我相信我没偷过半小时的懒。
——达尔文
（一）
《物种起源》发表后，倾泻在达尔文身上的污蔑和嘲讽毁坏了他的健康，情况之严重，让他的朋友们都担心他再也不能继续工作了。在朋友们的帮助下，达尔文在肯特郡奥宾顿的达温村找了一栋房子。那里虽然没怎么进行修整和收拾，但很清静，只能隐约地听到村里小教堂的声音。在这里，达尔文的身体渐渐复元了，又能够搜集甲虫和蝴蝶作为消遣，还能偶尔打打猎。
身体稍微好一点后，达尔文就又开始工作了。20多年以来，他对由昆虫作媒介的异花受精非常感兴趣。在研究异花受精时，兰花是他最着迷的植物。当手头有了他能够观察到的第一手资料和胡克提供的大量根据后，他开始写一本题为《昆虫使兰花受精的几种方法》的小册子。这本书大部分是在1860年返回唐恩庄园后完成的，1862年发表。
这本书一出版，就受到了热烈的欢迎。此后15年内，他又继续写了一些有关植物受精的小册子。
1875年9月，达尔文经过10多年的研究和大量的观察材料，又写出了《攀援植物的运动和习性》一书。该书出版不久，就销售了1500余册。
而1876年出版的《植物界异花受精和同花受精的作用》一书，则使达尔文从事的植物研究工作达到了顶峰。当时他并没有意识到自己的研究对整个园艺学所产生的影响，事实上，他为使用科学方法栽培更好的花、水果和蔬菜等开辟了新的道路。
1875年时，达尔文又发现了一种食虫植物，并对其进行研究实验，最终写成了《论食虫植物》一书。在这本书中，达尔文指出，某些植物经过适当刺激后，会分泌含某种酸和某种酶的液状物，这种液体与动物的消化酶十分相似。这样，这些植物就会捕食各种含有与它们的分泌物相似的消化酶的小昆虫。
这本书一出版，就在全世界的植物学家中引起了巨大的轰动。就像达尔文本人所承认的那样，“这当然是一个重大的发现，无疑是我所做出的最为重大的发现之一”。
通常达尔文都会比较快地写完一些植物学的着作，他认为这些着作并没有花费他多大的力气，但对动物的研究就颇费些心血了。
1868年，达尔文出版了他的两卷巨着《动物和植物在家养下的变异》。这本书他在1860年时就开始撰写了，可因为经常生病和其他工作的耽误，书的进度很慢，经过8年时间才得以完成。
在这本书中，达尔文叙述了他对英国家养生物所做的全部观察和从各方面搜集来的大量事实，并用当时所有的知识详细地讨论了遗传和变异的原因和法则。可以说，这是一本系统发挥和论证他自己的学说的着作。
这部着作的出版，全面推进了进化学说的胜利，神创论者再也无力从理论上攻击进化论了。很快，它就被翻译成为多国文字，在世界各地发行。1875年，该书又出版了第二版，达尔文又花费了大量的时间对全书进行了许多修订。
在完成了《动物与植物在家养下的变异》这部巨着后，达尔文便开始着手准备写作有关人类起源问题的着作。
（二）
从自然界到人，是一个很自然的转换过程。事实上，达尔文的拥护者们早已开始研究和探讨关于人类的起源这个问题了。
赫胥黎是最先对“人类在自然界中的地位”这个问题进行研究的人，尤其是细致地研究了类人猿的大脑和人脑的结构。人们一般认为脑体结构正是人和所有其他哺乳动物在身体上最主要的差别，而赫胥黎通过研究分析证实，根本就不是这么回事。
华莱士在人类起源的问题上也有着独到的见解。1864年3月，华莱士在《人类学评论》上发表了一篇文章，其基本思想是：人类的祖先通过自然选择而获得的体质，在人脑充分发达后便不再改变，人类将来的整个进步是与已达到高水平的人类智能发展相联系的，人类的智能发展也导致了发明劳动工具、交通工具和火等。
现在，达尔文还开始着手准备人类起源的材料。不过，人类起源的问题是当时最敏感、最尖锐的问题，一旦达尔文以进化论的观点来提出人类起源问题，势必会遭到那些教会及其信徒们的激烈反对，而且也不容易被人们理解和接受。所以，达尔文是在人们已逐渐接受物种进化理论之后，才开始具体研究和讨论人类起源问题的。
开始时，达尔文打算将关于人类起源的问题写成一篇《关于人类的一章》的论文，可随着资料的不断丰富，研究的问题日渐增多，他发现必须写一部大篇幅的着作才能把问题说清楚。
虽然此时的达尔文已年逾花甲，健康状况也不好，但他对科学研究的兴趣却有增无减。他在给胡克的信中写道：
我经常觉得，除了科学之外，我对每件事都好像一片枯萎了的叶子。有时候，这种感觉让我痛恨科学。不过，我还是感谢这么多年不断的对科学的兴趣，因为它可以让我每天有几个小时忘掉我那倒霉的胃痛。
达尔文经常胃痛，但只要他专心地投入到工作当中，就会忘掉病痛的折磨。
写这部着作花了达尔文整整3年的时间。1870年8月30日，经过他的努力，《人类的起源》这部着作终于完成了。
1871年2月，《人类的起源》出版，初印3500册，很快就销售一空。到年底，又加印了5000册。
在这部着作中，有四分之一的篇幅是阐述人类起源的，四分之三的篇幅则讨论了性选择问题。
