“军统”和“中统”是国民党的两个最大的特务组织。其特务活动范围虽未正式划分，但各有中心任务。蒋介石认为，戴笠是黄埔军校学生，所用干部也大都是军校学生，专搞军事情报、监视国民党军队，以及为他排除异己，从事绑票、暗杀等一类活动，较为适宜；而“中统”在搞政治党派斗争以及文教界方面的活动较为熟悉。然而，军统头子戴笠，千方百计派人打入共产党内部进行破坏，想在反共活动中大显身手，争夺头功，为此，曾多次与“中统”发生摩擦。当时许多中统特务骂军统“不务正业”。
1938年，“军统”迁往重庆，选定中二路罗家湾原重庆市警察局警士教练所为局本部办公地点。后经几次扩建，成为一组庞大的办公和宿舍区。原来大门对着枣子岚垭，以后把大门开在中二路，原来的大门便成了后门。共占地二百亩左右。
旧的军统局二处，发展至1937年，直属工作单位已有六个区、二十余个站、一百多个组队，在编工作人员，已达三千六百余人，拥有电台约二百座，分布在全国各地。控制和利用的公开单位，仅警察机关，就多达四十个以上。
军统局迁渝以后，戴笠呈准蒋介石，逐步调整机构，加倍扩大编制。开始时，内部只有四处四室，十六个以上的科，另有一个设计委员会，两个训练班，一个有系统的电讯机构。外勤设三十余个区站，约三百个工作组队。还有特务武装“忠义救国军”和一些难以数计的直属工作组。其基本工作人员，约有七千人左右。最多时，内部扩建到十个处。即：第一处为秘书处，第二处为情报处，第三处为行动处，第四处为电讯处，第五处为译电处，第六处为总务处，第七处为人事处，第八处为会计处，第九处为警卫处，第十处为训练处。此外，还有二十余个相当于处的室、区、组、委员会等机构。外勤区战及直接控制利用机构也随之不断增加。然而，军统机构从无固定，根据戴笠的需要，时多时少，随意变动，有时连人事部门亦难以掌握。例如后来又变更为：
1．秘书室主任秘书郑介民，代主任秘书毛人凤，副主任秘书张严佛。另有秘书、助理秘书十人左右。下设文书组、机要组。
2．甲室由戴笠的几个贴身秘书、译电员组成，专门处理戴笠交办和戴笠直接指挥的内外勤单位与公开特务单位等方面的工作。1944年以后甲室缩小，只剩二三个秘书随在他身边，做些清查公文、保管重要文件、摘要、登记手令和私人往来信件等工作。
3．第一处（军事情报处）由于军统局是军事性质的机关，抗战期间的口号又是“军事第一，胜利第一”，所以第一处便是军事情报处，简称“军事处”。该处下设军事情报科、军运科、策反科，国际科，以及主管派在各部队担任谍报参谋工作的谍参科。
4．第二处（党政情报处）该处下设党政科、侦防科、航检科（主管航空检查）、中共科（设立此科，实为骗人的花招，以此向人们表白：整个军统内部组织，五十多个单位中，只有一个是主管对中共工作的，从组织与工作的比例上看，只有五十分之一，这能说军统是反共而不抗日的吗？实际上军统哪一个单位、哪一个特务不是在积极干着反共的勾当？）。
5．第三处（行动处）下设行动科。戴笠所称“行动工作”的内容，包括绑票、暗杀、破坏、逮捕等等。在各地的行动总队、大队、队、组等八十多个。有关这类事务，均属第三处管。
6．第四处（电讯处）该处主管无线电通讯、电讯器材制造、报务员训练和领导数以千计的无线电台工作人员。该处下设通讯、机务、工务、考核等科，并指挥几个总台和侦测台与密码研译等机构。
