沦陷区戴笠一系列的臂膀被打折，几乎是屡战屡败，戴笠几乎心灰意冷，但他很快意识到必须自救，为此，他左右开弓，“以夷制夷”，大肆整肃本部，以重振声威。戴笠奉行“有权不用，过期作废”，贩毒、走私，无所不及。
一 权大震主，“老蒋”有点忙
1938年10月下旬，武汉三镇沦陷。驻武昌的军统局机关奉命和滞留在武汉的各中央机关一起，迫于无奈，不得不西迁重庆。这就开始了军统的七年陪都时期。
军统利用原在重庆的特务组织，捷足先登，首先抢到观音岩下罗家湾的警察训练所，共有一座三层、一座二层的旧式楼房，另有几十间大大小小的平房，作为军统局的临时办公处；然后义把隔壁重庆市警察局游民习艺所占了过来，与四川军阀杨森在中二路的“渝舍”成为邻居。
不久，又强行买下局本部大院对门的枣子岚垭“漱庐”的3层楼花园洋房作为军统接待室，一楼辟为一般大特务接待客人的地方，二楼作为戴笠接待客人的地方，二楼是一些军统大特务中午或晚上临时休息的卧室。以后，戴笠看中隔壁罗家湾十九号的花园公馆，又强购下来。这样，罗家湾成为一个庞大的军统办公和宿舍区，占地达二百亩左右，成为重庆一大禁地。
在此基础上，戴笠利用职权，贪赃枉法，不断扩大地盘，广夺强抢。抢到曾家岩151号房屋做戴公馆；抢到磁器口缫丝厂数十间厂房、平房做军统办公处；抢到白公馆、松林坡、杨家山、钟家山、余家院子、渣滓洞等处的大片地皮，以后成为中美合作所的所在地。
戴笠在重庆安营扎寨后，便着手整顿内部。因军统局5月份在武昌成立时，由于战事关系，内部的组织和人事机构均未做大的调整。这次戴笠将内勤科、股逐次升格为处，并新设许多处、室、科、股，大量扩充人员。从戴笠建立特务处以来，其内部机构的变化从没有停止过。
建立军统局后，内部机构的变化更为频繁，有时快得连人事处跟着更改名字都来不及。这是因为军统是一个特殊机构，不受军委会编制部门的约束，况且戴笠生性多变，一个念头闪过，马上付诸实施，从不受任何清规戒律约束，蒋介石对军统的原则是只过问局级人事和编制情况，对局以下的机构、人事全权交给戴处理。因而，军统内勤要增一处一室、外勤要增一区一站，只要戴笠决定之后，马上就可以实行，完全不需要向蒋介石或军委会请示报告。所需经费除军委会按核定编制拨发部分外，绝大部分都是由蒋介石按年度统一从特别费项目下补助。抗战中期以后，由于军统组织极度膨胀，所需经费十分巨大，蒋介石的年度巨额补助也不能解决问题，戴笠就自己多方面开辟财源进行解决。
军统扩建之初，戴笠首先把书记室升格为秘书室，秘书室内初没文书科和译电科，后因业务大量增加，这两个科又分别扩充为文书组和机要组，组内再设科。秘书室由主任秘书主持工作，但因主任秘书郑介民不肯到职，故军统局仍保留特务处时期的书记长一职，主持内勤业务，大特务唐纵、张严佛、周伟龙、吴赓恕都在这个时期担任过书记长。结果弄得不但许多外勤特务不清楚书记长还有一个主任秘书郑介民，就是许多内勤特务也不清楚。
戴笠是个细心之人，感到这样下去，一旦蒋介石查问起来，容易引起他的猜忌心理，郑介民也可以借口推脱。于是决定将书记长一职撤销。改设代理主任秘书一职，主持内勤业务。
秘书室以下的各处，习惯上按序号排列。初设一、二、三、四处，后来发展到八大处。
一处，即军事情报处，由特务处时期的情报科升格而成。与特务处时期有所区别的足，它不是按地区划分，而是按业务分工设置内部科室。先后设有军事情报科、军运科、策反科、谍参科和国际科。处长先后由大特务杨继荣、鲍志鸿担任。
