宪法生效后，1890年进行了首次大选。在众议院占有多数席位的板垣退助、后藤象二郎和大隈重信领导的各派，试图建立西方式的多数党内阁。而受命为总理大臣（首相）的山县有朋及其同僚们坚决反对这一主张。1891年松方正义内阁上台后继续与议会发生冲突，并于12月解散众议院。此后，议会与藩阀统治的内阁之间不断发生冲突，1892年上台的伊藤内阁曾在1893年12月和1894年6月两次解散众议院。这些冲突反映了要求建立西方式的政党责任内阁制的民主倾向与藩阀统治的专制倾向之间的斗争，尽管民主倾向的要求多次受到挫折，但是它始终存在着，而且不时取得某种进展，虽然十分有限。1896年，大隈的改进党联合革新党和同志会组成了进步党。此前，伊藤与板垣的自由党已实现了联合。1898年进步党同自由党合并，组成了统一的宪政党。6月，在伊藤倡议下，天皇任命宪政党组阁，即隈板内阁，由大隈任首相，板垣任内务卿。这已带有政党内阁的色彩。但是，宪政党和隈板内阁很快就因内部分歧而争吵不休，导致瓦解。1900年9月，伊藤组成了自己为首的政党——立宪政友会，成员多为过去的自由党党员。他要求所有成员放弃对政党内阁的追求。在以后的10年中，基本上由政友会掌握了内阁的权力。在伊藤之后领导政友会的是西园寺公望。
日本国内争取政治民主的斗争未能取得重大进展，这是资产阶级的软弱性造成的。日本的资产阶级还远没有强大到足以克服藩阀专制的程度，而且资产阶级的上层即财阀们同官方是密切结合的。另一个重要原因是，日本很快走上军国主义道路，大权转入到了军阀手中。
自由民权运动，是日本人民争取自由民主权利和民族独立的群众性政治运动，是自下而上地要求实行资产阶级改革的社会运动，也是对明治政府资产阶级改革的一次补课，从而加速了日本近代化的历史进程。
（第四节） 近代天皇制的确立
“尊王”与“攘夷”思想，前者源于古代天皇神圣观念，后受儒家大义名分思想影响而成；后者源于华夷之辨思想，都具有浓厚的盲目排外特性。素有副将军之称的水户藩主德川齐昭及其近臣把尊王与攘夷结合起来，作为维护幕藩体制统治的口号。1853年培理叩关和1858年幕府大老井伊直弼未经敕许签订《日美修好通商条约》后，“尊王攘夷”口号成为反对幕府的一面旗帜。
1859年，井伊直弼杀害了尊王攘夷志士吉田松阴等。次年3月，志士刺杀井伊直弼于樱田。志士们袭击和焚烧外国使馆、刺伤使馆人员和商人，并与列强公开进行武装对抗。长州藩志士在下关炮击列强船舰；曾来中国做过考察的高杉晋作组织了奇兵队；萨摩藩与英舰开战。尊王攘夷运动向着国内战争、民族战争方向发展。
长州、萨摩是有与幕府对抗实力的强藩，也有一批杰出的改革派武士。长州藩有高杉晋作、木户孝允、伊藤博文、山县有朋、井上馨等；萨摩藩有西乡隆盛、大久保利通等。1864年8月，英、法、美、荷四国联合进攻下关，幕府下令征伐长州。高杉晋作等人决定放弃盲目攘夷，实行开港倒幕。与此同时，农民起义、城市贫民暴动更加频繁。1867年1月9日，15岁的睦仁继天皇位，掌实权的公卿岩仓具视、三条实美与西南诸藩策划武力讨幕。同年9月，长、萨、艺（安艺）三藩倒幕同盟达成讨幕出兵密约。10月，幕府将军德川庆喜为剥夺讨幕派出师之名，决定向天皇奏请“奉还”大政。明治维新把长期被冷落的天皇重新捧上政权宝座。