7．第五处（司法处）该处下设审讯科、狱管科，残害被他们捕获的进步人士和中共人员。
8．第六处（人事处）该处下设人事行政科、考健科、福利科、卡片室，负责军统全部组织与人事。
9．第七处（经理处）下设综计、审计、预算、财务等科及现金出纳股。
10．第八处（总务处）下设庶务、管理、交通三科，并领导汽车大队、电话队、农场、官兵消费合作社等。
11．训练处 主管军统几十小训练班的训练工作，并主编军统局出版的《家风》月刊，领导各大专学校内的职业特务学生和一个从华北撤退到四川的、专在大专学校中搞特务活动的“抗日锄奸团”。
12．警务处 下设警务科、稽查科，主管公开控制的警察机构与稽查处等方面的工作。
13．布置处 1945年增设该处，专管对沦陷区的布置工作。
属于内勤部门的还有设计委员会、策反委员会、惩戒委员会、考核委员会，及1946年初成立的财产清理委员会和设在重庆瓷器口缫丝厂的办事处。此外还有特种政治问题研究室、特种技术研究室、督察室等等。特种政治问题研究室是由中共叛徒张国焘主持的机构，按照戴笠的指示，专门研究对中共组织内部进行打入拉出的阴谋活动。尽管主子奴才齐努力，希望还是变成了泡影。特种技术研究室是专门研究杀人放火搞破坏方面的技术的，如研制毒药、毒刀、毒弹、纵火器、定时炸弹、地雷等等。
督察室是主管内部人员和公开单位特务人员的督察考核工作的。军统督察考核极严，除有公开的督察以外，还有秘密督察，轮流担任的“周督察”，监督考察每个特务的言论行动。每个人都提心吊胆，稍不注意，就有被检举、受处分的可能。轻则挨骂，重则关禁闭。该室还特设了一个直属股——防奸股，专门监视在军统内的中共叛徒，并防范中共派人打人军统内部活动。稍有嫌疑，立即先行扣押，再进行审讯调查。训练班有个女生，男朋友是中共方面的机关工作人员，在通信中被发现后，关了一年多禁闭。
此外，还有一些单位由军统局或戴笠本人直接指挥，如特务总队、各集中营、特别侦察组、外事侦察组，以及一些以4月1日取名的“四一”单位。
特务总队是专门担任军统内部、中美特种技术合作所和军统有关单位的武装警卫、便衣警卫，以及在各集中营担任看守和杀人刽子手的。它有三个武装大队、一个便衣中队和一个看守所。看守所设在重庆望龙门两湖会馆，是临时囚禁革命人士和违纪军统特务的地方。在这里审讯时便于使用各种惨无人道的酷刑。审讯完毕后，分别送进各集中营去长期囚禁或杀害。军统特务们称这个看守所为“小学”，因为戴笠把被禁闭的特务称作“修养人”。先经过这所“小学”，才能进到“中学”和“大学”里去长期“修养”。被特务们称为“中学”的集中营设在重庆磁器口小歌乐山北面的白公馆看守所。这是四川军阀白驹在抗战前修建的一所叫“香山别墅”的两层楼房，后被军统占用做看守所。叶挺将军就曾在这所房子里被囚禁过几年。1944年后，中美合作所的美国特务看中了这所房子，要做宿舍，戴笠便在中美所西端渣滓洞煤炭厂旧址另建了一些房屋，把白公馆的犯人全部移到那里。
白公馆后面洪炉厂山坡上，还有一些单独的平房，是囚禁个别重要政治犯的地方。
被军统特务称为“大学”的息烽监狱，是军统设在贵州息烽县阳朗坝的一所规模最大的集中营，可以因禁四五百人。中共四川省委车耀先、罗世文及马寅初等许多中共党员、进步人士都在这里被囚禁过。