在人类起源的部分，达尔文从生理结构、胚胎发育、痕迹器官等方面阐述了人与哺乳动物，尤其是高等猿类的联系，不仅从生理上对人类与动物进行了比较分析，还讨论了人类与动物在心理、智能上的联系。
在列举和分析了人类起源于动物的事实后，达尔文又进一步讨论了人类是如何起源于动物的问题。在这个问题上，他依然坚持自己的生存斗争与自然选择理论，认为人不只是自然选择的结果，还是自身活动或劳动的产物，是自身活动或劳动将其从猿类中选择出来。
在性选择的问题上，达尔文讨论的是物种的交配和繁殖问题。他认为，性选择是人种形成的主要因素，但用性选择远不能解释各人种之间的全部差别。
为了说明性选择的作用，达尔文对动物的第二性征作了详尽的分析，说明第二性征的产生几乎全是因为性选择。他想让人们明白：在动物那里起主要作用的性选择，完全可能在人类的类似性征产生中也起到同样大的作用。
达尔文认为，男子魁梧、勇敢、好斗及精力充沛等特性与女性在这些方面的特性相比，男子在原始时代获得的，后来又有所增强，这主要是因为男子为了占有女性而展开竞争的结果。
同时他还认为，男子有更大的智力和创造力，这在一定程度上也是性选择所造成的。为此，他还列举了很多事实来说明这个问题。
性选择的作用在人类早期生活中表现尤其强烈，达尔文称，越是强壮、勇猛的男子，就可以选择吸引人的女子。因此，人类的起源也完全可以用性选择来解释。
达尔文的结论是：在所有对各人种之间以及在某些程度上对人和低等动物之间的外表差异起作用的因素当中，性选择是最为积极的因素。
（三）
《人类的起源》出版后，与达尔文的其他着作一样，同样引起了很大的反响。对于这本书的评价，也是各种意见均有。有赞扬的，有批评的，有惊讶的，甚至还有讥讽辱骂的，五花八门。因为这本书触及了人类在自然界位置这一极为根深蒂固的宗教观念，以及作者在一系列问题上所作出的过于假设性的“抽象”答案，令人们一时不知如何接受。
即便如此，达尔文并不在意这些言论的好坏，因为他的每一部着作都会引起这样的“轰动”。但是，在诸多评论当中，给达尔文这一新观念以重大打击的是着名动物学家迈弗特的《物种的发生》一书。
这本书对达尔文的自然选择论给予了严厉的、乍一看又令人信服的批评。迈弗特指责达尔文的自然选择论缺乏证据，矛盾百出，并列举了一大串他认为从自然选择的观点看来完全无法解释的例证。迈弗特认为，自然选择的理论并不能完全说明构造的有效特性的初始阶段。
迈弗特的观点标志着反对达尔文主义的新阶段：承认生物进化论，但又不同意进化的因素，即自然选择。这也说明，进化理论是不可阻挡的，但别有用心者仍然要负隅顽抗。迈弗特认为，进化的原因在于“某种内在的力量和倾向”，认为发展是突跃性的。
迈弗特的书一出版，很快就销售一空，对读者产生了巨大影响，并很快就出了第二版，书中的论据也开始在一些书刊杂志上反复出现。
达尔文对迈弗特所提出的问题没有正面回答，因为他已经看出作者写这本书的真实意图——让“创世说”俘获，并使“科学迁就宗教”，这是他所不能容忍的。可达尔文却一时找不到能与他一起论战的战友。
就在这时，一位名叫琼斯·赖特的人发表了一篇文章来支持达尔文的观点。这个“大量阅读并思考过形而上学课题”的人，给达尔文寄来了他在《北美评论》上写的一篇关于《物种的发生》的书评。通过书评，他从哲学方面发表了他赞成自然选择的意见。
看完赖特的文章后，达尔文立即决定在英国以小册子的形式出版赖特的书评，而他自己则准备在即将出版的第六版《物种起源》中新加入一章。在这一章中，他打算剖析报刊上对自然选择论的各种各样的反对意见，尤其要详细谈谈迈弗特的反对意见。
为此，达尔文开始十分艰难地着手写作，因为长期受到病痛的折磨，他的精力已经极度衰竭了。
就在达尔文吃力地进行自己的计划时，1871年7月，《每季评论》上又出现了一篇对达尔文的着作进行的极其激烈的评论和指责，这篇文章让达尔文大伤脑筋。评论人指责达尔文忽略了哲学和宗教的基本原则。尽管评论人承认自己是拥护发展学的，但却又声言：人同大象与大猩猩的差别，比它们同地上的尘土的差别还要大。
受到这种“假道学的无礼攻击”，让达尔文感到非常苦恼和沮丧。这个阶段可以说是达尔文最困难的时候，当时达尔文对自己的现状是这样评价的：
“现在是那些钟摆式的人物摆向了反对我的一面的时候。”
在这最艰难的时刻，进化论的斗士赫胥黎再次站出来，在《现代评论》上发表了一篇文章，驳斥了对达尔文主义的种种攻击，维护了自然选择和进化论。
看到赫胥黎的文章后，达尔文大受鼓舞。与此同时，达尔文在《物种起源》中也详细地解答了一些关于自然选择的问题。
赫胥黎和赖特既从哲学方面，有从神学方面对迈弗特的观点形成了打击，让迈弗特感到很难受。赫胥黎在文章中写道：
“钟摆式的人物现在摆到反对我们的方向去了，但我坚信，他还会摆到另一边来的。”
的确，达尔文是有先见之明的。他曾预言说，斗争将长期进行下去，即使是在他们死去和消失之后。