机报告说1艘航空母舰起火，第二波飞机又报告重创1艘敌航空母舰。山口并不知道两次攻击的是同一艘军舰。虽然山口的飞机损失惨重，但他对两次空袭的战果很满意。他打算把美国的残兵败将统统消灭。
此时，“飞龙”号在海上劈波斩浪、往返驰骋。舰上所有飞机都做好了起飞准备。正当山口计划实施再次攻击时，弗莱彻和斯普鲁恩斯也在给山口舰队设计着“坟墓”。
14时45分，斯普鲁恩斯下令加拉赫率领舰上所有能参战的俯冲轰炸机全部起飞。这个机群的飞机总共有24架，其中11架挂载重达1000磅的重型炸弹，其余飞机挂载重500磅的炸弹。15时50分，全部飞机从“企业”号上起飞，扑向山口的舰队。
17时，“飞龙”号舰员利用短短的战斗间隙休息，他们没有料到死神已悄悄地向他们逼近了。加拉赫率领的俯冲轰炸机队开始接近“飞龙”号。
17时零3分，“飞龙”号望哨惊呼道：“敌军俯冲轰炸机！”只见13架美机急速而下，向“飞龙”号直扑过来。
在“飞龙”号加来舰长的指挥下，航空母舰首先避开了头3颗炸弹。但更多的美机俯冲下来，“飞龙”号终于被命中4弹。巨大的爆炸声震耳欲聋，黑色的烟柱腾空而起，舰面甲板被炸得朝上翻卷，大火在已装好炸弹的飞机中间蔓延。
加来舰长为避免再度中弹，只好让“飞龙”号全速前进。但由此而产生的风却助长了火势向全舰蔓延。当时位于“长良”号上的牧岛看到，“飞龙”号从舰首至舰尾一片大火，但是它仍然“像头发了狂的牛一样拼命地奔跑”。
这时，从“大黄蜂”号上起飞的15架美军轰炸机也赶到了。由于“飞龙”号已是一团大火，不需要再对其攻击，于是这批飞机转而向“利根”号和“筑摩”号巡洋舰发起攻击。
21点23分，“飞龙”号完全失去航速，开始倾斜。由于不断进水，倾斜达到15度。日军舰员两次进入机舱拼死努力均告失败，“飞龙”号已完全无法拯救。
★“飞龙”号航空母舰的沉没
这时，山口海军少将通过“风云”号驱逐舰向南云海军中将报告，他已命令“飞龙”号舰员弃舰。
6月5日2点30分，山口指示加来舰长，召集全体舰员到舱面集合。
“我身为战队司令官，对‘飞龙’号和‘苍龙’号的损失负全部责任。我将与本舰共存亡。我命令你们全体离舰，继续为天皇陛下效忠！”山口对集合在甲板上的大约800名能应召前来的舰员作最后的训话。
山口的幕僚请求跟他一起留在舰上，但被山口坚决拒绝。山口随后把伊藤带着的一块布要过来，以便把自己绑在舰桥上，确保可以同“飞龙”号一起沉到海底。
加来舰长决意自己留下来，因此恳求山口司令官离舰。山口同意了加来留下的请求，但自己坚决拒绝离舰。
在残破的航空母舰的甲板上，“飞龙”号的幸存人员已开始向“风云”号转移。当最后一批人员离开“飞龙”号之后，山口和加来与他们的部下诀别了。
遵照山口的最后指示，阿部海军上校下令击沉“飞龙”号。5点10分，“风云”号和“夕云”号向“飞龙”号发射了鱼雷。在一阵震耳欲聋的爆炸声后，这艘庞大的航空母舰开始下沉。
阿部海军上校看到鱼雷爆炸后，相信他的任务已经完成，随即命令这两艘驱逐舰撤离。5点40分，“大和”号收到阿部海军上校的报告称：“飞龙”号已被击沉。
但1小时20分钟后，派到东面寻找南云部队的“凤翔”号轻型航空母舰的一架侦察机发现，“飞龙”号仍然漂在水上。事实上，“飞龙”号一直到8点20分左右才沉没。
“飞龙”号在作战中，包括自愿与舰共存亡的两位指挥官，共有416名舰员丧生。
当山本五十六大将的航空母舰遭到灭顶之灾的时候，他正率领主力舰队，在南云舰队后面450海里的洋面上破浪前进。山本那时还非常自信地认为日本人会成为整个战场的主宰者。但是，战局的发展却大出他的意料。