另外，在西安冰窖巷还设有一个西北看守所。因当时在西北地区被捕的中共人员和去延安参加抗日的爱国人士很多，除了在胡宗南的青年训导大队、劳动营等集中营囚禁外，重要的都送进这个看守所。
这些看守所，除囚禁中共人员和进步人士外，还把军统违纪特务也送进去关在一起。这种混合囚禁，实际上是个阴谋。这样做既可利用特务们监视牢房内的革命人士，了解一些用酷刑拷打所得不到的情况，又给犯错误的特务一个立功机会。有的特务被判了长期徒刑，往往很快恢复了自由，并继续得到重用或提升，这便是在囚禁中替他们做了工作。当然这种事情并不多见。大多数忠贞不屈的革命者，是经受酷刑而不叛变的。中共四川省委车耀先、罗世文两位烈士被囚禁多年，特务们用尽了一切办法都没有收到效果。息烽监狱主任周养浩不得不亲自出马劝说，然而得到的答复是：“我不能出卖良心和人格。”那时候，只要在这些集中营关上两三年，没有一个不被折磨得身体残废或瘦弱小堪的。
1943年以后，为了加强军统在重庆的反共反苏活动，破例成立两个小组。由军统局局本部直接领导：一个是设在重庆水巷子一号的“特别侦察组”，另一个是“外事侦察组”。军统凡是加“特别”两字的单位，都是干些见不得人的勾当的。这两个组几乎完全由戴笠、毛人凤亲自指挥。特别侦察组的主要任务，是对付当时在重庆的中共组织，千方百计派人打进《新华日报》、新华书店，以及八路军和中共办事处等组织。当时监视中共在重庆的机构和负责人，本来已经有稽查处、警察局、刑警处、渝特区的重庆组、化龙桥组等不少公开和秘密单位，但戴笠还嫌不够，还要成立这个专门小组，亲自指挥。外事侦察组主要是对苏联驻重庆大使馆、塔斯社，以及商务代表团等进行侦察监视的。这个组名义上属于重庆稽查处，实际上一切工作、经费、人事，完全由军统局局本部国际科直接掌握，稽查处完全不能过问。它的专用化名是“毕孔殷”。
军统的外勤单位，除各省都设有省站外，还有一些区或特区，如渝特区、川康区、北方区、西北区、晋陕区、华南区、粤桂区、沿海区等等。除了区站外，还设有许多办事处，如滇缅办事处、桂林办事处、东南办事处、华北办事处、五原办事处、青海办事处、衡阳办事处、贵阳办事处，抗战胜利后又增加上海办事处、武汉办事处、北平办事处等。
海外地区的组织有：印度站和德里、孟买两个分站、缅甸仰光站、腊戍站、曼谷站、新加坡站、菲律宾站、海防站、西贡站、美国站、伦敦站、巴黎站等。
总之，军统局内勤工作的特务有一千四百多人。大部分都集中在重庆罗家湾局本部和磁器口乡下办事处。内勤和外勤最多时总共近五万人。当时每个外勤特务都有几个到几十个运用人员，若全部算起来就太多了。
军统局局长一职，由蒋介石指定侍从室主任贺耀祖兼任，戴笠为副局长。但军统局实际上由戴笠负责，贺很少过问。从1940年起。改由戴笠任局长，下设总书记一人。毛人凤任总书记兼秘书处处长，代戴笠处理一切公私文件，代拆代行。由于组织变化无常，人员调动频繁，所以其他处室及其负责人员均无同定，大敛如：曾先后任情报处长的有郑介民、何芝园，副处长张炎元、曾庆集、黄天迈、鲍志鸿等；曾任行动处长的有唐纵，副处长赵理君；电讯处长魏大铭，副处长董益三；译电处长龚学诗；总务处长先后由刘芳雄、郭斌、杨隆祜、沈醉担任；人事处长王新衡；会计处长白星洲、徐人骥等；警卫处长王兆槐；训练处长周佛龙等。