1869年3月，岩仓具视提出了进一步改进政治体制问题。他认为，天皇掌握统治大权的国体“万古不易”，但政体则应“观察事势，随其所宜而变易之”，必须“确立一种不待明君贤相，亦自能保持国家之制度”。他的想法不错，但究竟该怎么做并不清楚。岩仓使节团考察了欧美各国的政治体制，1873年11月政府准备制定政规法典。大久保利通和木户孝允很重视这方面的工作，各自提出了长篇意见书。
大久保在《关于立宪政体的意见书》中提出，君主统治是在国民“愚昧无知”的情况下，“一时适用之最佳统治”，但将来“时势发展至半开化状态”，则“不可固守也”。他认为，必须顺应“人情、时势之变化”，改行“君民共治之制，上定君权，下限民权，最为公正，君民皆得而无私。”木户也主张逐步走向“君民同治”。他们在世时，政府忙于解决其他更紧迫的问题，制定宪法尚未真正提上日程。
1874年自由民权运动的兴起，推动了宪法的制定和议会的召开。自由民权运动开创了日本人民争取自由民主的传统，但却以民权屈服于国权而遭到挫折，以接受钦定宪法而宣告结束。面对自由民权运动，为了显示天皇权威，从1877年起，太政官移至宫中，规定政府机要事务由御前会议来决定，还决定每日一名大臣、规定日期一名参议进宫值勤，听取天皇的谕示。
1881年政府准备制定宪法，这不仅是自由民权运动的推动，也是因为体制方面的破旧改革已经完成，需要和可以制订根本大法。政府在内部征求关于制宪的意见，却出现了严重分歧。大隈重信主张以英国的君主立宪制为样板，并于二年后召开国会。岩仓具视和伊藤博文等人强烈反对，10月御前会议决定免除大隈官职，史称“明治十四年政变”。这实际上是权力之争，大隈是想以英国式议会来限制萨长藩阀的权力，结果遭到失败。
开设国会的诏敕颁布后，1882年3月，掌握政务大权的伊藤博文率领宪法考察团前往欧洲，以德奥两国为主要考察对象，并认真请教了德、奥的法学教授，充分确立“巩固皇室基础，使大权不致旁落”的大道理，历时一年多回国。法制局长井上毅在国内做准备，求教国学家，研究日本古典文献。然后，在伊藤的主持下，以井上毅和政府顾问、德国法学家罗埃斯特的草案为基础，伊藤、井上等4人秘密起草宪法，几经修改基本定稿。民权派曾提出约20份宪法草案，含有合理意见，但伊藤等人不予采纳。为准备召开国会，1885年政府改行内阁制，并采取了一系列措施，以加强皇权和政府，如为皇室设置巨额财产、制定华族令、实行高等文官考试，等等。
1888年，统治集团内部经过一番争论，决定采取普鲁士式的君主立宪专制政体。为此，政府作了一系列的准备：扩大皇室财产，奠定天皇制政权的经济基础；重申军队直属天皇，加强对军队的直接控制；扩大并加强华族制度，定公、侯、伯、子、男五等爵位，培植维护皇权的特权阶层；改太政官制为内阁制，设宫内大臣掌天皇印玺及宫内事务，设枢密院。
经过头尾三年的闭门起草，在天皇亲临之下，对宪法草案进行逐条审议，参加审议的还有皇族、内阁大臣等。同时制定了皇室典范，对皇位继承等问题作了规定。1889年2月11日纪元节这一天，天皇登上宫中三殿举行亲祭，把制定宪法和皇室典范之事冥告皇祖皇宗神灵。明治天皇在颁布宪法时说：“朕以祖宗所授之大权，对现在及将来之臣民，宣布此永世不朽之大典。”然后，举行有文武百官及外国使节参加的隆重典礼，在宣读颁布宪法的敕语后，在礼炮的轰鸣声中，天皇把宪法授予内阁总理大臣黑田清隆。这一天，东京和各地的国民包括民权派，欢天喜地，进行庆贺。十分有趣的是，他们谁都不知道宪法究竟有哪些内容。
