大势已去，毛人凤随蒋介石来到台湾，整肃政府、军队、特务组织，指挥潜伏在大陆的特务组织发动武装暴乱，暗杀中共高层领导人；配合空军轰炸大陆沿海城市，以此来『迎接』新中国的成立。
一、末日又高升
1949年6月间，毛人凤在上海失守后旋即跟随蒋介石到台湾，开始为寻找退路做准备工作。
毛人凤熟谙：数十年来蒋介石之所以能够纵横捭阖，消灭政敌，而有今朝地位，完全是依靠两大法宝，一是军队，另外就是特工活动。故毛人凤绝不愿效法他的两个顶头上司郑介民和唐纵，心存二心，身处特工行当却向往军旅要职。毛人凤专心致志于特务生涯，因为他深信，特务工作的无形威力并不弱于军队力量，特别是大陆兵败后，真正能够与中共进行顽固抵抗的，就只有特务人员。因此，毛人凤也相信，特务工作必将愈来愈引起蒋介石的重视，从而也能加重他在国民党内部的砝码，奠定其稳固地位。
蒋介石这次携毛人凤到台湾，就是决定在台全面推行特务工作。
7月，蒋介石在高雄召开秘密会议，决定成立一个名为“政治行动委员会”的核心组织，该组织的基本任务就是“统一所有情报工作，并使之充实强化”。这次会议，按照蒋介石的意思：要把自己的大公子蒋经国安插在特务系统，以加强控制。因此，出席会议的除了一些老牌特工如郑介民、唐纵、毛人凤、毛森等人外，一向不关心特务工作的蒋经国也赫然出现在会议上。此时，毛人凤立刻意识到：自己系统的特务工作在经历了戴笠、郑介民和他本人的活动之后，蒋氏父子已决心亲自插手干预，这样，保密局的工作必将出现新格局和一些重大变化。当然，对于毛人凤本人来说，只是他如何去适应这种变化而已。
8月，“政治行动委员会”正式在台北圆山成立。果不出毛人凤所料，蒋经国被蒋介石指定为委员会的负责人。会上，毛人凤阐述了保密局近期在大陆的“潜伏计划”“应变措施”及在台的“保安防谍”工作，他的这番“表忠”博得在座新主子蒋经国的好感，改变了对毛人凤的看法。
1950年1月1口，溃败于台湾的国民党政权破例地没有搞“团拜”活动。这一天，毛人凤接到蒋氏父子的邀请，前往日月潭涵碧楼与总裁一起“欢度”节日。
日月潭地处台湾中部的南投县鱼池乡，是当地最大的天然湖，北半湖状如日轮，南半湖形同残月，由此得名日月潭。潭的四周山峰叠翠，环抱的湖面十分辽阔，周长不下七十华里，放眼望去，潭水湛蓝，堤岸曲致，景色宜人，是一个非常理想的休闲胜地。老蒋飞赴台湾后，第一个圣诞节就在这里度过，虽说不乏美酒佳景，却凄于孤岛冷月，兴味索然。据蒋经国在日记中所云：当时，老头子（指老蒋）已被失败主义情绪所笼罩，自以为谋事“竭尽心力，但天不佑人”，工作徒劳，其实是“知其必败而为之了”。几天后，果有消息传来，成都失守；向昆明反攻的李弥、余程万部下落不明；30日那天，蒋介石电令逃往海南岛的胡宗南马上飞赴西昌，搜罗从四川“退”下来的残军，死守三个月。为党国树一个不成功、便成仁的榜样。命令的口吻坚决得近乎冷酷，成败与否，老蒋不抱奢望。因此，元旦迎新日，深深陷于不堪回首、无法割舍的怀旧伤感中，老蒋哪里还有搞“团拜”活动的兴头？
这一天，同时接到邀请的还有黄少谷、谷正纲、陶希圣、郑彦菜，大家陪伴着蒋氏父子荡舟潭上，垂钓解愁，突然，水面“哗啦”一声作响，银线连着鱼钩的那头，拽起一条大鱼，老蒋不禁为之惊喜，于是大家学那谶纬的老套，极尽演绎之能事，这个说“好兆”，那个说“吉祥”，总而言之“年年有余（鱼），否极泰来”，说得老蒋脸上有了笑容。