从戴笠来说，由于归入军委会建制，经费有了着落，不必由蒋每月从特别费里支出。但是特务处的工作，他遇有重大问题，仍然直接去找蒋介石请示报告，一般问题，则自作主张。陈立夫、陈焯的局长、副局长头衔，在戴笠眼里不过是徒有其名，一钱不值。
陈立夫本来就看不起戴笠那一套粗鲁和穷凶极恶的做法，他认为特工应该处处讲究技术。现在戴笠的特务处隶属给自己指挥，可是自己又抓不住他，这使陈立夫更加恼怒，于是，他对戴笠处处予以抑制。在一处和二处的争吵中，他公开地站在一处一边，为徐恩曾撑腰打气。此时，由于一处的政治地位高于二处，许多政治上的便宜都让一处占先，戴笠显得无可奈何，私下里非常痛恨。但戴笠有蒋介石当大老板，陈立夫亦奈何他不得。
在当时局内势力范围的划分上，局本部是双方面的人都有，但一处的力量占优势。争夺得最激烈的当数三处的力量。由于邮电检查活动是特工活动的重要内容，因而戴笠和徐恩曾都十分看重三处的力量，双方都投入很大精力进行抢夺，一时争得不亦乐乎，甚至为此大打出手。
国民党的邮电检查活动始于1931年“九·一八事变”后，由中央组织部调查科具体负责，企图从邮电通讯中发现线索，追捕共产党人和进步人士。结果有的特务甚至把同事、同学、朋友、熟人写给女友的信的内容当作笑料进行传说，可见达到了无耻而又无聊的境地。
自从成立以陈立夫为局长的军事委员会调查统计局以后，蒋介石同意将原先在各大城市秘密进行的邮电检查转变为公开的活动，并挂出了邮电检查所的招牌，由调查统计局三处主管。三处处长丁默村下台之后，由首都警察厅督察长金斌接替，两人都是由陈立夫一手向蒋介石保荐，与CC系关系很深。因此，各个城市的邮电检查所从所长到一般工作人员都是CC系特务占先，戴笠的特务处只占十分之二三，最好的职位只能占一个被架空的副所长。戴笠在干部方面斗不过一处，自然在通过邮检获取情报方面要吃亏。各检查所凡有所获，照例先将材料送三处，然后转送局本部，但是三处的承办人是指导科科长应泽，他原是一处的人，结果，材料还没送到局本部，已先由应泽透露给一处了，一处也就据此抢先处理报送蒋介石，等到戴笠知道消息，已成厂“马后炮”。戴笠有时找副所长核实什么情报，往往是一问三不知，气得大骂一通。戴笠手下的人被欺压到这种程度，其内心的仇恨也可想而知，所以一处、二处在邮电检查领域里的斗争异乎寻常地激烈，双方都告状告到蒋介石那里。正在这时，被戴笠抓到了一件可以置陈立夫于死地的黑幕，就向蒋介石告了一状。
1935年11月，国民党在南京召开第五次全国代表大会。会间，陈立夫利用CC系的力量操纵选举。选举的票数清点后，陈立夫竟然比蒋介石多四票。陈立夫是深知蒋的为人的，立即亲自在黑板上擦掉一个“正”字，所得结果只比蒋少了一票。事后。戴笠了解了全部经过，又搜集了CC系在会中幕后活动的种种情况，向蒋奏了一本。蒋介石看到陈立夫的势力已经威胁到自己的“最高”权威，当然不能容忍，就下令把陈立夫扣留起来。陈立夫在朝中经营多年，耳目很多，消息灵通，能上能下，躲入天日山“养病”，然后托了许多与蒋亲近的“重臣”向蒋说话，甚至动员了他叔叔陈其美的妻子去说情。当时，陈其美的独生子学习驾驶飞机摔死了，蒋介石也为之惋惜不已。陈其美的夫人就向蒋介石哭诉说：“我的儿子死了，立夫就是我的儿子，他有多大胆子敢不听委员长的话，你难道忍心叫英士绝后吗？”陈其美是蒋介石的恩人，到了这份上，蒋介石不看僧面看佛面，也就原谅了陈立夫的“死罪”，但感到必须对陈立夫的权力和嚣张的气焰加以抑制。