这部《大日本帝国宪法》通称“明治宪法”，由7章76条组成。比之大久保等人的“君民共治”想法，明治宪法：后退了很多。大久保主张“君民共议，以制定坚如磐石之国宪”，而明治宪法完全排除人民参与制定，纯粹是钦定：宪法。在君民之间，不是共治关系，而是君主与臣民的从属关系，臣民的一切权利并非本该享有，而是天皇恩赐的。
宪法规定，“大日本帝国由万世一系的天皇统治”，“天皇神圣不可侵犯”，举凡一切立法、军事、财政、外交大权皆集中于天皇。宪法还规定，议会采取两院制，贵族院由皇族、华族和“敕选议员”组成，众议院由选举产生；众议院通过的议案，不经贵族院通过不能成立；众议院的议员选举有极严格的限制；内阁的国务大臣职责是“辅弼天皇”，由天皇任命，对天皇负责。
宪法规定，大日本帝国由万世一系之天皇统治之，天皇神圣不可侵犯，总揽统治权。天皇有权裁可法律、发布敕令、召开与解散议会、决定官制、任免内阁大臣和官吏，以及统率陆海军、宣战、媾和及缔结各种条约。天皇几乎拥有一切大权，与专制君主相差无几。而且，天皇的地位和大权不是由于他代表国家和人民，而是作为神的后裔，来自以天照大神为皇祖、国祖的祖先。颁布宪法的诏敕宣称，“朕承祖宗之遗烈，践万世一系之帝位”，“国家统治之大权，朕承之于祖宗，并传之于子孙”。天皇仍然保留着神权专制的权威。
明治宪法又有一定的立宪主义，表现之一是议会有一定的立法权和预算审议权。伊藤博文在《宪法义解》中写道：“议会为参与立法者，而非分有主权者，有议法之权而无定法之权。”议会通过的法律，必须由天皇裁可才能生效。同时对天皇也有一定限制，除了天皇有权决定的事项之外，未经议会的“议法”，天皇不能单独“定法”，“一切法律，须经帝国议会之协赞”。不过，在议会闭会期间，有紧急必要时，天皇可发布代替法律的敕令，以后必须得到下次议会的承诺，敕令方能继续有效。枢密院审议时，有人不同意须得下次议会承诺，伊藤说：“取消已实施之敕令，实际上是不可能的。”的确，对天皇的限制有时形同虚设，如1928年修改《治安维持法》就是一例。
宪法还规定，根据天皇大权而确定的“既定岁出”，“非经政府同意，帝国议会不得废除或削减之”，对议会的预算审议权加以限制。又规定，政府预算必须由议会审议通过；如未能通过，可实行前一年的预算。也就是说，增加预算必须议会通过。“新课租税及变更税率，以法律定之”，也即必须议会审议通过。给予议会这方面的权力，伊藤博文认为是“立宪政体实质所必需的”，因为这有关地主资产阶级的切身利害。后来，政党就在议会上抓住预算问题，与政府争得不可开交，让政府感到很头痛，不得不用收买、拉拢议员来摆脱困境。不过，天皇对财政并非不能干预，如甲午战争时以敕令公布了《军事公债条令》。
此外，议会有监督、批评政府的权力。宪法规定，在法律允许的范围内，即在不反对天皇制国家的前提下，臣民享有基本人权，这比幕府时有所进步。
明治宪法所确立的国家体制，是日本传统神权专制主义与近代西方立宪主义的折中、嫁接，具有两重性。宪法制定后，伊藤博文十分得意，写了一首汉诗抒发情怀，其中写道：“放眼泰西明得失，驰心上世极精研”，表明了宪法是古今折中、和洋嫁接的产物。在两重性中，以保证和强调天皇的神权专制权威为主，这是为了借以统一、控制人心，即伊藤博文所说的，以皇室为机轴（中心），才能“使人心归一”。在日本的传统文化中，能够最有效地抓住人心的，莫过于神权思想及其赋予天皇的权威了。