二处，即党政情报处，由特务处后期设立的党政科升格而成。下设党政科、侦防科、航检科、中共科和经济科。处长先后由大特务何芝园、王新衡等人担任。二处的核心是中共科。这是在国共二次合作后新成立的一个科，任务是集中处理有关中共的问题。二处的经济科是一个权力极大的科室。第一任科长是留学德国经济学博士费同泽，但因费与副科长，颇有才华的留学日本经济学家邓葆光不和，科长一职被撤，由邓接任。邓同时兼任军统经济研究室副主任，并以局本部名义直接指挥财政部缉私处、货运管理局、国家总动员会议经济检查组领导的各地经济检查队，权力之大，令人侧目。
三处，即行动处，由特务处行动科升格而成。下设行动科、警稽科和司法科。不久，戴笠又将警稽科、司法科从三处中划出，成立警务处、司法处。行动处主管军统行动工作，领导全国各地的行动总队、大队、队、组等近八十多个，并负责指导军统特务团和蒋介石侍从室特别警卫组的任务。处长先后由大特务余铎、徐业道、阮清源等人担任。
四处，即电讯处，由特务处电讯科升格而成。下设通讯科、机务科、工务科、考核科、电监科，并单独设有一个人事科，负责管理该处的电讯人员。由于该处工作的特殊性，戴笠将其安排在重庆马鞍山独立办公，与军统局各大处分开活动。处长魏大铭，是特务处时期的“老军统”，著名的电讯专家，同时主管规模庞大的军委会技术研究室。
五处，即司法处，下设审讯科和狱管科。处长先后由徐业道、沈维翰、李希成等大特务担任。
六处，即人事处，由军统人事室扩充而成。下设人事行政科、考铨科、福利科及卡片室处长由李肖白、龚仙舫等大特务担任。
七处，即经理处，由军统会计室扩充而成。下设综计科、审计科、预算科、财务科及现金出纳股。处长徐人骥是蒋介石“钦定”的，他是协助戴笠、郑介民筹建特务处的元老，又负有财务上监视戴笠活动的特务，故戴笠非但不敢搬动他的位置，平时在工作中也要让他三分。
八处，即总务处，由军统总务科扩充而成。下设庶务科、管理科、交通科，并领导汽车大队、电话队、农场、官兵消费合作社。处长沈醉，是军统最年轻的处级干部。
军统后期成立的还有训练处、警务处和布置处。训练处由军统训练科扩充而成，任务是对军统的数十个训练班进行督训。处长郑锡麟是“十人团”成员，被称为军统的“训练专家”。其后由军统老特务廖华平担任处长。
训练处同时主编军统内部发行的月刊《家风》，领导军统外围组织“抗日锄奸团”。《家风》创刊于1938年5月，初名《半月时评》，这是戴笠用以控制军统内部思想的刊物。“抗日锄奸团”原由华北等地的爱国青年学生自发组成，后被戴笠发现并掌握，因而逐渐改变性质。
警务处主管各地的警察机构与稽查机构。布置处是军统成立的最后一个处，任务是布置对沦陷区的潜伏和策反工作。处长马汉三，是一位野心极大的高级特务。戴死后，被郑介民处决。
除上面所说的各处外，军统局内部还有比处略小一点的各室和委员会等机构。督察室的任务与特务处时期无大的区别，值得注意的是戴笠在军统局督察室内新增设了一个防奸股，专门监视在军统内部的中共叛徒，并防范中共派人打入军统内部。该股手拿戴笠赐予的“尚方宝剑”，发现有嫌疑人物，有权先行扣押，再审讯调查。特种技术研究室是专门研究如何杀人放火、行凶破坏等方面的专业技术机构。经济研究室主要研究有关破坏、扰乱沦陷区经济以及军统自身如何缉私、走私等方面问题的专门机构。总督核室是军统的经济审计和监督机构。机要室（译电室）原隶属于秘书室，后由戴笠提升为处级机构，主任由军统唯一的女少将姜毅英担任。