吃过午饭，闲情淡去，切入主题。老蒋先用低沉的音调叙述了近日反省的体会，大意是回顾一年间，党务、政治、经济、军事、外交、教育，无不彻底失败而绝望，现在要持志养气，贯彻到底，彻悟新事业，新历史，皆从今日做起。接着老蒋又说了开创“新历史”的打算一一首先要重新造党，要旨是洗雪全党过去的错误，彻底改正作风和领导方式，凡不能在思想精神和行动生活上怀有破釜沉舟之斗志者，一律应该自动退党。其次是重新组织力量，积极有效地开展反攻斗争，鼓舞斗志，获取国际支持，最后达到光复大陆的目的。
说到国际支持，老蒋按捺不住地指责起了美国政府，说他们不讲信义，落井下石。毛人凤知道内情，颇有同感。1949年8月5日，美国国务院发表了题为“美国与中国的关系”的白皮书，其间有一部分内容是严厉指控国民党的堕落、腐败和无能，说老蒋是自招失败，美国任何新的对华政策或额外援助，都无法挽回由蒋介石的行动所造成的损失。与此同时，美国人还暗中游说，怂恿刚担任台湾省政府主席兼保安司令的陈诚，抛弃老蒋，另立山头。陈诚表面上虚与委蛇，回头却把老美的不良居心告诉了蒋介石。气得老蒋大骂美国人无耻！
当然，骂归骂，想归想。毛人凤知道老头子争取的所谓“国际支持”，其实也就是老美的支持，这情景与“恨之切，爱之深”的道理暗合，正可谓：不是冤家不聚头矣！
然而，元旦过后没几天，即1950年的1月4日，美国总统杜鲁门在白宫举行记者招待会，说到美国对台湾的立场时，杜说：“美国此时不想在台湾获得特别权利或建立军事基地，美国也不利用其武力以干涉台湾现在的局势，美国并不采取足以涉及中国内战的途径。同样的，美国政府也不供给军援与军事顾问于台湾的中国军队。”
美国政府袖手旁观的态度，不啻是对蒋介石的迎头重击，所谓“国际支持”的图谋，顿时成了剃头担子一一头热的尴尬，悲愤之下反而激起了“雄心”。此时，老蒋急于实现两个目标：一是尽快复职，名正言顺地统揽党、政、军大权；二是显示力量，让岛内外所有的反共人士重新认同：蒋氏政权不可替代的重要作用与独一无二的领导权威。
蒋介石急于图谋，客观上凸现了毛人凤的特殊地位，那情景，颇似潮水退去礁石露的状况，道理亦浅显：盘踞大陆时期，国共抵牾，军事斗争是主战场，将军们“叱咤风云”，毛人凤只是个配角。眼下，退缩孤岛，明枪明炮干不成了，主要的手段就是开展“敌后斗争”，不断地给新生的人民政权制造麻烦。于是，统率几十万潜伏人员的毛人凤倒成了贯彻总裁使命的首要干将，这对经历数十年宦海沉浮，一朝跨越诸多资历者的毛人凤来说，真正是时来运转。未几，“显示力量”的指示化成无数个行动密令飞向各潜伏点，反革命的武装暴乱随之突起——
1950年2月，潜伏在成都平原北郊什邡县三河乡一带的赵洪文，一个手持双枪的老土匪婆，接到密令，立即打出“西南反共游击军第二路绥靖司令”的旗号，发动暴乱，周围二十多个县的土匪纷起响应，老太婆到处张贴布告，声称：“还我之民主主义，自由、民主、繁荣、强盛之伟大中华……”
同年2月，潜伏于成都市郊的“川西人民反共救国军游击纵队龙潭寺支队”司令巫杰，奉令暴乱，伏击了中国人民解放军第十八兵团某师政治部主任朱向璃和他的警卫班，朱向璃一行二十余人惨遭杀害，制造了震动一时的“龙潭寺惨案”。
同年3月，所谓“贵州人民反共自卫救国军”总司令曾绍华，于贵阳附近拦截交通，袭击干部，杀害民众，乃至纠合匪徒万余人，围攻贵州大学。
