（1）对宗分别出“宗体”、“宗依”及“唯立不顾论宗”。宗是一个命题。它所表示的思想观点，是立论者的主张，同时又是敌方所不认可的论旨，是立敌双方争论的标的。所以，历来都把宗释为立论者“所尊、所立、所主”的意思。宗既是一个命题，它就有其组成它的结构。如“声是无常”这个命题，就是由前后两端和连缀词构成的。前端是指称事物的，如“声”，叫作前陈；后端是对所指称事物的阐述，如“无常”，叫作后陈。而连缀前、后陈的“是”或“不是”等联系辞，在因明中没有专门的名称。前陈和后陈是组成宗的材料的凭依，因而当它们分离、不相结合时，各自都称为宗依；一旦用“是”或“不是”将它们连缀起来时，就成了宗，如上面说的“声是无常”。这时，它就成了立者维护、敌者所破的对象，所以这个所立就称为宗体。诚如窥基在《大疏》中说的：“有法能别，但是宗依，而非宗。此依必须两宗共许，至极成就。”这里的有法，即是前陈；能别则是后陈。前陈、后陈都是宗依，而不是宗。为依（前、后陈）义所立，宗体（整个命题）方成；所依（前、后陈）若无，能依（整个论题）何立？由此看来，宗依必须立敌双方共许。至于宗体，乃是整个论题。对此，窥基又说：“此取二中互相差别不相离性，以为宗体。如言‘色蕴无我’。色蕴者有法也；无我者法也。此立二种，若体若义，互相差别。谓以色蕴简别无我，色蕴无我，非受蕴无我；合之一处，不相离性，方是宗。”这是指作为宗依的前陈和后陈之间的三重关系：
①前陈为自性，后陈为差别。这个自性即是指前陈自身，并不涉及其他事物。这个差别，是说后陈除了显示前陈的分别之外，还要贯通到别的事物之上，如上例中的“无常”，就不专属于声这一事物，还贯通到了别的事物，如瓶上去。诚如《论疏》说的“局体（局限于物自体）名自性，通他为差别。”所以，后陈也称差别。
②前陈为有法，后陈为法。这里的法指的是事物的属性。有法就是含有这一属性的事物。所以，这句话的意思就是，前陈对后陈来说，即为有法（有那属性）；反过来说，后陈对前陈而言就是法（属性）。如“声是无常”。前陈声就是含有后陈“无常”那种属性的事物，而后陈“无常”就是前陈“声”的属性。
③前陈为所别，后陈为能别。这是说后陈是用来分别前陈的东西，而前陈是被后陈所分别的东西。其实，前、后陈都具有分别功能，如“声是无常”。“声”是分别“香”、“味”的无常，而“无常”则是分别时间等的恒常。所以，因明就从分别的施受上着眼，把受分别的前陈，叫作所别；把施分别的后陈，叫作能别。
由上述前、后陈的三重关系看来，前陈是立敌双方争论的主体，后陈是立敌双方所争的关于主体的义理。因此，在因明中，前陈又叫做体，后陈又叫做义。体义相待，就出现了上面所说的前陈为自性、有法、所别，后陈为差别、法、能别这样三重关系。在因明中，前陈的自性、有法、所别三者，合称为“体三名”；而后陈的差别、法、能别，合称为“义三名”。
以相互关系言举例以地位言以体义言通他与否属性依归功能不，同前陈体有三名自性有法所别声后陈义有三名差别法能别无常体把前陈和后陈联结起来，成为立敌双方争论的标的声是无常关于立宗的规则，因明认为，一个论式内的宗要成为真正的宗，就需要满足下列四个条件：