6月4日早晨7时28分，山本的侦察机发来电报：“发现10艘敌舰！”这封电报猛然将沉浸在美好梦境中的山本惊醒。“大和”号旗舰舰桥上的人闻讯后都显得十分紧张，山本更是紧绷脸皮，一言不发。
这种紧张的气氛没过多久，又接连收到两封电报，告知美军舰队由5艘巡洋舰和5艘驱逐舰组成，继而又报告说后边好像只有1艘航空母舰。“大和”号战列舰上的气氛顿时放松下来，一些人甚至高兴地认为这是一块“大肥肉”。
山本和他的幕僚们情绪尚且乐观，他们认为美军航空母舰肯定会被南云的舰载飞机干掉。
但上午10时30分，“‘赤城’号着火”的电报猛然打破了山本的美梦。这位日本联合舰队总司令一言不发。对20分钟后送来的第二封电报，他也同样沉默。
10时50分，通信参谋和田雄四郎海军中校满脸沉痛，一言不发地把一份急电递给了山本。这是阿部海军少将从“利根”号上发来的。电文说：“遭敌舰载机和陆上飞机的攻击。‘赤城’号、‘加贺’号和‘苍龙’号起火。拟以‘飞龙’号与敌航空母舰交战，我们暂时北撤，重新集结兵力。”
这一消息犹如晴天霹雳，山本和他的幕僚个个目瞪口呆。山本本人和他的参谋们并没有指望在这场大规模海战中他们的舰队会完好无损。如果损失1艘航空母舰，他们完全可以泰然处之。损失两艘，虽说是严重的挫折，也还可以忍受。然而，现在却是损失3艘，这完全出乎他们的意料。
所以，联合舰队司令部内人人脑瓜发木，手脚冰凉。然而，直到这时山本依然认为，美军的海上编队中只有1艘航空母舰，日本的“飞龙”号航母还完好无损，仍可打败美军舰队，并在中途岛登陆。因此，山本于12时20分向部队发电，命令各部队一齐攻击中途岛以北之敌。
发出这道命令后，山本和他的幕僚最关心的，是中途岛美军还有多少航空兵力，因为这是制定下一步作战计划的主要依据。虽然日本的3艘航空母舰都失去了战斗力，但“飞龙”号还完好无损，可以用它来攻击美军的航空母舰。
山本从友永机队要求对中途岛实施第二次空袭看出，第一次攻击没有很成功。山本因此担心，如果不立即摧毁中途岛的航空基地，美国人可能从夏威夷调去更多的飞机，这样的话，占领中途岛就更难了。
于是，山本听取了黑岛海军上校建议后，他命令离中途岛最近并拥有高速舰的近藤海军中将的攻略部队主力在夜里去炮轰中途岛。山本还决定，把原定的中途岛和阿留申群岛的登陆作战推迟到歼灭美军航空母舰部队以后。
按照山本的命令，近藤中将派其第7战队（栗田所部）前去炮击中途岛机场，各登陆输送队掉过头来向西航进。这时，山本急切希望角田率领“龙骧”号、“隼鹰”号两艘航空母舰尽快到来。可是，“大和”号于15时30分收到角田发来的电报却是：“我部收回袭击荷兰港的攻击机队之后，尽速南下。6日晨，将在北纬44度40分、西经176度20分进行补给，尔后去与南云部队会合。我队4日15时的位置，在荷兰港西南120海里处。”
山本通过计算知道角田部队在8日下午之前根本赶不到中途岛指定战位，于是他的这一打算只好作罢。
这时候，“大和”号陆续收到一些侦察机的报告。综合这些报告，联合舰队司令部对当面敌情作出了基本判断：在美舰队中至少有大型航空母舰3艘、重巡洋舰5艘、驱逐舰15艘，这是一支很难对付的强大兵力。
17时55分，山本又收到一份更为不利的电报：“‘飞龙’号中弹起火。”山本已经不能指望这艘航空母舰了。
可是，山本并不肯就此罢手。山本认为南云部队、近藤部队都离敌人舰队不算很远，实施夜间决战的可能性仍然存在。夜战不仅是日本海军的传世法宝，而且在夜间美军的舰载机发挥不了作用，日本完全有战胜对手的把握。于是，山本于19时15分再次发电报做了部署。