同年3月，以“川甘陕反共救国军”顾问，川北、江油、平武、广元、剑阁等八县的“反共游击联队”总指挥自居的黄清源，拥“兵”万余人，于川北之地发动暴乱七次，占领并捣毁县区政府二十多个，杀害了许多干部和解放军战士。
另外，还有潜伏于黑龙江省依兰县黑瞎子窑沟一带的余大柱子，奉命暴动，先后杀害共产党干部和解放军官兵一百多人，并剥下人皮做成马鞍，专门派人去台湾，送给毛人凤当“礼品”。
据贺龙给中央的报告称，当时仅是川西地区，就有各种公开活动的土匪一百零四股之多。与此同时，反革命的武装暴乱还由农村波及到城市，比如，1950年2月，四川南充市发生了暴乱，市内大片民宅，以及川北地区行署机关办公大楼全被炸毁。又如，广州中央医院隐藏着一个名叫“广州人民反共救国总队第二大队”的反动组织，从主治医师、护士到茶炉工二十名成员奉命暴动，将许多送到这里疗伤的解放军官兵杀害，有的官兵被拔去输血管；有的坐在轮椅上被推下楼梯；有的被闷在棉被里窒息而死。
其中最险恶的还属“北京暴动案”，领衔人物是保密局特工江洪涛。江洪涛原先的公开身份是华北地区最大的教会门组织——先天妙莲会的会长。解放战争时期，解放军地下工作者曾打入过这个组织，并利用其特殊的影响，做了一些秘密工作。解放后，江洪涛凭借这份“功劳”顺利地潜伏下来，同时，还掩护了一批国民党“地下工作队”的成员，其中有人叫马宗元的特工直接打入公安局二处，当上了情报员。随后，江洪涛伙同马宗元以协助纠察总队（北京群众性的治安组织）工作为名，设法让“地下工作队”一半以上的成员混进了这个组织。不久，江洪涛接到毛人凤的指示，要他不惜代价，在北京搞一次暴动，目标是袭击市公安局二处，烧毁王佑胡同的秘密机关档案。这一手足够厉害，一来在共产党的首都闹事，影响巨大；二来，烧毁档案，等于是搞掉了共产党反特挖潜的本钱。为了确保行动有效，毛人凤命令江洪涛亲自督阵。
江洪涛潜伏组的活动，全部是按“敌后”工作的要求开展的，因此，“地下工作队”的一般成员，都不知道江是他们的领导。江通过马宗元控制队伍；马通过一个姓孟的医生与台湾进行联系，这个姓孟的医生的诊所就开在宣武门牛街，事实上成为秘密联络的地点。
暴动计划尚在酝酿中，牛街的秘密联络点被我公安部侦破，公安部一局一处的侦察科长曹纯之先将来牛街联络的莫力奇秘密逮捕，经审讯，莫交代了与马宗元、孟医生的关系，并同意立功赎罪。此后，凡马宗元交莫力奇转给孟大夫的信件，曹纯之都先看过，最终掌握了全部“地下工作队”成员的名单，以及有关暴动的计划和联络暗号，并在举事前的一天，公安人员收网兜捕，自江洪涛以下全部被抓获，于是“北京暴动”的阴谋胎死腹中。毛人凤不甘罢休，又唆使隐藏在北京电车公司的特工，夜间放火，一次烧毁电车五十九辆，但无论其规模还是可能造成的后果来看，均不足与“北京暴动案”相提并论，只不过是勉力而为，丢了西瓜捡个芝麻的勾当。
与反革命武装暴乱相呼应，强化破坏活动，也是“显示力量，扩大影响”的一个步骤。自1950年春季开始，国民党空军连续对上海、福州等沿海城市进行了大规模的轰炸。1950年1月25日12时27分，国民党空军的十二架飞机从定海起飞，由长江口上空进入上海市区，以江南造船厂（解放军海军基地）为主要目标，实施轮番轰炸，共投下五十二枚五百磅至一千磅的炸弹，炸毁十八艘军舰和运输舰。小东门、陆家嘴、杨家渡、杨树浦一带，民房被毁四百余间，死七十余人，伤二百五十余人。