一是必须具备二依，缺一不可。二是二依必须共许，共许就是立敌双方认可的意思，即因明中说的“极成”。三是体义必须和顺。这是说把前陈和后陈联结起来作为一个宗时，其体和义必须和顺，不可乖戾。换句话说，就是要体中有义，义属于体。否则就是有法及法不相依顺。如：我母是石女。因为，既言我母，明知有子；复说石女，明委无儿。这就是我母之体与石女之义不相依顺，故是似宗。四是唯立不顾论宗。何谓不顾论宗呢？《因明正理门论》说：“随自乐意，为成所立，说名宗。”故不顾论宗，也称随自乐宗。随自乐宗，是指立论者不顾别人见解如何，只随自己的意愿，乐于成立的宗。换句话说，就是由二宗依（前、后陈）组成的宗体所表示的论旨，是立敌双方论争的对象。因而宗体就得具有“违他顺自”的原则，即立者认许而敌者不许，这才能兴起论争。否则，不但引不起论争，而且也不必用因、喻来论证、推理它能够成立了。
（2）提出“寄言简别”的办法，就不成其为过失。
我们知道，在一个论式中，宗是所立（因、喻都属能立），是立者的所主所崇。要使这个论式达到真能立的境界，所立的宗就必须是一个正宗。否则，所立之宗有这样那样过失，或兼有几种过失，所立之宗就不是正宗而成了似宗；而包含这个似宗的论式，也就流为了似能立。据陈那的《因明正理门论》说，似宗有5种过失；商羯罗主的《因明入正理论》对似宗又增补了4种过失，两者合计，似宗有9种过。那么，如何才能克服这许多过失呢？窥基在《因明入正理论疏》卷中说：“凡因明法，所能立中，若有简别，便无过失，若自比量，以许言简，显自许之无他随一等过。若他比量，汝执等言简，无违宗等失。若共比量等，以胜义言简，无违世间自教等失。随其所应，各有标简。”这就是说，如果是自宗承认的，加“自许”；他宗承认的，加“汝执”；两家共许的又不是泛泛之谈，则加“胜义”或“真故”等，这就有了自比量、他比量、共比量的区别。窥基在《大疏》中提出的这一“寄言简别”的办法，不仅能够打破立宗者的顾虑，照顾到立论者发挥自由思想，克服立宗中的过失，而且对三支比量的运用富有灵活性，也对当时佛家立量以及理解清辨、护法等之著作，均有很大帮助。
（3）详细解释六因，唯取言生、智了二因。
因是因明三支作法中的第二支，但它处于整个论式的枢纽地位，具有决定性的重要作用。这是因为，论辩总是在立论者和敌论者之间进行的。立论者仅仅说出宗，那还不能使敌论者了悟。要促使敌论者了悟并接受立论者所立之宗，那就要有赖于因和喻。所以，在因明三支功能的分界上，称宗为“所立”，称因和喻为“能立”。虽然因和喻都属能立，但它俩的作用还不是等同的。因为，喻的作用是助因成宗，故叫作“助能立”；而因才是论证宗所以能够成立的根据，故叫作“正能立”。因此，在这个意义上说，一个宗能不能够成立，或说一个论式是真能立还是似能立，都是有赖于对因的陈述。
那么，立论者该对因怎样陈述呢？换句话说，立论者对因如何陈述，才能使敌论者了悟呢？窥基在《大疏》中对六因作了详细的解释。他说：“分别生、了虽成六因，正意唯取言生、智了。由言生故，敌证解生；由智了故，隐义今显。故正取二，为因相体，兼余无失。”这是说，立论者的陈述要具有生因，敌论者也得具有了因。那么，何谓生因呢？《大疏》说：“如种生芽，能别起因，故名为生因。”这是说，立论者陈述的语言要具有能够启发敌论者了悟宗旨的效力。何谓了因呢？《大疏》又说：“如灯照物，能显果故，名为了因。”这是指敌论者能从因的陈述中了悟立论者所要表达的义理的智力。这就是说，立论者具有生因，敌论者具有了因，生因、了因，合称二因。论敌双方具有二因，才能达到二益（悟他、自悟）的效果。
既然立论者的言论要能启迪敌论者的智力，那么，立论者的言论就得符合事实及由此得出的义理；而要发表具有抽象义理的言论，立论者又不得不具有洞察义理的智力。所以，立论者在发表议论时，直接启发敌论者智力的虽然是语言，但立论者的智力以及由智力所透达的义理，也未尝不在间接地启发敌论者了悟的智力。可见，生因可分为言生因（言语），义生因（义理）和智生因（立者的智力）。在这三种因中，基师认为言生因最为重要。所以一般说生因，都是指言生因。