军统另外设有设计委员会、策反委员会、惩戒委员会、考核委员会、财产清理委员会等专门委员会以及中山活动室、“四一”医院、神仙洞招待所、印刷所、造纸厂和特务团等服务、勤务机构。重庆磁器口缫丝厂办事处是因躲避日军空袭而设立的军统乡下办事处，有内外勤兼顾的任务。
军统的外勤组织除站、组相对比较稳定以外，区及办事处一类的机构变化甚多，难以确定数目。抗战时期，除了东北以外，各省（包括西藏、西康、新疆这些偏远省份）都建立了省站，有的一省则建数站。
军统时期，海外特工机构也逐渐建成。先后成立了美国站、伦敦站、巴黎站、菲律宾站、新加坡站、曼谷站、腊戍站、仰光站、印度站（辖德里、孟买两个分站）等机构。仅在越南境内就设有七个情报分站，并于1939年在广西南宁设情报总站，进行领导。另外，在德国、意大利、埃及、日本及西北欧、东南亚等国设有特工组或直属通讯员，其组织几乎遍及全球。
军统掌握的公开机关可谓多如牛毛，比较有影响的计有委员长侍从室第二处第六组、侍从室特别警卫组、军令部第二厅、军委会特种邮电检查处、军委会水陆交通统一检查处、财政部缉私署、直接税署、货运管理局、内政部警政司、各大城市警察局、外交部护照科、驻各国武官处、陆军总司令部以及各战区和集团军调查室、三军谍报参谋处室、各大城市及各地警备司令部稽查处、航空委员会政治部调查室等等。
特务处时期，戴笠对手下的特工人数有确切的记录，从1932年4月1日前的十个人，到1937年7月“七七事变”发生，人数已达三千六百人。但后来因军统扩展太快，几至膨胀的程度，其在抗战各个时期的确切人数，根本无法掌握，粗略估计，军统在全盛时期的内外勤人数约五万人，军统掌握的各种特务武装约二十万人，通过军统策反掌握的伪军力量约八十万人，三部分力量合计一百余万人。尤其前两部分力量的组织之严密、调动之灵活，超过了任何一支国民党军队。戴笠拥有的强大实力超过了使蒋介石放心的程度，最终引起蒋介石的猜疑和不安。
二 戴笠也有被耍时
在河内追杀汪精卫的失败，使戴笠感觉到异常沮丧，心中往往想起自己身负军统要职，竟然如此失败，又怕别人对自己有所瞧不起，迫于无奈，只好回到重庆，向蒋介石请罪复命。
出乎戴笠意料之外，蒋并未对这次失利进行指责。蒋深知汪精卫也是国民党集团中的顶尖人物，绝非等闲之辈，以蒋之老练精明，数十年来尚不能制服汪，何况戴笠。退而论之，戴笠这次能率特务，第一次超出国民党政权所能提供保护的范围，孤军深入到别国境内，将汪精卫的副手打死，也属难能可贵。
更为重要的是，从1939年初开始，蒋介石的政策重心已经开始从对外抗日转变到对内反共。
在1939年1月21日至30日召开的国民党五届五中全会上，蒋介石提出了“防共、溶共、限共、反共”的政策，成立了专门的“防共委员会”。会后，蒋介石特别交代戴笠，当前许多地方实力派控制的军队中钻进了中共人员，有的在相当程度上掌握了地方武装大权，形成了与国民党中央军抗衡的力量。
蒋介石特地告诫戴笠，据有关方面报告，孙殿英的新五军里就钻进了大批共产党人。蒋介石说，华北沦陷以后，晋东南的中条山区、太行山区成了国民党军队的唯一敌后根据地，必须确保能把孙殿英控制在“中央”手中，不使这块根据地丢失。