1950年2月6日，国民党空军出动十七架飞机，从岱山定海起飞，分四批进入上海，向杨树浦发电厂、闸北水电公司、南市华商水电公司投掷一千磅炸弹七十余枚，致使电厂瘫痪，市内一半工厂停产，不少地区断电停水，另有千余问民房塌毁，居民死伤千余人。据董显光《蒋介石传》一书透露，龙华机场当时也被炸毁。
国民党空军的“一·二五”轰炸、“二·六”轰炸目标认定之准，投弹命中率之高，绝非偶然。事后查明，是得到了保密局潜伏特工的积极配合，此人名叫罗炳乾，于1949年7月被毛人凤任命为上海潜伏独立电台台长，化名吴思源。当年8月，罗携带收发报机，经舟山抵吴淞口登陆，潜入上海，于妻兄施家瑞处立足，然后用保密局发放的经费，替施家父子开了一爿“振记瓷器店”，自己以“跑街”名义厕身其间，白天搜集情报，晚上通过电台发往保密局本部。“一·二五”轰炸中有关目标方位的情报就是罗一手提供的。后来，罗炳乾的电台被我公安人员破获，自此，国民党飞机便瞎了眼，空袭的盲目性骤然上升。
1950年3月1日，蒋介石在台北发表“复职”文告，恢复“总统”职权。
蒋介石在复职“总统”后，公开成立了一个“台湾情报工作委员会”（简称“台情会”），由彭孟缉任主任委员，该机构负责协调指挥国民党政、军、警、宪、特各特务机构。此委员会权力之大，令蒋介石难以放心，他的目的是要由蒋经国来掌握情报机构。因此，这就决定了“台情会”的命运是兔子尾巴长不了。
与此同时，原来成立的“政治行动委员会”改名为“总统府资料室”。起初，蒋介石怕人议论，指令由原空军司令周至柔担任主任。周担任主任只不过是挂名而已，实际负责人是蒋经国。对此，周至柔很清楚老蒋的用意，所以根本不去假戏真做。除了在一年一度的工作检讨会上，他象征性地露一次面外，其余所有事务概不过问。果然，没多久周至柔这块“遮羞布”便被老蒋一把撕开，蒋经国粉墨登场，堂而皇之地当上了“总统府资料室”主任。
蒋经国取代周至柔后，很快又在其父的帮助之下，接管了“台湾情报工作委员会”，掌握了由军统发展而来的“国防部保密局”、由原中统演化而来的“内务部调查局”以及“国防部特种军事情报室”“宪兵司令部”等情报机构的权力。这样，“总统府资料室”变成了台湾国民党最大的特务机关。
为了加强对所属机构的严格控制，蒋经国把原军统大特务张师调来任第一书记，李叶任书记，并明文规定，所有情报机构收集到的情报一律送到“总统府资料室”处理。同时，为了便于指挥这些情报机构，蒋经国又将这些机构的工作范围作大致划分，“内政部调查局”以岛内的社会调查、防止经济犯罪、贪污、漏税等为主；“国防部保密局”以对大陆的情报搜集和在各地建立特务网为主；其他的各机构电大都以岛内的“防共”与“防暴”为主要工作。
这样，蒋经国实际上控制了国民党在台湾的各个特务机关。
蒋经国同他的父亲一样，十分看重特工的特殊力量，认为特务组织对于稳定和巩固国民党的统治十分重要。因此，他主持情报工作以来，其工作重心之一就是要充分发挥特务机构的重要力量；同时，也要打乱昔日特务机构的内部秩序，重建特工组织的新秩序。
国民党退到台湾后，蒋介石开始着手对党、政、军全面改造，并专门成立国民党中央改造委员会，进行全面清理。
蒋经国则秉承父命，侧重于情报系统的整肃。不久，国民党特工系统的新格局便重新形成，各种功能也在全面恢复，初步成立了以国防部保密局、内务部调查局、保安司令部、宪警、台湾警务处、国防部政治部及国防部二厅等七大特工系统。