上面是就立论者方面说的，下面再从敌论者方面来说。敌论者要达到了悟的程度，首先必需的具有智力；其次，也不可没有所了悟的义理；其三，要了解义理，又需要先听到所传义理的语言。所以，敌论者的了悟顺序是，先听到语言，然后在以其智力理解那些语言所表达的义理。由此看来，了因也可分为言了因、智了因和义了因。而这三因中，基师认为智了因是最根本的。所以，一般说了因，都是指智了因。
从上表看来，因在因明论式中处于三支的枢纽地位，它不仅贯通宗和同喻、异喻，而且也是立敌双方交流思想，彼此通解的桥梁，它具有无与伦比的作用。所以，基师对它作了颇为详细的解释。并说：“由言生故，未生之智得生；由智了故，未晓之义今晓。”指出了言生因和智了因的重要地位。这不能不说是他的贡献。
四、分析过类，细致入微，全分一分，自他八俱。
在一定意义上，因明就是一门去伪求真的学问。在基《疏》中，他把每一过类都分为全分的、一分的，又将全分的、一分的分为自、他八俱。如对“现量相违”（论题与感觉的矛盾），就析为全分的四句：一、违自现非他，二、违他现非自，三、自他现俱违，四、自他现俱不违。一分的也析为：一、违自一分非他，二、违他一分非自，三、自他俱违一分，四、自他俱不违。其他过类也分为全分的一分的两类四句（以正面对自许、他许、共许而为三句，反面全非又为一句）。如在宗过（错误论题）中，有违现非违比，乃至违现非相符，有违现亦违比，乃至违现亦相符，错综配合，计有2304种四句。真是细致入微，穷究了一切情况，这不能不说是基师对因明的一种创新。
五、究释有体无体，要视三支判定。
在《大疏》中，窥基对于有体无体的推究解释，不是单纯地依据一个意思，而是视其宗、因、喻三者的意义分别判定的。窥基把有体无体约为三类：一、有体无体是指别体的有无。有体，意为别有其体，如烟与火，各为一物；无体，是指物所具有的属性，如热与火，热依火存，非于火外别有其体。二、有体无体是指言陈的有无。言陈缺的叫无体，不缺的叫有体。此类又分三种：1.以共言为有体，以不共言为无体。2.约法体有无判别有体无体。3.以表诠为有体，如立“声是无常”，即是表诠；以遮诠为无体，如立“神我是无”，即是遮诠。这三种有体无体，就宗、因、喻三支分别来说，就不是固定的。宗的有体无体，意取表诠遮诠。《大疏》所谓的以无为宗叫作无体宗，以有为宗叫作有体宗，即指此言。因的有体无体，意取共言和不共言。共言有体之中又分为有无二种，以表诠为有体，以遮诠为无体。喻体的有体无体，亦取表遮之义。喻体的有体无体是指物体的有无。有物者谓有体，无物者谓无体。如立“声是无常”，其“无常”法，表诠有体。如瓶等喻，有物有体。又如立“过去未来非实有宗”，其“非实有”遮诠无体，以“现常”为因，共言有体。“若非现常见非实有”，遮诠无体，如“龟毛”喻，非实有物，故亦无体。一般说来，异喻的作用在于止滥，即预防“中词”外延太宽。通于大词的对立面，不妨用无体之法为喻依。至于三支之有体无体，就应当互相适应，有体因喻成有体宗，无体因喻成无体宗。然而，亦不可拘泥。在“破量”，亦有的用有体因喻成无体宗。如大乘破经部时，立“极微非实宗”，“有方分故”因，“如瓶等”喻。此宗的有法（前陈）“极微”，大乘不许为有体，能别（后陈）说它“非实”，即是遮诠。
总之，上述五点来自窥基所撰之《大疏》，故曰是窥基对因明的创造、发展和贡献。但因窥基之《大疏》又是源于奘师对他专门讲述的因明。所以，上述五点也可说是奘基师徒对因明的共同创造、发展和共同贡献。