为此，蒋介石指令戴笠以校阅新五军为名，视察华北太行山的部队，规劝孙殿英反共，滑除新五军中的中共组织，对其他地方实力派控制的军队组织和群众抗日武装也要照此办理，以确保五届五中全会制定的反共方针能够切实贯彻执行。
戴笠受命后，动身前往华北太行山区。戴笠此行一方面是奉命清查孙殿英的通共行为，一方面是为了向孙殿英讨要一件国宝——龙泉宝剑。
对于孙殿英，戴笠其实早有布置，自从1933年戴笠与孙天津一别之后，孙殿英率部西进宁夏，结果是兵败如山倒，被西北“五马”之一马鸿逵杀得东倒西歪，同时，又被何应钦趁机免去本兼各职，倒霉的孙殿英真是祸不单行，骂爹哭娘不成，迫于无奈，孙殿英黔驴技穷，只好下野赴山西太原晋祠闲居。
七七事变后，孙殿英东山再起。他只身溜回北平，从二十九军军长宋哲元那里弄到五百杆枪。接着从北平出城，一路收容散兵游勇。当他走到石家庄以北的东长寿时，居然收容到二千多人，编成了四个大队，有了一定实力。
孙殿英是个惯于见机行事，因时而起的枭雄。他知道要想在政治上重新造成一个气候，必须先从蒋介石那里谋取一个正式“名义”，才能名正言顺地招兵买马，进一步扩充实力。不然凭这两千条人枪，最多只能当个“山大王”，难得“正果”。
于是，孙殿英想到了戴笠。他先派擅长外交的亲信随从刘曾若到南京找到戴笠，请戴为他在蒋介石面前打通关节。然后由驻防保定的第二集团军司令刘峙电请蒋介石召见。其间，孙殿英的杀手锏就是用东陵盗来的稀世珍宝开路。
1937年8月上旬，孙殿英带上大批礼物来到南京，行色匆匆。他先与戴笠见面，献上随身所带的奇珍异宝，请戴笠转赠蒋介石、宋美龄、何应钦、宋子文等人。
宝物中最名贵的是一颗夜明珠。据孙殿英向戴笠介绍，这本是用炸药崩开慈禧陵墓时，从慈禧嘴里掏出来的。当时将棺材劈开，慈禧尸身完好，好像在睡觉一样，就是因为她嘴里含着这颗夜明珠。夜明珠分开是两块，合拢是一个圆球，分开透明无光，合拢则透出一道绿色的寒光，夜间在百步之内可照见头发。
戴笠提议说：“魁元兄，这件宝物献给蒋夫人，你看怎样？”
孙殿英连忙说：“老兄说得好，我原本就这样想的。”
另一件宝物是慈禧在墓中用的枕头，名翡翠西瓜，也由戴笠提议转赠给宋子文。其余一应大小宝物都由戴笠——做主，或献蒋、或赠何、或送孔，孙殿英莫不称是。
孙殿英这次向戴笠点交宝物之后，又向戴笠许诺，他尚有一件最珍贵的九龙宝剑，准备送给戴笠。
所谓九龙宝剑，是从乾隆皇帝墓中盗得，剑长五尺，剑柄特长，上雕九条紫金龙，象征“九九归一”的至尊皇位，剑体光华四射，不锈不污，其锋无比，吹毛可断，削铁如泥。
剑鞘用名贵鲨鱼皮制成，嵌满红蓝宝石及金刚石，太阳之下，一片光华闪烁，令人眩目。
孙殿英炫耀地说：“得到此剑以后，我曾暗中请人考证，才知此剑乃清乾隆二十三年春，由新疆爱乌罕、巴达克山、霍罕、哈萨克各部落派使节来京入朝，晋谒高宗弘历皇帝，所献的一件宝物。当时高宗乾隆皇帝佩上此剑，顿时满殿生辉，华光耀眼，犹如万朵彩云在殿中飘舞，满朝文武大臣莫不称幸。高宗皇帝见此龙颜大悦，特以‘龙泉’二字命名，并赐宴使节和文武大臣于紫光阁。从此之后，高宗皇帝对此剑爱不释手，朝夕相伴，直至驾崩之时，仍遗命将此剑同时下葬，永不分离。”
说到这里，孙殿英又鬼头鬼脑地对戴笠附耳低言，说：“此剑是我从东陵盗取的无数奇珍异宝中最宝贵的宝物，自得此剑后，一直藏在秘处，不肯示人。只因此行匆匆，未能及时取来，只待下次有机会，一定将此剑献上，请戴先生转献委员长或何部长，一切由戴先生裁处。”