为了使“人心归一”，天皇不仅有宪法规定的政治、军事大权，还有文教大权，既为君又为师，有权规定人们的思想和良心，“教育敕语”即为典型表现。政府拨给皇室大量土地、山林和股票，皇室成为日本最大的地主资本家。在后面将可看到，天皇还可用其财力干预国家财政和政务。
明治宪法的一定立宪主义，主要是给地主资产阶级以参政权，确认他们的基本人权，以便协调地主资产阶级的当权派与非当权派之间的分歧和矛盾，也是为了争取一般国民，扩大政府的社会基础。当然还在于向欧美表明，日本已经进入文明领域。
明治宪法所确立的近代天皇制国家，在天皇总揽统治权之下，主要权力机构有内阁、军部、枢密院、议会和裁判所，此外还有可以影响天皇、干预政务的元老、内大臣。
内阁的职责是辅佐天皇行使行政权，只对天皇负责，其成员由天皇任免。总理大臣（首相）没有统辖各大臣的权力，各大臣之间也无连带责任，都分别单独向天皇负责。总理大臣的职责只是通过内阁会议，求得各大臣的协调一致，以保持行政各部门的统一。此外，军令大权即统率权不归内阁、总理大臣所有。
军部是直属天皇的各军事机构的总称，主要机构有五：1878年设立的参谋本部，是陆军的最高军令机关，其首脑先后称参谋本部长或参谋总长；1893年设立的军令部，为海军军令机关；同年，改为直属天皇的教育总监部，其职责是负责陆军的教育训练；上述三机构都独立于内阁之外，此外还有内阁的陆军省和海军省。
有关军队调动、作战的军令事项，军部可直接向天皇上奏，即所谓“帷幄上奏权”。主管“军令”的是参谋本部和军令部，内阁无权干涉军令事项，但军令机关上奏天皇裁决后，可下达内阁的陆海军大臣，责令执行。在这种体制下，军部可以独断专行，造成既成事实，此为“先斩后奏”。
在陆海军之上，除了天皇为最高统帅外，没有统一的指挥机构，两者是并列关系，即使成立战时大本营也是如此。在陆海军之间，陆军起主导作用。参谋总长、教育总监和陆军大臣为陆军三长官，后来形成惯例，后继内阁的陆军大臣必须由三长官推荐，陆军一再以是否推荐陆相来干预政务。
枢密院原为审议宪法而设立，后载入宪法，为常设机构。枢密顾问官由天皇任命，都是40岁以上，长期效力、忠心不二的文武官僚。其职责是“应天皇之咨询，审议重要国务”，凡是法律草案或修正案、敕令命令、重大行政或会计事项、与外国缔约等都在审议之列。天皇亲临听取审议，一般只听不言，并按枢密院的意见做出裁决。枢密院明为咨询机构，实际上是超越于内阁、议会之上的官僚大本营，可左右政局。
宪法并无元老的规定，而是由天皇分别颁给诏敕，赋予特殊的政治优遇，主要职责为发生内阁更迭时，向天皇推荐后继内阁的总理大臣，有时候也应天皇咨询重要国务。元老有权决定新一届内阁的首相，因此在较长的年代里，日本政治事实上是元老政治。
1885年实行内阁制时，掌管皇室事务的宫内省从内阁中独立出去。同时设置了既不属于内阁也不属于宫内省的内大臣，其职责是“常侍辅弼”天皇，是天皇身边的最亲近的政治顾问，对政局很有影响；1930—1945年任内大臣秘书官长和内大臣的木户幸一，起了特别重大而恶劣的作用。